[日本語] English
- EMDB-10406: OCT4-SOX2-bound nucleosome - SHL-6 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10406
タイトルOCT4-SOX2-bound nucleosome - SHL-6
マップデータ
試料
  • 複合体: Ternary complex of OCT4-SOX2 and SHL-6 nucleosome
    • 複合体: Histonesヒストン
      • タンパク質・ペプチド: Histone H3.1ヒストンH3
      • タンパク質・ペプチド: Histone H4ヒストンH4
      • タンパク質・ペプチド: Histone H2A type 1-B/E
      • タンパク質・ペプチド: Histone H2B type 1-J
      • タンパク質・ペプチド: Histone H3.1ヒストンH3
    • 複合体: DNAデオキシリボ核酸
      • DNA: DNA (146-MER)
      • DNA: DNA (146-MER)
    • 複合体: G protein/GFP fusion protein,POU domain, class 5, transcription factor 1 (OCT4)
      • タンパク質・ペプチド: Green fluorescent protein,POU domain, class 5, transcription factor 1
    • 複合体: SOX2
      • タンパク質・ペプチド: Transcription factor SOX-2
  • リガンド: PENTANEDIALグルタルアルデヒド
機能・相同性
機能・相同性情報


glial cell fate commitment / regulation of myofibroblast cell apoptotic process / Formation of the posterior neural plate / cell fate commitment involved in formation of primary germ layer / cardiac cell fate determination / POU5F1 (OCT4), SOX2, NANOG repress genes related to differentiation / Formation of the anterior neural plate / adenohypophysis development / regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / response to oxygen-glucose deprivation ...glial cell fate commitment / regulation of myofibroblast cell apoptotic process / Formation of the posterior neural plate / cell fate commitment involved in formation of primary germ layer / cardiac cell fate determination / POU5F1 (OCT4), SOX2, NANOG repress genes related to differentiation / Formation of the anterior neural plate / adenohypophysis development / regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / response to oxygen-glucose deprivation / endodermal-mesodermal cell signaling / regulation of asymmetric cell division / endodermal cell fate specification / Specification of primordial germ cells / heart induction / POU5F1 (OCT4), SOX2, NANOG activate genes related to proliferation / negative regulation of cell cycle G1/S phase transition / pituitary gland development / Transcriptional Regulation by MECP2 / positive regulation of cell-cell adhesion / Transcriptional regulation of pluripotent stem cells / regulation of DNA methylation-dependent heterochromatin formation / eye development / 再生 (生物学) / neuronal stem cell population maintenance / Germ layer formation at gastrulation / response to growth factor / miRNA binding / somatic stem cell population maintenance / inner ear development / blastocyst development / negative regulation of neuron differentiation / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / anatomical structure morphogenesis / negative regulation of megakaryocyte differentiation / BMP signaling pathway / protein localization to CENP-A containing chromatin / Chromatin modifying enzymes / Replacement of protamines by nucleosomes in the male pronucleus / CENP-A containing nucleosome / Packaging Of Telomere Ends / forebrain development / epigenetic regulation of gene expression / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / Inhibition of DNA recombination at telomere / Meiotic synapsis / telomere organization / RNA Polymerase I Promoter Opening / Interleukin-7 signaling / SUMOylation of chromatin organization proteins / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / 生物発光 / DNAメチル化 / Condensation of Prophase Chromosomes / negative regulation of miRNA transcription / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / HCMV Late Events / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / innate immune response in mucosa / generation of precursor metabolites and energy / PRC2 methylates histones and DNA / Defective pyroptosis / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / HDACs deacetylate histones / positive regulation of cell differentiation / RNA Polymerase I Promoter Escape / lipopolysaccharide binding / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / Transcriptional regulation by small RNAs / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / NoRC negatively regulates rRNA expression / G2/M DNA damage checkpoint / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / HDMs demethylate histones / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / Metalloprotease DUBs / response to wounding / PKMTs methylate histone lysines / RMTs methylate histone arginines / osteoblast differentiation / 遺伝的組換え / Pre-NOTCH Transcription and Translation / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / nucleosome assembly / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / HCMV Early Events / structural constituent of chromatin / Transcriptional regulation of granulopoiesis / UCH proteinases / negative regulation of epithelial cell proliferation / ヌクレオソーム / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway
