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万見
- EMDB-21844: The Vo region of human V-ATPase in state 1 (focused refinement) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-21844
タイトルThe Vo region of human V-ATPase in state 1 (focused refinement)
マップデータThe Vo region of human V-ATPase in state 1 (focused refinement)
試料
  • 複合体: Human V-ATPase with SidK
    • タンパク質・ペプチド: x 8種
  • リガンド: x 7種
機能・相同性
機能・相同性情報


proton-transporting two-sector ATPase complex / Ion channel transport / ヒトの虹彩の色 / central nervous system maturation / intracellular pH reduction / plasma membrane proton-transporting V-type ATPase complex / transporter activator activity / rostrocaudal neural tube patterning / cellular response to increased oxygen levels / positive regulation of transforming growth factor beta1 production ...proton-transporting two-sector ATPase complex / Ion channel transport / ヒトの虹彩の色 / central nervous system maturation / intracellular pH reduction / plasma membrane proton-transporting V-type ATPase complex / transporter activator activity / rostrocaudal neural tube patterning / cellular response to increased oxygen levels / positive regulation of transforming growth factor beta1 production / ATPase-coupled ion transmembrane transporter activity / synaptic vesicle lumen acidification / endosome to plasma membrane protein transport / proton-transporting V-type ATPase, V0 domain / Golgi lumen acidification / Transferrin endocytosis and recycling / lysosomal lumen acidification / clathrin-coated vesicle membrane / vacuolar transport / vacuolar proton-transporting V-type ATPase, V0 domain / endosomal lumen acidification / proton-transporting V-type ATPase complex / XBP1(S) activates chaperone genes / vacuolar proton-transporting V-type ATPase complex / Amino acids regulate mTORC1 / head morphogenesis / vacuolar acidification / transmembrane transporter complex / ROS and RNS production in phagocytes / dendritic spine membrane / regulation of cellular pH / osteoclast development / azurophil granule membrane / ATPase activator activity / autophagosome membrane / regulation of MAPK cascade / tertiary granule membrane / ficolin-1-rich granule membrane / cilium assembly / positive regulation of Wnt signaling pathway / RHOA GTPase cycle / angiotensin maturation / regulation of macroautophagy / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / axon terminus / RNA endonuclease activity / Insulin receptor recycling / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton transmembrane transport / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / receptor-mediated endocytosis / secretory granule membrane / transmembrane transport / synaptic vesicle membrane / small GTPase binding / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / メラノソーム / signaling receptor activity / ATPase binding / postsynaptic membrane / intracellular iron ion homeostasis / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / リソソーム / エンドソーム / endosome membrane / nuclear speck / apical plasma membrane / lysosomal membrane / 神経繊維 / external side of plasma membrane / ゴルジ体 / focal adhesion / intracellular membrane-bounded organelle / ubiquitin protein ligase binding / Neutrophil degranulation / protein-containing complex binding / endoplasmic reticulum membrane / perinuclear region of cytoplasm / ゴルジ体 / extracellular exosome / 生体膜 / 細胞膜 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
ATPase, V0 complex, subunit e1/e2, metazoa / V0 complex accessory subunit Ac45 / V-type proton ATPase subunit S1, luminal domain / V-type proton ATPase subunit S1, luminal domain / Renin receptor-like / Renin receptor-like protein / Ribonuclease kappa / V-type proton ATPase subunit S1/VOA1, transmembrane domain / V0 complex accessory subunit Ac45/VOA1 transmembrane domain / ATPase, V0 complex, subunit e1/e2 ...ATPase, V0 complex, subunit e1/e2, metazoa / V0 complex accessory subunit Ac45 / V-type proton ATPase subunit S1, luminal domain / V-type proton ATPase subunit S1, luminal domain / Renin receptor-like / Renin receptor-like protein / Ribonuclease kappa / V-type proton ATPase subunit S1/VOA1, transmembrane domain / V0 complex accessory subunit Ac45/VOA1 transmembrane domain / ATPase, V0 complex, subunit e1/e2 / ATP synthase subunit H / ATPase, V0 complex, subunit d / V-ATPase proteolipid subunit C, eukaryotic / ATPase, V0 complex, subunit 116kDa, eukaryotic / V-ATPase proteolipid subunit / ATPase, V0 complex, c/d subunit / V-type ATPase subunit C/d / V-type ATP synthase subunit c/d subunit superfamily / V-type ATP synthase c/d subunit, domain 3 superfamily / ATP synthase (C/AC39) subunit / V-type ATPase, V0 complex, 116kDa subunit family / V-type ATPase 116kDa subunit family / V-ATPase proteolipid subunit C-like domain / F/V-ATP synthase subunit C superfamily / ATP synthase subunit C
類似検索 - ドメイン・相同性
V-type proton ATPase subunit e 1 / Renin receptor / V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit c / V-type proton ATPase subunit d 1 / V-type proton ATPase subunit S1 / Ribonuclease kappa / V-type proton ATPase 116 kDa subunit a 1 / V-type proton ATPase 21 kDa proteolipid subunit c''
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Human (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å
データ登録者Wang L / Wu H / Fu T-M
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2020
タイトル: Structures of a Complete Human V-ATPase Reveal Mechanisms of Its Assembly.
著者: Longfei Wang / Di Wu / Carol V Robinson / Hao Wu / Tian-Min Fu /
要旨: Vesicular- or vacuolar-type adenosine triphosphatases (V-ATPases) are ATP-driven proton pumps comprised of a cytoplasmic V complex for ATP hydrolysis and a membrane-embedded V complex for proton ...Vesicular- or vacuolar-type adenosine triphosphatases (V-ATPases) are ATP-driven proton pumps comprised of a cytoplasmic V complex for ATP hydrolysis and a membrane-embedded V complex for proton transfer. They play important roles in acidification of intracellular vesicles, organelles, and the extracellular milieu in eukaryotes. Here, we report cryoelectron microscopy structures of human V-ATPase in three rotational states at up to 2.9-Å resolution. Aided by mass spectrometry, we build all known protein subunits with associated N-linked glycans and identify glycolipids and phospholipids in the V complex. We define ATP6AP1 as a structural hub for V complex assembly because it connects to multiple V subunits and phospholipids in the c-ring. The glycolipids and the glycosylated V subunits form a luminal glycan coat critical for V-ATPase folding, localization, and stability. This study identifies mechanisms of V-ATPase assembly and biogenesis that rely on the integrated roles of ATP6AP1, glycans, and lipids.
履歴
登録2020年4月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年11月11日-
マップ公開2020年11月11日-
更新2020年12月2日-
現状2020年12月2日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.6
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6wlw
  • 表面レベル: 0.6
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_21844.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_21844.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈The Vo region of human V-ATPase in state 1 (focused refinement)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.08 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.6 / ムービー #1: 0.6
最小 - 最大-1.6245896 - 3.4699976
平均 (標準偏差)0.0033026803 (±0.068116285)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 388.80002 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.081.081.08
M x/y/z360360360
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z388.800388.800388.800
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ400400400
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS360360360
D min/max/mean-1.6253.4700.003

