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- EMDB-8576: Structure of the Plasmodium falciparum 80S ribosome bound to the ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8576
タイトルStructure of the Plasmodium falciparum 80S ribosome bound to the antimalarial drug mefloquine
マップデータ
試料
  • 複合体: Plasmodium falciparum 80S ribosome bound to mefloquine
    • RNA: x 3種
    • タンパク質・ペプチド: x 42種
  • リガンド: x 3種
機能・相同性
機能・相同性情報


Translesion synthesis by REV1 / Translesion Synthesis by POLH / : / Translesion synthesis by POLK / Translesion synthesis by POLI / Josephin domain DUBs / : / Metalloprotease DUBs / PTK6 Regulates RTKs and Their Effectors AKT1 and DOK1 / ER Quality Control Compartment (ERQC) ...Translesion synthesis by REV1 / Translesion Synthesis by POLH / : / Translesion synthesis by POLK / Translesion synthesis by POLI / Josephin domain DUBs / : / Metalloprotease DUBs / PTK6 Regulates RTKs and Their Effectors AKT1 and DOK1 / ER Quality Control Compartment (ERQC) / Iron uptake and transport / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / Formation of a pool of free 40S subunits / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Ribosomal scanning and start codon recognition / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / Aggrephagy / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / : / Orc1 removal from chromatin / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / KEAP1-NFE2L2 pathway / UCH proteinases / Ub-specific processing proteases / Neddylation / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / protein-RNA complex assembly / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA / ribosomal large subunit biogenesis / modification-dependent protein catabolic process / ribosomal large subunit assembly / protein tag activity / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / large ribosomal subunit / リボソーム生合成 / cytoplasmic translation / 5S rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / ubiquitin-dependent protein catabolic process / negative regulation of translation / rRNA binding / protein ubiquitination / リボソーム / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / 翻訳 (生物学) / mRNA binding / ubiquitin protein ligase binding / RNA binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Ribosomal L28e/Mak16 / Ribosomal L28e protein family / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L29e / Ribosomal L29e protein family / Ribosomal protein L10e, conserved site / Ribosomal protein L10e / Ribosomal protein L34e, conserved site / Eukaryotic Ribosomal Protein L27, KOW domain ...Ribosomal L28e/Mak16 / Ribosomal L28e protein family / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L29e / Ribosomal L29e protein family / Ribosomal protein L10e, conserved site / Ribosomal protein L10e / Ribosomal protein L34e, conserved site / Eukaryotic Ribosomal Protein L27, KOW domain / Ribosomal protein L44e / Ribosomal protein L38e / Ribosomal protein L38e superfamily / Ribosomal protein L27e / Ribosomal protein L27e superfamily / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily / Ribosomal L38e protein family / Ribosomal L22e protein family / Ribosomal protein L23/L25, N-terminal / 60S ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L30e, conserved site / Ribosomal protein L44 / Ribosomal protein L34Ae / Ribosomal protein L23, N-terminal domain / Ribosomal protein L13e, conserved site / Ribosomal protein L13e signature. / Ribosomal L27e protein family / Ribosomal protein L30/YlxQ / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L34e / Ribosomal protein L31e, conserved site / Ribosomal protein L37ae / Ribosomal protein L14e domain / 60S ribosomal protein L6E / Ribosomal protein L19, eukaryotic / Ribosomal protein L35A / Ribosomal protein L36e / Ribosomal protein L36e domain superfamily / Ribosomal L40e family / Ribosomal protein L36e / Ribosomal protein L35A superfamily / Ribosomal protein L44e signature. / Ribosomal_L40e / Ribosomal protein L40e / Ribosomal protein L40e superfamily / Ribosomal protein L7A/L8 / Ribosomal protein L10e signature. / Ribosomal protein L32e, conserved site / 60S ribosomal protein L4, C-terminal domain / 60S ribosomal protein L18a/ L20, eukaryotes / Ribosomal protein L7, eukaryotic / Ribosomal protein L6e / Ribosomal protein L14 / Ribosomal protein L30, N-terminal / Ribosomal protein L14, KOW motif / Ribosomal L30 N-terminal domain / Ribosomal protein L14 / Ribosomal L37ae protein family / Ribosomal protein L35Ae / 50S ribosomal protein L18Ae/60S ribosomal protein L20 and L18a / Ribosomal protein L39e, conserved site / Ribosomal protein 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / 60S ribosomal protein L4 C-terminal domain / Ribosomal proteins 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal protein L5 eukaryotic, C-terminal / Ribosomal L18 C-terminal region / Ribosomal protein L34e signature. / Ribosomal protein L31e / Ribosomal protein L31e domain superfamily / Ribosomal_L31e / Ribosomal protein L15e, conserved site / Ribosomal protein L30e signature 1. / Ribosomal protein L21e / Ribosomal protein L21e, conserved site / Ribosomal protein L21 superfamily / Ribosomal protein 60S L18 and 50S L18e / Ribosomal protein L30e signature 2. / 60S ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L37e, conserved site / Ribosomal protein L3, domain 3, archaeal type superfamily / Ribosomal protein L3, archaeal/eukaryotic type / Ribosomal protein L36e signature. / Ribosomal protein L37e / Ribosomal protein L39e signature. / Ribosomal protein L21e / Ribosomal_L15e / Ribosomal protein L15e / Ribosomal protein L15e core domain superfamily / Ribosomal protein L32e / Ribosomal protein L32e superfamily / Ribosomal_L32e / Ribosomal protein L31e / Ribosomal protein L37ae/L37e / Ribosomal protein L24e-related / Ribosomal protein L22/L17, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L24e/L24 superfamily / Ribosomal protein L18/L18-A/B/e, conserved site / Ribosomal protein L18e signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
Ribosomal protein L15 / 60S ribosomal protein L39 / Ribosomal protein L37 / 60S ribosomal protein L18-2, putative / 60S ribosomal protein L19 / 60S ribosomal protein L27a, putative / 60S ribosomal protein L41 / 60S ribosomal protein L29 / 60S ribosomal protein L26, putative / Large ribosomal subunit protein eL43 ...Ribosomal protein L15 / 60S ribosomal protein L39 / Ribosomal protein L37 / 60S ribosomal protein L18-2, putative / 60S ribosomal protein L19 / 60S ribosomal protein L27a, putative / 60S ribosomal protein L41 / 60S ribosomal protein L29 / 60S ribosomal protein L26, putative / Large ribosomal subunit protein eL43 / Large ribosomal subunit protein eL42 / 60S ribosomal protein L7, putative / 60S ribosomal protein L32 / 60S ribosomal protein L2 / 60S ribosomal protein L4 / 60S ribosomal protein L31 / 60S ribosomal protein L36 / 60S ribosomal protein L13 / Large ribosomal subunit protein eL22 / 60S ribosomal protein L11a, putative / 60S ribosomal protein L34 / Ubiquitin-60S ribosomal protein L40 / 60S ribosomal protein L17, putative / 60S ribosomal protein L18a / 60S ribosomal protein L6-2, putative / 60S ribosomal protein L23, putative / 60S ribosomal protein L23 / 60S ribosomal protein L6, putative / 60S ribosomal protein L24, putative / 60S ribosomal protein L35ae, putative / 60S ribosomal protein L28 / 60S ribosomal protein L38 / 60S ribosomal protein L35, putative / 60S ribosomal protein L3 / 60S ribosomal protein L30e, putative / 60S ribosomal protein L13, putative / 60S ribosomal protein L27 / 60S ribosomal protein L14, putative / 60S ribosomal protein L21 / 60S ribosomal protein L7a / 60S ribosomal protein L5, putative / 60S ribosomal protein L10, putative
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Wong W / Bai X-C / Brown A / Scheres S / Baum J
資金援助 オーストラリア, 英国, 8件
OrganizationGrant number国
NHMRCAPP1024678 オーストラリア
Medical Research Council (United Kingdom)MC_UP_A025_1013 英国
NHMRCAPP1053801 オーストラリア
Wellcome TrustWT096570 英国
Medical Research Council (United Kingdom)MC_U105184332 英国
Human Frontier Science ProgramRGY0071/2011 英国
Wellcome Trust100993/Z/13/Z 英国
Department of Industry, Innovation, Science, Research and Tertiary Education, Australian Government|Australian Research CouncilFT100100112 オーストラリア
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2017
タイトル: Mefloquine targets the Plasmodium falciparum 80S ribosome to inhibit protein synthesis.
著者: Wilson Wong / Xiao-Chen Bai / Brad E Sleebs / Tony Triglia / Alan Brown / Jennifer K Thompson / Katherine E Jackson / Eric Hanssen / Danushka S Marapana / Israel S Fernandez / Stuart A Ralph ...著者: Wilson Wong / Xiao-Chen Bai / Brad E Sleebs / Tony Triglia / Alan Brown / Jennifer K Thompson / Katherine E Jackson / Eric Hanssen / Danushka S Marapana / Israel S Fernandez / Stuart A Ralph / Alan F Cowman / Sjors H W Scheres / Jake Baum /
要旨: Malaria control is heavily dependent on chemotherapeutic agents for disease prevention and drug treatment. Defining the mechanism of action for licensed drugs, for which no target is characterized, ...Malaria control is heavily dependent on chemotherapeutic agents for disease prevention and drug treatment. Defining the mechanism of action for licensed drugs, for which no target is characterized, is critical to the development of their second-generation derivatives to improve drug potency towards inhibition of their molecular targets. Mefloquine is a widely used antimalarial without a known mode of action. Here, we demonstrate that mefloquine is a protein synthesis inhibitor. We solved a 3.2 Å cryo-electron microscopy structure of the Plasmodium falciparum 80S ribosome with the (+)-mefloquine enantiomer bound to the ribosome GTPase-associated centre. Mutagenesis of mefloquine-binding residues generates parasites with increased resistance, confirming the parasite-killing mechanism. Furthermore, structure-guided derivatives with an altered piperidine group, predicted to improve binding, show enhanced parasiticidal effect. These data reveal one possible mode of action for mefloquine and demonstrate the vast potential of cryo-electron microscopy to guide the development of mefloquine derivatives to inhibit parasite protein synthesis.
履歴
登録2017年1月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年3月1日-
マップ公開2017年3月1日-
更新2019年12月11日-
現状2019年12月11日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.12
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.12
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5umd
  • 表面レベル: 0.12
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8576.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8576.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 347.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.03 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.12 / ムービー #1: 0.12
最小 - 最大-0.5065006 - 0.8825569
平均 (標準偏差)0.0001856431 (±0.033729594)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ450450450
Spacing450450450
セルA=B=C: 603.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.031.031.03
M x/y/z450450450
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z463.500463.500463.500
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS450450450
D min/max/mean-0.5070.8830.000

