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- EMDB-10052: Cryo-EM structure of the 90S pre-ribosome (Kre33-Noc4) from Chaet... -

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データベース: EMDB / ID: EMD-10052
タイトルCryo-EM structure of the 90S pre-ribosome (Kre33-Noc4) from Chaetomium thermophilum, state B1
マップデータ
試料90S pre-ribosome, state B1
  • Periodic tryptophan protein 2-like protein
  • Utp2
  • Utp3
  • Utp4
  • Utp6
  • Utp7
  • UTP10
  • (U3 small nucleolar ...) x 2
  • Utp12
  • Utp13
  • Utp14
  • Utp15
  • Utp17
  • Utp18
  • Putative U3 snoRNP protein
  • Utp24
  • Utp30
  • Nop1
  • Nop56
  • Nop58
  • Snu13NHP2L1
  • Rrp9
  • RNA 3'-terminal phosphate cyclase-like protein
  • Bms1
  • Imp3
  • (Putative U3 small nucleolar ...) x 2
  • Sof1
  • Emg1
  • KRR1 small subunit processome component
  • Pre-rRNA-processing protein PNO1
  • Kre33
  • Fcf2
  • (40S ribosomal protein ...) x 15
  • Faf1
  • (nucleic-acid核酸) x 2
  • Ribosome biogenesis protein ENP2リボソーム生合成
  • Utp20
  • Utp8
  • Utp5
  • Noc4
  • Putative ribosomal protein
  • Enp1
  • Bfr2
  • Utp16
  • (ligandリガンド) x 3
機能・相同性
機能・相同性情報


