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- PDB-4oca: Cryatal structure of ArnB K188A complexted with PLP and UDP-Ara4N -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4oca
タイトルCryatal structure of ArnB K188A complexted with PLP and UDP-Ara4N
要素UDP-4-amino-4-deoxy-L-arabinose--oxoglutarate aminotransferase
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / Aminotransferase (アミノ基転移酵素)
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-4-amino-4-deoxy-L-arabinose aminotransferase / UDP-4-amino-4-deoxy-L-arabinose aminotransferase / lipopolysaccharide biosynthetic process / lipid A biosynthetic process / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
UDP-4-amino-4-deoxy-L-arabinose-oxoglutarate aminotransferase, ArnB / DegT/DnrJ/EryC1/StrS aminotransferase / DegT/DnrJ/EryC1/StrS aminotransferase family / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase ...UDP-4-amino-4-deoxy-L-arabinose-oxoglutarate aminotransferase, ArnB / DegT/DnrJ/EryC1/StrS aminotransferase / DegT/DnrJ/EryC1/StrS aminotransferase family / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2QR / UDP-4-amino-4-deoxy-L-arabinose--oxoglutarate aminotransferase / UDP-4-amino-4-deoxy-L-arabinose--oxoglutarate aminotransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Sousa, M.C. / Lee, M.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2014
タイトル: Structural Basis for Substrate Specificity in ArnB. A Key Enzyme in the Polymyxin Resistance Pathway of Gram-Negative Bacteria.
著者: Lee, M. / Sousa, M.C.
履歴
登録2014年1月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年3月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UDP-4-amino-4-deoxy-L-arabinose--oxoglutarate aminotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,5672
ポリマ－41,8011
非ポリマー7661
水2,360131
1
A: UDP-4-amino-4-deoxy-L-arabinose--oxoglutarate aminotransferase
ヘテロ分子

A: UDP-4-amino-4-deoxy-L-arabinose--oxoglutarate aminotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,1344
ポリマ－83,6012
非ポリマー1,5332
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area4560 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area25560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.952, 90.952, 129.123
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 UDP-4-amino-4-deoxy-L-arabinose--oxoglutarate aminotransferase / UDP-(beta-L-threo-pentapyranosyl-4''-ulose diphosphate) aminotransferase / UDP-4-amino-4-deoxy-L- ...UDP-(beta-L-threo-pentapyranosyl-4''-ulose diphosphate) aminotransferase / UDP-4-amino-4-deoxy-L-arabinose aminotransferase


分子量: 41800.684 Da / 分子数: 1 / 変異: K188A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
遺伝子: yfbE, arnB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: F5ZUF5, UniProt: A0A3Z6NYY1*PLUS, UDP-4-amino-4-deoxy-L-arabinose aminotransferase
#2: 化合物 ChemComp-2QR / (2R,3R,4S,5S)-3,4-dihydroxy-5-[({3-hydroxy-2-methyl-5-[(phosphonooxy)methyl]pyridin-4-yl}methyl)amino]tetrahydro-2H-pyr an-2-yl [(2R,3S,4R,5R)-5-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl dihydrogen diphosphate / PLP-UDP-Ara4N


分子量: 766.434 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H33N4O20P3
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 131 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.49 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 0.1M Sodium Citrate (pH4.5), 19 % PEG 20,000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 113 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å
検出器日付: 2013年1月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→37.18 Å / Num. obs: 29611
反射 シェル解像度: 2.3→2.4 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→37.179 Å / SU ML: 0.26 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.75 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2608 1160 4.98 %
Rwork0.2264 --
obs0.2281 23304 94.2 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→37.179 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2768 0 49 131 2948
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032885
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6923939
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.651032
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.028451
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003501
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.40470.3251490.26992794X-RAY DIFFRACTION97
2.4047-2.53150.41661490.32642731X-RAY DIFFRACTION95
2.5315-2.690.2681520.28282863X-RAY DIFFRACTION99
2.69-2.89760.31291600.27492865X-RAY DIFFRACTION99
2.8976-3.18910.27831510.25152910X-RAY DIFFRACTION100
3.1891-3.65020.33381370.25632672X-RAY DIFFRACTION91
3.6502-4.59750.18281100.17412179X-RAY DIFFRACTION73
4.5975-37.18350.19321520.17443130X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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