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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7n1h | ||||||
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タイトル | CryoEM structure of Venezuelan equine encephalitis virus VLP in complex with the LDLRAD3 receptor | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRUS LIKE PARTICLE (ウイルス様粒子) / VEEV / viral envelope (エンベロープ (ウイルス)) / host receptor / low-density lipoprotein receptor type-A module / LDLRAD3 / encephalitic alphavirus / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of protein processing / T=4 icosahedral viral capsid / receptor-mediated endocytosis / amyloid-beta binding / host cell cytoplasm / membrane => GO:0016020 / symbiont entry into host cell / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / virion attachment to host cell ...regulation of protein processing / T=4 icosahedral viral capsid / receptor-mediated endocytosis / amyloid-beta binding / host cell cytoplasm / membrane => GO:0016020 / symbiont entry into host cell / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / タンパク質分解 / 生体膜 / 細胞膜 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) Venezuelan equine encephalitis virus (ベネズエラウマ脳炎ウイルス) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.3 Å | ||||||
データ登録者 | Basore, K. / Nelson, C.A. / Fremont, D.H. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2021 タイトル: Structure of Venezuelan equine encephalitis virus in complex with the LDLRAD3 receptor. 著者: Katherine Basore / Hongming Ma / Natasha M Kafai / Samantha Mackin / Arthur S Kim / Christopher A Nelson / Michael S Diamond / Daved H Fremont / 要旨: LDLRAD3 is a recently defined attachment and entry receptor for Venezuelan equine encephalitis virus (VEEV), a New World alphavirus that causes severe neurological disease in humans. Here we present ...LDLRAD3 is a recently defined attachment and entry receptor for Venezuelan equine encephalitis virus (VEEV), a New World alphavirus that causes severe neurological disease in humans. Here we present near-atomic-resolution cryo-electron microscopy reconstructions of VEEV virus-like particles alone and in a complex with the ectodomains of LDLRAD3. Domain 1 of LDLRAD3 is a low-density lipoprotein receptor type-A module that binds to VEEV by wedging into a cleft created by two adjacent E2-E1 heterodimers in one trimeric spike, and engages domains A and B of E2 and the fusion loop in E1. Atomic modelling of this interface is supported by mutagenesis and anti-VEEV antibody binding competition assays. Notably, VEEV engages LDLRAD3 in a manner that is similar to the way that arthritogenic alphaviruses bind to the structurally unrelated MXRA8 receptor, but with a much smaller interface. These studies further elucidate the structural basis of alphavirus-receptor interactions, which could inform the development of therapies to mitigate infection and disease against multiple members of this family. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7n1h.cif.gz | 726.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7n1h.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 7n1h.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n1/7n1h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n1/7n1h | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 60
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| x 5
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| x 6
5 |
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対称性 | 点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称)) |
-要素
-タンパク質 , 3種, 12分子 DCBAHGFELKJI
#2: タンパク質 | 分子量: 47952.066 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Venezuelan equine encephalitis virus (ベネズエラウマ脳炎ウイルス) 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A0C4MX98 #3: タンパク質 | 分子量: 47113.746 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Venezuelan equine encephalitis virus (ベネズエラウマ脳炎ウイルス) 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A0C4MX98 #4: タンパク質 | 分子量: 18195.840 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Venezuelan equine encephalitis virus (ベネズエラウマ脳炎ウイルス) 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A0C4MX98 |
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-タンパク質・ペプチド / 非ポリマー / 糖 , 3種, 16分子 OMNP
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4312.861 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ldlrad3 / 細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A2AR95 #5: 化合物 | ChemComp-CA / #6: 糖 | ChemComp-NAG / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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ウイルスについての詳細 | 中空か: YES / エンベロープを持つか: YES / 単離: STRAIN / タイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE | ||||||||||||||||||||||||||||
天然宿主 | 生物種: Mosquito | ||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.4 | ||||||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | 電子線照射量: 35 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING ONLY | ||||||||||||
対称性 | 点対称性: I (正20面体型対称) | ||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 12216 / 対称性のタイプ: POINT |