rRNA cytidine N-acetyltransferase activity / tRNA acetylation / mRNA modification / Mpp10 complex / rRNA (pseudouridine) methyltransferase activity / rRNA modification / endonucleolytic cleavage in 5'-ETS of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / nuclear microtubule / endonucleolytic cleavage to generate mature 5'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / box C/D RNP complex ...rRNA cytidine N-acetyltransferase activity / tRNA acetylation / mRNA modification / Mpp10 complex / rRNA (pseudouridine) methyltransferase activity / rRNA modification / endonucleolytic cleavage in 5'-ETS of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / nuclear microtubule / endonucleolytic cleavage to generate mature 5'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / box C/D RNP complex / snRNA binding / rRNA base methylation / protein localization to nucleolus / U3 snoRNA binding / rRNA export from nucleus / sno(s)RNA-containing ribonucleoprotein complex / 90S preribosome / preribosome, small subunit precursor / snoRNA binding / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / 転写後修飾 / small-subunit processome / ribosomal small subunit biogenesis / nuclear periphery / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / 助触媒 / small ribosomal subunit rRNA binding / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / rRNA processing / 転写後修飾 / methyltransferase activity / リボソーム生合成 / cytosolic small ribosomal subunit / ribonucleoprotein complex / small ribosomal subunit / tRNA binding / メチル化 / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / protein ubiquitination / 翻訳 (生物学) / GTPase activity / GTP binding / 核小体 / RNA binding / 生体膜 / ATP binding / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質
WD40-repeat-containing domain / Ribosomal protein S4e, N-terminal / BP28, C-terminal domain / NOP5, N-terminal / NOSIC / U3 snoRNA associated / tRNA(Met) cytidine acetyltransferase TmcA, N-terminal / RNA 3'-terminal phosphate cyclase, insert domain / RNA 3'-terminal phosphate cyclase/enolpyruvate transferase, alpha/beta / Ribosomal protein S4e, central region ...WD40-repeat-containing domain / Ribosomal protein S4e, N-terminal / BP28, C-terminal domain / NOP5, N-terminal / NOSIC / U3 snoRNA associated / tRNA(Met) cytidine acetyltransferase TmcA, N-terminal / RNA 3'-terminal phosphate cyclase, insert domain / RNA 3'-terminal phosphate cyclase/enolpyruvate transferase, alpha/beta / Ribosomal protein S4e, central region / AARP2CN / Small-subunit processome, Utp13 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 6 / Ribosomal protein S6, eukaryotic / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein L2, domain 2 / Fcf2 pre-rRNA processing, C-terminal / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Armadillo-type fold / BING4, C-terminal domain / Ribosomal protein L23/L15e core domain superfamily / RNA 3'-terminal phosphate cyclase type 2 / S15/NS1, RNA-binding / Sas10/Utp3/C1D / Small-subunit processome, Utp12 / Nucleolar protein 14 / Sof1-like protein / Small-subunit processome, Utp21 / Helicase domain / Bystin / Ribosomal protein S13-like, H2TH / Apoptosis-antagonizing transcription factor, C-terminal / Quinoprotein amine dehydrogenase, beta chain-like / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / Down-regulated-in-metastasis protein / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / U3 small nucleolar ribonucleoprotein complex, subunit Mpp10 / Nucleic acid-binding, OB-fold / NUC153 / Ribosomal protein S13/S15, N-terminal / Ribosomal protein L1, 3-layer alpha/beta-sandwich / 40S ribosomal protein S4, C-terminal domain / Brix domain / 30s ribosomal protein S13, C-terminal / RNA 3'-terminal phosphate cyclase domain / Ribosomal protein S7 domain / Ribosomal RNA assembly KRR1 / AATF leucine zipper-containing domain / Periodic tryptophan protein 2 / Nucleolar complex protein 4 / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 40S ribosomal protein S1/3, eukaryotes / Ribosomal protein S15P / Possible tRNA binding domain / Ribosomal protein S17, archaeal/eukaryotic / Ribosomal protein L1/ribosomal biogenesis protein / Ribosomal protein S28e conserved site / Helix hairpin bin domain superfamily / tRNA (guanine-N1-)-methyltransferase, N-terminal / Alpha/beta knot methyltransferases / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase / Ribosomal protein L1-like / Ribosomal protein S4/S9 / Ribosomal protein S4, conserved site / Sas10 C-terminal domain / Ribosomal S24e conserved site / Ribosomal S11, conserved site / Ribosomal protein S4e, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S13, conserved site / Ribosomal protein S3Ae, conserved site / Ribosomal protein S6e, conserved site / Pyrrolo-quinoline quinone beta-propeller repeat / Ribosomal protein L7Ae/L8/Nhp2 family / U3 small nucleolar RNA-associated protein 15, C-terminal / Ribosomal protein S8e/ribosomal biogenesis NSA2 / WD40 repeat, conserved site / Ribosomal protein S17, conserved site / G-protein beta WD-40 repeat / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / Ribosomal protein S9, conserved site / Ribosomal protein S7, conserved site / Fibrillarin, conserved site / U3 small nucleolar RNA-associated protein 10, N-terminal / Small-subunit processome, Utp11 / Ribosome biogenesis protein BMS1/TSR1, C-terminal / Bms1/Tsr1-type G domain / RNA-binding S4 domain superfamily / GNAT domain / 40S ribosomal protein S11, N-terminal / TmcA/NAT10/Kre33 / RNA cytidine acetyltransferase NAT10 / Small-subunit processome, Utp14 / Ribosomal protein S8 superfamily / Nop domain superfamily / WD40-repeat-containing domain superfamily / RNA 3'-terminal phosphate cyclase, insert domain superfamily / K Homology domain, type 1 superfamily / Ribosomal protein S7 domain superfamily / Ribosomal protein S11 superfamily / RNA 3'-terminal phosphate cyclase domain superfamily