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添付データ

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_8576_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_8576_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Plasmodium falciparum 80S ribosome bound to mefloquine

全体名称: Plasmodium falciparum 80S ribosome bound to mefloquine
要素
  • 複合体: Plasmodium falciparum 80S ribosome bound to mefloquine
    • RNA: 28S ribosomal RNA28SリボソームRNA
    • RNA: 5S ribosomal RNA5SリボソームRNA
    • RNA: 5.8S ribosomal RNA5.8SリボソームRNA
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L2
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L3
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L4
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L11a, putativeリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L6, putativeリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L6-2, putativeリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L7-3, putativeリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L13, putativeリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L13
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L23, putativeリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L14, putativeリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L27a, putativeリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein L15
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L10, putativeリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L5, putativeリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L18-2, putativeリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L19
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L18a
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L21
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L17, putativeリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L22, putativeリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L23
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L26, putativeリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L24, putativeリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L27
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L28
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L35, putativeリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L29, putativeリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L7, putativeリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L30e, putativeリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L31
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L32
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L35Ae, putativeリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L34
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L36
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein L37
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L38
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L39
    • タンパク質・ペプチド: Ubiquitin-60S ribosomal protein L40
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L41
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L37a
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L44
  • リガンド: Mefloquineメフロキン
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ZINC ION

+
超分子 #1: Plasmodium falciparum 80S ribosome bound to mefloquine

超分子名称: Plasmodium falciparum 80S ribosome bound to mefloquine
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#45
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
細胞中の位置: cytoplasm
分子量理論値: 4.2 MDa

