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- EMDB-10406: OCT4-SOX2-bound nucleosome - SHL-6 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10406
タイトルOCT4-SOX2-bound nucleosome - SHL-6
マップデータ
試料Ternary complex of OCT4-SOX2 and SHL-6 nucleosome
  • Histonesヒストン
  • DNAデオキシリボ核酸
  • G protein/GFP fusion protein,POU domain, class 5, transcription factor 1 (OCT4)
  • SOX2
  • (Histone H3.1ヒストンH3) x 2
  • Histone H4ヒストンH4
  • Histone H2A type 1-B/E
  • Histone H2B type 1-J
  • (nucleic-acid核酸) x 2
  • Green fluorescent protein,POU domain, class 5, transcription factor 1
  • Transcription factor SOX-2
  • ligandリガンド
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of heart induction by regulation of canonical Wnt signaling pathway / cell fate commitment involved in formation of primary germ layer / regulation of DNA methylation-dependent heterochromatin assembly / glial cell fate commitment / cardiac cell fate determination / POU5F1 (OCT4), SOX2, NANOG repress genes related to differentiation / regulation of asymmetric cell division / endodermal cell fate specification / BMP signaling pathway involved in heart induction / adenohypophysis development ...regulation of heart induction by regulation of canonical Wnt signaling pathway / cell fate commitment involved in formation of primary germ layer / regulation of DNA methylation-dependent heterochromatin assembly / glial cell fate commitment / cardiac cell fate determination / POU5F1 (OCT4), SOX2, NANOG repress genes related to differentiation / regulation of asymmetric cell division / endodermal cell fate specification / BMP signaling pathway involved in heart induction / adenohypophysis development / POU5F1 (OCT4), SOX2, NANOG activate genes related to proliferation / Transcriptional regulation of pluripotent stem cells / Transcriptional Regulation by MECP2 / positive regulation of cell-cell adhesion / regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / pituitary gland development / neuronal stem cell population maintenance / eye development / response to growth factor / 再生 (生物学) / blastocyst development / miRNA binding / negative regulation of gene silencing by miRNA / somatic stem cell population maintenance / positive regulation of SMAD protein signal transduction / negative regulation of megakaryocyte differentiation / Packaging Of Telomere Ends / inner ear development / depurination / negative regulation of pri-miRNA transcription by RNA polymerase II / positive regulation of histone exchange / CENP-A containing nucleosome assembly / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / Chromatin modifying enzymes / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / Cleavage of the damaged purine / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / negative regulation of neuron differentiation / negative regulation of DNA recombination at telomere / DNA replication-independent nucleosome assembly / anatomical structure morphogenesis / telomere capping / Inhibition of DNA recombination at telomere / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / interleukin-7-mediated signaling pathway / Meiotic synapsis / 細胞分化 / chromatin silencing / RNA Polymerase I Promoter Opening / telomere organization / SUMOylation of chromatin organization proteins / Interleukin-7 signaling / DNA replication-dependent nucleosome assembly / forebrain development / DNAメチル化 / HCMV Late Events / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / rDNA heterochromatin assembly / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / innate immune response in mucosa / Condensation of Prophase Chromosomes / PRC2 methylates histones and DNA / negative regulation of gene expression, epigenetic / regulation of gene silencing / RNA Polymerase I Promoter Escape / mitotic chromosome condensation / 生物発光 / positive regulation of cell differentiation / regulation of gene silencing by miRNA / osteoblast differentiation / HDACs deacetylate histones / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / generation of precursor metabolites and energy / nuclear chromosome / NoRC negatively regulates rRNA expression / Transcriptional regulation by small RNAs / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / DNA-templated transcription, initiation / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / regulation of megakaryocyte differentiation / Metalloprotease DUBs / nucleosome assembly / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / G2/M DNA damage checkpoint / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / lipopolysaccharide binding / RMTs methylate histone arginines / HCMV Early Events / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / regulation of androgen receptor signaling pathway / Pre-NOTCH Transcription and Translation / PKMTs methylate histone lysines / ヌクレオソーム / HDMs demethylate histones / 遺伝的組換え / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / UCH proteinases