S4 RNA-binding domain-containing protein / Uncharacterized protein / WD_REPEATS_REGION domain-containing protein / 40S ribosomal protein S16-like protein / WD_REPEATS_REGION domain-containing protein / Ribosome biogenesis protein ENP2 / Protein BFR2 / 40S ribosomal protein S28-like protein / Putative U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein / Uncharacterized protein ...S4 RNA-binding domain-containing protein / Uncharacterized protein / WD_REPEATS_REGION domain-containing protein / 40S ribosomal protein S16-like protein / WD_REPEATS_REGION domain-containing protein / Ribosome biogenesis protein ENP2 / Protein BFR2 / 40S ribosomal protein S28-like protein / Putative U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein / Uncharacterized protein / 40S ribosomal protein S7 / WD_REPEATS_REGION domain-containing protein / DRIM domain-containing protein / Uncharacterized protein / Putative U3 small nucleolar ribonucleoprotein / WD_REPEATS_REGION domain-containing protein / 40S ribosomal protein S11-like protein / U3 small nucleolar RNA-associated protein 11 / Periodic tryptophan protein 2-like protein / 40S ribosomal protein S14-like protein / Uncharacterized protein / WD_REPEATS_REGION domain-containing protein / Ribonucloprotein / Histone-glutamine methyltransferase / 40S ribosomal protein S22-like protein / U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein lcp5-like protein / Uncharacterized protein CTHT_0071780 / Putative U3 snoRNP protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / 40S ribosomal protein S4 / 40S ribosomal protein s23-like protein / 40S ribosomal protein S6 / 40S ribosomal protein S8 / DDB1- and CUL4-associated factor 13 / Nucleolar protein 58 / Utp12 domain-containing protein / WD_REPEATS_REGION domain-containing protein / CBF domain-containing protein / WD_REPEATS_REGION domain-containing protein / 40S ribosomal protein S13-like protein / RNA 3'-terminal phosphate cyclase-like protein / 40S ribosomal protein s9-like protein / 40S ribosomal protein s5-like protein / 40S ribosomal protein S1 / RNA cytidine acetyltransferase / Nucleolar protein 58 / Pre-rRNA-processing protein PNO1 / KRR1 small subunit processome component / Bms1-type G domain-containing protein / Fcf2 domain-containing protein / Sas10 domain-containing protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / U3 small nucleolar RNA-associated protein 10 / Uncharacterized protein / Putative ribosomal protein / 40S ribosomal protein S24
生物種Chaetomium thermophilum (菌類)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Cheng J / Kellner N / Griesel S / Berninghausen O / Beckmann R / Hurt E
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2019
タイトル: Thermophile 90S Pre-ribosome Structures Reveal the Reverse Order of Co-transcriptional 18S rRNA Subdomain Integration.
著者: Jingdong Cheng / Jochen Baßler / Paulina Fischer / Benjamin Lau / Nikola Kellner / Ruth Kunze / Sabine Griesel / Martina Kallas / Otto Berninghausen / Daniela Strauss / Roland Beckmann / Ed Hurt /
要旨: Eukaryotic ribosome biogenesis involves RNA folding and processing that depend on assembly factors and small nucleolar RNAs (snoRNAs). The 90S (SSU-processome) is the earliest pre-ribosome ...Eukaryotic ribosome biogenesis involves RNA folding and processing that depend on assembly factors and small nucleolar RNAs (snoRNAs). The 90S (SSU-processome) is the earliest pre-ribosome structurally analyzed, which was suggested to assemble stepwise along the growing pre-rRNA from 5' > 3', but this directionality may not be accurate. Here, by analyzing the structure of a series of 90S assembly intermediates from Chaetomium thermophilum, we discover a reverse order of 18S rRNA subdomain incorporation. Large parts of the 18S rRNA 3' and central domains assemble first into the 90S before the 5' domain is integrated. This final incorporation depends on a contact between a heterotrimer Enp2-Bfr2-Lcp5 recruited to the flexible 5' domain and Kre33, which reconstitutes the Kre33-Enp-Brf2-Lcp5 module on the compacted 90S. Keeping the 5' domain temporarily segregated from the 90S scaffold could provide extra time to complete the multifaceted 5' domain folding, which depends on a distinct set of snoRNAs and processing factors.
構造検証レポート簡易版, 詳細版, XML, 構造検証レポートについて
履歴
登録2019年6月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年8月14日-
マップ公開2019年8月14日-
更新2020年12月2日-
現状2020年12月2日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
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  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 原子モデル: PDB-6rxu
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10052.png