+
分子 #1: 28S ribosomal RNA

分子名称: 28S ribosomal RNA / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
分子量理論値: 1.216212125 MDa
配列文字列: GUUUGAUUUG AUGUUAGGAG GGCAAAUCCG CCGAAUUUAA GCAUAUAAUU AAGCGGAAGA AAAGAAAAUA ACUAUGAUUC CUUUAGUAA CGGCGAGUGA ACAAGGACCA GCUCAAACGG UUAAUCCUUC GUUUGGUGCA AACCUUUCGA CGGAAUUGUC G UUGAAUUA ...文字列:
GUUUGAUUUG AUGUUAGGAG GGCAAAUCCG CCGAAUUUAA GCAUAUAAUU AAGCGGAAGA AAAGAAAAUA ACUAUGAUUC CUUUAGUAA CGGCGAGUGA ACAAGGACCA GCUCAAACGG UUAAUCCUUC GUUUGGUGCA AACCUUUCGA CGGAAUUGUC G UUGAAUUA UUCCAUGAAU GCCUUUAAUU UGAGCAAAGU GAGCAGGAAU GCUUCCCCAU AGAGGGUGAA AGGCCCAUAG UU CUUUUUA AUUUAUUCAU UGGAAUUUUU CAUGUCGAGU CGUGUUCUUU GAGAUUGGAG CACUAAUACG UGUGAUACAU UUC ACAUAA AGCUAAAUAU AUGUAGGAGA CCGAUAGCAA ACAAGUACCG UGAGGGAAAG AUGAAAUAGU ACUCAGGAAU GAGC AAUUA AAUAGUACCU GAAAUCGUUA AGAUGGAACG GAUUAAGAGA GAAAACAAGU AAAGAGGGGA AUUUUUAAUU UUUUU UGUU AUAAUUCUCU UCUUUAUUAA AAGAAACAUC AGUGAUUAAU UUAAUUUCAA UAAAGCAAUC CCCUGAAAUU CAAAAU UUC UUUUAAUUUU GUUUUCACUU UCUCCCCGCA CUAAUGUGGG GAAAACUGGC UUUAUUUCUU CAAUUAUUUU UUUUGCU GA GGAAUUUUAA AAUUAUUUGA AUUUUUCUUC UUAUAAUUUA AGUUGUUUCU AUACAGUACU UUCUUAACCC ACUCGUCU U GAAACACGGA CCAAGGAGUC UAGCAAAUGU GCAAGUGUAU AUGAUUCUUU AAACAUUUCU CUUUUUAAUA UACGCAUAA UUAAUGUAAU AUGUUUUCUU CAUUGUAGAU UUGUGGUGUU UAAUUUUUAU UAAAUCCCCA CUUUGCAUAC AAUACCGGUA AGCAAUUAU GCUUUAUUGA GUACGAGCAU AUUUGGUAGG ACCCGAGAGG CUUUGAACUA AGCGUGAUGA GAUUGAAGUC A GACGAAAG UCUGAUGGAG GAUCGAGUUG AUACUGACGU GCAAAUCGUU CAUUUCAAUC ACGUUUAGGG GCGAAAGACU AA UCGAAAA GCCUAUUAGC UGGUUAUUUU CGAAAGAUCU CUCAGGAUCG CUGGAGUUGA UUAAUAUAAU UUUACCAGGU AGA GAUAAU GAUUAGAGGA AUCAGGGAAA UCGUUUUCCU UGACCUAUUC UCAAACUCCC AAUAGGUAAA AAGGGCGAAA UAAC UCAAU UUGUAUUUCA CUCAUAUUAA AUAAAAUAAC UCCAAGUGGG CCAUUUUUGG UAAGCAGAAC UGGCGAUGAG GGAUG CUCC UAACGCUUGG AUAAGGUGCC UAAAUAUUCG CUCAUGAGAU CCCAUAAAAG GUGUUGGUUC AUAAUGACAG UAGGAC GGU GGUCAUGGAA GUCGAAAUCC GCUAAGGAGU GUGUAACAAC UCACCUACCG AAUGAACUAG CCCUGAAAAU GGAUGGC GC UAAAGCGGAU UACCGAUACC AAGCCAUAAA AAGAACAGAA AAAAUUUAUU UUUUUUUUAG AAUCUUUUUA UGAGUAGA A AAUCGUGGGG UUUGUGUUGA AGCGAAAUAC GUGAGUUUUC GUGGAACAUC UCCCUAGUGC AGAUCUUGGU GGAAGUAGC AACUAUUCAA AUGAGAACUU UGAAGACUGA AGUGGAGAAG GGUUUCUUGU CAACUGUGAU UGAACAAGAG UUAGCCGCUC CUAAGGGAU AGCUGAAAAG UGUUUAAAAG GGGGUUCCUU CCCCGUCUCA AAAGGGAAAC AGGUUGAUAU UCCUGUGCCA A UAGUAUUA UGAGUUUCUU AGAUGGUAAC AUAUAUAUAA AUGAACUCCU UUACAUAGGC UUUACACUCG GGGUGCGUUU UC UUUGCAC UUUACCUUUA UAACAAACCU UGGAAUCAAU UUACUUGGAG AAGAGGUUCG UUGAACUCAA UUCAAAAAAU UUC UUGAAC GGGGUUUUCG GAUUCAGUUC AUUUUAUUUU UUGUUUUGUA GCAAUAGUAA UUCGUUUUUA UGAAUUAUCC GAAG UGGUA AGGACUAUCC UUGAAAAAAG GAGGGAACGG CUUUGUAACU UGGUUUCUUC UGAUUCCAUU UUGCUUUGCU UAUAC UCUU AAUACUUGUA UGAGCGUACC AACAACCGCA UCAGGUCUCC AAGGUUAACA GCCUCUGGUU AAAUAGAAAA AAGUAG GUA AGGGAAGUCG GCAAAAUAGA UCCGUAACUU CGGGAAAAGG AUUGGCUCUG AGGACAUUAG AAAAGAGAAG AAAAAAA GA GGGUCGAAAA UAAAAUUGCA GUCUUUAUUU GCUUUUCUUU CGAUUUGCUU GUAAUCUGCU UUUUCUUUUU CUUCUUUC U UUUUUUCUCC CCCUCUUUUC GCCUUCACUU UAUUGUAAUU UUAUUACUUU AAUUUGAUAC CUAUAAUGUU AACUCAGAA CUGAAACGGA CAAGGGGAAU CCGACUGUUU AAUUAAAACA UAGCAUUGUG AAAAGCCACA ACUGGUAUUA ACACAAUGUG AUUUCUGCC CAGUGCUUUG AAUGUCAACU UGAUGAAAUU CAAUCAAGCG CAGGUAAACG GCGGGAGUAA CUAUGACUCU C UUAAGGUA GCCAAAUGCC UCGUCAUCUA AUUAGUGACG CGCAUGAAUG GAUUAACGAG AUUCCCACUG UCCCUACUUG CU AUCUAGC GAAACCACAG CCAAGGGAAC GGGCUUGGCA AAAUCAGCGG GGAAAGAAGA CCCUGUUGAG CUUUACUCUA GUC UGGCUU UGUGAAACGA CUUAAGAGGU GUAGCAUAAG UGGGAGUAGA AACUGAAAUA UGUUUUUACG ACAGUGAAAU ACCA CUACU UUUAAAGUUG UUUUACUUAU CCAUUUAUAG GGAAAUAUAU UAUGCUUUAU CCUUCGGGAA GGCAUUCUGA UAUUA UUUG AAUUUUUAAG AAACUUGUUU CUUAUCUUUC UCCCAAUUUC UAUGGAGACA UAGCCAGGUG GGGAGUUUGA CUGGGG CGG UACAUCUGUU AAAUAUUAAC GCAGAUGUCC AAAGACAAGC UCAAAGAGAA CAGAAAUCUC UUGUAGACUA AAAGGGG AA AAGCUUGUUU GAUUUCUAUU UUCAGAACAA GUAGAAAACG UGAAAGCGUG GCCUAUCGAU CCUUUAUAUU UGCAAAAU G ACGUAAAUUA CUUACUACUG UGCAUAUAGA GGUGUCUGAA AAGUUACCAC AGGGAUAACU GGCUUGUGGC UGCCAAGCG CUCCUAGCGA CGUAGCUUUU UGAUCCUUCG AUGUCGGCUC UUCCUAUCAU UGGGACGCAG AAGUCUCAAA GUGUCGGAUU GUUCACCCG CUAAUAGGGA ACGUGAGCUG GGUUUAGACC GUCGUGAGAC AGGUUAGUUU UACCCUACUG AUGAAUUUUA U UAUAUUUU UUAUAUAUAC AUAUAGUAUU GUGACAGUAA UCCAACUUGG UACGAGAGGA UUAGUUGGUU CAGACAAUUG GU ACAGCAA UUGGUUGACA AACCAGUGUU GCGAAGCUAA GUCUGUUGGA UAAUGGCUGA ACGCCUCUUA AGCCAGAAAC CAU GCUGAU UAAACAAUAC UAUUUCGUUC UUUUUUGUUU CCUUUUUUAC UGCUAAUGUA AAAGAGAAAU UAUAUAUGUA CCUU UUUUU GGUACAUAAA UAAUCCUAUC ACCUUUUUCG UGAGCUGUGA GCUGUGAGCU AGGCAAUAGU UCUUUAACAA CAAAA AAGA AUUGCACAAA CUGUAGACGA CUUUUUUGCC UCAGGGUGCU GUAAACAUGA AAGUAAACUU UGUUUUACGA UCUGUU GAG GCUUAUCCCU AGUGGUAAAG UGUUU

