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万見
- PDB-4i18: Crystal structure of human prolactin receptor complexed with Fab ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4i18
タイトルCrystal structure of human prolactin receptor complexed with Fab fragment
要素
  • Prolactin receptor
  • antibody heavy chain
  • antibody light chain
キーワードCYTOKINE / SIGNALING PROTEIN / immunoglobulin fold / prolactin binding / receptor signaling
機能・相同性
機能・相同性情報


prolactin receptor activity / activation of transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / regulation of epithelial cell differentiation / activation of Janus kinase activity / mammary gland epithelial cell differentiation / steroid biosynthetic process / prostate gland growth / cellular response to granulocyte macrophage colony-stimulating factor stimulus / Prolactin receptor signaling / cytokine binding ...prolactin receptor activity / activation of transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / regulation of epithelial cell differentiation / activation of Janus kinase activity / mammary gland epithelial cell differentiation / steroid biosynthetic process / prostate gland growth / cellular response to granulocyte macrophage colony-stimulating factor stimulus / Prolactin receptor signaling / cytokine binding / peptide hormone binding / mammary gland alveolus development / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / Growth hormone receptor signaling / regulation of cell adhesion / lactation / positive regulation of B cell proliferation / embryo implantation / endosome lumen / response to bacterium / cytokine-mediated signaling pathway / positive regulation of cold-induced thermogenesis / receptor complex / external side of plasma membrane / positive regulation of cell population proliferation / lipid binding / protein kinase binding / negative regulation of apoptotic process / cell surface / extracellular region / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Long hematopoietin receptor, single chain, conserved site / Growth hormone/erythropoietin receptor, ligand binding / Erythropoietin receptor, ligand binding / Long hematopoietin receptor, single chain family signature. / : / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin-like fold ...Long hematopoietin receptor, single chain, conserved site / Growth hormone/erythropoietin receptor, ligand binding / Erythropoietin receptor, ligand binding / Long hematopoietin receptor, single chain family signature. / : / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Prolactin receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.238 Å
データ登録者Duguid, E.M. / Mukherjee, S. / Kouadio, J.L.
引用ジャーナル: Cell Commun Signal / 年: 2015
タイトル: Engineering synthetic antibody binders for allosteric inhibition of prolactin receptor signaling.
著者: Rizk, S.S. / Kouadio, J.L. / Szymborska, A. / Duguid, E.M. / Mukherjee, S. / Zheng, J. / Clevenger, C.V. / Kossiakoff, A.A.
履歴
登録2012年11月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年1月28日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: antibody light chain
H: antibody heavy chain
B: antibody light chain
A: antibody heavy chain
R: Prolactin receptor
C: Prolactin receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,48813
ポリマ－146,9806
非ポリマー5087
水00
1
L: antibody light chain
H: antibody heavy chain
C: Prolactin receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,8067
ポリマ－73,4903
非ポリマー3164
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6680 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area27720 Å2
手法PISA
2
B: antibody light chain
A: antibody heavy chain
R: Prolactin receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,6816
ポリマ－73,4903
非ポリマー1913
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6180 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area28560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)285.826, 285.826, 62.248
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11L
21B
12H
22A
/ NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 RC

#3: タンパク質 Prolactin receptor / PRL-R


分子量: 24543.875 Da / 分子数: 2 / 断片: extracellular domain (UNP residues 25-235) / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Periplasmic expression / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRLR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P16471

-
抗体 , 2種, 4分子 LBHA

#1: 抗体 antibody light chain


分子量: 23873.432 Da / 分子数: 2 / 断片: Fab / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Periplasmic expression under phoA promoter / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): 55244
#2: 抗体 antibody heavy chain


分子量: 25072.812 Da / 分子数: 2 / 断片: Fab / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Periplasmic expression under phoA promoter / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): 55244