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10052.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

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明度
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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 480 pix.
= 520.32 Å		1.08 Å/pix.
x 480 pix.
= 520.32 Å		1.08 Å/pix.
x 480 pix.
= 520.32 Å

表面

投影像

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断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.084 Å
密度

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表面レベル登録者による: 0.03 / ムービー #1: 0.04
最小 - 最大-0.23713444 - 0.359036
平均 (標準偏差)0.0005698588 (±0.009769347)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
Dimensions480480480
Spacing480480480
セルA=B=C: 520.32 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0841.0841.084
M x/y/z480480480
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z520.320520.320520.320
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS480480480
D min/max/mean-0.2370.3590.001

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添付データ

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追加マップ: focus base refinement

ファイルemd_10052_additional_1.map
注釈focus base refinement
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

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密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: focus head refinement

ファイルemd_10052_additional_2.map
注釈focus head refinement
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: focus platform refinement

ファイルemd_10052_additional_3.map
注釈focus platform refinement
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_10052_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
ハーフマップ: #1

ファイルemd_10052_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

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断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

+
全体 90S pre-ribosome, state B1

全体名称: 90S pre-ribosome, state B1 / 構成要素数: 65

+
構成要素 #1: タンパク質, 90S pre-ribosome, state B1

タンパク質名称: 90S pre-ribosome, state B1 / 組換発現: No
由来生物種: Chaetomium thermophilum (菌類)

+
構成要素 #2: タンパク質, Periodic tryptophan protein 2-like protein

タンパク質名称: Periodic tryptophan protein 2-like protein / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 100.817508 kDa
由来生物種: Chaetomium thermophilum (菌類)

+
構成要素 #3: タンパク質, Utp2

タンパク質名称: Utp2 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 103.960703 kDa
由来生物種: Chaetomium thermophilum (菌類)

+
構成要素 #4: タンパク質, Utp3

タンパク質名称: Utp3 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 73.214633 kDa
由来生物種: Chaetomium thermophilum (菌類)

+
構成要素 #5: タンパク質, Utp4

タンパク質名称: Utp4 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 97.696523 kDa
由来生物種: Chaetomium thermophilum (菌類)

+
構成要素 #6: タンパク質, Utp6

タンパク質名称: Utp6 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 46.924773 kDa
由来生物種: Chaetomium thermophilum (菌類)

+
構成要素 #7: タンパク質, Utp7

タンパク質名称: Utp7 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 63.629379 kDa
由来生物種: Chaetomium thermophilum (菌類)

+
構成要素 #8: タンパク質, UTP10

タンパク質名称: UTP10 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 198.508438 kDa
由来生物種: Chaetomium thermophilum (菌類)

+
構成要素 #9: タンパク質, U3 small nucleolar RNA-associated protein 11

タンパク質名称: U3 small nucleolar RNA-associated protein 11 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 31.37965 kDa
由来生物種: Chaetomium thermophilum (菌類)

+
構成要素 #10: タンパク質, Utp12

タンパク質名称: Utp12 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 107.573039 kDa
由来生物種: Chaetomium thermophilum (菌類)

+
構成要素 #11: タンパク質, Utp13

タンパク質名称: Utp13 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 100.430352 kDa
由来生物種: Chaetomium thermophilum (菌類)

+
構成要素 #12: タンパク質, Utp14

タンパク質名称: Utp14 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 104.741391 kDa
由来生物種: Chaetomium thermophilum (菌類)

+
構成要素 #13: タンパク質, Utp15

タンパク質名称: Utp15 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 60.524145 kDa
由来生物種: Chaetomium thermophilum (菌類)

+
構成要素 #14: タンパク質, Utp17

タンパク質名称: Utp17 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 105.039695 kDa
由来生物種: Chaetomium thermophilum (菌類)

+
構成要素 #15: タンパク質, Utp18

タンパク質名称: Utp18 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 69.055141 kDa
由来生物種: Chaetomium thermophilum (菌類)

+
構成要素 #16: タンパク質, Putative U3 snoRNP protein

タンパク質名称: Putative U3 snoRNP protein / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 115.122008 kDa
由来生物種: Chaetomium thermophilum (菌類)

+
構成要素 #17: タンパク質, Utp24

タンパク質名称: Utp24 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 22.135992 kDa
由来生物種: Chaetomium thermophilum (菌類)

+
構成要素 #18: タンパク質, Utp30

タンパク質名称: Utp30 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 43.700527 kDa
由来生物種: Chaetomium thermophilum (菌類)

+
構成要素 #19: タンパク質, Nop1

タンパク質名称: Nop1 / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 32.960844 kDa
由来生物種: Chaetomium thermophilum (菌類)

+
構成要素 #20: タンパク質, Nop56

タンパク質名称: Nop56 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 57.830699 kDa
由来生物種: Chaetomium thermophilum (菌類)