+
分子 #2: 5S ribosomal RNA

分子名称: 5S ribosomal RNA / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
分子量理論値: 38.410859 KDa
配列文字列:
UGACUCGUUC AUACUACAGU GGAUACACCA GAUCCCAUCA GAACUCUGAA GUUAAGCACU GUAAGGCUUG GCUAGUACUG AGGUGGGAG ACCGCUCGGG AACACCAGGU GAUGAGUCAG

+
分子 #3: 5.8S ribosomal RNA

分子名称: 5.8S ribosomal RNA / タイプ: rna / ID: 3 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
分子量理論値: 51.206461 KDa
配列文字列:
UAGCACAGUC UUAACGAUGG AUGUCUUGGU UCCUACAGCG AUGAAGGCCG CAGCAAAAUG CGAUACGCAA UGAAAAUUGC AGUGACUGU GAAUCAUCAG AAUGCUGAAU GUAAACUACA CCAAUUCCCU UCGGGGAAUA GUGGUACUCC UACAGAAAAU

+
分子 #4: 60S ribosomal protein L2

分子名称: 60S ribosomal protein L2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
分子量理論値: 28.064998 KDa
配列文字列: MGRVIRGQRK GRGSIFKSHN HHRKGAAKLR HLDYCEKKGY IKGLVKDIIH DPGRGAPLAK VIFKRTEKYG KKEELIIASE GMFTGQYIS CGTKAPLSVG NILPIGKMPE GTLICNLEHR TGNRGTLVKA SGCYATVVGQ SEDGKKTKVR LPSGAKKTID A KARAMVGV ...文字列:
MGRVIRGQRK GRGSIFKSHN HHRKGAAKLR HLDYCEKKGY IKGLVKDIIH DPGRGAPLAK VIFKRTEKYG KKEELIIASE GMFTGQYIS CGTKAPLSVG NILPIGKMPE GTLICNLEHR TGNRGTLVKA SGCYATVVGQ SEDGKKTKVR LPSGAKKTID A KARAMVGV VGAGGRIDKP ILKAGVAHHK YRVKRNCWPK VRGVAMNPVE HPHGGGNHQH IGHPSTVSRS APAGQKVGLI AA RRTGLLR GAKKTKLVGK SEE

+
分子 #5: 60S ribosomal protein L3

分子名称: 60S ribosomal protein L3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
分子量理論値: 44.31818 KDa
配列文字列: MSHRKFERPR HGSLGFLPRK RCKRLRGKIR SFPKDDKEKP PHFTAFMGYK AGMTHIVREV DKPGSKLHKK EIVEACTIIE CAPMVVVGI VGYRETPKGL RILSTVWANH VSDEFRRRYY KNWYKSEKKA FTKSLNVPEA TKNCLLKRIE KYCTVLRAIC H TQPSKTPL ...文字列:
MSHRKFERPR HGSLGFLPRK RCKRLRGKIR SFPKDDKEKP PHFTAFMGYK AGMTHIVREV DKPGSKLHKK EIVEACTIIE CAPMVVVGI VGYRETPKGL RILSTVWANH VSDEFRRRYY KNWYKSEKKA FTKSLNVPEA TKNCLLKRIE KYCTVLRAIC H TQPSKTPL RMKKAHIMEV QINGGSMKEK LEFVKEMLEK NLPVSTVFNP NEMIDVISVT KGHGTKGVVS RYGVKRLPRK TH RGLRKVA CIGAWHPARV QFQIPRHGQK GYFHRTERNK KIYRIGLKTD KNSASTDADI TEKKITPMGG FPHYGVVNED FLL LKGCVA GTKKRPITLR KNIVPQVSRD ALAQVSLKFI DTSSKIGHGR FQTSEEKVKY YGPLKKDLKA

+
分子 #6: 60S ribosomal protein L4

分子名称: 60S ribosomal protein L4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
分子量理論値: 46.311688 KDa
配列文字列: MATIRPVANV YSTNGKNVVG EVEIPVVFQT PIRNDLIQSV YTNMSKNRRH PYAVKLGAGY ETSAESWGTG RAVARIPRVP GGGTHRAGQ GAFGNMCRGG GMFNPTKIWR RWGRKVNLKE KRYAVCSSIA ASGVTSLVLA RGHRISHLKE VPLVVSNDIE S LSKTKEAV ...文字列:
MATIRPVANV YSTNGKNVVG EVEIPVVFQT PIRNDLIQSV YTNMSKNRRH PYAVKLGAGY ETSAESWGTG RAVARIPRVP GGGTHRAGQ GAFGNMCRGG GMFNPTKIWR RWGRKVNLKE KRYAVCSSIA ASGVTSLVLA RGHRISHLKE VPLVVSNDIE S LSKTKEAV NFLVSLGLKD EVNRLVKSKK IRAGKGKMRN RKYKIRNGPL IIYENDNGVK KAFRNIPGVD LCKVTKLNLL KL APGGSIG RLCIWSESAF KKLDVIYGKI HEKKVTKKNY ILPKSIVHNP DIYRIIHSDK VQASLLAKKK PCKKRLQNKN SLT NFAVRC RLNPAYKLLR SLAVLRMRKS ILEKSKNKKE KRVQKQIQKK ELQKINHDYY KGVAKAVKKK KKREEKKAKS KKTA NQAVI NVAAEE