類似検索 - 分子機能
Transcription factor SOX / SOX transcription factor / POU-specific domain / POU domain / Pou domain - N-terminal to homeobox domain / POU-specific (POUs) domain signature 1. / POU-specific (POUs) domain signature 2. / POU-specific (POUs) domain profile. / Found in Pit-Oct-Unc transcription factors / Homeobox, conserved site ...Transcription factor SOX / SOX transcription factor / POU-specific domain / POU domain / Pou domain - N-terminal to homeobox domain / POU-specific (POUs) domain signature 1. / POU-specific (POUs) domain signature 2. / POU-specific (POUs) domain profile. / Found in Pit-Oct-Unc transcription factors / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / ホメオボックス / 'Homeobox' domain profile. / ホメオボックス / Homeobox domain / HMG (high mobility group) box / HMG boxes A and B DNA-binding domains profile. / 高移動度群タンパク質 / High mobility group box domain / High mobility group box domain superfamily / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / 緑色蛍光タンパク質 / 緑色蛍光タンパク質 / Histone H2B signature. / ヒストンH2B / ヒストンH2B / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / ヒストンH2A / Histone 2A / Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. / ヒストンH4 / ヒストンH4 / CENP-T/Histone H4, histone fold / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / ヒストンH3 / Histone H3/CENP-A / Homeobox-like domain superfamily / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone H2A type 1-B/E / Histone H2B type 1-J / 緑色蛍光タンパク質 / Transcription factor SOX-2 / ヒストンH4 / ヒストンH3 / POU domain, class 5, transcription factor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.05 Å
データ登録者Michael AK / Kempf G / Cavadini S / Bunker RD / Thoma NH
資金援助 スイス, 1件
OrganizationGrant number
Swiss National Science FoundationCRSII3_160734/1 スイス
引用ジャーナル: Science / : 2020
タイトル: Mechanisms of OCT4-SOX2 motif readout on nucleosomes.
著者: Alicia K Michael / Ralph S Grand / Luke Isbel / Simone Cavadini / Zuzanna Kozicka / Georg Kempf / Richard D Bunker / Andreas D Schenk / Alexandra Graff-Meyer / Ganesh R Pathare / Joscha Weiss ...著者: Alicia K Michael / Ralph S Grand / Luke Isbel / Simone Cavadini / Zuzanna Kozicka / Georg Kempf / Richard D Bunker / Andreas D Schenk / Alexandra Graff-Meyer / Ganesh R Pathare / Joscha Weiss / Syota Matsumoto / Lukas Burger / Dirk Schübeler / Nicolas H Thomä /
要旨: Transcription factors (TFs) regulate gene expression through chromatin where nucleosomes restrict DNA access. To study how TFs bind nucleosome-occupied motifs, we focused on the reprogramming factors ...Transcription factors (TFs) regulate gene expression through chromatin where nucleosomes restrict DNA access. To study how TFs bind nucleosome-occupied motifs, we focused on the reprogramming factors OCT4 and SOX2 in mouse embryonic stem cells. We determined TF engagement throughout a nucleosome at base-pair resolution in vitro, enabling structure determination by cryo-electron microscopy at two preferred positions. Depending on motif location, OCT4 and SOX2 differentially distort nucleosomal DNA. At one position, OCT4-SOX2 removes DNA from histone H2A and histone H3; however, at an inverted motif, the TFs only induce local DNA distortions. OCT4 uses one of its two DNA-binding domains to engage DNA in both structures, reading out a partial motif. These findings explain site-specific nucleosome engagement by the pluripotency factors OCT4 and SOX2, and they reveal how TFs distort nucleosomes to access chromatinized motifs.
履歴
登録2019年10月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年11月13日-
マップ公開2020年5月6日-
更新2020年7月8日-
現状2020年7月8日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図(断面を密度値に従い着色)
  • 表面レベル: 0.15
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図(半径に従い着色)
  • 表面レベル: 0.15
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6t90
  • 表面レベル: 0.15
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10406.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.86 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.15 / ムービー #1: 0.15
最小 - 最大-0.44070667 - 1.0866412
平均 (標準偏差)0.0072323447 (±0.049836557)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 220.16 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.860.860.86
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z220.160220.160220.160
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.4411.0870.007

