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- PDB-3jah: Structure of a mammalian ribosomal termination complex with ABCE1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3jah
タイトルStructure of a mammalian ribosomal termination complex with ABCE1, eRF1(AAQ), and the UAG stop codon
要素
  • (uL14) x 2
  • 18S ribosomal RNA
  • 28S ribosomal RNA28SリボソームRNA
  • 5.8S ribosomal RNA5.8SリボソームRNA
  • 5S ribosomal RNA5SリボソームRNA
  • ABCE1
  • RACK1Receptor for activated C kinase 1
  • eL13
  • eL14
  • eL15スバルのエンジン系列名
  • eL19
  • eL20
  • eL21
  • eL22
  • eL24
  • eL27
  • eL28
  • eL29
  • eL30
  • eL31
  • eL32CD59
  • eL33
  • eL34
  • eL36
  • eL37
  • eL38
  • eL39
  • eL40
  • eL41
  • eL42
  • eL43
  • eL6
  • eL8
  • eRF1Eukaryotic translation termination factor 1
  • eS1
  • eS10
  • eS12
  • eS17
  • eS19
  • eS21
  • eS24
  • eS25
  • eS26
  • eS27
  • eS28
  • eS30
  • eS31
  • eS4
  • eS6
  • eS7
  • eS8
  • mRNA伝令RNA
  • peptideペプチド
  • tRNA(Lys)
  • tRNA(Val)
  • uL10
  • uL11
  • uL13
  • uL15
  • uL16
  • uL18
  • uL2
  • uL22
  • uL23
  • uL24
  • uL29
  • uL3
  • uL30
  • uL4
  • uL5
  • uL6
  • uS10
  • uS11
  • uS12
  • uS13
  • uS14
  • uS15
  • uS17
  • uS19
  • uS2
  • uS3
  • uS4
  • uS5
  • uS7
  • uS8
  • uS9
キーワードRIBOSOME (リボソーム) / termination / eRF1 / ABCE1
機能・相同性
機能・相同性情報