+
分子 #7: 60S ribosomal protein L11a, putative

分子名称: 60S ribosomal protein L11a, putative / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
分子量理論値: 20.268666 KDa
配列文字列:
MENKEQNVMR EIKVNKLVLN ICVGESGDRL TRAARVLEQL TEQKPIFGKC RFTIRSFGVR RNEKISCFVT VRGKKALEIL EKGLKVKEY ELRRKNFSDT GNFGFGIQEH IDLGIKYDPS TGIYGMDFYV HLSRSGYRVT RRTRRRSKIS KTHKVTKEDA M KWFQTKFD GILLK

+
分子 #8: 60S ribosomal protein L6, putative

分子名称: 60S ribosomal protein L6, putative / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
分子量理論値: 21.638562 KDa
配列文字列: MKTIVSTQKV LIPEGVKVAI NARKVTVSGK YGTLRRSFRH LPIDIRLNKL KKYIKVVMWF GVPDSLACIR TVCTHLKNMF TGVTKKFLY KMRLVHAHFP INSNIVDNNT RIEIRNYLGE KSVRFVKALP GVVIEKSPNV KDEIYVSGAD IENVSLTAAL I HQSVLCRN ...文字列:
MKTIVSTQKV LIPEGVKVAI NARKVTVSGK YGTLRRSFRH LPIDIRLNKL KKYIKVVMWF GVPDSLACIR TVCTHLKNMF TGVTKKFLY KMRLVHAHFP INSNIVDNNT RIEIRNYLGE KSVRFVKALP GVVIEKSPNV KDEIYVSGAD IENVSLTAAL I HQSVLCRN KDIRKFLDGI YVSEVTTVEK DE

+
分子 #9: 60S ribosomal protein L6-2, putative

分子名称: 60S ribosomal protein L6-2, putative / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
分子量理論値: 25.587623 KDa
配列文字列: MTNTSNELKH YNVKGKKKVL VPVNAKKTIN KKYFGRKVAS KKKYVVQRKL RKSIEVGKVA IILTGKHMGK RCIITKILNS GLLAVVGPY EINGVPLKRV DSRYLVVTST NIFNFENIAK LKDDFLNYAQ DIDDDSFIKT LEIKKKQKKL LKNKNEALFM N NVIDKIKE ...文字列:
MTNTSNELKH YNVKGKKKVL VPVNAKKTIN KKYFGRKVAS KKKYVVQRKL RKSIEVGKVA IILTGKHMGK RCIITKILNS GLLAVVGPY EINGVPLKRV DSRYLVVTST NIFNFENIAK LKDDFLNYAQ DIDDDSFIKT LEIKKKQKKL LKNKNEALFM N NVIDKIKE IRKEDPKVQK LEGIQKDIGS LLKPEILKNK VFAHYLKSKF TLRNDMVLHK MKF

+
分子 #10: 60S ribosomal protein L7-3, putative

分子名称: 60S ribosomal protein L7-3, putative / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
分子量理論値: 32.760455 KDa
配列文字列: MAKDKKQQKK PSKKTPAPCP LSTKVTVKKE IKKEKKTGIK DNPLIFEKKK RSNIIGVGVR PKKDLSKYVK WPRYIRIQRK KKILLQRLK VPPSINQFNH TLPKSQTQDL LNFLKAYKPE SKTDKKQRLL NKAKEALNKN ITKDKKPLFL KYGINHITKL V ENKKANLV ...文字列:
MAKDKKQQKK PSKKTPAPCP LSTKVTVKKE IKKEKKTGIK DNPLIFEKKK RSNIIGVGVR PKKDLSKYVK WPRYIRIQRK KKILLQRLK VPPSINQFNH TLPKSQTQDL LNFLKAYKPE SKTDKKQRLL NKAKEALNKN ITKDKKPLFL KYGINHITKL V ENKKANLV VIANDVSPIE LVLFLPALCR LKEVPYCIVK DKATLGKLVH KKTATAVCLE SVKKEDQEKL DYFAKVCKEN FN DNVDLRR KWGGQKMSAK SMLLKKMKDK ARKIEEAKKK EISAKL

+
分子 #11: 60S ribosomal protein L13, putative

分子名称: 60S ribosomal protein L13, putative / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
分子量理論値: 23.805344 KDa
配列文字列: MYKKEYVIDC KGHLLGRLAS LIAKELLNGQ RIVAVRCEDI NISGSLYRNK LKYQEFLRLR TNTNPKKGPL HLREPSKILW RCVRGMLPH KTYKGQLALK KLKVCVGMPY PYDKKKKYVL PSALRAFRLK KHRRYCRLGT LSSRVGWNYD TLVKKNEVLR K QVSKAYYK ...文字列:
MYKKEYVIDC KGHLLGRLAS LIAKELLNGQ RIVAVRCEDI NISGSLYRNK LKYQEFLRLR TNTNPKKGPL HLREPSKILW RCVRGMLPH KTYKGQLALK KLKVCVGMPY PYDKKKKYVL PSALRAFRLK KHRRYCRLGT LSSRVGWNYD TLVKKNEVLR K QVSKAYYK KKVNNLNEKK EIKTEALNLI NPEQRQVLEN FGYA

+
分子 #12: 60S ribosomal protein L13

分子名称: 60S ribosomal protein L13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
分子量理論値: 25.454143 KDa
配列文字列: MVAHNNVLPN VHLHKWWQHR VRVNFSKNIK KKKRRLLREK RRKANGGTPI EKLHPIVHCP TQRYNFRTRL GKGFTFEELK GAGLTPRAA QTIGICYDKR RKNRSEESLT KNVERLLKYK NSLVMIPLKK NKAKKGIGGI PADADKNTIK EFRNKKPLLS I FKKEKNTK ...文字列:
MVAHNNVLPN VHLHKWWQHR VRVNFSKNIK KKKRRLLREK RRKANGGTPI EKLHPIVHCP TQRYNFRTRL GKGFTFEELK GAGLTPRAA QTIGICYDKR RKNRSEESLT KNVERLLKYK NSLVMIPLKK NKAKKGIGGI PADADKNTIK EFRNKKPLLS I FKKEKNTK PFYETIEVSK IDKEFLAYKT LRRAKLAERR KNCRQQKKDI KFKSKDN

+
分子 #13: 60S ribosomal protein L23, putative

分子名称: 60S ribosomal protein L23, putative / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
分子量理論値: 15.015713 KDa
配列文字列:
MKRGRAGTLK NKMRITLSLP VGALINCCDN SGGKNLYIIA VQGFGSCLNR LPAASLGDMV LATVKKGKPD LRKKVLNAII CRQSKAWRR HEGYYIYFED NAGVIVNPKG EMKGSAITGP VARECAELWP KLSSAASAIV

