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- PDB-5wwk: Highly stable green fluorescent protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wwk
タイトルHighly stable green fluorescent protein
要素Green fluorescent protein
キーワードFLUORESCENT PROTEIN / CHROMOPHORE MODIFICATION / THERMAL STABILITY FLUORESCENCE PROTEIN SENSOR
機能・相同性
機能・相同性情報


bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy
類似検索 - 分子機能
Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Green fluorescent protein
類似検索 - 構成要素
生物種Aequorea victoria (オワンクラゲ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.199 Å
データ登録者Sriram, R. / George, A. / Kesavan, M. / Jaimohan, S.M. / Kamini, N.R. / Easwaramoorthi, S. / Ganesh, S. / Gunasekaran, K. / Ayyadurai, N.
引用ジャーナル: J.Phys.Chem.B / 年: 2019
タイトル: Excited State Electronic Interconversion and Structural Transformation of Engineered Red-Emitting Green Fluorescent Protein Mutant.
著者: Augustine, G. / Raghavan, S. / NumbiRamudu, K. / Easwaramoorthi, S. / Shanmugam, G. / Seetharani Murugaiyan, J. / Gunasekaran, K. / Govind, C. / Karunakaran, V. / Ayyadurai, N.
履歴
登録2017年1月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年12月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年11月6日Group: Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Green fluorescent protein
B: Green fluorescent protein
C: Green fluorescent protein
D: Green fluorescent protein
E: Green fluorescent protein
F: Green fluorescent protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)155,2636
ポリマ－155,2636
非ポリマー00
水362
1
A: Green fluorescent protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8771
ポリマ－25,8771
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Green fluorescent protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8771
ポリマ－25,8771
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Green fluorescent protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8771
ポリマ－25,8771
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Green fluorescent protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8771
ポリマ－25,8771
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Green fluorescent protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8771
ポリマ－25,8771
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Green fluorescent protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8771
ポリマ－25,8771
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.100, 95.976, 269.622
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B
31chain C
41chain D
51chain E
61chain F

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: GLY / End label comp-ID: GLY / Auth seq-ID: 2 - 232 / Label seq-ID: 1 - 229

Dom-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
1chain AAA
2chain BBB
3chain CCC
4chain DDD
5chain EEE
6chain FFF

-
要素

#1: タンパク質
Green fluorescent protein


分子量: 25877.188 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ)
プラスミド: pQE80L / 詳細 (発現宿主): Amp resistant / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A059PIQ0*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.3 % / 解説: Rod like crystal
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: PEG 8000, HEPES pH 8.0, 100 mM Mgcl2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月7日
放射モノクロメーター: Double Crystal or white beam / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→29.02 Å / Num. obs: 25406 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 13.4 % / CC1/2: 0.983 / Rmerge(I) obs: 0.361 / Rpim(I) all: 0.101 / Rrim(I) all: 0.375 / Net I/σ(I): 8.9 / Num. measured all: 339416 / Scaling rejects: 0
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
3.2-3.4213.90.9596230344800.8440.2650.9963.499.7
9.05-29.0212.80.0721580812380.9980.0210.07525.597.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation6.12 Å29.02 Å
Translation6.12 Å29.02 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
Aimless0.5.23データスケーリング
PHASER2.7.16位相決定
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSGPLvデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3V3D

3v3d


解像度: 3.199→29.024 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2747 2547 10.05 %
Rwork0.2207 22795 -
obs0.2261 25342 99.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 99.26 Å2 / Biso mean: 37.9127 Å2 / Biso min: 10.3 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.199→29.024 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10932 0 0 2 10934
Biso mean---35.04 -
残基数----1374
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00811184
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.96315095
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0581626
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061968
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.7626618
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A6539X-RAY DIFFRACTION14.61TORSIONAL
12B6539X-RAY DIFFRACTION14.61TORSIONAL
13C6539X-RAY DIFFRACTION14.61TORSIONAL
14D6539X-RAY DIFFRACTION14.61TORSIONAL
15E6539X-RAY DIFFRACTION14.61TORSIONAL
16F6539X-RAY DIFFRACTION14.61TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 18

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.1985-3.260.33141470.28161209135699
3.26-3.32640.29711410.26812571398100
3.3264-3.39860.32541160.250812671383100
3.3986-3.47760.29831440.242712161360100
3.4776-3.56440.33691330.254812711404100
3.5644-3.66060.30641560.238512051361100
3.6606-3.76810.3381320.24412711403100
3.7681-3.88940.30731490.239112201369100
3.8894-4.02810.28631480.221612671415100
4.0281-4.18890.2441350.196912471382100
4.1889-4.3790.21481310.200312981429100
4.379-4.6090.24321350.174112381373100
4.609-4.89650.24491130.177413001413100
4.8965-5.27240.21141450.168612781423100
5.2724-5.79920.26781470.21712731420100
5.7992-6.62960.28041460.248212851431100
6.6296-8.31990.2731700.240913011471100
8.3199-29.02530.24691590.21413921551100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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