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- EMDB-0657: Cryo-EM image reconstruction of the 70S Ribosome Enterococcus fae... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0657
タイトルCryo-EM image reconstruction of the 70S Ribosome Enterococcus faecalis Class02
マップデータ70S Ribosome Enterococcus faecalis Class02
試料
  • 複合体: Enterococcus faecalisエンテロコッカス・ファエカリス
    • RNA: x 3種
    • タンパク質・ペプチド: x 46種
  • リガンド: x 1種
キーワード70S / ribosome (リボソーム) / pathogen (病原体) / antibiotic development / antibiotic resistant (抗微生物薬耐性)
機能・相同性
機能・相同性情報


large ribosomal subunit / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / transferase activity / tRNA binding / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / 翻訳 (生物学) ...large ribosomal subunit / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / transferase activity / tRNA binding / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / 翻訳 (生物学) / mRNA binding / zinc ion binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L31 type B / Type-1 KH domain profile. / Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily ...Ribosomal protein L31 type B / Type-1 KH domain profile. / Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L16 signature 1. / : / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein S4, bacterial-type / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L33 superfamily / : / Ribosomal protein L30, bacterial-type / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / L28p-like / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20, C-terminal / Ribosomal protein L21 / Ribosomal protein L27 / Ribosomal L27 protein / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L19 superfamily / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein S15, bacterial-type / Ribosomal proteins 50S L24/mitochondrial 39S L24 / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L17 superfamily / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L21-like / L21-like superfamily / Ribosomal prokaryotic L21 protein / Ribosomal L32p protein family / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6
類似検索 - ドメイン・相同性
Small ribosomal subunit protein bS18 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS19 ...Small ribosomal subunit protein bS18 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL31B / Small ribosomal subunit protein bS16 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein bL34 / 50S ribosomal protein L25
類似検索 - 構成要素
生物種Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.68 Å
データ登録者Jogl G / Khayat R
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM094157 米国
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2020
タイトル: Cryo-electron microscopy structure of the 70S ribosome from Enterococcus faecalis.
著者: Eileen L Murphy / Kavindra V Singh / Bryant Avila / Torsten Kleffmann / Steven T Gregory / Barbara E Murray / Kurt L Krause / Reza Khayat / Gerwald Jogl /
要旨: Enterococcus faecalis is a gram-positive organism responsible for serious infections in humans, but as with many bacterial pathogens, resistance has rendered a number of commonly used antibiotics ...Enterococcus faecalis is a gram-positive organism responsible for serious infections in humans, but as with many bacterial pathogens, resistance has rendered a number of commonly used antibiotics ineffective. Here, we report the cryo-EM structure of the E. faecalis 70S ribosome to a global resolution of 2.8 Å. Structural differences are clustered in peripheral and solvent exposed regions when compared with Escherichia coli, whereas functional centres, including antibiotic binding sites, are similar to other bacterial ribosomes. Comparison of intersubunit conformations among five classes obtained after three-dimensional classification identifies several rotated states. Large ribosomal subunit protein bL31, which forms intersubunit bridges to the small ribosomal subunit, assumes different conformations in the five classes, revealing how contacts to the small subunit are maintained throughout intersubunit rotation. A tRNA observed in one of the five classes is positioned in a chimeric pe/E position in a rotated ribosomal state. The 70S ribosome structure of E. faecalis now extends our knowledge of bacterial ribosome structures and may serve as a basis for the development of novel antibiotic compounds effective against this pathogen.
履歴
登録2019年3月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年4月3日-
マップ公開2020年9月23日-
更新2024年3月20日-
現状2024年3月20日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.238
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面レベル: 0.238
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  • 原子モデル: PDB-6o8x
  • 表面レベル: 0.238
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_0657.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0657.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 325 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈70S Ribosome Enterococcus faecalis Class02
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.097 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.238 / ムービー #1: 0.238
最小 - 最大-0.72337455 - 1.8897108
平均 (標準偏差)0.00028116957 (±0.08803785)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ440440440
Spacing440440440
セルA=B=C: 482.68 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0971.0971.097
M x/y/z440440440
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z482.680482.680482.680
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS440440440
D min/max/mean-0.7231.8900.000

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添付データ

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試料の構成要素

+
全体 : Enterococcus faecalis

全体名称: Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
要素
  • 複合体: Enterococcus faecalisエンテロコッカス・ファエカリス
    • RNA: 16S rRNA
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S3
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S4
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S5
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S6
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S7
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S8
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S9
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S10
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S11
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S12
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S13
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S14 type Zリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S15
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S16
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S17
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S18
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S19
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S20
    • RNA: 23S rRNA23SリボソームRNA
    • RNA: 5S rRNA5SリボソームRNA
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L2
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L3
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L4
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L5
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L6
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L13
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L14
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L15
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L16
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L17
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L18
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L19
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L20
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L21
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L22
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L23
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L24
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L25
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L27
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L28
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L29
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L30
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L31 type Bリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L32
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L33
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L34
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L35
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L36
  • リガンド: ZINC ION

+
超分子 #1: Enterococcus faecalis

超分子名称: Enterococcus faecalis / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#49
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
分子量理論値: 2.5 MDa