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Human V-ATPase with SidK

全体名称: Human V-ATPase with SidK
要素
  • 複合体: Human V-ATPase with SidK
    • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase 21 kDa proteolipid subunit
    • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit
    • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase subunit d 1
    • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase 116 kDa subunit a isoform 1
    • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase subunit e 1
    • タンパク質・ペプチド: Ribonuclease kappa
    • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase subunit S1
    • タンパク質・ペプチド: Renin receptor
  • リガンド: tri(methyl)-[2-[[(2~{R})-2-[(~{Z})-octadec-9-enoyl]oxy-3-[(~{E})-1-oxidanylideneoctadec-9-enoxy]propoxy]-oxidanyl-phosphoryl]oxyethyl]azanium
  • リガンド: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINEホスファチジルエタノールアミン
  • リガンド: (2~{S})-2-$l^{4}-azanyl-3-[[(2~{R})-3-octadecanoyloxy-2-oxidanyl-propoxy]-oxidanyl-oxidanylidene-$l^{6}-phosphanyl]oxy-propanoic acid
  • リガンド: CHOLESTEROLコレステロール
  • リガンド: 1,2-DICAPROYL-SN-PHOSPHATIDYL-L-SERINE
  • リガンド: methyl (3R,6Z,10E,14E)-3,7,11,15,19-pentamethylicosa-6,10,14,18-tetraen-1-yl dihydrogen diphosphate
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Human V-ATPase with SidK

