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- EMDB-13426: Structure of homo-dimeric Staphylococcus capitis divalent metal i... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-13426
タイトルStructure of homo-dimeric Staphylococcus capitis divalent metal ion transporter (DMT) by NabFab-fiducial assisted cryo-EM
マップデータ
試料
  • 複合体: Complex of Staphylococcus capitis divalent metal ion transporter (DMT), chimeric nanobody DMTNb16_4, NabFab, and anti-Fab nanobody
    • タンパク質・ペプチド: NabFab HC
    • タンパク質・ペプチド: NabFab LC
    • タンパク質・ペプチド: Divalent metal cation transporter MntH
    • タンパク質・ペプチド: DMT-Nb16_4
    • タンパク質・ペプチド: Anti-Fab nanobody
  • リガンド: water
キーワードNabFab / Anti-nanobody Fab / Fiducial / DMT / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性NRAMP family / Natural resistance-associated macrophage protein-like / cadmium ion transmembrane transporter activity / manganese ion transmembrane transporter activity / iron ion transmembrane transport / symporter activity / metal ion binding / plasma membrane / Divalent metal cation transporter MntH
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物) / Staphylococcus capitis (バクテリア) / Lama glama (ラマ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.45 Å
データ登録者Bloch JS / Mukherjee S
資金援助 スイス, 1件
OrganizationGrant number国
Swiss National Science Foundation スイス
引用
ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2021
タイトル: Development of a universal nanobody-binding Fab module for fiducial-assisted cryo-EM studies of membrane proteins.
著者: Joël S Bloch / Somnath Mukherjee / Julia Kowal / Ekaterina V Filippova / Martina Niederer / Els Pardon / Jan Steyaert / Anthony A Kossiakoff / Kaspar P Locher /
要旨: With conformation-specific nanobodies being used for a wide range of structural, biochemical, and cell biological applications, there is a demand for antigen-binding fragments (Fabs) that ...With conformation-specific nanobodies being used for a wide range of structural, biochemical, and cell biological applications, there is a demand for antigen-binding fragments (Fabs) that specifically and tightly bind these nanobodies without disturbing the nanobody-target protein interaction. Here, we describe the development of a synthetic Fab (termed NabFab) that binds the scaffold of an alpaca-derived nanobody with picomolar affinity. We demonstrate that upon complementary-determining region grafting onto this parent nanobody scaffold, nanobodies recognizing diverse target proteins and derived from llama or camel can cross-react with NabFab without loss of affinity. Using NabFab as a fiducial and size enhancer (50 kDa), we determined the high-resolution cryogenic electron microscopy (cryo-EM) structures of nanobody-bound VcNorM and ScaDMT, both small membrane proteins of ∼50 kDa. Using an additional anti-Fab nanobody further facilitated reliable initial three-dimensional structure determination from small cryo-EM test datasets. Given that NabFab is of synthetic origin, is humanized, and can be conveniently expressed in in large amounts, it may be useful not only for structural biology but also for biomedical applications.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2021
タイトル: Development of a universal nanobody-binding Fab module for fiducial-assisted cryo-EM studies of membrane proteins
著者: Bloch JS / Mukherjee S / Kowal J / Filippova EV / Niederer M / Pardon E / Steyaert J / Kossiakoff AA / Locher KP
履歴
登録2021年8月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年9月1日-
マップ公開2021年9月1日-
更新2024年11月20日-
現状2024年11月20日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.048
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.048
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7phq
  • 表面レベル: 0.048
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7phq
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_13426.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_13426.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 5.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.64 Å/pix.
x 112 pix.
= 295.68 Å		2.64 Å/pix.
x 112 pix.
= 295.68 Å		2.64 Å/pix.
x 112 pix.
= 295.68 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.64 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.048 / ムービー #1: 0.048
最小 - 最大-0.019288054 - 0.100871466
平均 (標準偏差)0.001876177 (±0.009036961)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ112112112
Spacing112112112
セルA=B=C: 295.68002 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.642.642.64
M x/y/z112112112
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z295.680295.680295.680
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ640640640
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS112112112
D min/max/mean-0.0190.1010.002

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Complex of Staphylococcus capitis divalent metal ion transporter ...

全体名称: Complex of Staphylococcus capitis divalent metal ion transporter (DMT), chimeric nanobody DMTNb16_4, NabFab, and anti-Fab nanobody
要素
  • 複合体: Complex of Staphylococcus capitis divalent metal ion transporter (DMT), chimeric nanobody DMTNb16_4, NabFab, and anti-Fab nanobody
    • タンパク質・ペプチド: NabFab HC
    • タンパク質・ペプチド: NabFab LC
    • タンパク質・ペプチド: Divalent metal cation transporter MntH
    • タンパク質・ペプチド: DMT-Nb16_4
    • タンパク質・ペプチド: Anti-Fab nanobody
  • リガンド: water

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超分子 #1: Complex of Staphylococcus capitis divalent metal ion transporter ...