+
分子 #1: 16S rRNA

分子名称: 16S rRNA / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
分子量理論値: 494.725844 KDa
配列文字列: UGAGAGUUUG AUCCUGGCUC AGGACGAACG CUGGCGGCGU GCCUAAUACA UGCAAGUCGA ACGCUUCUUU CCUUGGAAAG AGGAGUGGC GGACGGGUGA GUAACACGUG GGUAACCUAC CCAUCAGAGG GGGAUAACAC UUGGAAACAG GUGCUAAUAC C GCAUAACA ...文字列:
UGAGAGUUUG AUCCUGGCUC AGGACGAACG CUGGCGGCGU GCCUAAUACA UGCAAGUCGA ACGCUUCUUU CCUUGGAAAG AGGAGUGGC GGACGGGUGA GUAACACGUG GGUAACCUAC CCAUCAGAGG GGGAUAACAC UUGGAAACAG GUGCUAAUAC C GCAUAACA GUUUAUGCCG CAUGGCAUAA GAGUGAAAGG CGCUUUCGGG UGUCGCUGAU GGAUGGACCC GCGGUGCAUU AG CUAGUUG GUGAGGUAAC GGCUCACCAA GGCCACGAUG CAUAGCCGAC CUGAGAGGGU GAUCGGCCAC ACUGGGACUG AGA CACGGC CCAGACUCCU ACGGGAGGCA GCAGUAGGGA AUCUUCGGCA AUGGACGAAA GUCUGACCGA GCAACGCCGC GUGA GUGAA GAAGGUUUUC GGAUCGUAAA ACUCUGUUGU UAGAGAAGAA CAAGGACGUU AGUAACUGAA CGUCCCCUGA CGGUA UCUA ACCAGAAAGC CACGGCUAAC UACGUGCCAG CAGCCGCGGU AAUACGUAGG UGGCAAGCGU UGUCCGGAUU UAUUGG GCG UAAAGCGAGC GCAGGCGGUU UCUUAAGUCU GAUGUGAAAG CCCCCGGCUC AACCGGGGAG GGUCAUUGGA AACUGGG AG ACUUGAGUGC AGAAGAGGAG AGUGGAAUUC CAUGUGUAGC GGUGAAAUGC GUAGAUAUAU GGAGGAACAC CAGUGGCG A AGGCGGCUCU CUGGUCUGUA ACUGACGCUG AGGCUCGAAA GCGUGGGGAG CAAACAGGAU UAGAUACCCU GGUAGUCCA CGCCGUAAAC GAUGAGUGCU AAGUGUUGGA GGGUUUCCGC CCUUCAGUGC UGCAGCAAAC GCAUUAAGCA CUCCGCCUGG GGAGUACGA CCGCAAGGUU GAAACUCAAA GGAAUUGACG GGGGCCCGCA CAAGCGGUGG AGCAUGUGGU UUAAUUCGAA G CAACGCGA AGAACCUUAC CAGGUCUUGA CAUCCUUUGA CCACUCUAGA GAUAGAGCUU UCCCUUCGGG GACAAAGUGA CA GGUGGUG CAUGGUUGUC GUCAGCUCGU GUCGUGAGAU GUUGGGUUAA GUCCCGCAAC GAGCGCAACC CUUAUUGUUA GUU GCCAUC AUUUAGUUGG GCACUCUAGC GAGACUGCCG GUGACAAACC GGAGGAAGGU GGGGAUGACG UCAAAUCAUC AUGC CCCUU AUGACCUGGG CUACACACGU GCUACAAUGG GAAGUACAAC GAGUCGCUAG ACCGCGAGGU CAUGCAAAUC UCUUA AAGC UUCUCUCAGU UCGGAUUGCA GGCUGCAACU CGCCUGCAUG AAGCCGGAAU CGCUAGUAAU CGCGGAUCAG CACGCC GCG GUGAAUACGU UCCCGGGCCU UGUACACACC GCCCGUCACA CCACGAGAGU UUGUAACACC CGAAGUCGGU GAGGUAA CC UUUUUGGAGC CAGCCGCCUA AGGUGGGAUA GAUGAUUGGG GUGAAGUCGU AACAAGGUAG CCGUAUCGGA AGGUGCGG C UGGAUCA