超分子名称: Human V-ATPase with SidK / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#8
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: V-type proton ATPase 21 kDa proteolipid subunit

分子名称: V-type proton ATPase 21 kDa proteolipid subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 21.418213 KDa
配列文字列: MTGLALLYSG VFVAFWACAL AVGVCYTIFD LGFRFDVAWF LTETSPFMWS NLGIGLAISL SVVGAAWGIY ITGSSIIGGG VKAPRIKTK NLVSIIFCEA VAIYGIIMAI VISNMAEPFS ATDPKAIGHR NYHAGYSMFG AGLTVGLSNL FCGVCVGIVG S GAALADAQ ...文字列:
MTGLALLYSG VFVAFWACAL AVGVCYTIFD LGFRFDVAWF LTETSPFMWS NLGIGLAISL SVVGAAWGIY ITGSSIIGGG VKAPRIKTK NLVSIIFCEA VAIYGIIMAI VISNMAEPFS ATDPKAIGHR NYHAGYSMFG AGLTVGLSNL FCGVCVGIVG S GAALADAQ NPSLFVKILI VEIFGSAIGL FGVIVAILQT SRVKMGD

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分子 #2: V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit

分子名称: V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 9 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 15.743655 KDa
配列文字列:
MSESKSGPEY ASFFAVMGAS AAMVFSALGA AYGTAKSGTG IAAMSVMRPE QIMKSIIPVV MAGIIAIYGL VVAVLIANSL NDDISLYKS FLQLGAGLSV GLSGLAAGFA IGIVGDAGVR GTAQQPRLFV GMILILIFAE VLGLYGLIVA LILSTK

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分子 #3: V-type proton ATPase subunit d 1

分子名称: V-type proton ATPase subunit d 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 40.369949 KDa
配列文字列: MSFFPELYFN VDNGYLEGLV RGLKAGVLSQ ADYLNLVQCE TLEDLKLHLQ STDYGNFLAN EASPLTVSVI DDRLKEKMVV EFRHMRNHA YEPLASFLDF ITYSYMIDNV ILLITGTLHQ RSIAELVPKC HPLGSFEQME AVNIAQTPAE LYNAILVDTP L AAFFQDCI ...文字列:
MSFFPELYFN VDNGYLEGLV RGLKAGVLSQ ADYLNLVQCE TLEDLKLHLQ STDYGNFLAN EASPLTVSVI DDRLKEKMVV EFRHMRNHA YEPLASFLDF ITYSYMIDNV ILLITGTLHQ RSIAELVPKC HPLGSFEQME AVNIAQTPAE LYNAILVDTP L AAFFQDCI SEQDLDEMNI EIIRNTLYKA YLESFYKFCT LLGGTTADAM CPILEFEADR RAFIITINSF GTELSKEDRA KL FPHCGRL YPEGLAQLAR ADDYEQVKNV ADYYPEYKLL FEGAGSNPGD KTLEDRFFEH EVKLNKLAFL NQFHFGVFYA FVK LKEQEC RNIVWIAECI AQRHRAKIDN YIPIF

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分子 #4: V-type proton ATPase 116 kDa subunit a isoform 1

