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- EMDB-20220: CRYO-EM STRUCTURE OF PHOSPHORYLATED AP-2 (mu E302K) BOUND TO NECA... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-20220
タイトルCRYO-EM STRUCTURE OF PHOSPHORYLATED AP-2 (mu E302K) BOUND TO NECAP IN THE PRESENCE OF SS DNA
マップデータ
試料Phosphorylated AP2-NECAP (mu E302K) co-complex in the presence of ss DNA
  • (AP-2 complex subunit ...) x 4
  • Adaptin ear-binding coat-associated protein 2
  • Unknown region of Adaptin ear-binding coat-associated protein 2 Ex-domain
機能・相同性
機能・相同性情報


Gap junction degradation / Formation of annular gap junctions / Retrograde neurotrophin signalling / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / Retrograde neurotrophin signalling / MHC class II antigen presentation / WNT5A-dependent internalization of FZD4 / LDL clearance / VLDLR internalisation and degradation ...Gap junction degradation / Formation of annular gap junctions / Retrograde neurotrophin signalling / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / Retrograde neurotrophin signalling / MHC class II antigen presentation / WNT5A-dependent internalization of FZD4 / LDL clearance / VLDLR internalisation and degradation / Clathrin-mediated endocytosis / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / MHC class II antigen presentation / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / WNT5A-dependent internalization of FZD4 / Clathrin-mediated endocytosis / VLDLR internalisation and degradation / Recycling pathway of L1 / LDL clearance / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / Recycling pathway of L1 / regulation of vesicle size / clathrin vesicle coat / clathrin adaptor complex / clathrin adaptor activity / cardiac septum development / neurotransmitter receptor internalization / vesicle budding from membrane / AP-2 adaptor complex / positive regulation of protein localization to membrane / postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / coronary vasculature development / positive regulation of synaptic vesicle endocytosis / clathrin coat assembly / cargo receptor activity / signal sequence binding / clathrin-dependent endocytosis / negative regulation of protein localization to plasma membrane / aorta development / clathrin binding / positive regulation of endocytosis / ventricular septum development / positive regulation of receptor internalization / low-density lipoprotein particle receptor binding / synaptic vesicle endocytosis / presynapse / vesicle-mediated transport / receptor internalization / 分泌 / negative regulation of neuron death / intracellular protein transport / postsynapse / protein transport / protein-containing complex assembly / エンドサイトーシス / disordered domain specific binding / heart development / ion channel binding / lipid binding / protein-containing complex binding / intracellular membrane-bounded organelle / glutamatergic synapse / ミトコンドリア / 細胞膜
PH-like domain superfamily / Longin-like domain superfamily / Beta-adaptin appendage, C-terminal subdomain / Clathrin adaptor, appendage, Ig-like subdomain superfamily / Clathrin adaptor, beta-adaptin, appendage, Ig-like subdomain / NECAP, PHear domain / TBP domain superfamily / Armadillo-like helical / Coatomer/calthrin adaptor appendage, C-terminal subdomain / AP-1/2/4 complex subunit beta ...PH-like domain superfamily / Longin-like domain superfamily / Beta-adaptin appendage, C-terminal subdomain / Clathrin adaptor, appendage, Ig-like subdomain superfamily / Clathrin adaptor, beta-adaptin, appendage, Ig-like subdomain / NECAP, PHear domain / TBP domain superfamily / Armadillo-like helical / Coatomer/calthrin adaptor appendage, C-terminal subdomain / AP-1/2/4 complex subunit beta / Clathrin adaptor, alpha/beta/gamma-adaptin, appendage, Ig-like subdomain / Clathrin/coatomer adaptor, adaptin-like, N-terminal / Clathrin adaptor, mu subunit / Clathrin adaptor complex, small chain / アルマジロ / Armadillo-type fold / Adaptor protein complex, sigma subunit / Adaptin N terminal region / Clathrin adaptor complexes medium chain signature 2. / Clathrin adaptor complexes medium chain signature 1. / Clathrin adaptor complexes small chain signature. / Beta2-adaptin appendage, C-terminal sub-domain / Protein of unknown function (DUF1681) / Adaptin C-terminal domain / Clathrin adaptor complex small chain / Clathrin adaptor, mu subunit, conserved site / Adaptor complexes medium subunit family / AP-2 complex subunit mu, C-terminal superfamily / Mu homology domain / AP-2 complex subunit sigma / AP complex subunit beta / AP complex, mu/sigma subunit / Mu homology domain (MHD) profile.
AP-2 complex subunit sigma / AP-2 complex subunit mu / Adaptin ear-binding coat-associated protein 2 / AP-2 complex subunit beta
生物種Mus musculus (ハツカネズミ) / Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Partlow EA / Baker RW / Beacham GM / Chappie J / Leschziner AE / Hollopeter G
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number
National Institutes of Health/National Institute of General Medical SciencesR01 GM127548-01A1 米国
引用ジャーナル: Elife / : 2019
タイトル: A structural mechanism for phosphorylation-dependent inactivation of the AP2 complex.
著者: Edward A Partlow / Richard W Baker / Gwendolyn M Beacham / Joshua S Chappie / Andres E Leschziner / Gunther Hollopeter /
要旨: Endocytosis of transmembrane proteins is orchestrated by the AP2 clathrin adaptor complex. AP2 dwells in a closed, inactive state in the cytosol, but adopts an open, active conformation on the plasma ...Endocytosis of transmembrane proteins is orchestrated by the AP2 clathrin adaptor complex. AP2 dwells in a closed, inactive state in the cytosol, but adopts an open, active conformation on the plasma membrane. Membrane-activated complexes are also phosphorylated, but the significance of this mark is debated. We recently proposed that NECAP negatively regulates AP2 by binding open and phosphorylated complexes (Beacham et al., 2018). Here, we report high-resolution cryo-EM structures of NECAP bound to phosphorylated AP2. The site of AP2 phosphorylation is directly coordinated by residues of the NECAP PHear domain that are predicted from genetic screens in . Using membrane mimetics to generate conformationally open AP2, we find that a second domain of NECAP binds these complexes and cryo-EM reveals both domains of NECAP engaging closed, inactive AP2. Assays in vitro and in vivo confirm these domains cooperate to inactivate AP2. We propose that phosphorylation marks adaptors for inactivation.
構造検証レポートPDB-ID: 6oxl

