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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-0156 | |||||||||
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タイトル | Retromer-Vps5: map centred on the Vps35/29 arch. | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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生物種 | Chaetomium thermophilum (菌類) | |||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Kovtun O / Leneva N / Ariotti N / Teasdale RD / Owen DJ / Collins BM / Briggs JAG | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2018 タイトル: Structure of the membrane-assembled retromer coat determined by cryo-electron tomography. 著者: Oleksiy Kovtun / Natalya Leneva / Yury S Bykov / Nicholas Ariotti / Rohan D Teasdale / Miroslava Schaffer / Benjamin D Engel / David J Owen / John A G Briggs / Brett M Collins / 要旨: Eukaryotic cells traffic proteins and lipids between different compartments using protein-coated vesicles and tubules. The retromer complex is required to generate cargo-selective tubulovesicular ...Eukaryotic cells traffic proteins and lipids between different compartments using protein-coated vesicles and tubules. The retromer complex is required to generate cargo-selective tubulovesicular carriers from endosomal membranes. Conserved in eukaryotes, retromer controls the cellular localization and homeostasis of hundreds of transmembrane proteins, and its disruption is associated with major neurodegenerative disorders. How retromer is assembled and how it is recruited to form coated tubules is not known. Here we describe the structure of the retromer complex (Vps26-Vps29-Vps35) assembled on membrane tubules with the bin/amphiphysin/rvs-domain-containing sorting nexin protein Vps5, using cryo-electron tomography and subtomogram averaging. This reveals a membrane-associated Vps5 array, from which arches of retromer extend away from the membrane surface. Vps35 forms the 'legs' of these arches, and Vps29 resides at the apex where it is free to interact with regulatory factors. The bases of the arches connect to each other and to Vps5 through Vps26, and the presence of the same arches on coated tubules within cells confirms their functional importance. Vps5 binds to Vps26 at a position analogous to the previously described cargo- and Snx3-binding site, which suggests the existence of distinct retromer-sorting nexin assemblies. The structure provides insight into the architecture of the coat and its mechanism of assembly, and suggests that retromer promotes tubule formation by directing the distribution of sorting nexin proteins on the membrane surface while providing a scaffold for regulatory-protein interactions. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_0156.map.gz | 20.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-0156-v30.xml emd-0156.xml | 13.6 KB 13.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_0156.png | 27 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0156 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0156 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_0156.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 22.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.35 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Retromer-Vps5 complex assembled on the membrane.
全体 | 名称: Retromer-Vps5 complex assembled on the membrane. |
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要素 |
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-超分子 #1: Retromer-Vps5 complex assembled on the membrane.
超分子 | 名称: Retromer-Vps5 complex assembled on the membrane. / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: Vps26/Vps35/Vps29 trimer recruited to the membrane via Vps5 PX-BAR protein. |