超分子名称: Complex of Staphylococcus capitis divalent metal ion transporter (DMT), chimeric nanobody DMTNb16_4, NabFab, and anti-Fab nanobody
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5 / 詳細: Rigid body docked structure
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)

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分子 #1: NabFab HC

分子名称: NabFab HC / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 25.684463 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: EISEVQLVES GGGLVQPGGS LRLSCAASGF NFSYYSIHWV RQAPGKGLEW VAYISSSSSY TSYADSVKGR FTISADTSKN TAYLQMNSL RAEDTAVYYC ARGYQYWQYH ASWYWNGGLD YWGQGTLVTV SSASTKGPSV FPLAPSSKST SGGTAALGCL V KDYFPEPV ...文字列:
EISEVQLVES GGGLVQPGGS LRLSCAASGF NFSYYSIHWV RQAPGKGLEW VAYISSSSSY TSYADSVKGR FTISADTSKN TAYLQMNSL RAEDTAVYYC ARGYQYWQYH ASWYWNGGLD YWGQGTLVTV SSASTKGPSV FPLAPSSKST SGGTAALGCL V KDYFPEPV TVSWNSGALT SGVHTFPAVL QSSGLYSLSS VVTVPSSSLG TQTYICNVNH KPSNTKVDKK VEPKSCDKTH T

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分子 #2: NabFab LC

分子名称: NabFab LC / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 23.258783 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: SDIQMTQSPS SLSASVGDRV TITCRASQSV SSAVAWYQQK PGKAPKLLIY SASSLYSGVP SRFSGSRSGT DFTLTISSLQ PEDFATYYC QQSSSSLITF GQGTKVEIKR TVAAPSVFIF PPSDSQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD ...文字列:
SDIQMTQSPS SLSASVGDRV TITCRASQSV SSAVAWYQQK PGKAPKLLIY SASSLYSGVP SRFSGSRSGT DFTLTISSLQ PEDFATYYC QQSSSSLITF GQGTKVEIKR TVAAPSVFIF PPSDSQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD SKDSTYSLSS TLTLSKADYE KHKVYACEVT HQGLSSPVTK SFNRGEC

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分子 #3: Divalent metal cation transporter MntH

分子名称: Divalent metal cation transporter MntH / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus capitis (バクテリア)
分子量理論値: 47.054531 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MSVAVGYMDP GNWITSMQGG AQYGYTLLFV ILISSLAAML LQSMTVRLGI ATGKDLAQMT RHFLSKPVAI IFWIIAELAI IATDIAEVI GSAIALDLIF GIPLIVGALI TVFDVFLLLF IMRFGFRKIE AIVGTLIFTV LAIFVFEVFI SSPQLTDILN G FVPHKEIV ...文字列:
MSVAVGYMDP GNWITSMQGG AQYGYTLLFV ILISSLAAML LQSMTVRLGI ATGKDLAQMT RHFLSKPVAI IFWIIAELAI IATDIAEVI GSAIALDLIF GIPLIVGALI TVFDVFLLLF IMRFGFRKIE AIVGTLIFTV LAIFVFEVFI SSPQLTDILN G FVPHKEIV TNQGILYIAL GIIGATIMPH NLYLHSSIVQ SRKYDRHDNQ EKAQAIKYAT IDSNLQLSIA FVVNCLLLTL GA ALFFGTK TNDLGGFYDL YHALKTEPVL GATLGGIMST LFAVALLASG QNSTITGTLA GQIVMEGFLR LSIPNWLRRL ITR ALAVIP VIICLIIFKG NSEKIEQLLV FSQVFLSIAL PFSLIPLQLA TSNKKLMGPF INKTWVNIIS WTLIVILSGL NVYL IIQTF QELALEVLFQ GPHHHHHHHH HH

UniProtKB: Divalent metal cation transporter MntH

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分子 #4: DMT-Nb16_4

分子名称: DMT-Nb16_4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 14.352809 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
QRQLVESGGG LVQPGGSLRL SCAASRSIFS IDTAGWFRQA PGKEREGVAT ITRDGNANYA DSVKGRFTIS RDRARNTVYL QMNSLEPED TAVYYCNAAI RTTVRTSAQE YWGKGTPVTV SSHHHHHHEP E

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分子 #5: Anti-Fab nanobody

分子名称: Anti-Fab nanobody / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lama glama (ラマ)
分子量理論値: 13.390644 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
GSQVQLQESG GGLVQPGGSL RLSCAASGRT ISRYAMSWFR QAPGKEREFV AVARRSGDGA FYADSVQGRF TVSRDDAKNT VYLQMNSLK PEDTAVYYCA IDSDTFYSGS YDYWGQGTQV TVSS

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分子 #6: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 32 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 26.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.45 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 34100
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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