簡易版詳細版構造検証レポートについて
履歴
登録2019年5月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年8月28日-
マップ公開2019年9月11日-
更新2019年9月11日-
現状2019年9月11日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図(断面を密度値に従い着色)
  • 表面レベル: 1.1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図(半径に従い着色)
  • 表面レベル: 1.1
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: : PDB-6oxl
  • 表面レベル: 1.1
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_20220.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.16 Å/pix.
x 300 pix.
= 348. Å
1.16 Å/pix.
x 300 pix.
= 348. Å
1.16 Å/pix.
x 300 pix.
= 348. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.16 Å
密度
表面レベル登録者による: 1.1 / ムービー #1: 1.1
最小 - 最大-0.45364538 - 1.9733219
平均 (標準偏差)0.0016241531 (±0.08705949)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
Dimensions300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 348.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.161.161.16
M x/y/z300300300
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z348.000348.000348.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS300300300
D min/max/mean-3.5086.9290.002

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 Phosphorylated AP2-NECAP (mu E302K) co-complex in the presence of...

全体名称: Phosphorylated AP2-NECAP (mu E302K) co-complex in the presence of ss DNA
構成要素数: 7

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構成要素 #1: タンパク質, Phosphorylated AP2-NECAP (mu E302K) co-complex in the pres...

タンパク質名称: Phosphorylated AP2-NECAP (mu E302K) co-complex in the presence of ss DNA
組換発現: No
由来生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

+
構成要素 #2: タンパク質, AP-2 complex subunit alpha-2

タンパク質名称: AP-2 complex subunit alpha-2 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 69.656297 kDa
由来生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
由来(合成)発現系: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

+
構成要素 #3: タンパク質, AP-2 complex subunit beta

タンパク質名称: AP-2 complex subunit beta / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 66.953195 kDa
由来生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
由来(合成)発現系: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

+
構成要素 #4: タンパク質, AP-2 complex subunit mu

タンパク質名称: AP-2 complex subunit mu / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 49.806688 kDa
由来生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
由来(合成)発現系: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

+
構成要素 #5: タンパク質, AP-2 complex subunit sigma

タンパク質名称: AP-2 complex subunit sigma / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 17.038688 kDa
由来生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
由来(合成)発現系: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

+
構成要素 #6: タンパク質, Adaptin ear-binding coat-associated protein 2

タンパク質名称: Adaptin ear-binding coat-associated protein 2 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 28.629941 kDa
由来生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
由来(合成)発現系: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

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構成要素 #7: タンパク質, Unknown region of Adaptin ear-binding coat-associated prot...

タンパク質名称: Unknown region of Adaptin ear-binding coat-associated protein 2 Ex-domain
個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 0.613749 kDa
由来生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
由来(合成)発現系: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

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実験情報

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試料調製

試料試料の状態: 粒子 / 手法: クライオ電子顕微鏡法
試料溶液試料濃度: 1 mg/mL / pH: 8
凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 温度: 277.15 K / 湿度: 100 %
詳細: 4 UL OF SAMPLE/GRID WAS BLOTTED FOR 4 SECONDS AND PLUNGE FROZEN IN LIQUID-NITROGEN COOLED ETHANE.

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
撮影顕微鏡: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射量: 1 e/Å2 / 照射モード: FLOOD BEAM
レンズ倍率: 36000.0 X (nominal) / Cs: 2.7 mm / 撮影モード: BRIGHT FIELD / デフォーカス: 600.0 - 2500.0 nm
試料ホルダモデル: OTHER
カメラ検出器: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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画像解析

解析手法: 単粒子再構成法 / 想定した対称性: C1 (非対称) / 投影像の数: 324922
3次元再構成ソフトウェア: cryoSPARC / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 詳細: Non-Uniform refinement in cryoSPARC v2
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築

モデリング #1精密化のプロトコル: rigid body / 精密化に使用した空間: REAL
詳細: STARTING MODEL WAS GENERATED BY DOCKING PDB ENTRIES 2VGL AND 1TQZ INTO CRYO-EM DENSITY AND MANUALLY EDITING SEQUENCE AND STRUCTURAL CHANGES. MODEL REFINEMENT WAS PERFORMED USING ROSETTA AND PHENIX.REAL_SPACE_REFINE
利用したPDBモデル: 2VGL, 1TQZ
得られたモデル

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万見について

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お知らせ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報: Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク: PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク: wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報: Omokage検索

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2016年9月15日: 新しくなったEM Navigatorと万見

新しくなったEM Navigatorと万見

  • EM Navigatorと万見を刷新しました

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見

新しいEM Navigatorと万見

  • これまで開発版として公開していたEM Navigatorと万見が、9月15日から正式版となります。
  • 現行版も「旧版」としてしばらく公開を継続します。

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator / 万見 (Yorodumi)

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報: EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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