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万見
- PDB-6vqg: Mammalian V-ATPase from rat brain membrane-embedded Vo region rot... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vqg
タイトルMammalian V-ATPase from rat brain membrane-embedded Vo region rotational state 2 (from focused refinement)
要素
  • (V-type proton ATPase ...) x 6
  • ATPase H+-transporting V1 subunit D
  • ATPase, H+ transporting, V0 subunit B (Predicted), isoform CRA_a
  • Renin receptor
  • Ribonuclease K
キーワードPROTON TRANSPORT / membrane protein complex / rotary atpase
機能・相同性
機能・相同性情報


Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / Ion channel transport / Transferrin endocytosis and recycling / Amino acids regulate mTORC1 / negative regulation of autophagic cell death / Insulin receptor recycling / RHOA GTPase cycle / plasma membrane proton-transporting V-type ATPase complex / eye pigmentation / central nervous system maturation ...Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / Ion channel transport / Transferrin endocytosis and recycling / Amino acids regulate mTORC1 / negative regulation of autophagic cell death / Insulin receptor recycling / RHOA GTPase cycle / plasma membrane proton-transporting V-type ATPase complex / eye pigmentation / central nervous system maturation / rostrocaudal neural tube patterning / positive regulation of transforming growth factor beta1 production / synaptic vesicle lumen acidification / proton-transporting V-type ATPase, V0 domain / extrinsic component of synaptic vesicle membrane / cellular response to increased oxygen levels / vacuolar proton-transporting V-type ATPase, V1 domain / vacuolar transport / endosome to plasma membrane protein transport / vacuolar proton-transporting V-type ATPase, V0 domain / clathrin-coated vesicle membrane / lysosomal lumen acidification / endosomal lumen acidification / NURF complex / proton-transporting V-type ATPase complex / head morphogenesis / protein localization to cilium / vacuolar proton-transporting V-type ATPase complex / osteoclast development / vacuolar acidification / regulation of cellular pH / dendritic spine membrane / ROS and RNS production in phagocytes / Neutrophil degranulation / ATPase activator activity / regulation of MAPK cascade / MLL1 complex / autophagosome membrane / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / cilium assembly / positive regulation of Wnt signaling pathway / regulation of macroautophagy / transporter activator activity / angiotensin maturation / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / axon terminus / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / RNA endonuclease activity / proton transmembrane transport / receptor-mediated endocytosis / small GTPase binding / transmembrane transport / terminal bouton / synaptic vesicle / synaptic vesicle membrane / melanosome / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / signaling receptor activity / cell body / ATPase binding / intracellular iron ion homeostasis / postsynaptic membrane / early endosome / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / lysosome / endosome membrane / endosome / cilium / apical plasma membrane / axon / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / ubiquitin protein ligase binding / centrosome / endoplasmic reticulum membrane / protein-containing complex binding / perinuclear region of cytoplasm / protein-containing complex / extracellular space / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ATPase, V0 complex, subunit e1/e2, metazoa / V0 complex accessory subunit Ac45 / V-type proton ATPase subunit S1, luminal domain / V-type proton ATPase subunit S1, luminal domain / Renin receptor-like / : / Renin receptor-like transmembrane spanning segment / Renin receptor N-terminal domain / Ribonuclease kappa / V-type proton ATPase subunit S1/VOA1, transmembrane domain ...ATPase, V0 complex, subunit e1/e2, metazoa / V0 complex accessory subunit Ac45 / V-type proton ATPase subunit S1, luminal domain / V-type proton ATPase subunit S1, luminal domain / Renin receptor-like / : / Renin receptor-like transmembrane spanning segment / Renin receptor N-terminal domain / Ribonuclease kappa / V-type proton ATPase subunit S1/VOA1, transmembrane domain / V0 complex accessory subunit Ac45/VOA1 transmembrane domain / ATPase, V1 complex, subunit F, eukaryotic / ATPase, V0 complex, subunit e1/e2 / ATP synthase subunit H / ATPase, V0 complex, subunit d / V-ATPase proteolipid subunit C, eukaryotic / ATPase, V0 complex, subunit 116kDa, eukaryotic / ATPase, V0 complex, c/d subunit / V-type ATPase subunit C/d / V-type ATP synthase subunit c/d subunit superfamily / V-type ATP synthase c/d subunit, domain 3 superfamily / ATP synthase (C/AC39) subunit / V-ATPase proteolipid subunit / V-type ATPase, V0 complex, 116kDa subunit family / V-type ATPase 116kDa subunit family / ATPase, V1 complex, subunit D / ATPase, V1 complex, subunit F / ATPase, V1 complex, subunit F superfamily / ATP synthase subunit D / ATP synthase (F/14-kDa) subunit / V-ATPase proteolipid subunit C-like domain / F/V-ATP synthase subunit C superfamily / ATP synthase subunit C
類似検索 - ドメイン・相同性
V-type proton ATPase 21 kDa proteolipid subunit c'' / Ribonuclease K / V-type proton ATPase subunit S1 / V-type proton ATPase 116 kDa subunit a 1 / V-type proton ATPase subunit F / V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit c / V-type proton ATPase subunit e 2 / V-type proton ATPase subunit / Renin receptor / V-type proton ATPase subunit D
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å
データ登録者Abbas, Y.M. / Rubinstein, J.L.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR) カナダ
引用ジャーナル: Science / 年: 2020
タイトル: Structure of V-ATPase from the mammalian brain.
著者: Yazan M Abbas / Di Wu / Stephanie A Bueler / Carol V Robinson / John L Rubinstein /
要旨: In neurons, the loading of neurotransmitters into synaptic vesicles uses energy from proton-pumping vesicular- or vacuolar-type adenosine triphosphatases (V-ATPases). These membrane protein complexes ...In neurons, the loading of neurotransmitters into synaptic vesicles uses energy from proton-pumping vesicular- or vacuolar-type adenosine triphosphatases (V-ATPases). These membrane protein complexes possess numerous subunit isoforms, which complicates their analysis. We isolated homogeneous rat brain V-ATPase through its interaction with SidK, a effector protein. Cryo-electron microscopy allowed the construction of an atomic model, defining the enzyme's ATP:proton ratio as 3:10 and revealing a homolog of yeast subunit f in the membrane region, which we tentatively identify as RNAseK. The c ring encloses the transmembrane anchors for cleaved ATP6AP1/Ac45 and ATP6AP2/PRR, the latter of which is the (pro)renin receptor that, in other contexts, is involved in both Wnt signaling and the renin-angiotensin system that regulates blood pressure. This structure shows how ATP6AP1/Ac45 and ATP6AP2/PRR enable assembly of the enzyme's catalytic and membrane regions.
履歴
登録2020年2月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-21349
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: ATPase H+-transporting V1 subunit D
L: V-type proton ATPase subunit F
a: V-type proton ATPase 116 kDa subunit a isoform 1
b: ATPase, H+ transporting, V0 subunit B (Predicted), isoform CRA_a
c: V-type proton ATPase subunit S1
d: V-type proton ATPase subunit
e: V-type proton ATPase subunit e 2
f: Ribonuclease K
g: V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit
h: V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit
i: V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit
j: V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit
k: V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit
l: V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit
m: V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit
n: V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit
o: V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit
p: Renin receptor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)452,96318
ポリマ－452,96318
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 4種, 4分子 Hbfp

