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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6yac | |||||||||
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タイトル | Plant PSI-ferredoxin supercomplex | |||||||||
要素 |
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キーワード | PHOTOSYNTHESIS (光合成) / Membrane complex (生体膜) / photosystem I (光化学系I) / ferredoxin (フェレドキシン) / light harvesting / excitation transfer | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 chloroplast thylakoid lumen / photosynthesis, light harvesting / photosystem I reaction center / 光化学系I / photosynthetic electron transport in photosystem I / 光化学系I / 光化学系II / chlorophyll binding / chloroplast thylakoid membrane / 光合成 ...chloroplast thylakoid lumen / photosynthesis, light harvesting / photosystem I reaction center / 光化学系I / photosynthetic electron transport in photosystem I / 光化学系I / 光化学系II / chlorophyll binding / chloroplast thylakoid membrane / 光合成 / 葉緑体 / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / magnesium ion binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Pisum sativum (エンドウ) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Caspy, I. / Nelson, N. / Shkolnisky, Y. / Klaiman, D. / Sheinker, A. | |||||||||
資金援助 | イスラエル, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Plants / 年: 2020 タイトル: The structure of a triple complex of plant photosystem I with ferredoxin and plastocyanin. 著者: Ido Caspy / Anna Borovikova-Sheinker / Daniel Klaiman / Yoel Shkolnisky / Nathan Nelson / 要旨: The ability of photosynthetic organisms to use sunlight as a sole source of energy is endowed by two large membrane complexes-photosystem I (PSI) and photosystem II (PSII). PSI and PSII are the ...The ability of photosynthetic organisms to use sunlight as a sole source of energy is endowed by two large membrane complexes-photosystem I (PSI) and photosystem II (PSII). PSI and PSII are the fundamental components of oxygenic photosynthesis, providing oxygen, food and an energy source for most living organisms on Earth. Currently, high-resolution crystal structures of these complexes from various organisms are available. The crystal structures of megadalton complexes have revealed excitation transfer and electron-transport pathways within the various complexes. PSI is defined as plastocyanin-ferredoxin oxidoreductase but a high-resolution structure of the entire triple supercomplex is not available. Here, using a new cryo-electron microscopy technique, we solve the structure of native plant PSI in complex with its electron donor plastocyanin and the electron acceptor ferredoxin. We reveal all of the contact sites and the modes of interaction between the interacting electron carriers and PSI. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6yac.cif.gz | 887.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6yac.ent.gz | 787 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6yac.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ya/6yac ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ya/6yac | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein ... , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 82571.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: A0A0F6NFW5, 光化学系I |
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#2: タンパク質 | 分子量: 82381.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: A0A0F6NGI2, 光化学系I |
-タンパク質 , 10種, 10分子 CDEFGHL12N
#3: タンパク質 | 分子量: 8860.276 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: P10793, 光化学系I |
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#4: タンパク質 | 分子量: 16041.408 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: E1C9K8*PLUS |
#5: タンパク質 | 分子量: 7479.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: E1C9K6*PLUS |
#6: タンパク質 | 分子量: 17137.857 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: A0A0M3KL12*PLUS |
#7: タンパク質 | 分子量: 10678.027 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) |
#8: タンパク質 | 分子量: 9491.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: A0A0M3KL10*PLUS |
#12: タンパク質 | 分子量: 16564.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: E1C9L1*PLUS |
#13: タンパク質 | 分子量: 21335.439 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) |
#14: タンパク質 | 分子量: 22845.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: Q41038 |
#17: タンパク質 | 分子量: 10359.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: P09911 |
-Photosystem I reaction center subunit ... , 3種, 3分子 IJK
#9: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3409.198 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: P17227 |
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#10: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4767.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: D5MAL3 |
#11: タンパク質 | 分子量: 8135.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: E1C9L3 |
-Chlorophyll a-b binding protein ... , 2種, 2分子 34
#15: タンパク質 | 分子量: 24139.521 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: Q32904 |
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#16: タンパク質 | 分子量: 21994.029 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: Q9SQL2 |
-糖 , 2種, 14分子
#24: 糖 | ChemComp-LMT / #27: 糖 | ChemComp-DGD / |
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-非ポリマー , 14種, 285分子
#18: 化合物 | ChemComp-CL0 / | ||||||||||||||||||||||||
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#19: 化合物 | ChemComp-CLA / #20: 化合物 | #21: 化合物 | #22: 化合物 | ChemComp-BCR / #23: 化合物 | ChemComp-LHG / #25: 化合物 | ChemComp-LMG / #26: 化合物 | #28: 化合物 | ChemComp-LUT / ( #29: 化合物 | ChemComp-CHL / #30: 化合物 | #31: 化合物 | ChemComp-C7Z / ( | #32: 化合物 | ChemComp-FES / | #33: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Pea Photosystem I in complex with Ferredoxin光化学系I タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#17 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 値: 0.66 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Pisum sativum (エンドウ) |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 900 nm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 電子線照射量: 1.075 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3669 |
-解析
ソフトウェア |
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 1776870 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 269657 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 |
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精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 48.74 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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