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- EMDB-0397: Cryo-EM reconstruction of Sulfolobus islandicus LAL14/1 Pilus -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0397
タイトルCryo-EM reconstruction of Sulfolobus islandicus LAL14/1 Pilus
マップデータprimary map
試料
  • 複合体: Sulfolobus islandicus LAL14/1 Pilus
    • タンパク質・ペプチド: M9UD72
キーワードhelical symmetry / archaeal pilus / STRUCTURAL PROTEIN (タンパク質)
機能・相同性membrane => GO:0016020 / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Sulfolobus islandicus LAL14/1 (好気性・好酸性)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å
データ登録者Wang F / Cvirkaite-Krupovic V
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM122510 米国
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2019
タイトル: An extensively glycosylated archaeal pilus survives extreme conditions.
著者: Fengbin Wang / Virginija Cvirkaite-Krupovic / Mark A B Kreutzberger / Zhangli Su / Guilherme A P de Oliveira / Tomasz Osinski / Nicholas Sherman / Frank DiMaio / Joseph S Wall / David ...著者: Fengbin Wang / Virginija Cvirkaite-Krupovic / Mark A B Kreutzberger / Zhangli Su / Guilherme A P de Oliveira / Tomasz Osinski / Nicholas Sherman / Frank DiMaio / Joseph S Wall / David Prangishvili / Mart Krupovic / Edward H Egelman /
要旨: Pili on the surface of Sulfolobus islandicus are used for many functions, and serve as receptors for certain archaeal viruses. The cells grow optimally at pH 3 and ~80 °C, exposing these ...Pili on the surface of Sulfolobus islandicus are used for many functions, and serve as receptors for certain archaeal viruses. The cells grow optimally at pH 3 and ~80 °C, exposing these extracellular appendages to a very harsh environment. The pili, when removed from cells, resist digestion by trypsin or pepsin, and survive boiling in sodium dodecyl sulfate or 5 M guanidine hydrochloride. We used electron cryo-microscopy to determine the structure of these filaments at 4.1 Å resolution. An atomic model was built by combining the electron density map with bioinformatics without previous knowledge of the pilin sequence-an approach that should prove useful for assemblies where all of the components are not known. The atomic structure of the pilus was unusual, with almost one-third of the residues being either threonine or serine, and with many hydrophobic surface residues. While the map showed extra density consistent with glycosylation for only three residues, mass measurements suggested extensive glycosylation. We propose that this extensive glycosylation renders these filaments soluble and provides the remarkable structural stability. We also show that the overall fold of the archaeal pilin is remarkably similar to that of archaeal flagellin, establishing common evolutionary origins.
履歴
登録2018年12月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年1月23日-
マップ公開2019年5月8日-
更新2024年3月20日-
現状2024年3月20日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.127
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.127
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6nav
  • 表面レベル: 0.127
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6nav
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_0397.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0397.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈primary map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.4 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.127 / ムービー #1: 0.127
最小 - 最大-0.15029839 - 0.3493753
平均 (標準偏差)0.00035732737 (±0.0065073087)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-192-192-192
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 537.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.41.41.4
M x/y/z384384384
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z537.600537.600537.600
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-192-192-192
NC/NR/NS384384384
D min/max/mean-0.1500.3490.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Sulfolobus islandicus LAL14/1 Pilus

全体名称: Sulfolobus islandicus LAL14/1 Pilus
要素
  • 複合体: Sulfolobus islandicus LAL14/1 Pilus
    • タンパク質・ペプチド: M9UD72

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超分子 #1: Sulfolobus islandicus LAL14/1 Pilus

超分子名称: Sulfolobus islandicus LAL14/1 Pilus / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Sulfolobus islandicus LAL14/1 (好気性・好酸性)

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分子 #1: M9UD72

分子名称: M9UD72 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 21 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sulfolobus islandicus LAL14/1 (好気性・好酸性)
分子量理論値: 12.681375 KDa
配列文字列:
LSGAVTALIL VIASVIIALV VVGFAFGLFG AFTGQGTVTQ VGTATLSAST GTLKVTLKNT GATTQVTGAI INGNAASVSG QVTISAGQS TYSISLGGIS SSTLQSLVGS TISLTLQLSN GQTVTVSAII TS

UniProtKB: Uncharacterized protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 6
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 %

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 48.0 e/Å2
詳細: Images were stored containing 24 fractions, where each fraction corresponded to a dose of ~2 electrons per Angstrom^2.
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: featureless cylinder
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 4.94 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 104.97 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア: (名称: SPIDER, RELION) / 詳細: MODEL:MAP FSC, D99 / 使用した粒子像数: 181070

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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