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- EMDB-10153: Class2A : CENP-A nucleosome in complex with CENP-C central region -

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登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10153
タイトルClass2A : CENP-A nucleosome in complex with CENP-C central region
マップデータ
試料CENP-A nucleosome in complex with CENP-C central domain:
Nucleosomeヌクレオソーム / DNAデオキシリボ核酸 / Histone H3-like centromeric protein A / Histone H4 / Histone H2A type 2-A / Histone H2B type 1-C/E/F/G/I / (nucleic-acid核酸) x 2 / Centromere protein Cセントロメア
機能・相同性
機能・相同性情報


monopolar spindle attachment to meiosis I kinetochore / centromeric DNA binding / condensed chromosome inner kinetochore / attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / kinetochore assembly / protein localization to chromosome, centromeric region / pericentric heterochromatin => GO:0005721 / condensed nuclear chromosome kinetochore / condensed chromosome, centromeric region => GO:0000779 / establishment of mitotic spindle orientation ...monopolar spindle attachment to meiosis I kinetochore / centromeric DNA binding / condensed chromosome inner kinetochore / attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / kinetochore assembly / protein localization to chromosome, centromeric region / pericentric heterochromatin => GO:0005721 / condensed nuclear chromosome kinetochore / condensed chromosome, centromeric region => GO:0000779 / establishment of mitotic spindle orientation / negative regulation of megakaryocyte differentiation / pericentric heterochromatin / chromosome, centromeric region / CENP-A containing nucleosome assembly / DNA replication-independent nucleosome assembly / mitotic cytokinesis / telomere capping / chromatin silencing / telomere organization / DNA replication-dependent nucleosome assembly / nucleosome => GO:0000786 / 動原体 / innate immune response in mucosa / rDNA heterochromatin assembly / negative regulation of gene expression, epigenetic / regulation of gene silencing by miRNA / nuclear chromosome / DNA-templated transcription, initiation / chromosome segregation / regulation of megakaryocyte differentiation / nucleosome assembly / ヌクレオソーム / midbody / mitotic cell cycle / double-strand break repair via nonhomologous end joining / chromatin organization / chromosome, telomeric region => GO:0000781 / antibacterial humoral response / nuclear body / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / protein ubiquitination / protein heterodimerization activity / defense response to Gram-positive bacterium / 細胞分裂 / chromatin => GO:0000785 / protein domain specific binding / cellular protein metabolic process / chromatin binding / viral process / protein-containing complex / RNA binding / DNA binding / extracellular space / extracellular exosome / 生体膜 / extracellular region / 核質 / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質基質
Histone H4 / Histone H2B / Histone H2A / TATA box binding protein associated factor (TAF) / Histone H2A/H2B/H3 / Histone-fold / RmlC-like cupin domain superfamily / RmlC-like jelly roll fold / Histone H4, conserved site / Mif2/CENP-C cupin domain ...Histone H4 / Histone H2B / Histone H2A / TATA box binding protein associated factor (TAF) / Histone H2A/H2B/H3 / Histone-fold / RmlC-like cupin domain superfamily / RmlC-like jelly roll fold / Histone H4, conserved site / Mif2/CENP-C cupin domain / Kinetochore assembly subunit CENP-C, N-terminal domain / Histone H3/CENP-A / Centromere protein C/Mif2/cnp3 / CENP-C, middle DNMT3B-binding domain / Histone H2A, C-terminal domain / Histone H2A conserved site / CENP-T/Histone H4, histone fold
Histone H3-like centromeric protein A / Histone H4 / Histone H2B type 1-C/E/F/G/I / Centromere protein C / Histone H2A type 2-A
生物種Homo sapiens (ヒト) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å
データ登録者Ali-Ahmad A / Bilokapic S / Schafer IB / Halic M / Sekulic N
資金援助 ノルウェー, ドイツ, 2件
OrganizationGrant number
Research Council of Norway263195 ノルウェー
European Research CouncilERC-smallRNAhet-309584 ドイツ
引用ジャーナル: EMBO Rep / : 2019
タイトル: CENP-C unwraps the human CENP-A nucleosome through the H2A C-terminal tail.
著者: Ahmad Ali-Ahmad / Silvija Bilokapić / Ingmar B Schäfer / Mario Halić / Nikolina Sekulić /
要旨: Centromeres are defined epigenetically by nucleosomes containing the histone H3 variant CENP-A, upon which the constitutive centromere-associated network of proteins (CCAN) is built. CENP-C is ...Centromeres are defined epigenetically by nucleosomes containing the histone H3 variant CENP-A, upon which the constitutive centromere-associated network of proteins (CCAN) is built. CENP-C is considered to be a central organizer of the CCAN. We provide new molecular insights into the structure of human CENP-A nucleosomes, in isolation and in complex with the CENP-C central region (CENP-C ), the main CENP-A binding module of human CENP-C. We establish that the short αN helix of CENP-A promotes DNA flexibility at the nucleosome ends, independently of the sequence it wraps. Furthermore, we show that, in vitro, two regions of human CENP-C (CENP-C and CENP-C ) both bind exclusively to the CENP-A nucleosome. We find CENP-C to bind with high affinity due to an extended hydrophobic area made up of CENP-A and CENP-A . Importantly, we identify two key conformational changes within the CENP-A nucleosome upon CENP-C binding. First, the loose DNA wrapping of CENP-A nucleosomes is further exacerbated, through destabilization of the H2A C-terminal tail. Second, CENP-C rigidifies the N-terminal tail of H4 in the conformation favoring H4 monomethylation, essential for a functional centromere.
構造検証レポート簡易版, 詳細版, XML, 構造検証レポートについて
履歴
登録2019年7月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年8月14日-
マップ公開2019年8月14日-
更新2019年11月6日-
現状2019年11月6日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
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  • 原子モデル: PDB-6see
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10153.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 18.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.3 Å/pix.
x 168 pix.
= 218.4 Å
1.3 Å/pix.
x 168 pix.
= 218.4 Å
1.3 Å/pix.
x 168 pix.
= 218.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.3 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.012 / ムービー #1: 0.012
最小 - 最大-0.015328218 - 0.041670896
平均 (標準偏差)0.00023584346 (±0.0025949783)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
Dimensions168168168
Spacing168168168
セルA=B=C: 218.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.31.31.3
M x/y/z168168168
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z218.400218.400218.400
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS168168168
D min/max/mean-0.0150.0420.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 CENP-A nucleosome in complex with CENP-C central domain