#1: タンパク質 ATPase H+-transporting V1 subunit D / ATPase / H+ transporting / V1 subunit D / isoform CRA_c / lysosomal V1 subunit D


分子量: 28359.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: Q6P503
#4: タンパク質 ATPase, H+ transporting, V0 subunit B (Predicted), isoform CRA_a / ATPase / H+ transporting / lysosomal V0 subunit B / Atp6v0b protein


分子量: 21618.553 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: B0K022
#8: タンパク質 Ribonuclease K / Rnasek protein


分子量: 11000.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: D3ZIM6
#10: タンパク質 Renin receptor / ATPase H(+)-transporting lysosomal accessory protein 2 / ATPase H(+)-transporting lysosomal- ...ATPase H(+)-transporting lysosomal accessory protein 2 / ATPase H(+)-transporting lysosomal-interacting protein 2 / Renin/prorenin receptor


分子量: 39118.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: Q6AXS4

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V-type proton ATPase ... , 6種, 14分子 Lacdeghijklmno

#2: タンパク質 V-type proton ATPase subunit F / V-ATPase subunit F / V-ATPase 14 kDa subunit / Vacuolar proton pump subunit F


分子量: 13389.262 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: P50408
#3: タンパク質 V-type proton ATPase 116 kDa subunit a isoform 1 / V-ATPase 116 kDa isoform a1 / Clathrin-coated vesicle/synaptic vesicle proton pump 116 kDa subunit ...V-ATPase 116 kDa isoform a1 / Clathrin-coated vesicle/synaptic vesicle proton pump 116 kDa subunit / Vacuolar adenosine triphosphatase subunit Ac116 / Vacuolar proton pump subunit 1 / Vacuolar proton translocating ATPase 116 kDa subunit a isoform 1


分子量: 96429.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: P25286
#5: タンパク質 V-type proton ATPase subunit S1 / V-ATPase subunit S1 / C7-1 protein / V-ATPase Ac45 subunit / V-ATPase S1 accessory protein / ...V-ATPase subunit S1 / C7-1 protein / V-ATPase Ac45 subunit / V-ATPase S1 accessory protein / Vacuolar proton pump subunit S1


分子量: 51160.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: O54715
#6: タンパク質 V-type proton ATPase subunit


分子量: 40341.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: Q5M7T6
#7: タンパク質 V-type proton ATPase subunit e 2 / V-ATPase subunit e 2 / Vacuolar proton pump subunit e 2


分子量: 9203.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: Q5EB76
#9: タンパク質
V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit / V-ATPase 16 kDa proteolipid subunit / Vacuolar proton pump 16 kDa proteolipid subunit


分子量: 15815.833 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: P63081

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Membrane embedded region of rat brain V-ATPase composed of subunits a, c", c1-9, d, e, f, atp6ap1, atp6ap2, as well as subunits F and part of subunit D from the V1 region.
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
緩衝液pH: 7
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 43 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: cryoSPARC / カテゴリ: ３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 74789 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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