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万見
- SASDA68: Aldolase in Tris/HCl (Fructose-bisphosphate aldolase A) -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDA68
試料Aldolase in Tris/HCl
  • Fructose-bisphosphate aldolase A (protein), Oryctolagus cuniculus
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / fructose-bisphosphate aldolase / fructose-bisphosphate aldolase activity / M band / I band / fructose 1,6-bisphosphate metabolic process / glycolytic process / protein homotetramerization / positive regulation of cell migration / cytosol
類似検索 - 分子機能
Fructose-bisphosphate aldolase class-I active site / Fructose-bisphosphate aldolase class-I active site. / Fructose-bisphosphate aldolase, class-I / Fructose-bisphosphate aldolase class-I / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
Fructose-bisphosphate aldolase A
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
引用年: 2007
タイトル: Accuracy of molecular mass determination of proteins in solution by small-angle X-ray scattering
著者: "Mylonas E", "Svergun D"
登録者
  • Efstratios Mylonas (EMBL-Hamburg, FORTH, European Molecular Biology Laboratory (EMBL) - Hamburg outstation, Foundation for Research and Technology-Hellas, Notkestraße 85, Geb. 25A, 22607 Hamburg, Deutschland, Germany, Heraklion, Greece)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #312
タイプ: atomic / ソフトウェア: Crysol / ダミー原子の半径: 1.90 A / カイ2乗値: 5.396329
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

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試料

試料名称: Aldolase in Tris/HCl / 試料濃度: 4.9 mg/ml
バッファ名称: Tris/HCl / 濃度: 100.00 mM / pH: 7.5 / 組成: 100 mM NaCl
要素 #179タイプ: protein / 記述: Fructose-bisphosphate aldolase A / 分子量: 39.342 / 分子数: 4 / 由来: Oryctolagus cuniculus / 参照: UniProt: P00883
配列: MPHSHPALTP EQKKELSDIA HRIVAPGKGI LAADESTGSI AKRLQSIGTE NTEENRRFYR QLLLTADDRV NPCIGGVILF HETLYQKADD GRPFPQVIKS KGGVVGIKVD KGVVPLAGTN GETTTQGLDG LSERCAQYKK DGADFAKWRC VLKIGEHTPS ALAIMENANV ...配列:
MPHSHPALTP EQKKELSDIA HRIVAPGKGI LAADESTGSI AKRLQSIGTE NTEENRRFYR QLLLTADDRV NPCIGGVILF HETLYQKADD GRPFPQVIKS KGGVVGIKVD KGVVPLAGTN GETTTQGLDG LSERCAQYKK DGADFAKWRC VLKIGEHTPS ALAIMENANV LARYASICQQ NGIVPIVEPE ILPDGDHDLK RCQYVTEKVL AAVYKALSDH HIYLEGTLLK PNMVTPGHAC TQKYSHEEIA MATVTALRRT VPPAVTGVTF LSGGQSEEEA SINLNAINKC PLLKPWALTF SYGRALQASA LKAWGGKKEN LKAAQEEYVK RALANSLACQ GKYTPSGQAG AAASESLFIS NHAY

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実験情報

ビーム設備名称: DORIS III X33 / 地域: Hamburg / 国: Germany / 線源: X-ray synchrotron
検出器名称: MAR 345 Image Plate
スキャン
タイトル: Aldolase / 測定日: 2006年5月19日 / セル温度: 20 °C / 照射時間: 15 sec. / フレーム数: 8 / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.081 4.9563
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 4.5a / ポイント数: 512 /
MinMax
Q0.2421 4.912
P(R) point17 528
R0 10.5
結果
カーブのタイプ: single_conc /
実験値Standard
分子量155 kDa155 kDa

P(R)Guinier
前方散乱 I0382 389.27
慣性半径, Rg 3.55 nm3.64 nm

MinMax
D-10.5
Guinier point58 116

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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