分子名称: V-type proton ATPase 116 kDa subunit a isoform 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 96.512414 KDa
配列文字列: MGELFRSEEM TLAQLFLQSE AAYCCVSELG ELGKVQFRDL NPDVNVFQRK FVNEVRRCEE MDRKLRFVEK EIRKANIPIM DTGENPEVP FPRDMIDLEA NFEKIENELK EINTNQEALK RNFLELTELK FILRKTQQFF DEMADPDLLE ESSSLLEPSE M GRGTPLRL ...文字列:
MGELFRSEEM TLAQLFLQSE AAYCCVSELG ELGKVQFRDL NPDVNVFQRK FVNEVRRCEE MDRKLRFVEK EIRKANIPIM DTGENPEVP FPRDMIDLEA NFEKIENELK EINTNQEALK RNFLELTELK FILRKTQQFF DEMADPDLLE ESSSLLEPSE M GRGTPLRL GFVAGVINRE RIPTFERMLW RVCRGNVFLR QAEIENPLED PVTGDYVHKS VFIIFFQGDQ LKNRVKKICE GF RASLYPC PETPQERKEM ASGVNTRIDD LQMVLNQTED HRQRVLQAAA KNIRVWFIKV RKMKAIYHTL NLCNIDVTQK CLI AEVWCP VTDLDSIQFA LRRGTEHSGS TVPSILNRMQ TNQTPPTYNK TNKFTYGFQN IVDAYGIGTY REINPAPYTI ITFP FLFAV MFGDFGHGIL MTLFAVWMVL RESRILSQKN ENEMFSTVFS GRYIILLMGV FSMYTGLIYN DCFSKSLNIF GSSWS VRPM FTYNWTEETL RGNPVLQLNP ALPGVFGGPY PFGIDPIWNI ATNKLTFLNS FKMKMSVILG IIHMLFGVSL SLFNHI YFK KPLNIYFGFI PEIIFMTSLF GYLVILIFYK WTAYDAHTSE NAPSLLIHFI NMFLFSYPES GYSMLYSGQK GIQCFLV VV ALLCVPWMLL FKPLVLRRQY LRRKHLGTLN FGGIRVGNGP TEEDAEIIQH DQLSTHSEDA DEPSEDEVFD FGDTMVHQ A IHTIEYCLGC ISNTASYLRL WALSLAHAQL SEVLWTMVIH IGLSVKSLAG GLVLFFFFTA FATLTVAILL IMEGLSAFL HALRLHWVEF QNKFYSGTGF KFLPFSFEHI REGKFEE

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分子 #5: V-type proton ATPase subunit e 1

分子名称: V-type proton ATPase subunit e 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 9.380329 KDa
配列文字列:
MAYHGLTVPL IVMSVFWGFV GFLVPWFIPK GPNRGVIITM LVTCSVCCYL FWLIAILAQL NPLFGPQLKN ETIWYLKYHW P

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分子 #6: Ribonuclease kappa

分子名称: Ribonuclease kappa / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 15.43522 KDa
配列文字列:
MGWLRPGPRP LCPPARASWA FSHRFPSPLA PRRSPTPFFM ASLLCCGPKL AACGIVLSAW GVIMLIMLGI FFNVHSAVLI EDVPFTEKD FENGPQNIYN LYEQVSYNCF IAAGLYLLLG GFSFCQVRLN KRKEYMVR

+
分子 #7: V-type proton ATPase subunit S1

分子名称: V-type proton ATPase subunit S1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 52.06748 KDa
配列文字列: MMAAMATARV RMGPRCAQAL WRMPWLPVFL SLAAAAAAAA AEQQVPLVLW SSDRDLWAPA ADTHEGHITS DLQLSTYLDP ALELGPRNV LLFLQDKLSI EDFTAYGGVF GNKQDSAFSN LENALDLAPS SLVLPAVDWY AVSTLTTYLQ EKLGASPLHV D LATLRELK ...文字列:
MMAAMATARV RMGPRCAQAL WRMPWLPVFL SLAAAAAAAA AEQQVPLVLW SSDRDLWAPA ADTHEGHITS DLQLSTYLDP ALELGPRNV LLFLQDKLSI EDFTAYGGVF GNKQDSAFSN LENALDLAPS SLVLPAVDWY AVSTLTTYLQ EKLGASPLHV D LATLRELK LNASLPALLL IRLPYTASSG LMAPREVLTG NDEVIGQVLS TLKSEDVPYT AALTAVRPSR VARDVAVVAG GL GRQLLQK QPVSPVIHPP VSYNDTAPRI LFWAQNFSVA YKDQWEDLTP LTFGVQELNL TGSFWNDSFA RLSLTYERLF GTT VTFKFI LANRLYPVSA RHWFTMERLE VHSNGSVAYF NASQVTGPSI YSFHCEYVSS LSKKGSLLVA RTQPSPWQMM LQDF QIQAF NVMGEQFSYA SDCASFFSPG IWMGLLTSLF MLFIFTYGLH MILSLKTMDR FDDHKGPTIS LTQIV