translation termination factor activity / cytoplasmic translational termination / translation release factor complex / regulation of translational termination / translation release factor activity / translation release factor activity, codon specific / protein methylation / ribosomal subunit / sequence-specific mRNA binding / aminoacyl-tRNA hydrolase activity ...translation termination factor activity / cytoplasmic translational termination / translation release factor complex / regulation of translational termination / translation release factor activity / translation release factor activity, codon specific / protein methylation / ribosomal subunit / sequence-specific mRNA binding / aminoacyl-tRNA hydrolase activity / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / ヒドロキシル化 / Eukaryotic Translation Termination / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / 小胞体 / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / translational termination / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / cytosolic ribosome / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / ribosome binding / リボソーム生合成 / 5S rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / ribonucleoprotein complex / 核小体 / ATP hydrolysis activity / RNA binding / ATP binding / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
RLI, domain 1 / RLI1 / RNase L inhibitor RLI-like, possible metal-binding domain / Possible Fer4-like domain in RNase L inhibitor, RLI / Peptide chain release factor eRF1/aRF1 / eRF1, domain 1 / eRF1 domain 2 / eRF1 domain 2 / eRF1 domain 1 / eRF1 domain 1/Pelota-like ...RLI, domain 1 / RLI1 / RNase L inhibitor RLI-like, possible metal-binding domain / Possible Fer4-like domain in RNase L inhibitor, RLI / Peptide chain release factor eRF1/aRF1 / eRF1, domain 1 / eRF1 domain 2 / eRF1 domain 2 / eRF1 domain 1 / eRF1 domain 1/Pelota-like / eRF1 domain 3 / eRF1, domain 2 superfamily / eRF1 domain 3 / eRF1_1 / 4Fe-4S binding domain / 60S acidic ribosomal protein P0 / Ribosomal protein L6, N-terminal / Ribosomal protein L6, N-terminal domain / Ribosomal L28e protein family / 60S ribosomal protein L10P, insertion domain / Insertion domain in 60S ribosomal protein L10P / TRASH domain / Ribosomal L29e protein family / Ribosomal protein S21e signature. / Ribosomal protein S12e signature. / Ribosomal protein S27a / : / Ribosomal protein L24e, conserved site / Ribosomal protein S19e signature. / Ribosomal S17 / Ribosomal protein S19e / 40S Ribosomal protein S10 / 40S ribosomal protein S4 C-terminus / Ribosomal_S17 N-terminal / Ribosomal protein L44 / Plectin/S10, N-terminal / Ribosomal protein S7e / Ribosomal L27e protein family / Plectin/S10 domain / Ribosomal Protein L6, KOW domain / RS4NT (NUC023) domain / Ribosomal protein S17e signature. / 60S ribosomal protein L6E / Ribosomal protein S27 / Ribosomal protein L27e signature. / Ribosomal protein L44e signature. / Ribosomal protein L10e signature. / Ribosomal family S4e / Ribosomal protein S7e signature. / Ribosomal protein L6e / Ribosomal L37ae protein family / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S3Ae signature. / Ribosomal protein L14 / Ribosomal protein S27e signature. / Ribosomal protein S4e signature. / Ribosomal protein L35Ae / Ribosomal protein L24e signature. / Ribosomal protein L34e signature. / Ribosomal protein S8e signature. / Ribosomal protein L5 eukaryotic, C-terminal / Ribosomal L18 C-terminal region / 60S ribosomal protein L4 C-terminal domain / Ribosomal protein L6e signature. / Ribosomal S24e conserved site / Ribosomal protein S24e signature. / Ribosomal protein L36e signature. / Ribosomal protein L39e signature. / Ribosomal protein L31e / Ribosomal protein L35Ae signature. / Ribosomal protein L24e-related / Ribosomal protein L24e/L24 superfamily / Ribosomal protein S24e / Ribosomal protein S24e / Ribosomal protein S6e signature. / Ribosomal L39 protein / Ribosomal protein S28e signature. / Ribosomal protein L37e / Ribosomal protein L24e / Ribosomal protein L31e signature. / Ribosomal L15 / Ribosomal protein L32 / Ribosomal protein L5 eukaryotic/L18 archaeal / Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18 / Ribosomal proteins L26 eukaryotic, L24P archaeal / Ribosomal protein L32e signature. / Ribosomal protein L6 signature 2. / Ribosomal protein L1e signature. / Ribosomal protein L15e signature. / Ribosomal protein S8e / Ribosomal protein L21e signature. / Ribosomal protein L37e signature. / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain / Ribosomal protein L11 signature. / Ribosomal protein L10P / Ribosomal protein L10 / Ribosomal protein L11, N-terminal domain
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / 鉄・硫黄クラスター / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein eS32 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Large ribosomal subunit protein uL23 ...ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / 鉄・硫黄クラスター / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein eS32 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein eL33 / Small ribosomal subunit protein eS12 / ATP binding cassette subfamily E member 1 / Large ribosomal subunit protein eL29 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Large ribosomal subunit protein eL31 / Large ribosomal subunit protein eL21 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein RACK1 / Ubiquitin-ribosomal protein eS31 fusion protein / Large ribosomal subunit protein uL11 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Small ribosomal subunit protein eS1 / Large ribosomal subunit protein eL8 / Small ribosomal subunit protein eS7 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein eL43 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein eL39 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Large ribosomal subunit protein eL42 / Large ribosomal subunit protein eL15 / Small ribosomal subunit protein uS11 / 40S ribosomal protein S24 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Ubiquitin-like FUBI-ribosomal protein eS30 fusion protein / Small ribosomal subunit protein eS25 / Small ribosomal subunit protein uS7 / 60S ribosomal protein L6 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein eS28 / Small ribosomal subunit protein eS8 / Small ribosomal subunit protein eS4 / Large ribosomal subunit protein uL3 / TRASH domain-containing protein / Small ribosomal subunit protein eS6 / Small ribosomal subunit protein eS21 / Small ribosomal subunit protein eS19 / Large ribosomal subunit protein eL29 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Plectin/eS10 N-terminal domain-containing protein / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein eL36 / Small ribosomal subunit protein eS17 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein eL32 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein eL27 / Small ribosomal subunit protein eS27 / Small ribosomal subunit protein uS19 / 60S acidic ribosomal protein P0 / Large ribosomal subunit protein eL28 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Large ribosomal subunit protein eL34 / Eukaryotic peptide chain release factor subunit 1 / Large ribosomal subunit protein eL14 / Large ribosomal subunit protein eL37
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.45 Å
データ登録者Brown, A. / Shao, S. / Murray, J. / Hegde, R.S. / Ramakrishnan, V.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2015
タイトル: Structural basis for stop codon recognition in eukaryotes.
著者: Alan Brown / Sichen Shao / Jason Murray / Ramanujan S Hegde / V Ramakrishnan /
要旨: Termination of protein synthesis occurs when a translating ribosome encounters one of three universally conserved stop codons: UAA, UAG or UGA. Release factors recognize stop codons in the ribosomal ...Termination of protein synthesis occurs when a translating ribosome encounters one of three universally conserved stop codons: UAA, UAG or UGA. Release factors recognize stop codons in the ribosomal A-site to mediate release of the nascent chain and recycling of the ribosome. Bacteria decode stop codons using two separate release factors with differing specificities for the second and third bases. By contrast, eukaryotes rely on an evolutionarily unrelated omnipotent release factor (eRF1) to recognize all three stop codons. The molecular basis of eRF1 discrimination for stop codons over sense codons is not known. Here we present cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures at 3.5-3.8 Å resolution of mammalian ribosomal complexes containing eRF1 interacting with each of the three stop codons in the A-site. Binding of eRF1 flips nucleotide A1825 of 18S ribosomal RNA so that it stacks on the second and third stop codon bases. This configuration pulls the fourth position base into the A-site, where it is stabilized by stacking against G626 of 18S rRNA. Thus, eRF1 exploits two rRNA nucleotides also used during transfer RNA selection to drive messenger RNA compaction. In this compacted mRNA conformation, stop codons are favoured by a hydrogen-bonding network formed between rRNA and essential eRF1 residues that constrains the identity of the bases. These results provide a molecular framework for eukaryotic stop codon recognition and have implications for future studies on the mechanisms of canonical and premature translation termination.
履歴
登録2015年6月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月2日Group: Database references
改定 1.22018年7月18日Group: Data collection / カテゴリ: em_software / Item: _em_software.image_processing_id / _em_software.name

