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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-11388 | |||||||||||||||
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タイトル | 3.5 A cryo-EM structure of human uromodulin filament core | |||||||||||||||
マップデータ | half map A | |||||||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 citric acid secretion / metanephric thick ascending limb development / metanephric distal convoluted tubule development / connective tissue replacement / urea transmembrane transport / Asparagine N-linked glycosylation / protein transport into plasma membrane raft / 排尿 / organ or tissue specific immune response / urate transport ...citric acid secretion / metanephric thick ascending limb development / metanephric distal convoluted tubule development / connective tissue replacement / urea transmembrane transport / Asparagine N-linked glycosylation / protein transport into plasma membrane raft / 排尿 / organ or tissue specific immune response / urate transport / metanephric ascending thin limb development / collecting duct development / protein localization to vacuole / renal urate salt excretion / regulation of protein transport / antibacterial innate immune response / intracellular phosphate ion homeostasis / intracellular chloride ion homeostasis / renal sodium ion absorption / juxtaglomerular apparatus development / クレアチニンクリアランス / neutrophil migration / response to water deprivation / intracellular sodium ion homeostasis / potassium ion homeostasis / regulation of urine volume / endoplasmic reticulum organization / renal water homeostasis / IgG binding / ciliary membrane / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / leukocyte cell-cell adhesion / extrinsic component of membrane / multicellular organismal response to stress / cellular response to unfolded protein / cellular defense response / side of membrane / chaperone-mediated protein folding / : / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / RNA splicing / apoptotic signaling pathway / 繊毛 / lipid metabolic process / intracellular calcium ion homeostasis / オートファジー / 血圧 / 紡錘体 / Golgi lumen / basolateral plasma membrane / defense response to Gram-negative bacterium / response to lipopolysaccharide / response to xenobiotic stimulus / 炎症 / apical plasma membrane / negative regulation of cell population proliferation / calcium ion binding / 細胞膜 / 小胞体 / extracellular space / extracellular exosome / 生体膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Human (ヒト) | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Stanisich JJ / Zyla D / Afanasyev P / Xu J / Pilhofer M / Boeringer D / Glockshuber R | |||||||||||||||
資金援助 | スイス, 4件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2020 タイトル: The cryo-EM structure of the human uromodulin filament core reveals a unique assembly mechanism. 著者: Jessica J Stanisich / Dawid S Zyla / Pavel Afanasyev / Jingwei Xu / Anne Kipp / Eric Olinger / Olivier Devuyst / Martin Pilhofer / Daniel Boehringer / Rudi Glockshuber / 要旨: The glycoprotein uromodulin (UMOD) is the most abundant protein in human urine and forms filamentous homopolymers that encapsulate and aggregate uropathogens, promoting pathogen clearance by urine ...The glycoprotein uromodulin (UMOD) is the most abundant protein in human urine and forms filamentous homopolymers that encapsulate and aggregate uropathogens, promoting pathogen clearance by urine excretion. Despite its critical role in the innate immune response against urinary tract infections, the structural basis and mechanism of UMOD polymerization remained unknown. Here, we present the cryo-EM structure of the UMOD filament core at 3.5 Å resolution, comprised of the bipartite zona pellucida (ZP) module in a helical arrangement with a rise of ~65 Å and a twist of ~180°. The immunoglobulin-like ZPN and ZPC subdomains of each monomer are separated by a long linker that interacts with the preceding ZPC and following ZPN subdomains by β-sheet complementation. The unique filament architecture suggests an assembly mechanism in which subunit incorporation could be synchronized with proteolytic cleavage of the C-terminal pro-peptide that anchors assembly-incompetent UMOD precursors to the membrane. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_11388.map.gz | 118 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-11388-v30.xml emd-11388.xml | 21.8 KB 21.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_11388.png | 91.2 KB | ||