-
添付データ

-
試料の構成要素

+
全体 : Ternary complex of OCT4-SOX2 and SHL-6 nucleosome

全体名称: Ternary complex of OCT4-SOX2 and SHL-6 nucleosome
要素
  • 複合体: Ternary complex of OCT4-SOX2 and SHL-6 nucleosome
    • 複合体: Histonesヒストン
      • タンパク質・ペプチド: Histone H3.1ヒストンH3
      • タンパク質・ペプチド: Histone H4ヒストンH4
      • タンパク質・ペプチド: Histone H2A type 1-B/E
      • タンパク質・ペプチド: Histone H2B type 1-J
      • タンパク質・ペプチド: Histone H3.1ヒストンH3
    • 複合体: DNAデオキシリボ核酸
      • DNA: DNA (146-MER)
      • DNA: DNA (146-MER)
    • 複合体: G protein/GFP fusion protein,POU domain, class 5, transcription factor 1 (OCT4)
      • タンパク質・ペプチド: Green fluorescent protein,POU domain, class 5, transcription factor 1
    • 複合体: SOX2
      • タンパク質・ペプチド: Transcription factor SOX-2
  • リガンド: PENTANEDIALグルタルアルデヒド

+
超分子 #1: Ternary complex of OCT4-SOX2 and SHL-6 nucleosome

超分子名称: Ternary complex of OCT4-SOX2 and SHL-6 nucleosome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#9

+
超分子 #2: Histones

超分子名称: Histones / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#5
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)

+
超分子 #3: DNA

超分子名称: DNA / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #6-#7
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
組換発現生物種: synthetic construct (人工物)

+
超分子 #4: G protein/GFP fusion protein,POU domain, class 5, transcription f...

超分子名称: G protein/GFP fusion protein,POU domain, class 5, transcription factor 1 (OCT4)
タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #8
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

+
超分子 #5: SOX2

超分子名称: SOX2 / タイプ: complex / ID: 5 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #9
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

+
分子 #1: Histone H3.1

分子名称: Histone H3.1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 15.719445 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
配列文字列:
GSHMARTKQT ARKSTGGKAP RKQLATKAAR KSAPATGGVK KPHRYRPGTV ALREIRRYQK STELLIRKLP FQRLVREIAQ DFKTDLRFQ SSAVMALQEA CEAYLVGLFE DTNLCAIHAK RVTIMPKDIQ LARRIRGERA

+
分子 #2: Histone H4

分子名称: Histone H4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.676703 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
配列文字列:
GSHMSGRGKG GKGLGKGGAK RHRKVLRDNI QGITKPAIRR LARRGGVKRI SGLIYEETRG VLKVFLENVI RDAVTYTEHA KRKTVTAMD VVYALKRQGR TLYGFGG

+
分子 #3: Histone H2A type 1-B/E

分子名称: Histone H2A type 1-B/E / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 14.447825 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
配列文字列:
GSHMSGRGKQ GGKARAKAKT RSSRAGLQFP VGRVHRLLRK GNYSERVGAG APVYLAAVLE YLTAEILELA GNAARDNKKT RIIPRHLQL AIRNDEELNK LLGRVTIAQG GVLPNIQAVL LPKKTESHHK AKGK

+
分子 #4: Histone H2B type 1-J

分子名称: Histone H2B type 1-J / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 14.088336 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
配列文字列:
GSHMPEPAKS APAPKKGSKK AVTKAQKKDG KKRKRSRKES YSIYVYKVLK QVHPDTGISS KAMGIMNSFV NDIFERIAGE ASRLAHYNK RSTITSREIQ TAVRLLLPGE LAKHAVSEGT KAVTKYTSA

+
分子 #5: Histone H3.1

分子名称: Histone H3.1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 15.491173 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
配列文字列:
GSHMARTKQT ARKSTGGKAP RKQLATKAAR KSAPATGGVK KPHRYRPGTV ALREIRRYQK STELLIRKLP FQRLVREIAQ DFKTDLRFQ SSAVMALQEA CEAYLVGLFE DTNLCAIHAK RVTIMPKDIQ LARRIRGE