+
構成要素 #21: タンパク質, Nop58

タンパク質名称: Nop58 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 64.292113 kDa
由来生物種: Chaetomium thermophilum (菌類)

+
構成要素 #22: タンパク質, Snu13

タンパク質名称: Snu13NHP2L1 / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 13.831854 kDa
由来生物種: Chaetomium thermophilum (菌類)

+
構成要素 #23: タンパク質, Rrp9

タンパク質名称: Rrp9 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 69.610438 kDa
由来生物種: Chaetomium thermophilum (菌類)

+
構成要素 #24: タンパク質, RNA 3'-terminal phosphate cyclase-like protein

タンパク質名称: RNA 3'-terminal phosphate cyclase-like protein / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 43.399766 kDa
由来生物種: Chaetomium thermophilum (菌類)

+
構成要素 #25: タンパク質, Bms1

タンパク質名称: Bms1 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 134.17225 kDa
由来生物種: Chaetomium thermophilum (菌類)

+
構成要素 #26: タンパク質, Imp3

タンパク質名称: Imp3 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 21.802396 kDa
由来生物種: Chaetomium thermophilum (菌類)

+
構成要素 #27: タンパク質, Putative U3 small nucleolar ribonucleoprotein

タンパク質名称: Putative U3 small nucleolar ribonucleoprotein / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 34.216266 kDa
由来生物種: Chaetomium thermophilum (菌類)

+
構成要素 #28: タンパク質, Putative U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein

タンパク質名称: Putative U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein
個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 86.082141 kDa
由来生物種: Chaetomium thermophilum (菌類)

+
構成要素 #29: タンパク質, Sof1

タンパク質名称: Sof1 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 50.869828 kDa
由来生物種: Chaetomium thermophilum (菌類)

+
構成要素 #30: タンパク質, Emg1

タンパク質名称: Emg1 / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 27.936164 kDa
由来生物種: Chaetomium thermophilum (菌類)

+
構成要素 #31: タンパク質, KRR1 small subunit processome component

タンパク質名称: KRR1 small subunit processome component / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 37.500777 kDa
由来生物種: Chaetomium thermophilum (菌類)

+
構成要素 #32: タンパク質, Pre-rRNA-processing protein PNO1

タンパク質名称: Pre-rRNA-processing protein PNO1 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 28.715047 kDa
由来生物種: Chaetomium thermophilum (菌類)

+
構成要素 #33: タンパク質, Kre33

タンパク質名称: Kre33 / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 119.795125 kDa
由来生物種: Chaetomium thermophilum (菌類)

+
構成要素 #34: タンパク質, Fcf2

タンパク質名称: Fcf2 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 22.569129 kDa
由来生物種: Chaetomium thermophilum (菌類)

+
構成要素 #35: タンパク質, 40S ribosomal protein S1

タンパク質名称: 40S ribosomal protein S1 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 29.245158 kDa
由来生物種: Chaetomium thermophilum (菌類)

+
構成要素 #36: タンパク質, 40S ribosomal protein S4

タンパク質名称: 40S ribosomal protein S4 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 29.800764 kDa
由来生物種: Chaetomium thermophilum (菌類)

+
構成要素 #37: タンパク質, 40S ribosomal protein s5-like protein

タンパク質名称: 40S ribosomal protein s5-like proteinリボソーム
個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 23.679225 kDa
由来生物種: Chaetomium thermophilum (菌類)

+
構成要素 #38: タンパク質, 40S ribosomal protein S6

タンパク質名称: 40S ribosomal protein S6 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 27.490139 kDa
由来生物種: Chaetomium thermophilum (菌類)

+
構成要素 #39: タンパク質, 40S ribosomal protein S7

タンパク質名称: 40S ribosomal protein S7 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 23.08465 kDa
由来生物種: Chaetomium thermophilum (菌類)

+
構成要素 #40: タンパク質, 40S ribosomal protein S8

タンパク質名称: 40S ribosomal protein S8 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 23.102416 kDa
由来生物種: Chaetomium thermophilum (菌類)

+
構成要素 #41: タンパク質, 40S ribosomal protein s9-like protein

タンパク質名称: 40S ribosomal protein s9-like proteinリボソーム
個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 22.029836 kDa
由来生物種: Chaetomium thermophilum (菌類)

