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Yorodumi- PDB-7rth: Crystal structure of an anti-lysozyme nanobody in complex with an... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7rth | ||||||
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Title | Crystal structure of an anti-lysozyme nanobody in complex with an anti-nanobody Fab "NabFab" | ||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / Antigen / FAB / Single-Domain Antibody | ||||||
Function / homology | DI(HYDROXYETHYL)ETHER / PHOSPHATE ION Function and homology information | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 3.19 Å | ||||||
Authors | Filippova, E.V. / Mukherjee, S. / Bloch, J.S. / Locher, K.P. / Kossiakoff, A.A. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Proc Natl Acad Sci U S A / Year: 2021 Title: Development of a universal nanobody-binding Fab module for fiducial-assisted cryo-EM studies of membrane proteins. Authors: Joël S Bloch / Somnath Mukherjee / Julia Kowal / Ekaterina V Filippova / Martina Niederer / Els Pardon / Jan Steyaert / Anthony A Kossiakoff / Kaspar P Locher / Abstract: With conformation-specific nanobodies being used for a wide range of structural, biochemical, and cell biological applications, there is a demand for antigen-binding fragments (Fabs) that ...With conformation-specific nanobodies being used for a wide range of structural, biochemical, and cell biological applications, there is a demand for antigen-binding fragments (Fabs) that specifically and tightly bind these nanobodies without disturbing the nanobody-target protein interaction. Here, we describe the development of a synthetic Fab (termed NabFab) that binds the scaffold of an alpaca-derived nanobody with picomolar affinity. We demonstrate that upon complementary-determining region grafting onto this parent nanobody scaffold, nanobodies recognizing diverse target proteins and derived from llama or camel can cross-react with NabFab without loss of affinity. Using NabFab as a fiducial and size enhancer (50 kDa), we determined the high-resolution cryogenic electron microscopy (cryo-EM) structures of nanobody-bound VcNorM and ScaDMT, both small membrane proteins of ∼50 kDa. Using an additional anti-Fab nanobody further facilitated reliable initial three-dimensional structure determination from small cryo-EM test datasets. Given that NabFab is of synthetic origin, is humanized, and can be conveniently expressed in in large amounts, it may be useful not only for structural biology but also for biomedical applications. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7rth.cif.gz | 1.9 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7rth.ent.gz | 1.6 MB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7rth.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7rth_validation.pdf.gz | 21.1 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7rth_full_validation.pdf.gz | 21.4 MB | Display | |
Data in XML | 7rth_validation.xml.gz | 161 KB | Display | |
Data in CIF | 7rth_validation.cif.gz | 215.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rt/7rth ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rt/7rth | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7phpC 7phqC 7pijC 5c8jS 6jb9S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
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Unit cell |
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-Components
-Antibody , 3 types, 27 molecules ACEGIKMOQBDFHJLNPRacegikmoq
#1: Antibody | Mass: 23258.783 Da / Num. of mol.: 9 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Plasmid: pRH2.2 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / Variant (production host): C43 #2: Antibody | Mass: 25684.463 Da / Num. of mol.: 9 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Plasmid: pRH2.2 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / Variant (production host): C43 #3: Antibody | Mass: 14170.781 Da / Num. of mol.: 9 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Plasmid: pET26b+ / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) |
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-Non-polymers , 5 types, 256 molecules
#4: Chemical | ChemComp-PO4 / #5: Chemical | ChemComp-CL / #6: Chemical | ChemComp-GOL / #7: Chemical | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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Has protein modification | Y |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.92 Å3/Da / Density % sol: 57.53 % |
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Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.8 Details: 0.02 M Citric acid, 0.08 M BIS-TRIS propane, 16 % (w/v) PEG3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-E / Wavelength: 0.97918 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 X 16M / Detector: PIXEL / Date: Jun 11, 2021 / Details: 3.3 Undulator (Undulator A) |
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97918 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.19→111.43 Å / Num. obs: 102005 / % possible obs: 99.4 % / Redundancy: 5.7 % / CC1/2: 0.98 / Rpim(I) all: 0.17 / Net I/σ(I): 9.5 |
Reflection shell | Resolution: 3.19→3.36 Å / Redundancy: 5.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 14566 / CC1/2: 0.47 / Rpim(I) all: 0.737 |
-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6JB9, 5C8J Resolution: 3.19→90.907 Å / SU ML: 0.42 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0.31 / Phase error: 26.41 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 249.68 Å2 / Biso mean: 77.104 Å2 / Biso min: 7.32 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 3.19→90.907 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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