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由来(天然) | 生物種: Chaetomium thermophilum (菌類) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-分子 #1: Vacuolar protein sorting-associated protein 35
分子 | 名称: Vacuolar protein sorting-associated protein 35 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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配列 | 文字列: MSTPAPPEEQ ARLLEDALIA VRQQTAMMRK FLDTPGKLMD ALKCCSTLVS ELRTSSLSPK QYYELYMAVF DALRYLSAHL RENHPVNHLA DLYELVQYAG NIIPRLYLMI TVGTAYMSID GAPVKELMKD MMDMSRGVQH PVRGLFLRYY LSGQARDYLP TGDSDGPEGN ...文字列: MSTPAPPEEQ ARLLEDALIA VRQQTAMMRK FLDTPGKLMD ALKCCSTLVS ELRTSSLSPK QYYELYMAVF DALRYLSAHL RENHPVNHLA DLYELVQYAG NIIPRLYLMI TVGTAYMSID GAPVKELMKD MMDMSRGVQH PVRGLFLRYY LSGQARDYLP TGDSDGPEGN LQDSINFILT NFVEMNKLWV RLQHQGHSRE RDLRTQERRE LQLLVGSNIV RLSQLVDLPT YRDSILGPLL EQIVQCRDIL AQEYLLEVIT QVFPDEYHLH TLDQFLGAVS RLNPHVNVKA IVIGMMNRLS DYAERESQNE PEEDRAKLEE EALAKLLEKT KLGQNSELEP QNGDHPDTEV SSTTDSAQAP STADSDTTAV NGEEEPVRKR RGIPVNVPLY DIFFDQVQHL VQAQHLPIQD TIALCCSLAN LSLNIYPERL DYVDGILAYA LAKVKEHANS ADLHSQPAQQ SLLSLLQSPL RRYVSIFTAL SLPTYVSLFQ AQTYPTRRAI AGEIVRTLLK NQTLISTPAH LENVLEILKV LIKEGSQPPA GYPGVVQPRA RPLETDETME EQGWLARLVH LIHSDDNDTQ FRLLQMTRKA YAEGNERIRT TTPPLITAGL KLARRFKARE HYDDNWSSQS SSLFKFLHSA ISTLYTRVNG PGVADLCLRL FCSCGQVADM TEFEEVAYEF FAQAFTVYEE SISDSKAQFQ AVCVIASALH RTRNFGRENY DTLITKCAQH ASKLLRKPDQ CRAVYLASHL WWATPIAARG ETEDTELYRD GKRVLECLQR ALRVADSCME TATSIELFVE ILDRYVYYFD QRNESVTTKY LNGLIELIHS NLAGNQQDSA SVEASRKHFI QTLEMIQSKE FEGIVVAPK |
-分子 #2: Vacuolar protein sorting-associated protein 29
分子 | 名称: Vacuolar protein sorting-associated protein 29 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO |
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配列 | 文字列: MAFLILVIGN LHIPDRALDI PPKFKKLLSP GKISQTLCLG NLTDRATYDY LRSISPDLKI VRGRMDVEAT SLPLMQVVTH GSLRIGFLEG FTLVSEEPDV LLAEANKLDV DVLCWAGGSH RFECFEYMDK FFVNPGSATG AFTTDWLAEG EEVVPSFCLM DVQGISLTLY ...文字列: MAFLILVIGN LHIPDRALDI PPKFKKLLSP GKISQTLCLG NLTDRATYDY LRSISPDLKI VRGRMDVEAT SLPLMQVVTH GSLRIGFLEG FTLVSEEPDV LLAEANKLDV DVLCWAGGSH RFECFEYMDK FFVNPGSATG AFTTDWLAEG EEVVPSFCLM DVQGISLTLY VYQLRKDENG TENVAVEKVT YTKPVEPTGA S |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | 3D array |
-試料調製
濃度 | 1.1 mg/mL | |||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 292 K / 装置: LEICA EM GP | |||||||||
詳細 | The solution-assembled complex was incubated with Folch liposomes at room temperature. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 6.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 倍率(公称値): 105000 |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 撮影したグリッド数: 2 / 平均電子線量: 3.17 e/Å2 詳細: Tomographic tilt series were acquired with the dose-symmetric tilt-scheme (Hagen et al., J Struct Biol. 2017) |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
抽出 | トモグラム数: 71 / 使用した粒子像数: 194885 / 参照モデル: reference-free 手法: geometrical seeding alogn the surface of manually traced tubules |
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CTF補正 | ソフトウェア: (名称: CTFFIND (ver. 4), IMOD) 詳細: CTF correction was performed with ctfphaseflip IMOD command using defocus values measured by CTFFIND4 on non-dose-filtered images. |
最終 角度割当 | タイプ: OTHER / ソフトウェア: (名称: AV3, TOM) 詳細: Image processing was performed in TOM Toolbox, AV3 and Dynamo toolboxes. |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用したサブトモグラム数: 18680 |
詳細 | After motion correction in "alignframes" (IMOD), each of the images in the tilt series was low-pass filtered according to the electron-dose acquired by the sample (Grant and Grigorieff, 2015). |