+
構成要素 #42: タンパク質, 40S ribosomal protein S13-like protein

タンパク質名称: 40S ribosomal protein S13-like proteinリボソーム
個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 16.912891 kDa
由来生物種: Chaetomium thermophilum (菌類)

+
構成要素 #43: タンパク質, 40S ribosomal protein S14-like protein

タンパク質名称: 40S ribosomal protein S14-like proteinリボソーム
個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 16.071464 kDa
由来生物種: Chaetomium thermophilum (菌類)

+
構成要素 #44: タンパク質, 40S ribosomal protein S16-like protein

タンパク質名称: 40S ribosomal protein S16-like proteinリボソーム
個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 15.962771 kDa
由来生物種: Chaetomium thermophilum (菌類)

+
構成要素 #45: タンパク質, 40S ribosomal protein S11-like protein

タンパク質名称: 40S ribosomal protein S11-like proteinリボソーム
個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 18.698182 kDa
由来生物種: Chaetomium thermophilum (菌類)

+
構成要素 #46: タンパク質, 40S ribosomal protein S22-like protein

タンパク質名称: 40S ribosomal protein S22-like proteinリボソーム
個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 14.905471 kDa
由来生物種: Chaetomium thermophilum (菌類)

+
構成要素 #47: タンパク質, 40S ribosomal protein s23-like protein

タンパク質名称: 40S ribosomal protein s23-like proteinリボソーム
個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 15.934653 kDa
由来生物種: Chaetomium thermophilum (菌類)

+
構成要素 #48: タンパク質, 40S ribosomal protein S24

タンパク質名称: 40S ribosomal protein S24 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 15.535286 kDa
由来生物種: Chaetomium thermophilum (菌類)

+
構成要素 #49: タンパク質, 40S ribosomal protein S28-like protein

タンパク質名称: 40S ribosomal protein S28-like proteinリボソーム
個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 7.74198 kDa
由来生物種: Chaetomium thermophilum (菌類)

+
構成要素 #50: タンパク質, Faf1

タンパク質名称: Faf1 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 34.576586 kDa
由来生物種: Chaetomium thermophilum (菌類)