+
分子 #20: 23S rRNA

分子名称: 23S rRNA / タイプ: rna / ID: 20 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
分子量理論値: 941.09975 KDa
配列文字列: UUAAGUGAAU AAGGGCGCAC GGUGGAUGCC UUGGCACUAG GAGCCGAUGA AGGACGGGAC UAACACCGAU AUGCUUUGGG GAGCUGUAA GUAAGCUAUG AUCCAGAGAU UUCCGAAUGG GGGAACCCAA UAUCUUUUAU AGGAUAUUAC UUUUCAGUGA A UACAUAGC ...文字列:
UUAAGUGAAU AAGGGCGCAC GGUGGAUGCC UUGGCACUAG GAGCCGAUGA AGGACGGGAC UAACACCGAU AUGCUUUGGG GAGCUGUAA GUAAGCUAUG AUCCAGAGAU UUCCGAAUGG GGGAACCCAA UAUCUUUUAU AGGAUAUUAC UUUUCAGUGA A UACAUAGC UGAUUAGAGG UAGACGCAGA GAACUGAAAC AUCUUAGUAC CUGCAGGAAG AGAAAGAAAA UUCGAUUCCC UG AGUAGCG GCGAGCGAAA CGGGAAGAGC CCAAACCAAC AAGCUUGCUU GUUGGGGUUG UAGGACUCCG AUAUGGUAGU CUG UUAGUA UAGUUGAAGG AUUUGGAAAA UUCCGCUAAA GAGGGUGAAA GCCCCGUAGA CGAAAUGCUG ACAACACCUA GGAG GAUCC UGAGUACGGC GGAACACGAG AAAUUCCGUC GGAAUCCGCG GGGACCAUCC CGCAAGGCUA AAUACUCCCU AGUGA CCGA UAGUGAACCA GUACCGUGAG GGAAAGGUGA AAAGCACCCC GGAAGGGGAG UGAAAUAGAU CCUGAAACCG UGUGCC UAC AACAAGUCAA AGCUCGUUAA UGAGUGAUGG CGUGCCUUUU GUAGAAUGAA CCGGCGAGUU ACGAUUGCAU GCGAGGU UA AGUCGAAGAG ACGGAGCCGC AGCGAAAGCG AGUCUGAAUA GGGCGAAUGA GUAUGUAGUC GUAGACCCGA AACCAUGU G AUCUACCCAU GUCCAGGUUG AAGGUGCGGU AAAACGCACU GGAGGACCGA ACCCACGUAC GUUGAAAAGU GCGGGGAUG AGGUGUGGGU AGCGGAGAAA UUCCAAACGA ACUUGGAGAU AGCUGGUUCU CUCCGAAAUA GCUUUAGGGC UAGCCUCGGA AUUGAGAAU GAUGGAGGUA GAGCACUGUU UGGACUAGGG GCCCAUCGGG UUACCGAAUU CAGAUAAACU CCGAAUGCCA U UCAUUUAU AUCCGGGAGU CAGACUGCGA GUGAUAAGAU CCGUAGUCGA AAGGGAAACA GCCCAGACCA CCAGCUAAGG UC CCAAAAU AUAUGUUAAG UGGAAAAGGA UGUGGGGUUG CACAGACAAC UAGGAUGUUG GCUUAGAAGC AGCCACCAUU UAA AGAGUG CGUAAUAGCU CACUAGUCGA GUGACCCUGC GCCGAAAAUG UACCGGGGCU AAACAUAUUA CCGAAGCUGU GGAC UACAC CAUUAGGUGU AGUGGUAGGA GAGCGUUCUA AGGGCGUUGA AGGUCGAUCG UGAGGACGGC UGGAGCGCUU AGAAG UGAG AAUGCCGGUA UGAGUAGCGA AAGACAGGUG AGAAUCCUGU CCACCGUAUG ACUAAGGUUU CCUGGGGAAG GCUCGU CCG CCCAGGGUUA GUCGGGACCU AAGCCGAGGC CGAUAGGCGU AGGCGAUGGA CAACAGGUUG AUAUUCCUGU ACCAGUU GU UUUUGUUUGA GCAAUGGAGG GACGCAGUAG GCUAAGGAAU GCAUGCGAUU GGAAGUGCAU GUCCAAGCAA UGAGUCUU G AGUAGAGUUA AAUGCUUUAC UCUUUAAGGA CAAGUUGUGA CGGGGAGCGA AAUAGUAGCG AAGUUCCUGA CGUCACACU GCCAAGAAAA GCUUCUAGUG AGAAAACAAC UGCCCGUACC GUAAACCGAC ACAGGUAGUC GAGGAGAGUA UCCUAAGGUG AGCGAGCGA ACUCUCGUUA AGGAACUCGG CAAAAUGACC CCGUAACUUC GGGAGAAGGG GUGCUGACUU CGGUCAGCCG C AGUGAAUA GGCCCAAGCG ACUGUUUAUC AAAAACACAG GUCUCUGCAA AAUCGUAAGA UGAAGUAUAG GGGCUGACGC CU GCCCGGU GCUGGAAGGU UAAGAGGAUG GGUUAGCUUC GGCGAAGCUC AGAAUUGAAG CCCCAGUAAA CGGCGGCCGU AAC UAUAAC GGUCCUAAGG UAGCGAAAUU CCUUGUCGGG UAAGUUCCGA CCCGCACGAA AGGCGUAACG AUUUGGGCAC UGUC UCAAC GAGAGACUCG GUGAAAUUUU AGUACCUGUG AAGAUGCAGG UUACCCGCGA CAGGACGGAA AGACCCCAUG GAGCU UUAC UGUAGUUUGA UAUUGAGUGU UUGUACCACA UGUACAGGAU AGGUAGGAGC CGAUGAGACC GGAACGCUAG UUUCGG AGG AGGCGCUGGU GGGAUACUAC CCUUGUGUUA UGAACCCUCU AACCCGCACC ACUAAUCGUG GUGGGAGACA GUGUCAG AU GGGCAGUUUG ACUGGGGCGG UCGCCUCCUA AAAGGUAACG GAGGCGCCCA AAGGUUCCCU CAGAAUGGUU GGAAAUCA U UCGAAGAGUG UAAAGGCAGA AGGGAGCUUG ACUGCGAGAC CUACAAGUCG AGCAGGGACG AAAGUCGGGC UUAGUGAUC CGGUGGUUCC GCAUGGAAGG GCCAUCGCUC AACGGAUAAA AGCUACCCUG GGGAUAACAG GCUUAUCUCC CCCAAGAGUC CACAUCGAC GGGGAGGUUU GGCACCUCGA UGUCGGCUCG UCGCAUCCUG GGGCUGUAGU CGGUCCCAAG GGUUGGGCUG U UCGCCCAU UAAAGCGGCA CGCGAGCUGG GUUCAGAACG UCGUGAGACA GUUCGGUCCC UAUCCGUCGC GGGCGUUGGA AA UUUGAGA GGAGCUGUCC UUAGUACGAG AGGACCGGGA UGGACUUACC GCUGGUGUAC CAGUUGUUCU GCCAAGGGCA UUG CUGGGU AGCUAUGUAG GGAAGGGAUA AACGCUGAAA GCAUCUAAGU GUGAAGCCCA CCUCAAGAUG AGAUUUCCCA UUUC UUUAA GAAAGUAAGA CCCCUGAGAG AUGAUCAGGU AGAUAGGUUG GAAGUGGAAG GCUAGUGAUA GUUGGAGCGG ACCAA UACU AAUCGGUCGA GGACUUAAC