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分子 #8: Renin receptor

分子名称: Renin receptor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 39.045855 KDa
配列文字列: MAVFVVLLAL VAGVLGNEFS ILKSPGSVVF RNGNWPIPGE RIPDVAALSM GFSVKEDLSW PGLAVGNLFH RPRATVMVMV KGVNKLALP PGSVISYPLE NAVPFSLDSV ANSIHSLFSE ETPVVLQLAP SEERVYMVGK ANSVFEDLSV TLRQLRNRLF Q ENSVLSSL ...文字列:
MAVFVVLLAL VAGVLGNEFS ILKSPGSVVF RNGNWPIPGE RIPDVAALSM GFSVKEDLSW PGLAVGNLFH RPRATVMVMV KGVNKLALP PGSVISYPLE NAVPFSLDSV ANSIHSLFSE ETPVVLQLAP SEERVYMVGK ANSVFEDLSV TLRQLRNRLF Q ENSVLSSL PLNSLSRNNE VDLLFLSELQ VLHDISSLLS RHKHLAKDHS PDLYSLELAG LDEIGKRYGE DSEQFRDASK IL VDALQKF ADDMYSLYGG NAVVELVTVK SFDTSLIRKT RTILEAKQAK NPASPYNLAY KYNFEYSVVF NMVLWIMIAL ALA VIITSY NIWNMDPGYD SIIYRMTNQK IRMD

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分子 #13: tri(methyl)-[2-[[(2~{R})-2-[(~{Z})-octadec-9-enoyl]oxy-3-[(~{E})-...

分子名称: tri(methyl)-[2-[[(2~{R})-2-[(~{Z})-octadec-9-enoyl]oxy-3-[(~{E})-1-oxidanylideneoctadec-9-enoxy]propoxy]-oxidanyl-phosphoryl]oxyethyl]azanium
タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 10 / 式: WSS
分子量理論値: 787.121 Da
Chemical component information

ChemComp-WSS:
tri(methyl)-[2-[[(2~{R})-2-[(~{Z})-octadec-9-enoyl]oxy-3-[(~{E})-1-oxidanylideneoctadec-9-enoxy]propoxy]-oxidanyl-phosphoryl]oxyethyl]azanium

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分子 #14: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE

分子名称: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 13 / 式: PTY
分子量理論値: 734.039 Da
Chemical component information

ChemComp-PTY:
PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / リン脂質*YM / ホスファチジルエタノールアミン

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分子 #15: (2~{S})-2-$l^{4}-azanyl-3-[[(2~{R})-3-octadecanoyloxy-2-oxidanyl-...

分子名称: (2~{S})-2-$l^{4}-azanyl-3-[[(2~{R})-3-octadecanoyloxy-2-oxidanyl-propoxy]-oxidanyl-oxidanylidene-$l^{6}-phosphanyl]oxy-propanoic acid
タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 1 / 式: WJS
分子量理論値: 497.391 Da
Chemical component information

ChemComp-WJS:
(2~{S})-2-$l^{4}-azanyl-3-[[(2~{R})-3-octadecanoyloxy-2-oxidanyl-propoxy]-oxidanyl-oxidanylidene-$l^{6}-phosphanyl]oxy-propanoic acid

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分子 #16: CHOLESTEROL

分子名称: CHOLESTEROL / タイプ: ligand / ID: 16 / コピー数: 4 / 式: CLR
分子量理論値: 386.654 Da
Chemical component information

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL / コレステロ-ル / コレステロール

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分子 #17: 1,2-DICAPROYL-SN-PHOSPHATIDYL-L-SERINE

分子名称: 1,2-DICAPROYL-SN-PHOSPHATIDYL-L-SERINE / タイプ: ligand / ID: 17 / コピー数: 1 / 式: PSF
分子量理論値: 455.437 Da
Chemical component information

ChemComp-PSF:
1,2-DICAPROYL-SN-PHOSPHATIDYL-L-SERINE / 1,2-ジカプロイル-sn-ホスファチジル-L-セリン / ホスファチジルセリン

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分子 #18: methyl (3R,6Z,10E,14E)-3,7,11,15,19-pentamethylicosa-6,10,14,18-t...

分子名称: methyl (3R,6Z,10E,14E)-3,7,11,15,19-pentamethylicosa-6,10,14,18-tetraen-1-yl dihydrogen diphosphate
タイプ: ligand / ID: 18 / コピー数: 1 / 式: WJP
分子量理論値: 534.603 Da
Chemical component information

ChemComp-WJP:
methyl (3R,6Z,10E,14E)-3,7,11,15,19-pentamethylicosa-6,10,14,18-tetraen-1-yl dihydrogen diphosphate

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分子 #19: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 19 / コピー数: 1 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.1 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 1000000

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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