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- EMDB-11729: CryoEM structure of MIB-MIP in complex with a polyclonal goat Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-11729
タイトルCryoEM structure of MIB-MIP in complex with a polyclonal goat Fab
マップデータ
試料
  • 複合体: Mycoplasma MIB-MIP proteins in complex with a goat Fab
    • タンパク質・ペプチド: Putative immunoglobulin-blocking virulence protein
    • タンパク質・ペプチド: Lipoproteinリポタンパク質
機能・相同性Uncharacterised protein family MG067 / Mycoplasma peptidase DUF31 / Mycoplasma peptidase (DUF31) / Mycoplasma virulence, signal domain / Putative immunoglobulin-blocking virulence protein / Mycoplasma virulence signal region (Myco_arth_vir_N) / IgG-blocking virulence domain / Putative immunoglobulin-blocking virulence protein / リポタンパク質
機能・相同性情報
生物種Mycoplasma mycoides subsp. capri str. GM12 (牛肺疫菌) / Mycoplasma mycoides subsp. capri (牛肺疫菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Nottelet P / Bataille L / Gourgues G / Anger R / Lartigue C / Sirand-Pugnet P / Marza E / Fronzes R / Arfi Y
資金援助 フランス, 1件
OrganizationGrant number国
French National Research Agency フランス
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2021
タイトル: The mycoplasma surface proteins MIB and MIP promote the dissociation of the antibody-antigen interaction.
著者: Pierre Nottelet / Laure Bataille / Geraldine Gourgues / Robin Anger / Carole Lartigue / Pascal Sirand-Pugnet / Esther Marza / Remi Fronzes / Yonathan Arfi /
要旨: Mycoplasma immunoglobulin binding (MIB) and mycoplasma immunoglobulin protease (MIP) are surface proteins found in the majority of mycoplasma species, acting sequentially to capture antibodies and ...Mycoplasma immunoglobulin binding (MIB) and mycoplasma immunoglobulin protease (MIP) are surface proteins found in the majority of mycoplasma species, acting sequentially to capture antibodies and cleave off their V domains. Cryo-electron microscopy structures show how MIB and MIP bind to a Fab fragment in a "hug of death" mechanism. As a result, the orientation of the V and V domains is twisted out of alignment, disrupting the antigen binding site. We also show that MIB-MIP has the ability to promote the dissociation of the antibody-antigen complex. This system is functional in cells and protects mycoplasmas from antibody-mediated agglutination. These results highlight the key role of the MIB-MIP system in immunity evasion by mycoplasmas through an unprecedented mechanism, and open exciting perspectives to use these proteins as potential tools in the antibody field.
履歴
登録2020年9月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年4月7日-
マップ公開2021年4月7日-
更新2021年4月7日-
現状2021年4月7日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7adk
  • 表面レベル: 3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7adk
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_11729.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_11729.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度
表面レベル登録者による: 3.0 / ムービー #1: 3
最小 - 最大-24.763588 - 29.809916
平均 (標準偏差)3.5810315e-12 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 212.48 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.830.830.83
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z212.480212.480212.480
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ256256256
MAP C/R/S321
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-24.76429.8100.000

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添付データ

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追加マップ: #1

ファイルemd_11729_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_11729_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_11729_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Mycoplasma MIB-MIP proteins in complex with a goat Fab

全体名称: Mycoplasma MIB-MIP proteins in complex with a goat Fab
要素
  • 複合体: Mycoplasma MIB-MIP proteins in complex with a goat Fab
    • タンパク質・ペプチド: Putative immunoglobulin-blocking virulence protein
    • タンパク質・ペプチド: Lipoproteinリポタンパク質

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超分子 #1: Mycoplasma MIB-MIP proteins in complex with a goat Fab

超分子名称: Mycoplasma MIB-MIP proteins in complex with a goat Fab
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Mycoplasma mycoides subsp. capri str. GM12 (牛肺疫菌)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 組換株: Rosetta

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分子 #1: Putative immunoglobulin-blocking virulence protein

