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- EMDB-20276: Poliovirus (Type 1 Mahoney), receptor catalysed 135S particle map -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-20276
タイトルPoliovirus (Type 1 Mahoney), receptor catalysed 135S particle map
マップデータUnsharpened Poliovirus (Type 1 Mahoney) receptor-catalysed 135S particle map
試料Human poliovirus 1 Mahoney != Poliovirus type 1 (strain Mahoney)

Human poliovirus 1 Mahoney

  • ウイルス: Poliovirus type 1 (strain Mahoney) (ポリオウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: VP1
    • タンパク質・ペプチド: VP2
    • タンパク質・ペプチド: VP3
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host translation initiation / : / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ピコルナイン2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C ...symbiont-mediated suppression of host translation initiation / : / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ピコルナイン2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / : / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / RNA helicase activity / induction by virus of host autophagy / RNA依存性RNAポリメラーゼ / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / タンパク質分解 / RNA binding / ATP binding / 生体膜 / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain ...Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / ヘリカーゼ / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Poliovirus type 1 (strain Mahoney) (ポリオウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Hogle JM / Filman DJ / Shah PNM
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI020566 米国
引用ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2020
タイトル: Cryo-EM structures reveal two distinct conformational states in a picornavirus cell entry intermediate.
著者: Pranav N M Shah / David J Filman / Krishanthi S Karunatilaka / Emma L Hesketh / Elisabetta Groppelli / Mike Strauss / James M Hogle /
要旨: The virions of enteroviruses such as poliovirus undergo a global conformational change after binding to the cellular receptor, characterized by a 4% expansion, and by the opening of holes at the two ...The virions of enteroviruses such as poliovirus undergo a global conformational change after binding to the cellular receptor, characterized by a 4% expansion, and by the opening of holes at the two and quasi-three-fold symmetry axes of the capsid. The resultant particle is called a 135S particle or A-particle and is thought to be on the pathway to a productive infection. Previously published studies have concluded that the membrane-interactive peptides, namely VP4 and the N-terminus of VP1, are irreversibly externalized in the 135S particle. However, using established protocols to produce the 135S particle, and single particle cryo-electron microscopy methods, we have identified at least two unique states that we call the early and late 135S particle. Surprisingly, only in the "late" 135S particles have detectable levels of the VP1 N-terminus been trapped outside the capsid. Moreover, we observe a distinct density inside the capsid that can be accounted for by VP4 that remains associated with the genome. Taken together our results conclusively demonstrate that the 135S particle is not a unique conformation, but rather a family of conformations that could exist simultaneously.
履歴
登録2019年6月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年7月17日-
マップ公開2020年6月10日-
更新2020年10月21日-
現状2020年10月21日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 50
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 50
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6p9w
  • 表面レベル: 50
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6p9w
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_20276.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_20276.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 343 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Unsharpened Poliovirus (Type 1 Mahoney) receptor-catalysed 135S particle map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.13 Å
密度
表面レベルBy EMDB: 50 / ムービー #1: 50
最小 - 最大0 - 100
平均 (標準偏差)25.544626 (±6.387312)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-224-224-224
サイズ448448448
Spacing448448448
セルA=B=C: 506.24 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.131.131.13
M x/y/z448448448
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z506.240506.240506.240
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ9482110
NX/NY/NZ11313776
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-224-224-224
NC/NR/NS448448448
D min/max/mean0.000100.00025.545

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_20276_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Human poliovirus 1 Mahoney

全体名称: Human poliovirus 1 Mahoney (ポリオウイルス)
要素
  • ウイルス: Poliovirus type 1 (strain Mahoney) (ポリオウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: VP1
    • タンパク質・ペプチド: VP2
    • タンパク質・ペプチド: VP3

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超分子 #1: Poliovirus type 1 (strain Mahoney)

超分子名称: Poliovirus type 1 (strain Mahoney) / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 12081 / 生物種: Poliovirus type 1 (strain Mahoney) / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 10.0 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: Capsid / 直径: 300.0 Å / T番号(三角分割数): 1