+
分子 #21: 5S rRNA

分子名称: 5S rRNA / タイプ: rna / ID: 21 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
分子量理論値: 37.433188 KDa
配列文字列:
UGUGGUGGCG AUAGCGAGAA GGAUACACCU GUUCCCAUGC CGAACACAGA AGUUAAGCUU CUUAGCGCCG AUUGUAGUGA AGGGUUUCC CUUUGUGAGA GUAGGACGUC GCCACGC

+
分子 #2: 30S ribosomal protein S3

分子名称: 30S ribosomal protein S3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
分子量理論値: 22.884309 KDa
配列文字列: GQKVHPIGMR VGIIRDWDAK WYAEKEYAEF LHEDLRIRKF IATKLADAAV STIEIERAAN RVNISIHTAK PGMVIGKGGS EVENLRKEL NKLTGKRVHI NIVEIKKPDL DAKLVGEGIA RQLENRVAFR RAQKQAIQRA MRAGAKGIKT QVSGRLNGAD I ARSEGYSE ...文字列:
GQKVHPIGMR VGIIRDWDAK WYAEKEYAEF LHEDLRIRKF IATKLADAAV STIEIERAAN RVNISIHTAK PGMVIGKGGS EVENLRKEL NKLTGKRVHI NIVEIKKPDL DAKLVGEGIA RQLENRVAFR RAQKQAIQRA MRAGAKGIKT QVSGRLNGAD I ARSEGYSE GTVPLHTLRA DIDYAWEEAD TTYGKLGVKV WIYRGE

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS3

+
分子 #3: 30S ribosomal protein S4

分子名称: 30S ribosomal protein S4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
分子量理論値: 23.029299 KDa
配列文字列: SRYTGPSWKV SRRLGISLSG TGKELARRPY KPGQHGPNSR GKVSEYGMQL TEKQKLRHMY GMNERQFRTL FIKASKIKEG KHGVNFMVL LEQRLDNVVY RLGLATTRRQ ARQLVNHGHI TVDGKRVDIP SYHVEVGQVI GVREKSQNIS TIKEAVEATV G RPAFVSFD ...文字列:
SRYTGPSWKV SRRLGISLSG TGKELARRPY KPGQHGPNSR GKVSEYGMQL TEKQKLRHMY GMNERQFRTL FIKASKIKEG KHGVNFMVL LEQRLDNVVY RLGLATTRRQ ARQLVNHGHI TVDGKRVDIP SYHVEVGQVI GVREKSQNIS TIKEAVEATV G RPAFVSFD TEKLEGSFTR LPERDELYPE IDEALVVEYY NQK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS4

+
分子 #4: 30S ribosomal protein S5

分子名称: 30S ribosomal protein S5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
分子量理論値: 17.156979 KDa
配列文字列:
YIDPKHLELE DRVVAINRVT KVVKGGRRLR FAALVVVGDK NGHVGFGTGK AQEVPEAIRK AIEDAKKNLV EVPMVGSTIP HEVIGVFGG GRILMKPAVE GSGVAAGGPV RAVLELAGVA DITSKSLGSN TPINVVRATV EGLKQLKRAE EVAALRGKSV E EII

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS5

+
分子 #5: 30S ribosomal protein S6

分子名称: 30S ribosomal protein S6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
分子量理論値: 11.331838 KDa
配列文字列:
QDTKYEIMYI IRPNIDEEAK TALVERFDTI LKDNGAEVIE SKDWEKRRLA YEMNGFREGI YHIVNVTSPS TAGAINEFDR LAKINDDII RHMIVKVE

