PDB-1tqz: Solution structure of NECAP1 protein

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1tqz

タイトル

Solution structure of NECAP1 protein

要素

NECAP1

キーワード

ENDOCYTOSIS/EXOCYTOSIS / NECAP1 protein / endocytosis / structural genomics / ENDOCYTOSIS-EXOCYTOSIS COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

clathrin vesicle coat / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Clathrin-mediated endocytosis / presynaptic endocytosis / vesicle-mediated transport / clathrin-coated pit / endocytosis / protein transport / presynapse / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Denisov, A.Y. / Ritter, B. / McPherson, P.S. / Gehring, K.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution structure of NECAP1 protein
著者: Denisov, A.Y. / Ritter, B. / McPherson, P.S. / Gehring, K.

履歴

登録	2004年6月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年7月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月2日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.4	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1tqz.cif.gz	417.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1tqz.ent.gz	344.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1tqz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tq/1tqz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tq/1tqz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6sta-1 6st8-1 4m5u-d 2kcu-d 3co7-2 6st9-1 6st9-2 4mk1-d 4kil-d 4nrq-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#88 - 2007年4月クラスリン (Clathrin) 類似性 (3) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (2) #134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: NECAP1

15.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	10 / 200	structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	NECAP1 分子量: 15101.970 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 1-133 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pGEX-4T1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9CR95

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	HN(CA)CB
1	2	1	CBCA(CO)HN
1	3	1	13C,15N-edited NOESY
1	4	2	15N-edited NOESY
1	5	2	HNHA
1	6	3	IPAP-HSQC

NMR実験の詳細

Text: The structure was determined using triple-resonance NMR spectroscopy

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容	溶媒系
1	1.5 mM NECAP1 protein U-15N,13C, 25 mM phosphate buffer, 90% H2O, 10% D2O	90% H2O/10% D2O
2	1.5 mM NECAP1 protein U-15N, 25 mM phosphate buffer, 90% H2O, 10% D2O	90% H2O/10% D2O
3	0.6 mM NECAP1 protein U-15N, 8 mg/ml Pf1-bacteriophages, 90% H2O, 10% D2O	90% H2O/10% D2O

試料状態

イオン強度: 75mM NaCl / pH: 7.2 / 圧: 1 atm / 温度: 303 K

-
NMR測定

放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長	相対比: 1
NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
XwinNMR	3.5	Bruker	collection
NMRPipe	2	Delargio et al.	解析
XEASY	1.3.13	Bartels et al.	データ解析
CNS	1.1	Brunger et al.	精密化

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: Structure was refined by using standard protocol in CNS with restraints from NOE distances, backbone torsion angles, hydrogen bonds and residual dipolar couplings

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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