+
構成要素 #51: nucleic-acid, 35S rRNA

核酸名称: 35S rRNA / クラス: RNA / Structure: OTHER / 合成: No
配列: GGGGGGAUGU CCGGGUCGCC CUGGGCACCU CUCCGCGGCA GCCUUCGCGG GCAAGCCGUA GUCCCGGUUC AUACGUCGCC GCAAUCGCGA GGGGACCAAC GGGUAACCGU UCCUCCAAGC GGUCGCCGGC GAGCACCACC CCAGCCCCGC CGCCGCCCCC AGCGCACCGC ...配列:
GGGGGGAUGU CCGGGUCGCC CUGGGCACCU CUCCGCGGCA GCCUUCGCGG GCAAGCCGUA GUCCCGGUUC AUACGUCGCC GCAAUCGCGA GGGGACCAAC GGGUAACCGU UCCUCCAAGC GGUCGCCGGC GAGCACCACC CCAGCCCCGC CGCCGCCCCC AGCGCACCGC GCGCAGGGGG GCCGGCGCGG CAUCUGGGAA GACUCCUAAG GCGCAAGGGA AUACCCCGUG UGCGCCGGGG GUUGGGCUCU GUGGGUGCUU GGCCGCUGGC CAGACCUACU UCAAAGCCAC CGGGGGUACC UACCGGUUGG GGAAGCCCUA GCGGCUGAAC CUCUCGGUCG GGCCUCCUCU UGGGGCGCCU AGGCGGUGUC UUCGGGUCGC GUGCAGCCUC CCGUCCUCGC CUGCCGACAG CGCUCUGGGG AAUUCAGGAG GGGAAAGCAG AUGUGCCCCG CGGCGAGACU GGCGCACCGC CGGACGAGCU GCUGGGGCAC GCGGGUACGC UAGCCGCUAG CGCCCGCCAG CCUGUAACUA GAGUGAACUC GGCCGCCCUG AAACACGGGC GGUUGGCCUG CUUAGGCGCA CGAUAGUUAC CUGGUUGAUU CUGCCAGUAG UCAUAUGCUU GUCUCAAAGA UUAAGCCAUG CAUGUCUAAG UAUAAGCAAU UAUACAGCGA AACUGCGAAU GGCUCAUUAA AUCAGUUAUC GUUUAUUUGA UAGUACCUUA CUACAUGGAU AACCGUGGUA AUUCUAGAGC UAAUACAUGC UGAAAAUCCC GACUUCGGAA GGGAUGUAUU UAUUAGAUUA AAAACCAAUG CCCUUCGGGG CUUUCUGGUG AUUCAUAAUA ACUUCUCGAA UCGCACGGCC UUGCGCCGGC GAUGGUUCAU UCAAAUUUCU GCCCUAUCAA CUUUCGACGG CUGGGUAUUG GCCAGCCGUG GUGACAACGG GUAACGGAGG GUUAGGGCUC GACCCCGGAG AAGGAGCCUG AGAAACGGCU ACUACAUCCA AGGAAGGCAG CAGGCGCGCA AAUUACCCAA UCCCGACACG GGGAGGUAGU GACAAUAAAU ACUGAUACAG GGCUCUUUCG GGUCUUGUAA UUGGAAUGAG UACAAUUUAA AUCCCUUAAC GAGGAACAAU UGGAGGGCAA GUCUGGUGCC AGCAGCCGCG GUAAUUCCAG CUCCAAUAGC GUAUAUUAAA GUUGUUGAGG UUAAAAAGCU CGUAGUUGAA CCUUGGGCCU AGCCCGCCGG UCCGCCUCAC CGCGUGCACU GGCUGGGCUG GGCCUUUCCU UCUGGAGAAC CGCAUGCCCU UCACUGGGUG UGUCGGGGAA CCAGGACUUU UACUCUGAAC AAAUUAGAUC GCUUAAAGAA GGCCUAUGCU UGAAUACAUU AGCAUGGAAU AAUAGAAUAG GACGUGUGGU UCUAUUUUGU UGGUUUCUAG GACCGCCGUA AUGAUUAAUA GGGACAGUCG GGGGCGUCAG UAUUCAAUUG UCAGAGGUGA AAUUCUUGGA UUUAUUGAAG ACUAACAACU GCGAAAGCAU UCGCCAAGGA UGUUUUCAUU AAUCAGGAAC GAAAGUUAGG GGAUCGAAGA CGAUCAGAUA CCGUCGUAGU CUUAACCAUA AACUAUGCCG AUUAGGGAUC GGACGGCGUU UAUUUUUGAC CCGUUCGGCA CCUUACGAUA AAUCAAAAUG UUUGGGCUCC UGGGGGAGUA UGGUCGCAAG GCUGAAACUU AAAGAAAUUG ACGGAAGGGC ACCACCAGGG GUGGAGCCUG CGGCUUAAUU UGACUCAACA CGGGGAAACU CACCAGGUCC AGACACGAUG AGGAUUGACA GAUUGAGAGC UCUUUCUUGA UUUCGUGGGU GGUGGUGCAU GGCCGUUCUU AGUUGGUGGA GUGAUUUGUC UGCUUAAUUG CGAUAACGAA CGAGACCUUA ACCUGCUAAA UAGCCCGUAU UGCCUUGGCA GUACGCCGGC UUCUUAGAGG GACUAUCGGC UCAAGCCGAU GGAAGUUUGA GGCAAUAACA GGUCUGUGAU GCCCUUAGAU GUUCUGGGCC GCACGCGCGC UACACUGACA GAGCCAGCGA GUACUCCCUU GGCCGAGAGG CCCGGGUAAU CUUGUUAAAC UCUGUCGUGC UGGGGAUAGA GCAUUGCAAU UAUUGCUCUU CAACGAGGAA UCCCUAGUAA GCGCAAGUCA UCAGCUUGCG UUGAUUACGU CCCUGCCCUU UGUACACACC GCCCGUCGCU ACUACCGAUC CAGAGAGGUC GGCAACGACC ACUCAGGGCC GGAAAGUUAU CCAAACUCGG UCGUUUAGAG GAAGUAAAAG UCGUAACAAG GUCUCCGUAG GUGAACCUGC GGAGGGAUCA UU
分子量理論値: 758.475312 kDa
由来生物種: Chaetomium thermophilum (菌類)