+
分子 #14: 60S ribosomal protein L14, putative

分子名称: 60S ribosomal protein L14, putative / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
分子量理論値: 19.340373 KDa
配列文字列:
MPRVELTEEE KLYISKKNLL FKRFVEPGRL CLIEYGPYAG KLCFIVDIVT ITRVIVDGAF ITGVPRMVIP LKRLKLLKER IKINKNCKS GFLRKTVNST KVLEEFNNSK LGKKMIIKKK RDEATDFERF QVYFAKRELK KKMTTIKNKK NGENKKVKKN V QKVKA

+
分子 #15: 60S ribosomal protein L27a, putative

分子名称: 60S ribosomal protein L27a, putative / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
分子量理論値: 16.765834 KDa
配列文字列:
MATRFKKNRK KRGHVSAGHG RVGKHRKHPG GRGKAGGLHH MRINFDKYHP GYFGKVGMRH LNLLKNRTYC PTINVDKLWG LLPEEKKKE FSENKDIAPV IDVTRKGYFK VLGNGKLKHN QPIVVKARYF SSVAEKKIKA VGGQCILVA

+
分子 #16: Ribosomal protein L15

分子名称: Ribosomal protein L15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
分子量理論値: 24.19766 KDa
配列文字列: MGAYKYIQEI WKKKQSDAMH FLLRVRTWEY RQLPVVHRVS KPSRPDKARR LGYKAIQGFV IYRVRVRRGD RKKRVKKGIV HGKPKHQGV HKQKSTRNLK SVAEGKVGKS ICGNLRVLNS YWVGQDAVYK YYEVILVDPN HNAVRNNPKI NWICNPVHKH R ELRGLTSA ...文字列:
MGAYKYIQEI WKKKQSDAMH FLLRVRTWEY RQLPVVHRVS KPSRPDKARR LGYKAIQGFV IYRVRVRRGD RKKRVKKGIV HGKPKHQGV HKQKSTRNLK SVAEGKVGKS ICGNLRVLNS YWVGQDAVYK YYEVILVDPN HNAVRNNPKI NWICNPVHKH R ELRGLTSA GKKYRGLRVK GHLSAKSRPS IRANWKRRQL IKLRKCR

+
分子 #17: 60S ribosomal protein L10, putative

分子名称: 60S ribosomal protein L10, putative / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
分子量理論値: 25.26548 KDa
配列文字列: MGRRPARCYR YCKNKPYPKS RYCRGVPDPK IRIYDMGRKK ADVNEFSGVV HLVSYEYEQI SSEALEAARI SANKYMITNC GKDNFHLRV RIHPFHVLRI NKMLSCAGAD RLQTGMRGAF GKPNGVVARV DIGQVLLSIR TKENFVSKAC EALRRAKYKF P GRQKVFVS ...文字列:
MGRRPARCYR YCKNKPYPKS RYCRGVPDPK IRIYDMGRKK ADVNEFSGVV HLVSYEYEQI SSEALEAARI SANKYMITNC GKDNFHLRV RIHPFHVLRI NKMLSCAGAD RLQTGMRGAF GKPNGVVARV DIGQVLLSIR TKENFVSKAC EALRRAKYKF P GRQKVFVS NKWGFTPFSK DEYQQYKKKG RIISDGVSCK FIREKGPLDK IYKDINTVLE S

+
分子 #18: 60S ribosomal protein L5, putative

分子名称: 60S ribosomal protein L5, putative / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
分子量理論値: 34.067352 KDa
配列文字列: MAYVKVVKNK AYFKRYQVKY RRRREGKTDY RARKALILQD KNKYNAQKLR FVVRKTNSQV ICQIACAHIE GDKILAEAKS KELIRYGIP VGLKNYAAAY ATGLLCARRF LKSLNLDTQF LGVEKVTGEI ENNEDKEDEE GRKPIKAFLD VGITRTTTGN R VFAALKGA ...文字列:
MAYVKVVKNK AYFKRYQVKY RRRREGKTDY RARKALILQD KNKYNAQKLR FVVRKTNSQV ICQIACAHIE GDKILAEAKS KELIRYGIP VGLKNYAAAY ATGLLCARRF LKSLNLDTQF LGVEKVTGEI ENNEDKEDEE GRKPIKAFLD VGITRTTTGN R VFAALKGA CDGGLNIPHG NNRFPGSKNE FNPEQLRKNI LGIHVAEYMK TLQEEDNDKY KTHFNDYLKN NIGADDIEQM YL NAHEKIR QNPEKESKDT KNVKKFVSKH EKPKKLNAKL RKKRVKEKLA LYVEKLQ

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分子 #19: 60S ribosomal protein L18-2, putative

分子名称: 60S ribosomal protein L18-2, putative / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
分子量理論値: 21.508783 KDa
配列文字列:
MGIALKNVGR IKKHGRKHLV SKNPYLRLLV KLYNFLARRT NANFNKIIAK RLIMPKRYRP PLSLSKLQYH MANHPNDIAV VVGSITDDK RLFSLKQLKV CALRFTETAR KRIEDAGGEC LTFDQLALKY PTGKKCVLLR GPTKARTAEK HFGKAPGKPK S KARPYVRS KGRKFEKARG RRKSRAYKK

+
分子 #20: 60S ribosomal protein L19

分子名称: 60S ribosomal protein L19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
分子量理論値: 21.641096 KDa
配列文字列:
MSLTLQKRLA ASVLKCGKNK IWMDPNEISE ISLANSRFSI RKLYKEGLIL KKPQKVHSRA RVRLYKLAKR KGRHMGIGKR KGTKNARTN QKTLWIKRQR VLRRLLKRLR DSKKVDRHLY HSFYLKCKGN QFKNKRTLIE AIQREKNETL KKKAIADQLE A KRLKAQVL RNKRKLKKDK EVVA

+
分子 #21: 60S ribosomal protein L18a

分子名称: 60S ribosomal protein L18a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
分子量理論値: 21.793611 KDa
配列文字列:
MVKKIDNSLN TNIHQYHIVG RAIPTAKDKN PNVYRMCIFA KNDTNAKSRF WYFMKKINKL KKSNGELLAC EQIKERFPLR VKNYGVLLR YDSRTGTHNM YKEFRDTTKE GAIAQLYSEM AGRHRARASS INIIRISEIS SSLVRRPHIK QLLKRRLRFP A LHLPTLQK EYRKKFASKR PSTYRM

+
分子 #22: 60S ribosomal protein L21

分子名称: 60S ribosomal protein L21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
分子量理論値: 18.840244 KDa
配列文字列:
MGGKSRGKRS GTRYKFSKKF RKHGECTANK YLEKLNYGDY VDIVCDSTQQ KGMPFNYYHG KTGKIFHITK RGVGVLVNKR VKHRIEQKK VCVRIEHVRK SRCNEDFLLR KIKNAELIKE AKLKNEHINI KRKTEGPKPA AMIKVPPSKI ITIEPLPFYE E Y