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-3039
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: uL2
B: uL3
C: uL4
D: uL18
E: eL6
F: uL30
G: eL8
H: uL6
I: uL16
J: uL5
L: eL13
M: eL14
N: eL15
O: uL13
P: uL22
Q: uL14
R: eL19
S: eL20
T: eL21
U: eL22
V: uL14
W: eL24
X: uL23
Y: uL24
Z: eL27
a: uL15
b: eL29
c: eL30
d: eL31
e: eL32
f: eL33
g: eL34
h: uL29
i: eL36
j: eL37
k: eL38
l: eL39
m: eL40
n: eL41
o: eL42
p: eL43
r: eL28
s: uL10
t: uL11
1: peptide
2: tRNA(Val)
3: tRNA(Lys)
5: 28S ribosomal RNA
7: 5S ribosomal RNA
8: 5.8S ribosomal RNA
9: 18S ribosomal RNA
AA: uS2
BB: eS1
CC: uS5
DD: uS3
EE: eS4
FF: uS7
GG: eS6
HH: eS7
II: eS8
JJ: uS4
KK: eS10
LL: uS17
MM: eS12
NN: uS15
OO: uS11
PP: uS19
QQ: uS9
RR: eS17
SS: uS13
TT: eS19
UU: uS10
VV: eS21
WW: uS8
XX: uS12
YY: eS24
ZZ: eS25
aa: eS26
bb: eS27
cc: eS28
dd: uS14
ee: eS30
ff: eS31
gg: RACK1
hh: mRNA
ii: eRF1
jj: ABCE1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,344,057294
ポリマ－3,337,23787
非ポリマー6,820207
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

+
タンパク質 , 77種, 77分子 ABCDEFGHIJLMNOPQRSTUVWXYZabcde...

#1: タンパク質 uL2


分子量: 26570.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Cell: reticulocyte lysate / 参照: UniProt: G1TT27
#2: タンパク質 uL3


分子量: 45119.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Cell: reticulocyte lysate / 参照: UniProt: G1TL06
#3: タンパク質 uL4


分子量: 41115.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Cell: reticulocyte lysate / 参照: UniProt: G1SVW5
#4: タンパク質 uL18


分子量: 34006.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Cell: reticulocyte lysate / 参照: UniProt: G1SYJ6
#5: タンパク質 eL6


分子量: 28529.848 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Cell: reticulocyte lysate / 参照: UniProt: G1TG04
#6: タンパク質 uL30