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分子 #1: VP1

分子名称: VP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Poliovirus type 1 (strain Mahoney) (ポリオウイルス)
株: Mahoney
分子量理論値: 33.488613 KDa
配列文字列: GLGQMLESMI DNTVRETVGA ATSRDALPNT EASGPTHSKE IPALTAVETG ATNPLVPSDT VQTRHVVQHR SRSESSIESF FARGACVTI MTVDNPASTT NKDKLFAVWK ITYKDTVQLR RKLEFFTYSR FDMELTFVVT ANFTETNNGH ALNQVYQIMY V PPGAPVPE ...文字列:
GLGQMLESMI DNTVRETVGA ATSRDALPNT EASGPTHSKE IPALTAVETG ATNPLVPSDT VQTRHVVQHR SRSESSIESF FARGACVTI MTVDNPASTT NKDKLFAVWK ITYKDTVQLR RKLEFFTYSR FDMELTFVVT ANFTETNNGH ALNQVYQIMY V PPGAPVPE KWDDYTWQTS SNPSIFYTYG TAPARISVPY VGISNAYSHF YDGFSKVPLK DQSAALGDSL YGAASLNDFG IL AVRVVND HNPTKVTSKI RVYLKPKHIR VWCPRPPRAV AYYGPGVDYK DGTLTPLSTK DLTTY

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分子 #2: VP2

分子名称: VP2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Poliovirus type 1 (strain Mahoney) (ポリオウイルス)
株: Mahoney
分子量理論値: 30.075783 KDa
配列文字列: SPNIEACGYS DRVLQLTLGN STITTQEAAN SVVAYGRWPE YLRDSEANPV DQPTEPDVAA CRFYTLDTVS WTKESRGWWW KLPDALRDM GLFGQNMYYH YLGRSGYTVH VQCNASKFHQ GALGVFAVPE MCLAGDSNTT TMHTSYQNAN PGEKGGTFTG T FTPDNNQT ...文字列:
SPNIEACGYS DRVLQLTLGN STITTQEAAN SVVAYGRWPE YLRDSEANPV DQPTEPDVAA CRFYTLDTVS WTKESRGWWW KLPDALRDM GLFGQNMYYH YLGRSGYTVH VQCNASKFHQ GALGVFAVPE MCLAGDSNTT TMHTSYQNAN PGEKGGTFTG T FTPDNNQT SPARRFCPVD YLLGNGTLLG NAFVFPHQII NLRTNNCATL VLPYVNSLSI DSMVKHNNWG IAILPLAPLN FA SESSPEI PITLTIAPMC CEFNGLRNIT LPRLQ

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分子 #3: VP3

分子名称: VP3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Poliovirus type 1 (strain Mahoney) (ポリオウイルス)
株: Mahoney
分子量理論値: 26.547482 KDa
配列文字列: GLPVMNTPGS NQYLTADNFQ SPCALPEFDV TPPIDIPGEV KNMMELAEID TMIPFDLSAT KKNTMEMYRV RLSDKPHTDD PILCLSLSP ASDPRLSHTM LGEILNYYTH WAGSLKFTFL FCGSMMATGK LLVSYAPPGA DPPKKRKEAM LGTHVIWDIG L QSSCTMVV ...文字列:
GLPVMNTPGS NQYLTADNFQ SPCALPEFDV TPPIDIPGEV KNMMELAEID TMIPFDLSAT KKNTMEMYRV RLSDKPHTDD PILCLSLSP ASDPRLSHTM LGEILNYYTH WAGSLKFTFL FCGSMMATGK LLVSYAPPGA DPPKKRKEAM LGTHVIWDIG L QSSCTMVV PWISNTTYRQ TIDDSFTEGG YISVFYQTRI VVPLSTPREM DILGFVSACN DFSVRLLRDT THIEQKALAQ

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.4 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 20 mM Tris-HCl, pH 7.5 + 2 mM CaCl2
グリッド支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: LACEY / 詳細: unspecified
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細This sample was monodisperse.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI ARCTICA
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1269 / 平均電子線量: 1.01 e/Å2
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

1hxs

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 33131
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-6p9w:
Poliovirus (Type 1 Mahoney), receptor catalysed 135S particle map

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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