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS6

+
分子 #6: 30S ribosomal protein S7

分子名称: 30S ribosomal protein S7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
分子量理論値: 17.547219 KDa
配列文字列:
PRKGPVAKRD VLPDPIYNSK LVTRLINRVM VDGKRGIAAN IIYNSFDIIK ESTGNDPLEV FEQAMKNVMP VLEVKARRVG GSNYQVPVE VRPERRTTLG LRWVVNYARL RGEHTMEERL AKEIMDAANN TGASVKKRED THKMADANRA FAHYR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS7

+
分子 #7: 30S ribosomal protein S8

分子名称: 30S ribosomal protein S8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
分子量理論値: 14.805198 KDa
配列文字列:
VMTDPIADFL TRIRNANMVK HETLEVPASK IKRDIAEILK REGFIRDVEY IEDDKQGVIR VFLKYGKNEE RVITNLKRIS KPGLRAYVK ADEVPKVLNG LGIAIISTSE GVITDKEARA KNIGGEVIAY VW

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS8

+
分子 #8: 30S ribosomal protein S9

分子名称: 30S ribosomal protein S9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
分子量理論値: 14.069206 KDa
配列文字列:
QVQYSGTGRR KNAVARVRLV PGTGKITVNK KDVEEYIPHA DLREVINQPF GVTETKGAYD VIVNVNGGGY AGQSGAIRHG IARALLQVD PDFRSALKRA GLLTRDARMV ERKKPGLKKA RKASQFSKR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS9

+
分子 #9: 30S ribosomal protein S10

分子名称: 30S ribosomal protein S10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
分子量理論値: 11.400286 KDa
配列文字列:
QKIRIRLKAY EHRILDQSAD KIVETAKRTG ADVSGPIPLP TERSLYTVIR ATHKYKDSRE QFEMRTHKRL IDIVNPTPKT VDALMKLDL PSGVNIEIKL

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS10

+
分子 #10: 30S ribosomal protein S11

分子名称: 30S ribosomal protein S11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
分子量理論値: 12.3221 KDa
配列文字列:
KKNIESGVAH IHSTFNNTIV MITDTHGNAL AWSSAGSLGF KGSKKSTPFA AQMAAEAATK VAMEHGLKTV DVTVKGPGSG REAAIRSLQ ATGLEVTAIR DVTPVPHNGC RPPKRRRV

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS11

+
分子 #11: 30S ribosomal protein S12

分子名称: 30S ribosomal protein S12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
分子量理論値: 15.178622 KDa
配列文字列:
PTINQLVRKP RKSKVEKSDS PALNKGYNSF KKTQTNVNSP QKRGVCTRVG TMTPKKPNSA LRKYARVRLS NLIEVTAYIP GIGHNLQEH SVVLLRGGRV KDLPGVRYHI VRGALDTAGV NDRKQSRSKY GTKRPKA

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS12

+
分子 #12: 30S ribosomal protein S13

分子名称: 30S ribosomal protein S13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
分子量理論値: 12.619492 KDa
配列文字列:
ARIAGVDIPR DKRVVVSLTY IYGIGNTTAK KVLANVGVSE DVRVRDLTNE QTDAIRAEID KLKVEGDLRR EVNLNIKRLM EIGSYRGIR HRRGLPTRGQ NTKNNARTRK GPT

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS13

+
分子 #13: 30S ribosomal protein S14 type Z

分子名称: 30S ribosomal protein S14 type Z / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
分子量理論値: 7.041397 KDa
配列文字列:
AKKSMIAKNK RPAKHSTQAY TRCERCGRPH SVYRKFHLCR ICFRELAYKG QIPGVKKASW

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS14

+
分子 #14: 30S ribosomal protein S15

分子名称: 30S ribosomal protein S15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
分子量理論値: 10.537042 KDa
配列文字列:
AISQERKNEI IKEYARHEGD TGSPEVQIAV LTEDINQLNE HARTHKKDHH SYRGLMKKIG HRRNLLAYLR KTDIQRYREL IQRLGLRR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS15

+
分子 #15: 30S ribosomal protein S16

分子名称: 30S ribosomal protein S16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
分子量理論値: 10.095773 KDa
配列文字列:
AVKIRLKRMG SKKSPFYRIV VADSRSPRDG RFIETVGTYN PLKDPAEVVL KEDLVLDWLS KGAQPSDTVR NILSKEGVMK KHHEAKNVK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS16

+
分子 #16: 30S ribosomal protein S17

分子名称: 30S ribosomal protein S17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
分子量理論値: 9.74437 KDa
配列文字列:
ERNQRKVYQG RVVSDKMDKT ITVVVETKKN HPIYGKRMKY SKKYKAHDEN NTAKVGDIVK IMETRPLSAT KRFRLLEVVE EAV

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS17

+
分子 #17: 30S ribosomal protein S18

分子名称: 30S ribosomal protein S18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
分子量理論値: 7.646979 KDa
配列文字列:
KVDYIAANHI EYIDYKDTEL LKRFISERGK ILPRRVTGTG AKNQRKLTIA IKRARIMGLL PFVSDE