分子量: 26662.787 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Cell: reticulocyte lysate
#7: タンパク質 eL8


分子量: 27480.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Cell: reticulocyte lysate / 参照: UniProt: G1STW0
#8: タンパク質 uL6


分子量: 21627.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Cell: reticulocyte lysate / 参照: UniProt: G1TX33, UniProt: G1SWI6*PLUS
#9: タンパク質 uL16


分子量: 24511.861 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Cell: reticulocyte lysate / 参照: UniProt: B7NZQ2
#10: タンパク質 uL5


分子量: 19270.318 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Cell: reticulocyte lysate / 参照: UniProt: G1TUB8
#11: タンパク質 eL13


分子量: 24216.525 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Cell: reticulocyte lysate
#12: タンパク質 eL14


分子量: 16217.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Cell: reticulocyte lysate / 参照: UniProt: U3KNW6
#13: タンパク質 eL15 / スバルのエンジン系列名


分子量: 24076.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Cell: reticulocyte lysate / 参照: UniProt: G1T0C1
#14: タンパク質 uL13


分子量: 23248.924 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Cell: reticulocyte lysate
#15: タンパク質 uL22


分子量: 17757.627 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Cell: reticulocyte lysate
#16: タンパク質 uL14


分子量: 21457.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Cell: reticulocyte lysate
#17: タンパク質 eL19


分子量: 21613.033 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Cell: reticulocyte lysate
#18: タンパク質 eL20


分子量: 20696.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Cell: reticulocyte lysate
#19: タンパク質 eL21 /


分子量: 18478.791 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Cell: reticulocyte lysate / 参照: UniProt: G1SHQ2
#20: タンパク質 eL22


分子量: 11481.249 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Cell: reticulocyte lysate
#21: タンパク質 uL14


分子量: 13972.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Cell: reticulocyte lysate / 参照: UniProt: G1T6D1
#22: タンパク質 eL24


分子量: 7512.774 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Cell: reticulocyte lysate / 参照: UniProt: G1TLD5
#23: タンパク質 uL23


分子量: 13856.360 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Cell: reticulocyte lysate / 参照: UniProt: G1SE76
#24: タンパク質 uL24


分子量: 15891.787 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Cell: reticulocyte lysate / 参照: UniProt: G1SQH0
#25: タンパク質 eL27


分子量: 15704.635 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Cell: reticulocyte lysate / 参照: UniProt: G1TXF6
#26: タンパク質 uL15


分子量: 16489.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Cell: reticulocyte lysate / 参照: UniProt: G1SNY0
#27: タンパク質 eL29


分子量: 8706.283 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Cell: reticulocyte lysate / 参照: UniProt: G1SGR6, UniProt: G1TN82*PLUS
#28: タンパク質 eL30


分子量: 10496.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Cell: reticulocyte lysate
#29: タンパク質 eL31


分子量: 12635.694 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Cell: reticulocyte lysate / 参照: UniProt: G1SHG0
#30: タンパク質 eL32 / CD59


分子量: 15022.021 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Cell: reticulocyte lysate / 参照: UniProt: G1TUN8
#31: タンパク質 eL33


分子量: 12449.612 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Cell: reticulocyte lysate / 参照: UniProt: G1SF08
#32: タンパク質 eL34 /


分子量: 12994.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Cell: reticulocyte lysate / 参照: UniProt: G1U945
#33: タンパク質 uL29


分子量: 14435.403 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Cell: reticulocyte lysate / 参照: UniProt: G1SIT5
#34: タンパク質 eL36


分子量: 11888.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Cell: reticulocyte lysate / 参照: UniProt: G1TTQ5
#35: タンパク質 eL37


分子量: 10090.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Cell: reticulocyte lysate / 参照: UniProt: U3KPD5
#36: タンパク質 eL38


分子量: 8107.752 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Cell: reticulocyte lysate
#38: タンパク質 eL40


分子量: 6199.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Cell: reticulocyte lysate
#40: タンパク質 eL42


分子量: 12198.603 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Cell: reticulocyte lysate / 参照: UniProt: G1T040
#41: タンパク質 eL43


分子量: 10168.153 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Cell: reticulocyte lysate / 参照: UniProt: G1SY53
#42: タンパク質 eL28


分子量: 14319.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Cell: reticulocyte lysate / 参照: UniProt: G1U7L1
#43: タンパク質 uL10


