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万見
- EMDB-0719: Hyperthermophilic respiratory Complex III -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0719
タイトルHyperthermophilic respiratory Complex III
マップデータ
試料
  • 複合体: The cytochrome bc1 complex (respiratory complex III)
    • タンパク質・ペプチド: Rieske-I iron sulfur protein
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome bシトクロムb
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome cシトクロムc
  • リガンド: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
  • リガンド: 2-[(2~{E},6~{E},10~{Z},14~{Z},18~{Z},23~{R})-3,7,11,15,19,23,27-heptamethyloctacosa-2,6,10,14,18-pentaenyl]naphthalene-1,4-dione
  • リガンド: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
  • リガンド: ANTIMYCINアンチマイシン
  • リガンド: (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE
  • リガンド: HEME C
機能・相同性
機能・相同性情報


intracellular organelle / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / respiratory electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / electron transfer activity / oxidoreductase activity / heme binding / 生体膜 / metal ion binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Cytochrome b(N-terminal)/b6/petB / Ubiquinol-cytochrome c reductase, iron-sulphur subunit / Cytochrome b/b6, C-terminal / Cytochrome b(C-terminal)/b6/petD / Cytochrome b/b6 C-terminal region profile. / Cytochrome b/b6, C-terminal domain superfamily / Rieske iron-sulphur protein, C-terminal / Cytochrome b/b6, N-terminal / Cytochrome b/b6-like domain superfamily / Cytochrome b/b6 N-terminal region profile. ...Cytochrome b(N-terminal)/b6/petB / Ubiquinol-cytochrome c reductase, iron-sulphur subunit / Cytochrome b/b6, C-terminal / Cytochrome b(C-terminal)/b6/petD / Cytochrome b/b6 C-terminal region profile. / Cytochrome b/b6, C-terminal domain superfamily / Rieske iron-sulphur protein, C-terminal / Cytochrome b/b6, N-terminal / Cytochrome b/b6-like domain superfamily / Cytochrome b/b6 N-terminal region profile. / Di-haem cytochrome, transmembrane / Rieske iron-sulphur protein / シトクロムc / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
シトクロムc / シトクロムb / Rieske-I iron sulfur protein
類似検索 - 構成要素
生物種Aquifex aeolicus (バクテリア) / Aquifex aeolicus (strain VF5) (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Fei S / Hartmut M / Yun Z / Guohong P / Guoliang Z / Hui Z / Shuangbo Z / Xiaoyun P / Yan Z
引用ジャーナル: Angew Chem Int Ed Engl / 年: 2020
タイトル: A 3.3 Å-Resolution Structure of Hyperthermophilic Respiratory Complex III Reveals the Mechanism of Its Thermal Stability.
著者: Guoliang Zhu / Hui Zeng / Shuangbo Zhang / Jana Juli / Xiaoyun Pang / Jan Hoffmann / Yan Zhang / Nina Morgner / Yun Zhu / Guohong Peng / Hartmut Michel / Fei Sun /
要旨: Respiratory chain complexes convert energy by coupling electron flow to transmembrane proton translocation. Owing to a lack of atomic structures of cytochrome bc complex (Complex III) from ...Respiratory chain complexes convert energy by coupling electron flow to transmembrane proton translocation. Owing to a lack of atomic structures of cytochrome bc complex (Complex III) from thermophilic bacteria, little is known about the adaptations of this macromolecular machine to hyperthermophilic environments. In this study, we purified the cytochrome bc complex of Aquifex aeolicus, one of the most extreme thermophilic bacteria known, and determined its structure with and without an inhibitor at 3.3 Å resolution. Several residues unique for thermophilic bacteria were detected that provide additional stabilization for the structure. An extra transmembrane helix at the N-terminus of cyt. c was found to greatly enhance the interaction between cyt. b and cyt. c , and to bind a phospholipid molecule to stabilize the complex in the membrane. These results provide the structural basis for the hyperstability of the cytochrome bc complex in an extreme thermal environment.
履歴
登録2019年7月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年5月13日-
マップ公開2020年5月13日-
更新2021年4月7日-
現状2021年4月7日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.045
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.045
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6klv
  • 表面レベル: 0.045
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_0719.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0719.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.05 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.045 / ムービー #1: 0.045
最小 - 最大-0.17884457 - 0.27764785
平均 (標準偏差)0.0004391113 (±0.0060487427)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 268.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.041.041.04
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z266.240266.240266.240
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-31-35-52
NX/NY/NZ11798209
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.1790.2780.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_0719_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_0719_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_0719_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : The cytochrome bc1 complex (respiratory complex III)

全体名称: The cytochrome bc1 complex (respiratory complex III)
要素
  • 複合体: The cytochrome bc1 complex (respiratory complex III)
    • タンパク質・ペプチド: Rieske-I iron sulfur protein
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome bシトクロムb
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome cシトクロムc
  • リガンド: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
  • リガンド: 2-[(2~{E},6~{E},10~{Z},14~{Z},18~{Z},23~{R})-3,7,11,15,19,23,27-heptamethyloctacosa-2,6,10,14,18-pentaenyl]naphthalene-1,4-dione
  • リガンド: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
  • リガンド: ANTIMYCINアンチマイシン
  • リガンド: (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE
  • リガンド: HEME C

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超分子 #1: The cytochrome bc1 complex (respiratory complex III)

