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Yorodumi- PDB-6g31: Crystal structure of human geranylgeranyl diphosphate synthase mu... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6g31 | |||||||||||||||
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Title | Crystal structure of human geranylgeranyl diphosphate synthase mutant D188Y bound to zoledronate | |||||||||||||||
Components | Geranylgeranyl pyrophosphate synthase | |||||||||||||||
Keywords | TRANSFERASE / geranylgeranyl diphosphate synthase / mevalonate pathway / prenyltransferase / GGPPS / bisphosphonates | |||||||||||||||
Function / homology | Function and homology information isoprenoid metabolic process / geranylgeranyl diphosphate biosynthetic process / geranylgeranyl diphosphate synthase / farnesyltranstransferase activity / Transferases; Transferring alkyl or aryl groups, other than methyl groups / geranyl diphosphate biosynthetic process / dimethylallyltranstransferase / farnesyl diphosphate biosynthetic process / (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase / geranyltranstransferase activity ...isoprenoid metabolic process / geranylgeranyl diphosphate biosynthetic process / geranylgeranyl diphosphate synthase / farnesyltranstransferase activity / Transferases; Transferring alkyl or aryl groups, other than methyl groups / geranyl diphosphate biosynthetic process / dimethylallyltranstransferase / farnesyl diphosphate biosynthetic process / (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase / geranyltranstransferase activity / prenyltransferase activity / dimethylallyltranstransferase activity / Cholesterol biosynthesis / isoprenoid biosynthetic process / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / Z disc / perinuclear region of cytoplasm / nucleoplasm / identical protein binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | |||||||||||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | |||||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3 Å | |||||||||||||||
Authors | Lisnyansky, M. / Kapelushnik, N. / Ben-Bassat, A. / Marom, M. / Loewenstein, A. / Khananshvili, D. / Giladi, M. / Haitin, Y. | |||||||||||||||
Funding support | Israel, 4items
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Citation | Journal: Mol. Pharmacol. / Year: 2018 Title: Reduced Activity of Geranylgeranyl Diphosphate Synthase Mutant Is Involved in Bisphosphonate-Induced Atypical Fractures. Authors: Lisnyansky, M. / Kapelushnik, N. / Ben-Bassat, A. / Marom, M. / Loewenstein, A. / Khananshvili, D. / Giladi, M. / Haitin, Y. | |||||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6g31.cif.gz | 1.2 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6g31.ent.gz | 1008.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6g31.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g3/6g31 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g3/6g31 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6g32C 2q80S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 35484.367 Da / Num. of mol.: 12 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: GGPS1 / Variant: Asp188Tyr / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: O95749, Transferases; Transferring alkyl or aryl groups, other than methyl groups, dimethylallyltranstransferase, geranylgeranyl diphosphate synthase, (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase #2: Chemical | ChemComp-ZOL / #3: Chemical | ChemComp-MG / |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.42 Å3/Da / Density % sol: 49.07 % |
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Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.18M magnesium acetate tetrahydrate, 18% w/v PEG 3350, 0.18M sodium thiocyanate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID30B / Wavelength: 0.976 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Feb 9, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.976 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.779→48.619 Å / Num. obs: 98986 / % possible obs: 97.1 % / Redundancy: 3.27 % / Rmerge(I) obs: 0.222 / Net I/σ(I): 4.57 |
Reflection shell | Resolution: 2.779→2.793 Å |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2Q80 Resolution: 3→48.619 Å / SU ML: 0.7 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 37.5
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3→48.619 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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