マスクデータ | emd_11388_msk_1.map | 125 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_11388_additional.map.gz emd_11388_half_map_1.map.gz emd_11388_half_map_2.map.gz | 4.9 MB 116.2 MB 116.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-11388 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-11388 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_11388.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | half map A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.084 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_11388_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: density modified main map
ファイル | emd_11388_additional.map | ||||||||||||
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注釈 | density modified main map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map B
ファイル | emd_11388_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half map B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map B
ファイル | emd_11388_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half map B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Native human uromodulin filament core
全体 | 名称: Native human uromodulin filament core |
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要素 |
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-超分子 #1: Native human uromodulin filament core
超分子 | 名称: Native human uromodulin filament core / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: Native uromodulin was purified from healthy human urine. |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 実験値: 1.28 kDa/nm |
-分子 #1: Uromodulin
分子 | 名称: Uromodulin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Human (ヒト) |
分子量 | 理論値: 69.82168 KDa |
配列 | 文字列: MGQPSLTWML MVVVASWFIT TAATDTSEAR WCSECHSNAT CTEDEAVTTC TCQEGFTGDG LTCVDLDECA IPGAHNCSAN SSCVNTPGS FSCVCPEGFR LSPGLGCTDV DECAEPGLSH CHALATCVNV VGSYLCVCPA GYRGDGWHCE CSPGSCGPGL D CVPEGDAL ...文字列: MGQPSLTWML MVVVASWFIT TAATDTSEAR WCSECHSNAT CTEDEAVTTC TCQEGFTGDG LTCVDLDECA IPGAHNCSAN SSCVNTPGS FSCVCPEGFR LSPGLGCTDV DECAEPGLSH CHALATCVNV VGSYLCVCPA GYRGDGWHCE CSPGSCGPGL D CVPEGDAL VCADPCQAHR TLDEYWRSTE YGEGYACDTD LRGWYRFVGQ GGARMAETCV PVLRCNTAAP MWLNGTHPSS DE GIVSRKA CAHWSGHCCL WDASVQVKAC AGGYYVYNLT APPECHLAYC TDPSSVEGTC EECSIDEDCK SNNGRWHCQC KQD FNITDI SLLEHRLECG ANDMKVSLGK CQLKSLGFDK VFMYLSDSRC SGFNDRDNRD WVSVVTPARD GPCGTVLTRN ETHA TYSNT LYLADEIIIR DLNIKINFAC SYPLDMKVSL KTALQPMVSA LNIRVGGTGM FTVRMALFQT PSYTQPYQGS SVTLS TEAF LYVGTMLDGG DLSRFALLMT NCYATPSSNA TDPLKYFIIQ DRCPHTRDST IQVVENGESS QGRFSVQMFR FAGNYD LVY LHCEVYLCDT MNEKCKPTCS GTRFRSGSVI DQSRVLNLGP ITRKGVQATV SRAFSSLGLL KVWLPLLLSA TLTLTFQ |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
濃度 | 1.58 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8.2 / 構成要素 - 濃度: 0.5 mM / 構成要素 - 式: EDTAエチレンジアミン四酢酸 構成要素 - 名称: Ethylenediaminetetraacetic acidエチレンジアミン四酢酸 |
グリッド | モデル: Homemade / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: LACEY / 支持フィルム - Film thickness: 3.0 nm |
凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 282 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV 詳細: 3.5 ul sample, 30 s wait time, 0.5 s drain time, 13.5 s blotting from the back. |
詳細 | individual, isolated fibers |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.3 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm / 倍率(公称値): 130000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 9543 / 平均露光時間: 6.0 sec. / 平均電子線量: 45.0 e/Å2 / 詳細: Data was joined from two sessions |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
粒子像選択 | 選択した数: 1310000 詳細: Autopicking based on the 2D classes from manually chosen filaments |
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CTF補正 | ソフトウェア - 名称: Gctf (ver. 1.06) |
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab initio map generated in cryoSPARC 2 |
初期 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.15) |
最終 3次元分類 | クラス数: 10 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.15) / 詳細: only the best resolved 3D class was selected |
最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.15) |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.15) / 使用した粒子像数: 145000 |
詳細 | Motion correction with dose-weighting |