類似検索 - 分子機能
POU domain-containing protein, class 5 / Transcription factor SOX / Transcription factor SOX-2 / SOX transcription factor / Found in Pit-Oct-Unc transcription factors / Pou domain - N-terminal to homeobox domain / POU domain / POU-specific (POUs) domain signature 1. / POU-specific (POUs) domain signature 2. / POU-specific (POUs) domain profile. ...POU domain-containing protein, class 5 / Transcription factor SOX / Transcription factor SOX-2 / SOX transcription factor / Found in Pit-Oct-Unc transcription factors / Pou domain - N-terminal to homeobox domain / POU domain / POU-specific (POUs) domain signature 1. / POU-specific (POUs) domain signature 2. / POU-specific (POUs) domain profile. / POU-specific domain / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / ホメオボックス / 'Homeobox' domain profile. / ホメオボックス / Homeobox domain / HMG (high mobility group) box / HMG boxes A and B DNA-binding domains profile. / 高移動度群タンパク質 / High mobility group box domain / High mobility group box domain superfamily / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / ヒストンH2B / Histone H2B signature. / ヒストンH2B / Histone H2A signature. / Histone H2A conserved site / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / Histone 2A / ヒストンH2A / Green fluorescent protein, GFP / ヒストンH4 / Histone H4 signature. / Histone H4, conserved site / ヒストンH4 / CENP-T/Histone H4, histone fold / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF) / Green fluorescent protein-related / 緑色蛍光タンパク質 / 緑色蛍光タンパク質 / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / ヒストンH3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold / Homeobox-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・ホモロジー
Histone H2A type 1-B/E / Histone H2B type 1-J / 緑色蛍光タンパク質 / Transcription factor SOX-2 / ヒストンH4 / ヒストンH3 / POU domain, class 5, transcription factor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.05 Å
データ登録者Michael AK / Kempf G / Cavadini S / Bunker RD / Thoma NH
資金援助 スイス, 1件
OrganizationGrant number
Swiss National Science FoundationCRSII3_160734/1 スイス
引用ジャーナル: Science / : 2020
タイトル: Mechanisms of OCT4-SOX2 motif readout on nucleosomes.
著者: Alicia K Michael / Ralph S Grand / Luke Isbel / Simone Cavadini / Zuzanna Kozicka / Georg Kempf / Richard D Bunker / Andreas D Schenk / Alexandra Graff-Meyer / Ganesh R Pathare / Joscha Weiss ...著者: Alicia K Michael / Ralph S Grand / Luke Isbel / Simone Cavadini / Zuzanna Kozicka / Georg Kempf / Richard D Bunker / Andreas D Schenk / Alexandra Graff-Meyer / Ganesh R Pathare / Joscha Weiss / Syota Matsumoto / Lukas Burger / Dirk Schübeler / Nicolas H Thomä /
要旨: Transcription factors (TFs) regulate gene expression through chromatin where nucleosomes restrict DNA access. To study how TFs bind nucleosome-occupied motifs, we focused on the reprogramming factors ...Transcription factors (TFs) regulate gene expression through chromatin where nucleosomes restrict DNA access. To study how TFs bind nucleosome-occupied motifs, we focused on the reprogramming factors OCT4 and SOX2 in mouse embryonic stem cells. We determined TF engagement throughout a nucleosome at base-pair resolution in vitro, enabling structure determination by cryo-electron microscopy at two preferred positions. Depending on motif location, OCT4 and SOX2 differentially distort nucleosomal DNA. At one position, OCT4-SOX2 removes DNA from histone H2A and histone H3; however, at an inverted motif, the TFs only induce local DNA distortions. OCT4 uses one of its two DNA-binding domains to engage DNA in both structures, reading out a partial motif. These findings explain site-specific nucleosome engagement by the pluripotency factors OCT4 and SOX2, and they reveal how TFs distort nucleosomes to access chromatinized motifs.
履歴
登録2019年10月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年11月13日-
マップ公開2020年5月6日-
更新2020年7月8日-
現状2020年7月8日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10406.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.86 Å/pix.
x 256 pix.
= 220.16 Å
0.86 Å/pix.
x 256 pix.
= 220.16 Å
0.86 Å/pix.
x 256 pix.
= 220.16 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.86 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.15 / ムービー #1: 0.15
最小 - 最大-0.44070667 - 1.0866412
平均 (標準偏差)0.0072323447 (±0.049836557)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
Dimensions256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 220.16 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.860.860.86
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z220.160220.160220.160
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.4411.0870.007