+
分子 #8: Green fluorescent protein,POU domain, class 5, transcription factor 1

分子名称: Green fluorescent protein,POU domain, class 5, transcription factor 1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 70.521289 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MDWSHPQFEK SAVDENLYFQ GGMVSKGEEL FTGVVPILVE LDGDVNGHKF SVSGEGEGDA TYGKLTLKFI CTTGKLPVPW PTLVTTLTY GVQCFSRYPD HMKQHDFFKS AMPEGYVQER TIFFKDDGNY KTRAEVKFEG DTLVNRIELK GIDFKEDGNI L GHKLEYNY ...文字列:
MDWSHPQFEK SAVDENLYFQ GGMVSKGEEL FTGVVPILVE LDGDVNGHKF SVSGEGEGDA TYGKLTLKFI CTTGKLPVPW PTLVTTLTY GVQCFSRYPD HMKQHDFFKS AMPEGYVQER TIFFKDDGNY KTRAEVKFEG DTLVNRIELK GIDFKEDGNI L GHKLEYNY NSHNVYIMAD KQKNGIKVNF KIRHNIEDGS VQLADHYQQN TPIGDGPVLL PDNHYLSTQS KLSKDPNEKR DH MVLLEFV TAAGITLGMD ELYKEAAAKE AAAKMAGHLA SDFAFSPPPG GGGDGPGGPE PGWVDPRTWL SFQGPPGGPG IGP GVGPGS EVWGIPPCPP PYEFCGGMAY CGPQVGVGLV PQGGLETSQP EGEAGVGVES NSDGASPEPC TVTPGAVKLE KEKL EQNPE ESQDIKALQK ELEQFAKLLK QKRITLGYTQ ADVGLTLGVL FGKVFSQTTI CRFEALQLSF KNMCKLRPLL QKWVE EADN NENLQEICKA ETLVQARKRK RTSIENRVRG NLENLFLQCP KPTLQQISHI AQQLGLEKDV VRVWFCNRRQ KGKRSS SDY AQREDFEAAG SPFSGGPVSF PLAPGPHFGT PGYGSPHFTA LYSSVPFPEG EAFPPVSVTT LGSPMHSNLP ETGGHHH HH H

+
分子 #9: Transcription factor SOX-2

分子名称: Transcription factor SOX-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 12.718679 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列:
MDWSHPQFEK SAVDENLYFQ GGMSPDRVKR PMNAFMVWSR GQRRKMAQEN PKMHNSEISK RLGAEWKLLS ETEKRPFIDE AKRLRALHM KEHPDYKYRP RRKTKT

+
分子 #6: DNA (146-MER)

分子名称: DNA (146-MER) / タイプ: dna / ID: 6 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 46.961957 KDa
配列文字列: (DA)(DT)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA) (DC)(DT)(DT)(DT)(DG)(DT)(DT)(DA)(DT)(DG) (DC)(DA)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DG)(DC) (DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC) (DG) (DT)(DA)(DG)(DA)(DC) ...文字列:
(DA)(DT)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA) (DC)(DT)(DT)(DT)(DG)(DT)(DT)(DA)(DT)(DG) (DC)(DA)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DG)(DC) (DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC) (DG) (DT)(DA)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC) (DT)(DC)(DT)(DA)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG) (DC)(DT) (DT)(DA)(DA)(DA)(DC)(DG)(DC) (DA)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC) (DT)(DG)(DT) (DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DG) (DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC) (DG)(DC)(DC)(DA) (DA)(DG)(DG)(DG)(DG) (DA)(DT)(DT)(DA)(DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DT) (DA)(DG)(DT)(DC)(DT) (DC)(DC)(DA)(DG) (DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DT)(DC)(DA) (DG)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA) (DT)(DA)(DC) (DA)(DT)(DC)(DC)(DT)(DG)(DT)(DG)(DA)(DT)

+
分子 #7: DNA (146-MER)

分子名称: DNA (146-MER) / タイプ: dna / ID: 7 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 45.634125 KDa
配列文字列: (DA)(DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC) (DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG) (DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG) (DA) (DG)(DT)(DA)(DA)(DT) ...文字列:
(DA)(DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC) (DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG) (DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG) (DA) (DG)(DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC) (DC)(DT)(DT)(DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DT) (DA)(DA) (DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG) (DG)(DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DG)(DC) (DG)(DT)(DA) (DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DG) (DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT) (DG)(DC)(DT)(DA) (DG)(DA)(DG)(DC)(DT) (DG)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DC) (DA)(DA)(DT)(DT)(DG) (DA)(DG)(DC)(DG) (DG)(DA)(DT)(DT)(DT)(DG)(DC)(DA)(DT)(DA) (DA)(DC)(DA)(DA)(DA)(DG) (DT)(DC)(DT) (DC)(DC)(DA)(DG)

+
分子 #10: PENTANEDIAL

分子名称: PENTANEDIAL / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 9 / : PTD
分子量理論値: 100.116 Da
Chemical component information

ChemComp-PTD:
PENTANEDIAL / グルタルアルデヒド / グルタルアルデヒド

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
平均電子線量: 45.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.05 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 94282

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る