PDB-5x6y: Crystal structure of Rice Dwarf Virus P5 in complex with S-adenos...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5x6y

タイトル

Crystal structure of Rice Dwarf Virus P5 in complex with S-adenosylmethionine

要素

mRNA capping enzyme P5

キーワード

TRANSFERASE / mRNA 5'-capping enzyme / guanylyltransferase / methyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

7-methylguanosine mRNA capping / virion component / mRNA guanylyltransferase activity / mRNA guanylyltransferase / host cell cytoplasm / GTP binding / RNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Rice dwarf virus (イネ萎縮ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Nakamichi, Y. / Higashiura, A. / Nakagawa, A.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the capping enzyme P5 from Rice Dwarf Virus
著者: Nakamichi, Y. / Higashiura, A. / Narita, H. / Hagiwara, K. / Uehara-Ichiki, T. / Omura, T. / Nakagawa, A.

履歴

登録	2017年2月23日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年2月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5x6y.cif.gz	597.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5x6y.ent.gz	485.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5x6y.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5x6y_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5x6y_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	5x6y_validation.xml.gz	106 KB	表示
CIF形式データ	5x6y_validation.cif.gz	146.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x6/5x6y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x6/5x6y	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5x6xSC 5x6zC 5x71C 5x70 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5jz7-d 4f5s-d 8623 6pb1-d 7d68-d 5ve5-d 2qm4-d 5xa7-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (1) #129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1) #215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (1) #139 - 2011年7月 DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#145 - 2012年1月
伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping)
類似性 (1)
#129 - 2010年9月
イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#191 - 2015年11月
グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors)
類似性 (1)
#215 - 2017年11月
アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase)
類似性 (1)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (1)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)
#139 - 2011年7月
DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: mRNA capping enzyme P5

B: mRNA capping enzyme P5

C: mRNA capping enzyme P5

D: mRNA capping enzyme P5

ヘテロ分子

366 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: mRNA capping enzyme P5

B: mRNA capping enzyme P5

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, Dimer
184 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: mRNA capping enzyme P5

D: mRNA capping enzyme P5

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
183 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.182, 122.778, 129.257
Angle α, β, γ (deg.)	73.80, 87.14, 86.08
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	mRNA capping enzyme P5 分子量: 90802.461 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rice dwarf virus (isolate O) (イネ萎縮ウイルス) 株: isolate O 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P14583*PLUS, mRNA guanylyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE 分子量: 398.437 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₂N₆O₅S
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト分子量: 189.100 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₅O₇
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 522 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN WAS NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT KNOWLEDGEBASE DATABASE (UNIPROTKB) AT ...THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN WAS NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT KNOWLEDGEBASE DATABASE (UNIPROTKB) AT THE TIME OF DEPOSITION. N-TERMINAL GGS ARE EXPRESSION TAGS.

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.26 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 16% PEG 3350, 0.03M sodium citrate, 0.07M bis-tris propane, 0.2M sodium chloride, 0.01M tris(2-carboxyethyl)phosphine, 5mM S-adenosylmethionine, 1mM GpppG, 5mM magnesium chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 198192 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 2.1 % / R_merge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 24
反射シェル	解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.389 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 9820 / % possible all: 95

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(dev_2614: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5X6X

5x6x

解像度: 2.1→38.226 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 25.18

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2452	9512	5.03 %	Random
R_work	0.202	-	-	-
obs	0.2041	189254	91.5 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→38.226 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	23457	0	210	522	24189

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	24259
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.908	32906
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.789	18608
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	3752
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	4077

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1-2.1239	0.3568	236	0.2535	3707	X-RAY DIFFRACTION	57
2.1239-2.1488	0.2879	271	0.2452	4486	X-RAY DIFFRACTION	69
2.1488-2.1751	0.3035	247	0.2314	4775	X-RAY DIFFRACTION	74
2.1751-2.2026	0.264	285	0.2273	5068	X-RAY DIFFRACTION	78
2.2026-2.2316	0.2863	298	0.2246	5435	X-RAY DIFFRACTION	82
2.2316-2.2621	0.278	303	0.2323	5636	X-RAY DIFFRACTION	87
2.2621-2.2944	0.301	325	0.2314	5847	X-RAY DIFFRACTION	90
2.2944-2.3287	0.2648	362	0.2333	5957	X-RAY DIFFRACTION	92
2.3287-2.3651	0.3002	337	0.2284	6178	X-RAY DIFFRACTION	95
2.3651-2.4038	0.2846	310	0.2188	6286	X-RAY DIFFRACTION	95
2.4038-2.4453	0.2601	348	0.2126	6175	X-RAY DIFFRACTION	96
2.4453-2.4897	0.2656	309	0.2177	6284	X-RAY DIFFRACTION	95
2.4897-2.5376	0.3118	321	0.2156	6273	X-RAY DIFFRACTION	96
2.5376-2.5894	0.254	329	0.2131	6257	X-RAY DIFFRACTION	95
2.5894-2.6457	0.2596	290	0.2084	6345	X-RAY DIFFRACTION	96
2.6457-2.7072	0.2572	302	0.2104	6278	X-RAY DIFFRACTION	96
2.7072-2.7749	0.2582	318	0.2101	6260	X-RAY DIFFRACTION	96
2.7749-2.8499	0.2767	342	0.2157	6311	X-RAY DIFFRACTION	96
2.8499-2.9337	0.2644	335	0.2168	6253	X-RAY DIFFRACTION	97
2.9337-3.0284	0.27	338	0.2119	6424	X-RAY DIFFRACTION	97
3.0284-3.1366	0.2682	346	0.2228	6308	X-RAY DIFFRACTION	97
3.1366-3.2621	0.259	312	0.2154	6419	X-RAY DIFFRACTION	98
3.2621-3.4105	0.2717	314	0.2128	6494	X-RAY DIFFRACTION	98
3.4105-3.5902	0.2464	336	0.2103	6477	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5902-3.8149	0.2305	326	0.1973	6490	X-RAY DIFFRACTION	99
3.8149-4.1091	0.222	369	0.1802	6408	X-RAY DIFFRACTION	99
4.1091-4.5221	0.1677	323	0.1554	6445	X-RAY DIFFRACTION	98
4.5221-5.1751	0.1838	339	0.16	6468	X-RAY DIFFRACTION	99
5.1751-6.5148	0.2314	351	0.1849	6452	X-RAY DIFFRACTION	99
6.5148-38.2324	0.2086	290	0.1936	5546	X-RAY DIFFRACTION	85

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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