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- EMDB-13438: Structure of Staphylococcus capitis divalent metal ion transporte... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-13438
タイトルStructure of Staphylococcus capitis divalent metal ion transporter (DMT) by NabFab-fiducial assisted cryo-EM
マップデータ
試料Complex of Staphylococcus capitis divalent metal ion transporter (DMT), chimeric nanobody DMTNb16_4, NabFab, and anti-Fab nanobody:
NabFab HC / NabFab LC / Divalent metal cation transporter MntH / DMTNb16_4 / Anti-Fab nanobody / ligandリガンド
機能・相同性metal ion transmembrane transporter activity / NRAMP family / Natural resistance-associated macrophage protein / symporter activity / integral component of membrane / 細胞膜 / metal ion binding / Divalent metal cation transporter MntH
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物) / Staphylococcus capitis (バクテリア) / Lama glama (ラマ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.78 Å
データ登録者Bloch JS / Mukherjee S / Kowal J / Kossiakoff AA / Locher KP
資金援助 スイス, 1件
OrganizationGrant number
Swiss National Science Foundation スイス
引用
ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / : 2021
タイトル: Development of a universal nanobody-binding Fab module for fiducial-assisted cryo-EM studies of membrane proteins.
著者: Joël S Bloch / Somnath Mukherjee / Julia Kowal / Ekaterina V Filippova / Martina Niederer / Els Pardon / Jan Steyaert / Anthony A Kossiakoff / Kaspar P Locher /
要旨: With conformation-specific nanobodies being used for a wide range of structural, biochemical, and cell biological applications, there is a demand for antigen-binding fragments (Fabs) that ...With conformation-specific nanobodies being used for a wide range of structural, biochemical, and cell biological applications, there is a demand for antigen-binding fragments (Fabs) that specifically and tightly bind these nanobodies without disturbing the nanobody-target protein interaction. Here, we describe the development of a synthetic Fab (termed NabFab) that binds the scaffold of an alpaca-derived nanobody with picomolar affinity. We demonstrate that upon complementary-determining region grafting onto this parent nanobody scaffold, nanobodies recognizing diverse target proteins and derived from llama or camel can cross-react with NabFab without loss of affinity. Using NabFab as a fiducial and size enhancer (50 kDa), we determined the high-resolution cryogenic electron microscopy (cryo-EM) structures of nanobody-bound VcNorM and ScaDMT, both small membrane proteins of ∼50 kDa. Using an additional anti-Fab nanobody further facilitated reliable initial three-dimensional structure determination from small cryo-EM test datasets. Given that NabFab is of synthetic origin, is humanized, and can be conveniently expressed in in large amounts, it may be useful not only for structural biology but also for biomedical applications.
#1: ジャーナル: Biorxiv / : 2021
タイトル: Development of a universal nanobody-binding Fab module for fiducial-assisted cryo-EM studies of membrane proteins
著者: Bloch JS / Mukherjee S / Kowal J / Filippova EV / Niederer M / Pardon E / Steyaert J / Kossiakoff AA / Locher KP
履歴
登録2021年8月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年9月1日-
マップ公開2021年9月1日-
更新2021年12月1日-
現状2021年12月1日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図(断面を密度値に従い着色)
  • 表面レベル: 0.365
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図(高さに従い着色)
  • 表面レベル: 0.365
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7pij
  • 表面レベル: 0.365
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_13438.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 343 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.66 Å/pix.
x 448 pix.
= 295.68 Å
0.66 Å/pix.
x 448 pix.
= 295.68 Å
0.66 Å/pix.
x 448 pix.
= 295.68 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.66 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.365 / ムービー #1: 0.365
最小 - 最大-1.9206635 - 2.8468273
平均 (標準偏差)0.001910869 (±0.03609872)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
Dimensions448448448
Spacing448448448
セルA=B=C: 295.68002 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.660.660.66
M x/y/z448448448
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z295.680295.680295.680
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ640640640
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS448448448
D min/max/mean-1.9212.8470.002

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 Complex of Staphylococcus capitis divalent metal ion transporter ...

全体名称: Complex of Staphylococcus capitis divalent metal ion transporter (DMT), chimeric nanobody DMTNb16_4, NabFab, and anti-Fab nanobody
構成要素数: 7

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構成要素 #1: タンパク質, Complex of Staphylococcus capitis divalent metal ion trans...

タンパク質名称: Complex of Staphylococcus capitis divalent metal ion transporter (DMT), chimeric nanobody DMTNb16_4, NabFab, and anti-Fab nanobody
組換発現: No
由来生物種: synthetic construct (人工物)

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構成要素 #2: タンパク質, NabFab HC

タンパク質名称: NabFab HC / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 25.684463 kDa
由来生物種: synthetic construct (人工物)
由来(合成)発現系: Escherichia coli (大腸菌)

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構成要素 #3: タンパク質, NabFab LC

タンパク質名称: NabFab LC / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 23.258783 kDa
由来生物種: synthetic construct (人工物)
由来(合成)発現系: Escherichia coli (大腸菌)

+
構成要素 #4: タンパク質, Divalent metal cation transporter MntH

タンパク質名称: Divalent metal cation transporter MntH / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 47.054531 kDa
由来生物種: Staphylococcus capitis (バクテリア)
由来(合成)発現系: Escherichia coli (大腸菌)

+
構成要素 #5: タンパク質, DMTNb16_4

タンパク質名称: DMTNb16_4 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 14.423888 kDa
由来生物種: synthetic construct (人工物)
由来(合成)発現系: Escherichia coli (大腸菌)

+
構成要素 #6: タンパク質, Anti-Fab nanobody

タンパク質名称: Anti-Fab nanobody / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 13.390644 kDa
由来生物種: Lama glama (ラマ)
由来(合成)発現系: Escherichia coli (大腸菌)

+
構成要素 #7: リガンド, water

リガンド名称: water / 個数: 16 / 組換発現: No
分子量理論値: 1.801505 MDa

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実験情報

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試料調製

試料試料の状態: 粒子 / 手法: クライオ電子顕微鏡法
試料溶液pH: 7.5
凍結凍結剤: OTHER

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
撮影顕微鏡: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射量: 26 e/Å2 / 照射モード: SPOT SCAN
レンズ撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ホルダモデル: OTHER
カメラ検出器: OTHER

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画像解析

解析手法: 単粒子再構成法 / 投影像の数: 433559
3次元再構成解像度: 3.78 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築

得られたモデル

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万見について

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お知らせ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報:Omokage検索

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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