分子名称: Putative immunoglobulin-blocking virulence protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycoplasma mycoides subsp. capri (牛肺疫菌)
分子量理論値: 84.962719 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: VYFLKKKKNK ILTIALVASL AASVSFGSVL YYSFSDNHIS FDTSSNGITD AELAPINNAI NDAIVSNRDN KLKPSEEKII KETEKKIEE KIIIPPAKKE EKIEAAKPIP KPVVRKPETK ITSPKITRRK QTITIAGIEV EAEIEGPPGF VTHQRDKDRK I SNPTKPYQ ...文字列:
VYFLKKKKNK ILTIALVASL AASVSFGSVL YYSFSDNHIS FDTSSNGITD AELAPINNAI NDAIVSNRDN KLKPSEEKII KETEKKIEE KIIIPPAKKE EKIEAAKPIP KPVVRKPETK ITSPKITRRK QTITIAGIEV EAEIEGPPGF VTHQRDKDRK I SNPTKPYQ NHTVNKILSV KVTDKLKEQV AKDALSGGNG YDEGVGLFNN SIFNVFKEEF NSGKELNDIL SSLESVARQN SG AFQNTLE RYKKMLDSNN VINFLKSEAQ KEYPKLKSKF QTKNQEYIWL IANLDQSKFT KIASTSEKYL EKGLTISPRS AFI NEAGEI DSNGWGPPDE YNTVTSRLRR DNSEYRVFDY DEYYSRSSDR IANGTYPGWV KEDVSEPYSK KYNFKASDGI RFSK LERIN PNPAKGKLNS GLVLDLDVSN DEAYRRSKEL IEKLQKDGEQ ITSYRIKNMG EKNSDQAFKD ILGALPKDIQ QLELF FSDK ATNTASLIAL ENKNIKELSL YTSGNSLKKA WSYNPLALRN TTWINTIDYN VSAEYSSHDK ITTRITFNTL AFDQED FSN GSYERINDGL RMVYYARNNE PFFQGGHGPG LEPDKKLGQN SYPTGLDFSR VTGIKSLKGL RFDDDLDTSN EPRKITE LT LYNNESYFEI SSDELNEANL QHLSTGEGNP EKPKIHFSNG NNTTSIRISG KTLLSDEGRR NLDKYFEYNE SLRNSGKQ I QIPNGSDELK KQLEGWGYKV STASDRSFT

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分子 #2: Lipoprotein

分子名称: Lipoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycoplasma mycoides subsp. capri (牛肺疫菌)
分子量理論値: 98.559016 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MKRLNKLLMY ISSSTLLLPI TLLVACTPSK VVAKPINDDE FNKLIDSIKT ENDLLKYADI RFKNPNGADT KKEDIIPSQL KSENISITF KGKYQGQISA VVTNVDVDRT NPFAVQNEAT IFVQFKNLKT NTSKPISITI KGLNQKGNFD ASGNIVVDDF A YFGGTSGY ...文字列:
MKRLNKLLMY ISSSTLLLPI TLLVACTPSK VVAKPINDDE FNKLIDSIKT ENDLLKYADI RFKNPNGADT KKEDIIPSQL KSENISITF KGKYQGQISA VVTNVDVDRT NPFAVQNEAT IFVQFKNLKT NTSKPISITI KGLNQKGNFD ASGNIVVDDF A YFGGTSGY DEYTKKDQKS RFDYDNERYM TRLKSQFGNS SNSINLKEYR GLETKQENIK KFDDQAAISN FDTYYNAALK GF TLPVYGS DGKVSGLKIY EGAEIGKGPS VVDSLGRNEK AKTVGLARTL PNEEYKTSAI QTFQTNFTIY KDYEKEIEEA EDN IKLFDS WNEQQIQSYI SAQLTQLRLN YEDEVSQIDR EISQTQPDKT TILSNLNQKK SKIESEYQKE LSTISKLNKD SLKE WQRKE IEKYNEKKKE KTFQISESGT MWIMDYLDEN AGKNPTKFYF GTNSHVAKGI KDGMVSFSLT RLNSEVKVGQ TFKLN GHDS NFTKFTFSPI NGNKLEDAVT AIFHATDFIN ENSSPLKLLD SEQKSKYNGA GIFADFAIVE VDFAKLLDKG KYSYSV WSA SNDITNQYET EQNKLISKIT NNYSESDKKV KFFSDSLLNE QTYAKFDRPL DFDPKKEDEL KKYNDLDSLY IVGYPTA YK DFYLDQYEDE KQLKNKKYDF SLWINSEYKF YNKLINKEGS TNSFKEYETG KGNFFSYQIG YRSFIDKPGL TDAFITVN K VGKKLYSLKD KNKNEVKKYF NYGLEILPRF YAPAGGASGS SVRTKDNKLL AVYHASNETA RTGLAVAFRS DGYDYKNLF GDYKLGQYDL IYGGGKDQQK EKSYREVMNK MYSGKKSALF QNGFTDDKIP SEFKFNNGTQ N

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 4 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 1.45 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 255911

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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