全体名称: CENP-A nucleosome in complex with CENP-C central domain
構成要素数: 10

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構成要素 #1: タンパク質, CENP-A nucleosome in complex with CENP-C central domain

タンパク質名称: CENP-A nucleosome in complex with CENP-C central domain
組換発現: No

+
構成要素 #2: タンパク質, Nucleosome

タンパク質名称: Nucleosomeヌクレオソーム / 組換発現: No
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: Escherichia coli (大腸菌)

+
構成要素 #3: タンパク質, DNA

タンパク質名称: DNAデオキシリボ核酸 / 組換発現: No
由来生物種: synthetic construct (人工物)
由来(合成)発現系: Escherichia coli (大腸菌)

+
構成要素 #4: タンパク質, Histone H3-like centromeric protein A

タンパク質名称: Histone H3-like centromeric protein A / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 16.02363 kDa
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: Escherichia coli (大腸菌)

+
構成要素 #5: タンパク質, Histone H4

タンパク質名称: Histone H4 / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 11.394426 kDa
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: Escherichia coli (大腸菌)

+
構成要素 #6: タンパク質, Histone H2A type 2-A

タンパク質名称: Histone H2A type 2-A / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 14.125549 kDa
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: Escherichia coli (大腸菌)

+
構成要素 #7: タンパク質, Histone H2B type 1-C/E/F/G/I

タンパク質名称: Histone H2B type 1-C/E/F/G/I / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 13.937213 kDa
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: Escherichia coli (大腸菌)

+
構成要素 #8: nucleic-acid, DNA (145-MER)

核酸名称: DNA (145-MER) / クラス: DNA / Structure: OTHER / 合成: No
配列: (DA)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC) (DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA)(DG) (DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA)(DT) (DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG)(DA) (DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT) ...配列:
(DA)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC) (DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA)(DG) (DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA)(DT) (DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG)(DA) (DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA)(DG)(DC) (DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA) (DC)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC)(DG) (DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC) (DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA) (DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DA)(DA)(DG)(DG)(DG) (DG)(DA)(DT)(DT)(DA)(DC)(DT)(DC)(DC)(DC) (DT)(DA)(DG)(DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DA)(DG) (DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DT)(DC)(DA) (DG)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DC)(DA) (DT)(DC)(DG)(DA)(DT)
分子量理論値: 44.520383 kDa
由来生物種: synthetic construct (人工物)

+
構成要素 #9: nucleic-acid, DNA (145-MER)

核酸名称: DNA (145-MER) / クラス: DNA / Structure: OTHER / 合成: No
配列: (DA)(DT)(DC)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC)(DA) (DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA) (DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG)(DA)(DG) (DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC) ...配列:
(DA)(DT)(DC)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC)(DA) (DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA) (DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG)(DA)(DG) (DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DT)(DT) (DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA) (DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA) (DC)(DA)(DG)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC) (DG)(DT)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA) (DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DT)(DA)(DG) (DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC) (DG)(DA)(DC)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DA) (DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG) (DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT)(DT) (DC)(DT)(DG)(DA)(DT)
分子量理論値: 44.99166 kDa
由来生物種: synthetic construct (人工物)

+
構成要素 #10: タンパク質, Centromere protein C

タンパク質名称: Centromere protein Cセントロメア / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 14.20475 kDa
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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試料調製

試料試料の状態: 粒子 / 手法: クライオ電子顕微鏡法
試料溶液試料濃度: 1.2 mg/mL / pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
撮影顕微鏡: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射量: 100 e/Å2 / 照射モード: FLOOD BEAM
レンズ撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ホルダモデル: OTHER
カメラ検出器: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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画像解析

解析手法: 単粒子再構成法 / 想定した対称性: C1 (非対称) / 投影像の数: 11000
3次元再構成解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF

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原子モデル構築

得られたモデル

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万見について

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お知らせ

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2020年8月12日: New: 新型コロナ情報

New: 新型コロナ情報

  • 新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: New: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報:Omokage検索

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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