分子量: 21747.293 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Cell: reticulocyte lysate / 参照: UniProt: G1U6N2
#44: タンパク質 uL11


分子量: 17689.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Cell: reticulocyte lysate / 参照: UniProt: G1SMR7
#52: タンパク質 uS2


分子量: 23360.791 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Cell: reticulocyte lysate
#53: タンパク質 eS1


分子量: 24759.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Cell: reticulocyte lysate / 参照: UniProt: G1SS70
#54: タンパク質 uS5


分子量: 24050.354 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Cell: reticulocyte lysate / 参照: UniProt: G1TUT9
#55: タンパク質 uS3


分子量: 25158.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Cell: reticulocyte lysate / 参照: UniProt: G1TNM3
#56: タンパク質 eS4


分子量: 29497.697 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Cell: reticulocyte lysate / 参照: UniProt: G1TK17
#57: タンパク質 uS7


分子量: 21525.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Cell: reticulocyte lysate / 参照: UniProt: G1TFM5
#58: タンパク質 eS6


分子量: 27471.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Cell: reticulocyte lysate / 参照: UniProt: G1TM55
#59: タンパク質 eS7


分子量: 21603.229 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Cell: reticulocyte lysate / 参照: UniProt: G1SVB0
#60: タンパク質 eS8


分子量: 24003.012 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Cell: reticulocyte lysate / 参照: UniProt: G1TJW1
#61: タンパク質 uS4


分子量: 21649.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Cell: reticulocyte lysate / 参照: UniProt: B7NZS8
#62: タンパク質 eS10


分子量: 11773.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Cell: reticulocyte lysate / 参照: UniProt: G1TPV3
#63: タンパク質 uS17


分子量: 17657.842 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Cell: reticulocyte lysate / 参照: UniProt: G1TRM4
#64: タンパク質 eS12


分子量: 13766.122 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Cell: reticulocyte lysate / 参照: UniProt: G1SFR8
#65: タンパク質 uS15


分子量: 17128.191 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Cell: reticulocyte lysate / 参照: UniProt: G1SP51
#66: タンパク質 uS11


分子量: 14544.659 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Cell: reticulocyte lysate / 参照: UniProt: G1T1F0
#67: タンパク質 uS19


分子量: 15151.948 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Cell: reticulocyte lysate / 参照: UniProt: G1U0Q2
#68: タンパク質 uS9


分子量: 15975.753 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Cell: reticulocyte lysate / 参照: UniProt: G1SGX4
#69: タンパク質 eS17


分子量: 14969.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Cell: reticulocyte lysate / 参照: UniProt: G1TU13
#70: タンパク質 uS13


分子量: 16170.774 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Cell: reticulocyte lysate / 参照: UniProt: G1SZI5
#71: タンパク質 eS19


分子量: 15683.128 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Cell: reticulocyte lysate / 参照: UniProt: G1TN62
#72: タンパク質 uS10


分子量: 11765.890 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Cell: reticulocyte lysate / 参照: UniProt: G1SIZ2
#73: タンパク質 eS21


分子量: 9115.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Cell: reticulocyte lysate / 参照: UniProt: G1TM82
#74: タンパク質 uS8


分子量: 14734.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Cell: reticulocyte lysate / 参照: UniProt: G1TG89
#75: タンパク質 uS12


分子量: 15626.392 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Cell: reticulocyte lysate / 参照: UniProt: G1SZ47
#76: タンパク質 eS24


分子量: 14604.264 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Cell: reticulocyte lysate / 参照: UniProt: G1T3D8
#77: タンパク質 eS25


分子量: 8526.119 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Cell: reticulocyte lysate / 参照: UniProt: G1TDB3
#78: タンパク質 eS26


分子量: 11184.231 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Cell: reticulocyte lysate
#79: タンパク質 eS27


分子量: 9348.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Cell: reticulocyte lysate / 参照: UniProt: G1TZ76
#80: タンパク質 eS28


分子量: 6819.825 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Cell: reticulocyte lysate / 参照: UniProt: G1TIB4
#81: タンパク質 uS14


分子量: 6364.426 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Cell: reticulocyte lysate / 参照: UniProt: G1U7M4
#82: タンパク質 eS30


分子量: 6512.737 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Cell: reticulocyte lysate / 参照: UniProt: G1T8A2
#83: タンパク質 eS31