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS18

+
分子 #18: 30S ribosomal protein S19

分子名称: 30S ribosomal protein S19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
分子量理論値: 8.999471 KDa
配列文字列:
SLKKGPFVDD HLMKKVEAQQ GAEKKKVIKT WSRRSTIFPS FVGFTIAVYD GRKHVPVYIQ EDMVGHKLGE FAPTRTYR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS19

+
分子 #19: 30S ribosomal protein S20

分子名称: 30S ribosomal protein S20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
分子量理論値: 8.74401 KDa
配列文字列:
NIESAIKRVR TSANANAKNS SQTNAMRTAI KKFEEAVAAG ADNVDALYNE AVKAVDMAAT KGLIHKNKAN RDKIRLSKLA K

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS20

+
分子 #22: 50S ribosomal protein L2

分子名称: 50S ribosomal protein L2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
分子量理論値: 30.159812 KDa
配列文字列: AIKKYKPTTN GRRNMTSSDF AEITTSTPEK SLLQPLKNNA GRNNNGRITV RHQGGGHKRQ YRVIDFKRNK DNVAAVVKTI EYDPNRSAN IALVHYEDGV KAYILAPKGL EVGMRLVSGP EADIKVGNAL PLENIPVGTV IHNIEMKPGK GGQLIRSAGT S AQVLGKEG ...文字列:
AIKKYKPTTN GRRNMTSSDF AEITTSTPEK SLLQPLKNNA GRNNNGRITV RHQGGGHKRQ YRVIDFKRNK DNVAAVVKTI EYDPNRSAN IALVHYEDGV KAYILAPKGL EVGMRLVSGP EADIKVGNAL PLENIPVGTV IHNIEMKPGK GGQLIRSAGT S AQVLGKEG KYVLIRLNSG EVRMILATCR ATIGSVGNEQ HELINIGKAG RSRWMRKRPT VRGSVMNPND HPHGGGEGKT PI GRKAPVS PWGQPAIGYK TRNKKAKSDK LIVRRRTK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL2

+
分子 #23: 50S ribosomal protein L3

分子名称: 50S ribosomal protein L3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
分子量理論値: 22.498104 KDa
配列文字列: TKGILGKKVG MTQIFTESGE LIPVTVVEAT PNVVLQVKTV ETDGYEAIQV GYQDKREVLS NKPAKGHVAK ANTAPKRFIK EFKNVELGE YEVGKEIKVD VFQAGDVVDV TGTTKGKGFQ GAIKRHGQSR GPMSHGSRYH RRPGSMGPVA PNRVFKNKRL A GRMGGDRV ...文字列:
TKGILGKKVG MTQIFTESGE LIPVTVVEAT PNVVLQVKTV ETDGYEAIQV GYQDKREVLS NKPAKGHVAK ANTAPKRFIK EFKNVELGE YEVGKEIKVD VFQAGDVVDV TGTTKGKGFQ GAIKRHGQSR GPMSHGSRYH RRPGSMGPVA PNRVFKNKRL A GRMGGDRV TIQNLEVVKV DVERNVILIK GNIPGAKKSL ITIKSAVKA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL3

+
分子 #24: 50S ribosomal protein L4

分子名称: 50S ribosomal protein L4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
分子量理論値: 22.384504 KDa
配列文字列: PNVALFKQDG TQNGEITLNE EIFGIEPNES VVYDAIIMQR ASLRQGTHAV KNRSAVRGGG RKPWRQKGTG RARQGSIRSP QWRGGGVVF GPTPRSYSYK LPKKVRRLAM KSVLSDKVAE NNLVAVEGLS FDAPKTKEFK QVLANLSIDT KVLVVLENGN D FAALSARN ...文字列:
PNVALFKQDG TQNGEITLNE EIFGIEPNES VVYDAIIMQR ASLRQGTHAV KNRSAVRGGG RKPWRQKGTG RARQGSIRSP QWRGGGVVF GPTPRSYSYK LPKKVRRLAM KSVLSDKVAE NNLVAVEGLS FDAPKTKEFK QVLANLSIDT KVLVVLENGN D FAALSARN LPNVSVVTSD NVSVLDVVSA NKVLATQTAL TQIEEVLA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL4

+
分子 #25: 50S ribosomal protein L5

分子名称: 50S ribosomal protein L5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
分子量理論値: 19.863113 KDa
配列文字列:
NRLKEKYIKE VTPSLVEKFN YSSVMQTPKV DKIVINMGVG DAVSNAKNLD KAVEELALIT GQKPLITKAK KSIAGFRLRE GMPIGAKVT LRGERMYEFL DKLVTVSLPR VRDFHGVSKK AFDGRGNYTL GIKEQLIFPE VDYDLVDKVR GMDIVIVTTA N TDEESREL LAQLGMPFQ

