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万見
- PDB-3les: 2F5 Epitope scaffold ES2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3les
タイトル2F5 Epitope scaffold ES2
要素RNA polymerase sigma factor
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / HIV-1 / GP41 / MONOCLONAL ANTIBODY (モノクローナル抗体) / 2F5 / EPITOPE (エピトープ) / TRANSPLANT / SCAFFOLD (足場) / GRAFT / SIGMA FACTOR (シグマ因子) / RE-ELICITATION / VACCINE DESIGN (ワクチン)
機能・相同性
機能・相同性情報


sigma factor activity / DNA-templated transcription initiation / DNA binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) - #1810 / RNA polymerase sigma factor RpoD, C-terminal / RNA polymerase sigma factor RpoD / RNA polymerase sigma-70 region 1.2 / Sigma-70 factor, region 1.2 / RNA polymerase sigma-70 region 3 / Sigma-70 region 3 / Sigma-70 factors family signature 2. / RNA polymerase sigma-70 / RNA polymerase sigma-70 region 4 ...Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) - #1810 / RNA polymerase sigma factor RpoD, C-terminal / RNA polymerase sigma factor RpoD / RNA polymerase sigma-70 region 1.2 / Sigma-70 factor, region 1.2 / RNA polymerase sigma-70 region 3 / Sigma-70 region 3 / Sigma-70 factors family signature 2. / RNA polymerase sigma-70 / RNA polymerase sigma-70 region 4 / Sigma-70, region 4 / RNA polymerase sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma-70 like domain / Sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 3/4-like / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA polymerase sigma factor SigA
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus aquaticus (サーマス・アクアティカス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.77 Å
データ登録者Ofek, G. / Guenaga, F.J. / Schief, W.R. / Skinner, J. / Wyatt, R. / Baker, D. / Kwong, P.D.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010
タイトル: Elicitation of structure-specific antibodies by epitope scaffolds.
著者: Ofek, G. / Guenaga, F.J. / Schief, W.R. / Skinner, J. / Baker, D. / Wyatt, R. / Kwong, P.D.
履歴
登録2010年1月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年9月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年3月31日Group: Derived calculations / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / struct_site
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain ..._entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32021年10月13日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA polymerase sigma factor
B: RNA polymerase sigma factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,8036
ポリマ－40,4192
非ポリマー3844
水50428
1
A: RNA polymerase sigma factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,4974
ポリマ－20,2091
非ポリマー2883
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: RNA polymerase sigma factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,3052
ポリマ－20,2091
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.257, 49.987, 57.567
Angle α, β, γ (deg.)78.03, 89.83, 87.57
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111chain A and (resseq 93:269 )
211chain B and (resseq 93:269 )

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要素

#1: タンパク質 RNA polymerase sigma factor


分子量: 20209.309 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 93-271 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus aquaticus (サーマス・アクアティカス)
遺伝子: SIGMA FACTOR SIGA / プラスミド: CMV-R / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: Q9EZJ8
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.55 %
結晶化詳細: 23% PEG 4000, 0.12 M (NH4)2SO4, 0.02 M ATP, VAPOR DIFFUSION, TEMPERATURE 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月15日
放射モノクロメーター: SI (220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.77→50 Å / Num. obs: 9968 / % possible obs: 95.9 % / Observed criterion σ(I): 4 / 冗長度: 1.8 % / Biso Wilson estimate: 62.4 Å2 / Rsym value: 0.062 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル解像度: 2.77→2.87 Å / 冗長度: 1.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.49 / Rsym value: 0.411 / % possible all: 89.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1KU2

1ku2


解像度: 2.77→48.85 Å / SU ML: 0.44 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.26 909 10.3 %
Rwork0.227 --
obs0.23 8827 85.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 82.65 Å2 / ksol: 0.41 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 100.56 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--28.79 Å27.1868 Å26.8682 Å2
2--48.8149 Å227.8848 Å2
3----20.0249 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.77→48.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2832 0 20 28 2880
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0042893
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7513893
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.8481100
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05430
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003496
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A1408X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B1408X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.022
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.01060.0646-0.01180.0770.09510.1007-0.10040.09680.0023-0.0880.32640.07160.3190.309600.7520.1660.05130.64620.04720.692510.3711-3.03163.5373
20.05780.07360.1514-0.0664-0.06340.0834-0.1660.47620.1066-0.1602-0.02060.09510.08530.036-00.5195-0.0256-0.07490.86950.14770.5963-9.42391.282-4.3195
30.0122-0.00170.0180.0105-0.0486-0.01120.0251-0.13490.2166-0.00310.2605-0.0328-0.1562-0.1266-00.6476-0.1104-0.01090.94120.19380.5155-7.4462-8.79515.0849
40.2829-0.2139-0.26710.2037-0.17710.0852-0.04180.0178-0.05780.07990.1079-0.0909-0.1317-0.5265-00.60440.03750.00970.66230.01560.56470.99293.15176.0763
50.1172-0.10880.0730.00860.06210.003-0.0978-0.0193-0.22970.17760.17470.1302-0.0816-0.3005-00.71980.0154-0.02330.6388-0.07290.72016.371139.155134.7174
60.048-0.0273-0.0528-0.02940.10330.0332-0.1347-0.2366-0.11750.01240.0343-0.0634-0.00170.3463-00.55820.00360.0040.7485-0.02980.597425.791632.369329.2875
7-0.02170.0093-0.0127-0.0155-0.02510.0032-0.04950.21550.11110.05480.14680.11130.01550.091900.5692-0.060.0860.8789-0.08530.488324.482445.108334.4495
80.27560.0173-0.07490.14020.05460.0138-0.0263-0.0709-0.09390.08040.00890.0108-0.02090.2604-00.6115-0.00380.01220.4999-0.02880.594315.885934.553938.9655
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and resid 93:121
2X-RAY DIFFRACTION2chain A and resid 122:156
3X-RAY DIFFRACTION3chain A and resid 157:171
4X-RAY DIFFRACTION4chain A and resid 172:271
5X-RAY DIFFRACTION5chain B and resid 93:121
6X-RAY DIFFRACTION6chain B and resid 122:157
7X-RAY DIFFRACTION7chain B and resid 158:170
8X-RAY DIFFRACTION8chain B and resid 171:269

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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