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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5o5b | |||||||||
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タイトル | Poliovirus type 3 (strain Saukett) stabilized virus-like particle | |||||||||
要素 |
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キーワード | VIRUS LIKE PARTICLE (ウイルス様粒子) / Poliovirus (ポリオウイルス) / virus-like particle (ウイルス様粒子) / vaccine (ワクチン) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 caveolin-mediated endocytosis of virus by host cell / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ピコルナイン2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid ...caveolin-mediated endocytosis of virus by host cell / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ピコルナイン2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / : / カプシド / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / DNA複製 / RNA helicase activity / induction by virus of host autophagy / RNA依存性RNAポリメラーゼ / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / タンパク質分解 / RNA binding / ATP binding / 生体膜 / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Human poliovirus 3 (ポリオウイルス) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Bahar, M.W. / Kotecha, A. / Fry, E.E. / Stuart, D.I. | |||||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017 タイトル: Plant-made polio type 3 stabilized VLPs-a candidate synthetic polio vaccine. 著者: Johanna Marsian / Helen Fox / Mohammad W Bahar / Abhay Kotecha / Elizabeth E Fry / David I Stuart / Andrew J Macadam / David J Rowlands / George P Lomonossoff / 要旨: Poliovirus (PV) is the causative agent of poliomyelitis, a crippling human disease known since antiquity. PV occurs in two distinct antigenic forms, D and C, of which only the D form elicits a robust ...Poliovirus (PV) is the causative agent of poliomyelitis, a crippling human disease known since antiquity. PV occurs in two distinct antigenic forms, D and C, of which only the D form elicits a robust neutralizing response. Developing a synthetically produced stabilized virus-like particle (sVLP)-based vaccine with D antigenicity, without the drawbacks of current vaccines, will be a major step towards the final eradication of poliovirus. Such a sVLP would retain the native antigenic conformation and the repetitive structure of the original virus particle, but lack infectious genomic material. In this study, we report the production of synthetically stabilized PV VLPs in plants. Mice carrying the gene for the human PV receptor are protected from wild-type PV when immunized with the plant-made PV sVLPs. Structural analysis of the stabilized mutant at 3.6 Å resolution by cryo-electron microscopy and single-particle reconstruction reveals a structure almost indistinguishable from wild-type PV3.Despite the success of current vaccination against poliomyelitis, safe, cheap and effective vaccines remain sought for continuing eradication effort. Here the authors use plants to express stabilized virus-like particles of type 3 poliovirus that can induce a protective immune response in mice transgenic for the human poliovirus receptor. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5o5b.cif.gz | 142.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5o5b.ent.gz | 112.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5o5b.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o5/5o5b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o5/5o5b | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33562.785 Da / 分子数: 1 / 変異: T105M, F132L / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human poliovirus 3 (ポリオウイルス) 株: Saukett / プラスミド: pEAQ-HT 発現宿主: Nicotiana benthamiana (ベンサミアナタバコ) 参照: UniProt: Q84895 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 30188.982 Da / 分子数: 1 / 変異: L18I, L215M, D241E / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human poliovirus 3 (ポリオウイルス) 株: Saukett / プラスミド: pEAQ-HT 発現宿主: Nicotiana benthamiana (ベンサミアナタバコ) 参照: UniProt: Q84895 |
#3: タンパク質 | 分子量: 26315.100 Da / 分子数: 1 / 変異: H19Y, L85F / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human poliovirus 3 (ポリオウイルス) 株: Saukett / プラスミド: pEAQ-HT 発現宿主: Nicotiana benthamiana (ベンサミアナタバコ) 参照: UniProt: Q84895 |
#4: タンパク質 | 分子量: 7452.113 Da / 分子数: 1 / 変異: T67A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human poliovirus 3 (ポリオウイルス) 株: Saukett / プラスミド: pEAQ-HT 発現宿主: Nicotiana benthamiana (ベンサミアナタバコ) 参照: UniProt: Q84895, UniProt: P03302*PLUS |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Human poliovirus 3ポリオウイルス / タイプ: VIRUS 詳細: Poliovirus type 3 (Saukett strain) virus-like particle produced in plant expression system. Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 5.8 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Human poliovirus 3 (ポリオウイルス) |
由来(組換発現) | 生物種: Nicotiana benthamiana (ベンサミアナタバコ) プラスミド: pEAQ-HT |
ウイルスについての詳細 | 中空か: YES / エンベロープを持つか: NO / 単離: SEROTYPE / タイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE |
天然宿主 | 生物種: Human poliovirus 3 / 株: Saukett |
ウイルス殻 | 名称: Capsidカプシド / 直径: 327 nm / 三角数 (T数): 1 |
緩衝液 | pH: 7 / 詳細: PBS pH 7.0 |
試料 | 濃度: 0.1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: Virus-like particles for polio type 3 (strain Saukett) were purified by Nycodenz gradients and assessed for monodispersity by negative stain EM analysis. |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: C-flat CF-2/1-2C |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK I / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 293 K / 詳細: Blot for 4 seconds before plunging |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率(補正後): 133333 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 0.2 sec. / 電子線照射量: 1.5 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2768 |
画像スキャン | サンプリングサイズ: 14 µm / 横: 4086 / 縦: 4086 / 動画フレーム数/画像: 33 / 利用したフレーム数/画像: 2-33 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.12rc0_2787: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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画像処理 | 詳細: The selected images were drift corrected using MotionCorr. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | 詳細: CTF parameters were estimated using CTFFIND3 as part of RELION 1.3. タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 37378 詳細: Automated particle picking (ETHAN) was followed by manual cleaning (EMAN2). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: I (正20面体型対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 4046 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / クラス平均像の数: 3 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: Cross-correlation coefficient 詳細: phenix.real_space_refine was used to refine the atomic model in the cryo-em map. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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