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL5

+
分子 #26: 50S ribosomal protein L6

分子名称: 50S ribosomal protein L6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
分子量理論値: 19.164871 KDa
配列文字列:
SRIGNKVVVL PAGVEIKQDG NNITVKGPKG ELTREFSSDI KMNIEGNEVT FTRPNDSKEM KTIHGTTRAN FNNMVVGVSE GFQKALELI GVGYRAQVQG NKLTLNVGYS HPVEMTAPEG VTFEVPANTQ VIVKGINKEV VGELAANIRG VRPPEPYKGK G IRYVGEFV RRKEGKTG

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL6

+
分子 #27: 50S ribosomal protein L13

分子名称: 50S ribosomal protein L13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
分子量理論値: 16.099585 KDa
配列文字列:
MRTTYMAKAG EVERKWYVVD ATDVPLGRLS AVVASVLRGK NKPTFTPHVD TGDFVIVINA DKVKLTGKKA TDKIYYRHSM YPGGLKSVT AGELRDKNSR RLIETSVKGM LPKNTLGRKQ FTKLNVYGGA EHPHAAQQPE VLDITN

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL13

+
分子 #28: 50S ribosomal protein L14

分子名称: 50S ribosomal protein L14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
分子量理論値: 13.165275 KDa
配列文字列:
MIQQESRLRV ADNSGAREIL TIKVLGGSGR KTANIGDVIV ATVKQATPGG VVKKGEVVKA VIVRTKSGAR RADGSYIKFD ENAAVIIRD DKSPRGTRIF GPVARELREN NFMKIVSLAP EVL

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL14

+
分子 #29: 50S ribosomal protein L15

分子名称: 50S ribosomal protein L15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
分子量理論値: 15.602868 KDa
配列文字列:
MKLHELKPAE GSRQVRNRVG RGTSSGNGKT AGRGQKGQKA RSGGGVRLGF EGGQTPLFRR LPKRGFTNIN RKDYAVVNLD TLNRFEDGT EVTPVVLKEA GIVKNEKAGI KVLADGELTK KLTVKAAKFS KSAQEAIEAA GGSIEVI

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL15

+
分子 #30: 50S ribosomal protein L16

分子名称: 50S ribosomal protein L16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
分子量理論値: 15.960901 KDa
配列文字列:
MLVPKRVKHR REFRGKMRGE AKGGKEVAFG EWGLQATESH WITNRQIEAA RIAMTRYMKR GGKVWIKIFP HKSYTSKAIG VRMGKGKGA PEGWVSPVKR GKIMFEIAGV PEEVAREALR LASHKLPVKT KIVKREEMGG ES

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL16

+
分子 #31: 50S ribosomal protein L17

分子名称: 50S ribosomal protein L17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 31 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
分子量理論値: 13.993076 KDa
配列文字列:
RKLGRTSSQR KAMLRDITTD LIINERIVTT EARAKEVRST VEKMITLGKR GDLHARRQAA TFVRNEVASV REEDESIVVE SALQKLFND LGPRFAERQG GYTRILKTEP RRGDAAPMVV IEFV

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL17

+
分子 #32: 50S ribosomal protein L18

分子名称: 50S ribosomal protein L18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 32 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
分子量理論値: 12.806634 KDa
配列文字列:
ITKPDKNKTR QKRHRRVRNK ISGTAECPRL NIFRSNKNIY AQVIDDVAGV TLASASALDK EISGGTKTET AAAVGKLVAE RAAEKGIKK VVFDRGGYLY HGRVQALAEA ARENGLEF

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL18

+
分子 #33: 50S ribosomal protein L19

分子名称: 50S ribosomal protein L19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 33 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
分子量理論値: 13.113282 KDa
配列文字列:
NPLIQELTQE QLRTDIPAFR PGDTVRVHAK VVEGTRERIQ LFEGVVIKRR GAGISETYTV RKVSNGVGVE RTFPLHTPRV AQIEVVRYG KVRRAKLYYL RALHGKAARI KEIRR

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL19

+
分子 #34: 50S ribosomal protein L20

分子名称: 50S ribosomal protein L20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 34 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
分子量理論値: 13.542957 KDa
配列文字列:
ARVKGGTVTR KRRKKVLKLA KGYYGSKHTL FKSAKEQVMN SYYYAFRDRR QKKRDFRKLW IARINAAARM NGLSYSKLMH GLKLAEIDI NRKMLADLAV NDAAAFTALA EQAKDALSK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL20

+
分子 #35: 50S ribosomal protein L21

分子名称: 50S ribosomal protein L21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 35 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
分子量理論値: 11.166986 KDa
配列文字列:
MYAIIKTGGK QVKVEVGQAI YVEKLNVEAG EKVVFDEVIL VGGESTKVGA PTVAGATVEG TVEKHGKQKK VVTFQYKPKK HSHRKQGHR QPYTKVMIEA INA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL21

+
分子 #36: 50S ribosomal protein L22

分子名称: 50S ribosomal protein L22 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 36 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
分子量理論値: 12.126077 KDa
配列文字列:
QITSAKATAK TVRTSPRKAR LVIDLIRGKS VADAISILKF TPNKSAGIIE KVLMSAVANA ENNFDLDVES LVVSEAFVNE GPTMKRFRP RAKGSASPIN KRTSHITVVV TEK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL22