+
分子 #23: 60S ribosomal protein L17, putative

分子名称: 60S ribosomal protein L17, putative / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
分子量理論値: 23.469926 KDa
配列文字列: MVKYAKKIRN LGKCAKGAGV DLRVHFKNTY EAARAIRRMK LLEAKKYLND VIEKKRCVPF RKYNGGVGRT NQAKEFNHTQ GRWPAKSCK FLLNILDNVQ ANAESRNLDV SKLRLIHVMV NKARPGRRRT YKAHGRINPF MSSPCHIQII AREINKPAKK S LLSNAEKQ ...文字列:
MVKYAKKIRN LGKCAKGAGV DLRVHFKNTY EAARAIRRMK LLEAKKYLND VIEKKRCVPF RKYNGGVGRT NQAKEFNHTQ GRWPAKSCK FLLNILDNVQ ANAESRNLDV SKLRLIHVMV NKARPGRRRT YKAHGRINPF MSSPCHIQII AREINKPAKK S LLSNAEKQ KKLPFKVTLK KLIKLNISNQ NRLKNKSVKK QQTVQ

+
分子 #24: 60S ribosomal protein L22, putative

分子名称: 60S ribosomal protein L22, putative / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
分子量理論値: 16.42293 KDa
配列文字列:
MVAKKDSTKV SKKLKKKVVK KTKIVKGLKK QKMNKSTKGI KYVLDCTKPV KDTILDISGL EQFFKDKIKV DKKTNNLKNK VVVTSDEYK IYITVHIPFS KRYIKYLAKK YIKMHQIRDF LRVIAKGKLA YEFKYFQLNN

+
分子 #25: 60S ribosomal protein L23

分子名称: 60S ribosomal protein L23 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
分子量理論値: 22.152748 KDa
配列文字列: MTQVEKKKKN VKNVNKHKII HKRVIKKGNR KYTNGNTKVK YRKQVVKKTI NKNVSKKKLL KENVDKDEKK KKMKISIRFK KPKTLIYAR NPKCPRIVKS CHSKTLDKYG LIKYPLTSEK AMKKIEEINT LVFMCDKRAN KKNIKKSVKN LFGIECDKVN V LNTLNGDK ...文字列:
MTQVEKKKKN VKNVNKHKII HKRVIKKGNR KYTNGNTKVK YRKQVVKKTI NKNVSKKKLL KENVDKDEKK KKMKISIRFK KPKTLIYAR NPKCPRIVKS CHSKTLDKYG LIKYPLTSEK AMKKIEEINT LVFMCDKRAN KKNIKKSVKN LFGIECDKVN V LNTLNGDK KAYVRLSGEH DALEVANKIG IL

+
分子 #26: 60S ribosomal protein L26, putative

分子名称: 60S ribosomal protein L26, putative / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
分子量理論値: 14.855709 KDa
配列文字列:
MKFNKQKSSS RRKMRKAHFT APAGLRRKIM SSKLSKELRL KYKTRSLPVR KDDEVLICRG HNHGREGKVV KINRKRYKIY VERVTREKV NGESTFIGIH PSNVVLTKLK VDKNRKKILD RKAAKEN

+
分子 #27: 60S ribosomal protein L24, putative

分子名称: 60S ribosomal protein L24, putative / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
分子量理論値: 19.29593 KDa
配列文字列:
MSQIKTTVKT EACSFSEYRI YPGRGQKYIA RDGKVYFYLS SKFASLALQK KKAAKLRWTQ TWRRNNKKTK IETTQRRRYK KTIKVQKAV CGLTVEDIRN RKAYVQSIEA KNKAKFGTKE KEDKKKTKDD KKKNLVHFQQ KKDFTKSKML NMAKSKMHKM M KK

+
分子 #28: 60S ribosomal protein L27

分子名称: 60S ribosomal protein L27 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
分子量理論値: 16.78518 KDa
配列文字列:
MGKLLKPGKV IIILNGRRAG KKAVIVNTYE GQTRERPYSY CLVAGIEKHP LKVNKSMTKK KIVKRSKVKA FIKCINVNHI LPTRYQVAN DFDIKSLASD DVLKSKNKKK EVKKLGKIFR DKFLEPVNKK TGEVSKDISF LHKKLYF

+
分子 #29: 60S ribosomal protein L28

分子名称: 60S ribosomal protein L28 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
分子量理論値: 14.437823 KDa
配列文字列:
MSNVSNALVW ELTRKSNCFI KKNKAGKKGV FLCDPLNVNY KNTPSSSGLV KSNSTNVTLK DGKVVFSVKT SKESNVVNQH FKAKNMKNV EKLLQQHGSF EKAKNKEKLL KKYKRLSKLY ETSHKKTN

+
分子 #30: 60S ribosomal protein L35, putative

分子名称: 60S ribosomal protein L35, putative / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
分子量理論値: 14.787824 KDa
配列文字列:
MSNVKAYELR TLKKKELLDK LDELKKELSG LRISKALGNS AKNSKIHGVR KNVARVLTVY NQKRKMELRQ LYKNKKFKPY NLRKKLTKN KRLQLSPKQK AAMTLRQKKK VQNFPQRKYL VVHKE

+
分子 #31: 60S ribosomal protein L29, putative

分子名称: 60S ribosomal protein L29, putative / タイプ: protein_or_peptide / ID: 31 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
分子量理論値: 8.041588 KDa
配列文字列:
MAKSKNHTNH NQNRKAHKNG IKKPKKHKFM SRKGLDPNFF RNQKYCLKGI QKKKKELKLK AKQEKNN

+
分子 #32: 60S ribosomal protein L7, putative

分子名称: 60S ribosomal protein L7, putative / タイプ: protein_or_peptide / ID: 32 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
分子量理論値: 30.593184 KDa
配列文字列: MADRYENQVE NELGKSMTSL RAKKVNKNKE LKQAAAKKIK TLKLINKKKR NDLRQRTLRY EEEYESERKK IIELKREARK NNCFYREAE KKVVFVIRLK GVNKLPPKVR SVFRLLRLLQ VHNGVFVKVN KATKEMLKIV EPYVTYGYPT LSTVRKLLYK R GYVRVGKV ...文字列:
MADRYENQVE NELGKSMTSL RAKKVNKNKE LKQAAAKKIK TLKLINKKKR NDLRQRTLRY EEEYESERKK IIELKREARK NNCFYREAE KKVVFVIRLK GVNKLPPKVR SVFRLLRLLQ VHNGVFVKVN KATKEMLKIV EPYVTYGYPT LSTVRKLLYK R GYVRVGKV RRYARKKIQD NADISKHLGK YNVHGIEDMV YQLYTCGPVF KKVNNFLWAF KLKPPRKGFK AKRHAFNEPR PG DWGNREA HINELINRMI