+
構成要素 #52: nucleic-acid, U3 snoRNA

核酸名称: U3 snoRNA / クラス: RNA / Structure: OTHER / 合成: No
配列: AGCGACAAUA CUUCAGAGAA UCAUUUCUAU AGUAGUUGUC CUCUCUUGUG UUUCCUAAAG GAGCCACAGA UCCCACCCGG GUUGAUGAAC GAGAUCCUCG GCGCCAGUGA GGUCCAUUUA CUCUCGCUCU ACCUGCAAAG GUGGCGGUCG CGUGCCUCGU CUCGCGGCUG ...配列:
AGCGACAAUA CUUCAGAGAA UCAUUUCUAU AGUAGUUGUC CUCUCUUGUG UUUCCUAAAG GAGCCACAGA UCCCACCCGG GUUGAUGAAC GAGAUCCUCG GCGCCAGUGA GGUCCAUUUA CUCUCGCUCU ACCUGCAAAG GUGGCGGUCG CGUGCCUCGU CUCGCGGCUG UAUAGAGAGU GGCGAUGAUC UGUACCCCGC GGGGUGGGUG UCGAUGGAAG UCUGACCGGC
分子量理論値: 73.966539 kDa
由来生物種: Chaetomium thermophilum (菌類)

+
構成要素 #53: タンパク質, Ribosome biogenesis protein ENP2

タンパク質名称: Ribosome biogenesis protein ENP2リボソーム生合成
個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 75.833805 kDa
由来生物種: Chaetomium thermophilum (菌類)

+
構成要素 #54: タンパク質, Utp20

タンパク質名称: Utp20 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 295.278938 kDa
由来生物種: Chaetomium thermophilum (菌類)

+
構成要素 #55: タンパク質, Utp8

タンパク質名称: Utp8 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 102.421133 kDa
由来生物種: Chaetomium thermophilum (菌類)

+
構成要素 #56: タンパク質, Utp5

タンパク質名称: Utp5 / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 44.663355 kDa
由来生物種: Chaetomium thermophilum (菌類)

+
構成要素 #57: タンパク質, Noc4

タンパク質名称: Noc4 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 63.331664 kDa
由来生物種: Chaetomium thermophilum (菌類)

+
構成要素 #58: タンパク質, Putative ribosomal protein

タンパク質名称: Putative ribosomal protein / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 17.826707 kDa
由来生物種: Chaetomium thermophilum (菌類)

+
構成要素 #59: タンパク質, Enp1

タンパク質名称: Enp1 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 54.319605 kDa
由来生物種: Chaetomium thermophilum (菌類)

+
構成要素 #60: タンパク質, U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein lcp5-like protein

タンパク質名称: U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein lcp5-like protein
個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 42.625387 kDa
由来生物種: Chaetomium thermophilum (菌類)

+
構成要素 #61: タンパク質, Bfr2

タンパク質名称: Bfr2 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 69.040602 kDa
由来生物種: Chaetomium thermophilum (菌類)

+
構成要素 #62: タンパク質, Utp16

タンパク質名称: Utp16 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 40.726016 kDa
由来生物種: Chaetomium thermophilum (菌類)

+
構成要素 #63: リガンド, ZINC ION

リガンド名称: ZINC ION / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 6.540905 MDa

+
構成要素 #64: リガンド, GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

リガンド名称: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATEグアノシン三リン酸
個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 0.52318 kDa

+
構成要素 #65: リガンド, MAGNESIUM ION

リガンド名称: MAGNESIUM ION / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 2.430505 MDa

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実験情報

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試料調製

試料試料の状態: 粒子 / 手法: クライオ電子顕微鏡法
試料溶液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
撮影顕微鏡: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射量: 28 e/Å2 / 照射モード: FLOOD BEAM
レンズ撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ホルダモデル: OTHER
カメラ検出器: FEI FALCON II (4k x 4k)

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画像解析

解析手法: 単粒子再構成法 / 想定した対称性: C1 (非対称) / 投影像の数: 343726
３次元再構成ソフトウェア: RELION / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築

得られたモデル

6rxu

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万見について

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お知らせ

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2020年8月12日: New: 新型コロナ情報

New: 新型コロナ情報

  • 新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: New: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報:Omokage検索

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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