超分子名称: The cytochrome bc1 complex (respiratory complex III)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Aquifex aeolicus (バクテリア)

+
分子 #1: Rieske-I iron sulfur protein

分子名称: Rieske-I iron sulfur protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Aquifex aeolicus (strain VF5) (バクテリア) / 株: VF5
分子量理論値: 19.429857 KDa
配列文字列:
MEASRRDFIS IGIGALGAVG GLGALYALVR VMLEPSEIAA LGAKTEIDVS KIQPMQVRVT SWKGKTLFAI RLPKDFKPEG YTLKKGALN SKGTTNYEIL KGHDVFALVG VCTHLGCIPL WKPQGEGGIN KPVFHCPCHG GLYTPYGDVI GGPPPRPLFI P PQKLEGNK LIVGVEGFVK ELI

+
分子 #2: Cytochrome b

分子名称: Cytochrome b / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Aquifex aeolicus (バクテリア)
分子量理論値: 47.045629 KDa
配列文字列: MGLIEKIVDW IDERAHVREI YRTQMVEYKV AKNLTFPYVF GILALVTFAI QIISGMVLIL YYKPSIADAF DSATYSIMGE IPFGWLFRH IHATGANFFM AIVYLHMFTG IYYNAYKRPR ELVWIVGWLI YFVLILTALS GYLLPWGQLS YWGFIVTTEI P GSLADAPI ...文字列:
MGLIEKIVDW IDERAHVREI YRTQMVEYKV AKNLTFPYVF GILALVTFAI QIISGMVLIL YYKPSIADAF DSATYSIMGE IPFGWLFRH IHATGANFFM AIVYLHMFTG IYYNAYKRPR ELVWIVGWLI YFVLILTALS GYLLPWGQLS YWGFIVTTEI P GSLADAPI LKPIFKAIAE TIVLWMKGGY VVTDVTLGRV FGSHVLIYPL ILLALVGIHL YLVRAAGISN PEGIEYDKKK NP DKFVPFH PYMTLKEGAY VMWYLAVFFF FVFFHISHFL PPENFEPANP LKTPAHIAPE WYLLGYYEVF RSIPSKFWGF VAF NALLLL LLLLPFLDFS PLKSARRRPL FFVMFVIFMI SSMALTILGT MPPTPQNAKL GLIFAALVFA FFISLPIISF IEYG WYKAK GGQQE

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分子 #3: Cytochrome c

分子名称: Cytochrome c / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Aquifex aeolicus (strain VF5) (バクテリア) / 株: VF5
分子量理論値: 27.68017 KDa
配列文字列: MNTWGLIKTI FFAGSTLVFF FLLWFYNPFK HVEHYEVDEE VKAIIDNPWK KTESGKTIAE EGRELFIASC SSCHSLRYDG IYIMSVAAN PKWKNIEKTS GRPVYRFGTL YKDRFFVPKD VYEAFAHDDI QGLKASLGQV PPDLSSMYLA RGEGYLYQFI L NPQKVLPG ...文字列:
MNTWGLIKTI FFAGSTLVFF FLLWFYNPFK HVEHYEVDEE VKAIIDNPWK KTESGKTIAE EGRELFIASC SSCHSLRYDG IYIMSVAAN PKWKNIEKTS GRPVYRFGTL YKDRFFVPKD VYEAFAHDDI QGLKASLGQV PPDLSSMYLA RGEGYLYQFI L NPQKVLPG TTMPQLFNPQ FDPQAKEKVA KIVAYMKSVN TPPPKESAKR TVMGVIVIAY FIVMGLLLWK YRENLLKRLG YH

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分子 #4: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

分子名称: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: FES
分子量理論値: 175.82 Da
Chemical component information

ChemComp-FES:
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター

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分子 #5: 2-[(2~{E},6~{E},10~{Z},14~{Z},18~{Z},23~{R})-3,7,11,15,19,23,27-h...

分子名称: 2-[(2~{E},6~{E},10~{Z},14~{Z},18~{Z},23~{R})-3,7,11,15,19,23,27-heptamethyloctacosa-2,6,10,14,18-pentaenyl]naphthalene-1,4-dione
タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 4 / 式: DLX
分子量理論値: 639.004 Da
Chemical component information

ChemComp-DLX:
2-[(2~{E},6~{E},10~{Z},14~{Z},18~{Z},23~{R})-3,7,11,15,19,23,27-heptamethyloctacosa-2,6,10,14,18-pentaenyl]naphthalene-1,4-dione

+
分子 #6: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

分子名称: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 4 / 式: HEM
分子量理論値: 616.487 Da
Chemical component information

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Heme B

+
分子 #7: ANTIMYCIN

分子名称: ANTIMYCIN / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 2 / 式: AMY
分子量理論値: 534.599 Da
Chemical component information

ChemComp-AMY:
ANTIMYCIN / アンチマイシン

+
分子 #8: (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-...

分子名称: (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE
タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 3 / 式: PGV
分子量理論値: 749.007 Da
Chemical component information

ChemComp-PGV:
(1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE / リン脂質*YM / Phosphatidylglycerol

+
分子 #9: HEME C

分子名称: HEME C / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 2 / 式: HEC
分子量理論値: 618.503 Da
Chemical component information

ChemComp-HEC:
HEME C / Heme C

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 81350

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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