-
非ポリマー , 3種, 7分子

#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2

-
詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.37 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 160 mM calcium acetate, 80 mM sodium cacodylate, pH 6.2, 11% PEG8000, 20% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.1271 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年9月23日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1271 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.238→250 Å / Num. all: 47796 / Num. obs: 47509 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 45 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.207 / Χ2: 1.566 / Net I/σ(I): 5.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
3.238-3.374.30.7545841.261197.8
3.37-3.55.30.65347291.333199.7
3.5-3.6660.51647361.49199.9
3.66-3.856.50.44247081.556199.8
3.85-4.096.80.3447571.572199.8
4.09-4.416.90.20447471.625199.8
4.41-4.856.90.16247692.015199.5
4.85-5.567.10.13647551.65199.7
5.56-77.40.12548061.426199.2
7-507.30.05949181.533198.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
DENZOデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 2R8S AND 3D48

2r8s

3d48


解像度: 3.238→49.507 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.926 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.881 / WRfactor Rfree: 0.2217 / WRfactor Rwork: 0.1715 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.858 / SU B: 34.491 / SU ML: 0.262 / SU R Cruickshank DPI: 0.9116 / SU Rfree: 0.3841 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.912 / ESU R Free: 0.384 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT, ANISOU RECORDS REMOVED BY AUTHOR REQUEST
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2462 2365 5.1 %RANDOM
Rwork0.1912 ---
obs0.1939 46730 99.29 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 151.04 Å2 / Biso mean: 59.658 Å2 / Biso min: 14.75 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.69 Å20.85 Å2-0 Å2
2--1.69 Å2-0 Å2
3----2.54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.238→49.507 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9873 0 30 0 9903
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0210191
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1381.94513885
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.48451259
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.22223.923418
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.205151562
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.1181537
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1340.21502
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0217764
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1L750MEDIUM POSITIONAL0.090.5
1L804TIGHT THERMAL8.840.5
1L750MEDIUM THERMAL8.942
2H689MEDIUM POSITIONAL0.130.5
2H801TIGHT THERMAL6.070.5
2H689MEDIUM THERMAL6.592
LS精密化 シェル解像度: 3.238→3.322 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.371 158 -
Rwork0.284 3031 -
all-3189 -
obs--96.64 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1416-0.0618-0.13722.845-0.27590.7302-0.07390.0430.0603-0.07850.22890.3964-0.0275-0.2175-0.1550.1602-0.0342-0.08510.08990.06290.1801-157.3303-16.0977-17.7393
20.2340.26090.11281.5711-0.10971.2706-0.0850.01270.0431-0.23140.14750.1699-0.0452-0.13-0.06250.1378-0.02420.00650.04030.00050.1116-144.8502-24.7234-8.2044
31.2046-0.02570.21162.2002-1.24342.5486-0.1654-0.0370.3790.2429-0.153-0.7311-0.37440.71110.31840.0859-0.0875-0.09850.2372-0.00410.4226-101.7038-19.96786.7179
40.5371-0.00870.16740.9683-0.66851.0856-0.0590.11440.06240.0289-0.0174-0.10120.05310.17740.07640.14910.00190.05530.0611-0.00170.0713-117.6431-27.6811.1387
51.1676-0.3751-2.46781.16040.62886.69590.0341-0.0514-0.059-0.0393-0.1073-0.16160.47370.34270.07310.28780.1367-0.00750.08870.00650.1164-115.7048-59.886423.5513
62.84390.8674-1.11581.4690.39085.5143-0.16730.1286-0.14060.06160.2257-0.10690.46050.0632-0.05840.2851-0.137-0.02410.1235-0.00530.1437-157.0219-60.1505-17.1508
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1L1 - 216
2X-RAY DIFFRACTION2H4 - 230
3X-RAY DIFFRACTION3B1 - 215
4X-RAY DIFFRACTION4A4 - 228
5X-RAY DIFFRACTION5R3 - 211
6X-RAY DIFFRACTION6C3 - 201

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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