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 Ternary complex of OCT4-SOX2 and SHL-6 nucleosome

全体名称: Ternary complex of OCT4-SOX2 and SHL-6 nucleosome / 構成要素数: 15

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構成要素 #1: タンパク質, Ternary complex of OCT4-SOX2 and SHL-6 nucleosome

タンパク質名称: Ternary complex of OCT4-SOX2 and SHL-6 nucleosome / 組換発現: No

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構成要素 #2: タンパク質, Histones

タンパク質名称: Histonesヒストン / 組換発現: No
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)

+
構成要素 #3: タンパク質, DNA

タンパク質名称: DNAデオキシリボ核酸 / 組換発現: No
由来生物種: synthetic construct (人工物)
由来(合成)発現系: synthetic construct (人工物)

+
構成要素 #4: タンパク質, G protein/GFP fusion protein,POU domain, class 5, transcri...

タンパク質名称: G protein/GFP fusion protein,POU domain, class 5, transcription factor 1 (OCT4)
組換発現: No
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

+
構成要素 #5: タンパク質, SOX2

タンパク質名称: SOX2 / 組換発現: No
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

+
構成要素 #6: タンパク質, Histone H3.1

タンパク質名称: Histone H3.1ヒストンH3 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 15.719445 kDa
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)

+
構成要素 #7: タンパク質, Histone H4

タンパク質名称: Histone H4ヒストンH4 / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 11.676703 kDa
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)

+
構成要素 #8: タンパク質, Histone H2A type 1-B/E

タンパク質名称: Histone H2A type 1-B/E / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 14.447825 kDa
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)

+
構成要素 #9: タンパク質, Histone H2B type 1-J

タンパク質名称: Histone H2B type 1-J / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 14.088336 kDa
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)

+
構成要素 #10: タンパク質, Histone H3.1

タンパク質名称: Histone H3.1ヒストンH3 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 15.491173 kDa
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)

+
構成要素 #11: nucleic-acid, DNA (146-MER)

核酸名称: DNA (146-MER) / クラス: DNA / Structure: OTHER / 合成: No
配列: (DA)(DT)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA) (DC)(DT)(DT)(DT)(DG)(DT)(DT)(DA)(DT)(DG) (DC)(DA)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT) (DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG) (DT)(DA)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG) ...配列:
(DA)(DT)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA) (DC)(DT)(DT)(DT)(DG)(DT)(DT)(DA)(DT)(DG) (DC)(DA)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT) (DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG) (DT)(DA)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC) (DT)(DA)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT) (DT)(DA)(DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG) (DT)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT) (DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT) (DT)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DA) (DA)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT)(DT)(DA)(DC) (DT)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DG)(DT)(DC)(DT) (DC)(DC)(DA)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT) (DG)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA) (DT)(DA)(DC)(DA)(DT)(DC)(DC)(DT)(DG)(DT) (DG)(DA)(DT)
分子量理論値: 46.961957 kDa
由来生物種: synthetic construct (人工物)

+
構成要素 #12: nucleic-acid, DNA (146-MER)

核酸名称: DNA (146-MER) / クラス: DNA / Structure: OTHER / 合成: No
配列: (DA)(DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC) (DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG) (DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG)(DA) (DG)(DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC) ...配列:
(DA)(DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC) (DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG) (DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG)(DA) (DG)(DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DT) (DT)(DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DT)(DA)(DA) (DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG)(DG)(DG)(DG) (DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DA) (DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DA) (DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DT)(DA) (DG)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DA) (DC)(DG)(DA)(DC)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG) (DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DA)(DT)(DT)(DT)(DG) (DC)(DA)(DT)(DA)(DA)(DC)(DA)(DA)(DA)(DG) (DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DA)(DG)
分子量理論値: 45.634125 kDa
由来生物種: synthetic construct (人工物)

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構成要素 #13: タンパク質, Green fluorescent protein,POU domain, class 5, transcripti...

タンパク質名称: Green fluorescent protein,POU domain, class 5, transcription factor 1
個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 70.521289 kDa
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

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構成要素 #14: タンパク質, Transcription factor SOX-2

タンパク質名称: Transcription factor SOX-2 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 12.718679 kDa
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

+
構成要素 #15: リガンド, PENTANEDIAL

リガンド名称: PENTANEDIALグルタルアルデヒド / 個数: 9 / 組換発現: No
分子量理論値: 0.100116 kDa

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実験情報

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試料調製

試料試料の状態: 粒子 / 手法: クライオ電子顕微鏡法
試料溶液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
撮影顕微鏡: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射量: 45 e/Å2 / 照射モード: FLOOD BEAM
レンズ撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ホルダモデル: OTHER
カメラ検出器: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)

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画像解析

解析手法: 単粒子再構成法 / 想定した対称性: C1 (非対称) / 投影像の数: 94282
3次元再構成ソフトウェア: cryoSPARC / 解像度: 3.05 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF

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原子モデル構築

得られたモデル

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万見について

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お知らせ

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2020年8月12日: New: 新型コロナ情報

New: 新型コロナ情報

  • 新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: New: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報:Omokage検索

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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