+
分子 #33: 60S ribosomal protein L30e, putative

分子名称: 60S ribosomal protein L30e, putative / タイプ: protein_or_peptide / ID: 33 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
分子量理論値: 11.79476 KDa
配列文字列:
MAKKSKKSAG DNINAKLQLV MKSGKYQFGR KSCLKALRTG KGKLVIVSSN CPSIQRSVIE YYAMLSKCGV HDYHGDNNDL GTACGKLFR ISCLVITDVG DSDIIKTNE

+
分子 #34: 60S ribosomal protein L31

分子名称: 60S ribosomal protein L31 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 34 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
分子量理論値: 14.099854 KDa
配列文字列:
MVKGTVKKQK KTLKPVTKFI TINLSKLTHK VCYKRKAPRA IKEIRSIAGK LMHTKDVRLD VKLNKFIWSK GVRNPPKRVR VKLERKRNE DEDSKEKMYT IVEHVMVDSY KGLVNECEAN E

+
分子 #35: 60S ribosomal protein L32

分子名称: 60S ribosomal protein L32 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 35 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
分子量理論値: 15.565751 KDa
配列文字列:
MAVKKVGKII KKRTKKFTRF QSNRFMRVKP AWRKPRGIDC RVRRRYKGTN LMPSIGYGSN KKTKFLLPNN KYKYVVKNVK EMEPLIMNH TKYCVQIAHN VSSKKRKQII ERAKQMNVSV INAKARLQKT EE

+
分子 #36: 60S ribosomal protein L35Ae, putative

分子名称: 60S ribosomal protein L35Ae, putative / タイプ: protein_or_peptide / ID: 36 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
分子量理論値: 16.306425 KDa
配列文字列:
MENVKVKKEQ TEVSQKKKVV KKVLKKNKKT SNKKLQAVRL YEKGVILGYK RSQRNQDPNF TLISIKNVNT KKHAQFYVGK RVAYVYRTT KHHDGVKIKC IWGKVCRTHG NSGVIRAKFK THIPPKAFGD RVRILMYPSN I

+
分子 #37: 60S ribosomal protein L34

分子名称: 60S ribosomal protein L34 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 37 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
分子量理論値: 17.406967 KDa
配列文字列:
MAQRVHYRRH NHYNTKSNKV RPVRTPGGKL TIHVVKKKAG KPKCADCKTA IQGVKALRPA DNYRARRKNR TVARAYGGSI CARCIRERI MRAFLFEEQK CVRQVLKEKK KQEKKVKKVK KEKKKVNAKE VKKTATDNKK AKKVADKKKG K

+
分子 #38: 60S ribosomal protein L36

分子名称: 60S ribosomal protein L36 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 38 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
分子量理論値: 12.82544 KDa
配列文字列:
MGRKSTIKPA TGIAVGFNSG HVVTKRNLKL HKKKKPFSKR KELIKDVVRE ITGFSPYEKR IIELIKIGTS ASTKRSLKYA KKKLGTHKR GKAKREEIQK VVILQRRKAA EKH

+
分子 #39: Ribosomal protein L37

分子名称: Ribosomal protein L37 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 39 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
分子量理論値: 10.571592 KDa
配列文字列:
MGKAGKGTGS FGKRNGKTHF LCLRCGKRSY HLQKKKCASC GYPSAKKRRF NWSVKAKRRN TTGTGRCRYI KTLRRKLKNK FTEGSTPKP KQR

+
分子 #40: 60S ribosomal protein L38

分子名称: 60S ribosomal protein L38 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 40 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
分子量理論値: 10.341729 KDa
配列文字列:
MPKQITDIRK FLKISRKPDT TAVIIMKKKS KTKKNTVITK LKLRTKKYLY TMVFADRKKA ERIENSLLPS LKRIYYPQKK VGKTVKK

+
分子 #41: 60S ribosomal protein L39

分子名称: 60S ribosomal protein L39 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 41 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
分子量理論値: 6.540912 KDa
配列文字列:
MGSIKRFRLK QRLGKCRRQN RPVPHWYRLK KDTKIRYNTK RRHWRRTKLG L

+
分子 #42: Ubiquitin-60S ribosomal protein L40

分子名称: Ubiquitin-60S ribosomal protein L40 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 42 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
分子量理論値: 14.645169 KDa
配列文字列:
MQIFVKTLTG KTITLDVEPS DTIENVKAKI QDKEGIPPDQ QRLIFAGKQL EDGRTLSDYN IQKESTLHLV LRLRGGAIEP SLAQLAQKY NCQKLICRKC YARLHPRATN CRNKKCGRTN QLRPKKKLK

+
分子 #43: 60S ribosomal protein L41

分子名称: 60S ribosomal protein L41 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 43 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
分子量理論値: 5.10831 KDa
配列文字列:
MAHGASRYKK SRAKMRWKWK KKRTRRLQKK RRKMRQRSR

+
分子 #44: 60S ribosomal protein L37a

分子名称: 60S ribosomal protein L37a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 44 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
分子量理論値: 10.826083 KDa
配列文字列:
MSRRTKKVGL TGKYGTRYGS SLRKQIKKIE LMQHAKYLCT FCGKTATKRT CVGIWKCKKC KRKVCGGAWS LTTPAAVAAK STIIRLRKQ KEEAQKS

+
分子 #45: 60S ribosomal protein L44

分子名称: 60S ribosomal protein L44 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 45 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
分子量理論値: 12.194902 KDa
配列文字列:
MVNVPKTRKT YCSNKCKKHT MHKVSQYKKG KERLSSLGRR RYDMKQKGFG GQTKPVFKKK AKTTKKIVLK LECTKCKKKR FQTMKRCKT FEMGADKKKK GGAVY

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分子 #46: Mefloquine

分子名称: Mefloquine / タイプ: ligand / ID: 46 / コピー数: 2 / 式: YMZ
分子量理論値: 378.312 Da
Chemical component information

ChemComp-YMZ:
Mefloquine / (+)-メフロキン / 薬剤*YM / メフロキン

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分子 #47: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 47 / コピー数: 164 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #48: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 48 / コピー数: 5 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
詳細: 20 mM Hepes pH 7.4, 40 mM KAc, 10 mM NH4Ac, 10 mM Mg(Ac)2 and 5 mM 2-mecaptoethanol
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 0.02 nm / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 詳細: Blot 2.5s before plunging
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 90 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系最大 デフォーカス（補正後）: 3.8 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 0.8 µm / 倍率（補正後）: 104748 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.0 mm / 倍率（公称値）: 78000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN / ホルダー冷却材: NITROGEN
温度最低: 80.0 K / 最高: 90.0 K
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 平均電子線量: 20.0 e/Å2
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 3)
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

2661

初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.3)
最終 3次元分類クラス数: 4 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.3)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.3)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.3) / 使用した粒子像数: 43184

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原子モデル構築 1

精密化空間: RECIPROCAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 129.3
得られたモデル

PDB-5umd:
Structure of the Plasmodium falciparum 80S ribosome bound to the antimalarial drug mefloquine

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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