+
分子 #37: 50S ribosomal protein L23

分子名称: 50S ribosomal protein L23 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 37 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
分子量理論値: 10.297111 KDa
配列文字列:
ELLDVIKRPV ITEKSMLAMD EKKYTFEVDT RANKTLVKQA VESAFDVKVA NVNILNVRPK FKRMGKYAGY TKKRRKAIVT LTEDSKEIQ

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL23

+
分子 #38: 50S ribosomal protein L24

分子名称: 50S ribosomal protein L24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 38 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
分子量理論値: 10.892797 KDa
配列文字列:
MFVKKGDKVK VITGKDKNKE GVVLAAFPKQ DKVIVEGVNV VKKHQKPNQA APQGGILEVE APIHVSNVMV IDPSNGEATK VAFKEVDGK KVRVSKKTGE VL

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL24

+
分子 #39: 50S ribosomal protein L25

分子名称: 50S ribosomal protein L25 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 39 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
分子量理論値: 10.831532 KDa
配列文字列:
VQLEVKERAI RPRSLRNQLR HEGKVPAIVY GYQIESTPIY FEEKDLSKIL REHGANTVIK MTVDGKNINT LMSKAQLDTF TGQMLHVEF LSVNM

UniProtKB: 50S ribosomal protein L25

+
分子 #40: 50S ribosomal protein L27

分子名称: 50S ribosomal protein L27 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 40 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
分子量理論値: 8.146118 KDa
配列文字列:
STSNGRDSES KRLGAKSADG QTVTGGSILY RQRGTKIYPG VNVGIGGDDT LFAKVDGVVR FERKGRDKKQ VSVYPV

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL27

+
分子 #41: 50S ribosomal protein L28

分子名称: 50S ribosomal protein L28 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 41 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
分子量理論値: 6.072187 KDa
配列文字列:
AKVCYFTGRK TSSGNNRSHA MNSTKRTVKP NLQKVRVLID GKPKKVWVSA RALK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL28

+
分子 #42: 50S ribosomal protein L29

分子名称: 50S ribosomal protein L29 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 42 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
分子量理論値: 7.211366 KDa
配列文字列:
KVKEIRELTT AEMLDKEKQL KEELFNLRFQ LATGQLENTA RIKEVRQSIA RIKTVLREQA N

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL29

+
分子 #43: 50S ribosomal protein L30

分子名称: 50S ribosomal protein L30 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 43 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
分子量理論値: 6.234273 KDa
配列文字列:
AELKITLKRS VIGRPQNQRA TVKALGLGKV NSTVTKPANE AIKGMVNTIS HLVDVEEV

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL30

+
分子 #44: 50S ribosomal protein L31 type B

分子名称: 50S ribosomal protein L31 type B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 44 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
分子量理論値: 6.766403 KDa
配列文字列:
MKQDIHPNYQ PVVFMDSTTG FKFLSGSTKG SSETVEWEDG NTYPLLRVEV TSDSHPFYTG

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL31B

+
分子 #45: 50S ribosomal protein L32

分子名称: 50S ribosomal protein L32 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 45 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
分子量理論値: 6.217372 KDa
配列文字列:
AVPARRTSKA KKAKRRTHYK LTIKGLNACS NCGEMKKSHH VCPACGHYDG KDVMSK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL32

+
分子 #46: 50S ribosomal protein L33

分子名称: 50S ribosomal protein L33 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 46 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
分子量理論値: 6.052027 KDa
配列文字列:
MRVNITLECT SCKERNYLTN KNKRNNPDRL EKQKYCPRER KVTLHRETK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL33

+
分子 #47: 50S ribosomal protein L34

分子名称: 50S ribosomal protein L34 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 47 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
分子量理論値: 5.373507 KDa
配列文字列:
MKRTYQPNKR KRQKVHGFRK RMSTKNGRRV LASRRRKGRK VISA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL34

+
分子 #48: 50S ribosomal protein L35

分子名称: 50S ribosomal protein L35 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 48 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
分子量理論値: 7.466941 KDa
配列文字列:
PKQKTHRGLA KRVKRTGGGG LKRGRAFTSH RFHGKTKKQR RQLRKASMVA KGDYKRIRQQ LARM

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL35

+
分子 #49: 50S ribosomal protein L36

分子名称: 50S ribosomal protein L36 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 49 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
分子量理論値: 4.440534 KDa
配列文字列:
MKVRPSVKPM CEHCKVIRRK GRVMVICPAN PKHKQRQG

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL36

+
分子 #50: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 50 / コピー数: 4 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度1.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッド詳細: unspecified
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 4 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: Vol = 4 uL, BT = 4 sec, BF = 0, DT = 0, WT = 8 sec.
詳細Sample was monodisperse.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 25.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab initio
初期 角度割当タイプ: COMMON LINE / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 0.63)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.68 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 0.63) / 使用した粒子像数: 32689

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

5li0

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

4ybb

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 177 / 当てはまり具合の基準: Correlation Coefficient
得られたモデル

PDB-6o8x:
Cryo-EM image reconstruction of the 70S Ribosome Enterococcus faecalis Class02

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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