分子量: 8001.412 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Cell: reticulocyte lysate / 参照: UniProt: G1SK22
#84: タンパク質 RACK1 / Receptor for activated C kinase 1


分子量: 34669.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Cell: reticulocyte lysate / 参照: UniProt: G1SJB4
#86: タンパク質 eRF1 / Eukaryotic translation termination factor 1


分子量: 46650.305 Da / 分子数: 1 / Mutation: G183A, G184A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: eRF1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P62495
#87: タンパク質 ABCE1 /


分子量: 66857.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Cell: reticulocyte lysate / 参照: UniProt: G1SG72

-
タンパク質・ペプチド , 3種, 3分子 ln1

#37: タンパク質・ペプチド eL39


分子量: 6295.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Cell: reticulocyte lysate / 参照: UniProt: G1SYU7
#39: タンパク質・ペプチド eL41


分子量: 3213.075 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Cell: reticulocyte lysate / 参照: UniProt: A0A087WNH4
#45: タンパク質・ペプチド peptide / ペプチド


分子量: 1788.032 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Cell: reticulocyte lysate

-
RNA鎖 , 7種, 7分子 235789hh

#46: RNA鎖 tRNA(Val)


分子量: 24436.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Cell: reticulocyte lysate
#47: RNA鎖 tRNA(Lys)


分子量: 24102.275 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Cell: reticulocyte lysate
#48: RNA鎖 28S ribosomal RNA / 28SリボソームRNA


分子量: 1186579.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Cell: reticulocyte lysate
#49: RNA鎖 5S ribosomal RNA / 5SリボソームRNA


分子量: 38691.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Cell: reticulocyte lysate
#50: RNA鎖 5.8S ribosomal RNA / 5.8SリボソームRNA


分子量: 50143.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Cell: reticulocyte lysate
#51: RNA鎖 18S ribosomal RNA /


分子量: 554751.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Cell: reticulocyte lysate
#85: RNA鎖 mRNA / 伝令RNA


分子量: 3837.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Cell: reticulocyte lysate

-
非ポリマー , 4種, 207分子

#88: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 195 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#89: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#90: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター


分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#91: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / アデノシン二リン酸


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプParent-ID別称
180S ribosome-nascent chain complex containing the UAG stop codon bound to eRF1(AAQ) and ABCE1RIBOSOME0
280S ribosomeEukaryotic ribosomeRIBOSOME1
3eukaryotic release factor 1, G183A, G184A mutant1eRF1(AAQ)
4ATP binding cassette E11ABCE1, Rli1
5messenger RNA伝令RNA1
6in vitro translated substrate1
7tRNA転移RNA1
緩衝液名称: 50 mM HEPES, 100 mM potassium acetate, 5 mM magnesium acetate, 1 mM DTT
pH: 7.4
詳細: 50 mM HEPES, 100 mM potassium acetate, 5 mM magnesium acetate, 1 mM DTT
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: Quantifoil R2/2 400 mesh Cu grid with thin continuous carbon support, glow discharged
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 %
詳細: After 30 second wait time, blot for 3 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK III).
手法: After 30 second wait time, blot for 3 seconds before plunging

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS / 日付: 2015年2月25日 / 詳細: Automated data acquisition using EPU (FEI)
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 59000 X / 倍率（補正後）: 104478 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3600 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1700 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ資料ホルダタイプ: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 30 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
画像スキャンデジタル画像の数: 1601
放射波長相対比: 1

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1CTFFIND3CTF補正
2Cootモデルフィッティング
3UCSF Chimeraモデルフィッティング
4RELION３次元再構成
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.45 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 20515 / ピクセルサイズ（公称値）: 1.34 Å / ピクセルサイズ（実測値）: 1.34 Å / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築
IDプロトコル空間詳細
1FLEXIBLE FITRECIPROCALREFINEMENT PROTOCOL--flexible
2FLEXIBLE FITRECIPROCALREFINEMENT PROTOCOL--flexible DETAILS--Sequence was modified in Coot to agree with rabbit sequence.
3FLEXIBLE FITRECIPROCALREFINEMENT PROTOCOL--flexible DETAILS--Sequence was modified in Coot to agree with the most prevalent tRNA sequence for each particular codon.
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-ID
13J92

3j92

1
23J7P

3j7p

1
31DT9

1dt9

1
43BK7

3bk7

2
54V51

4v51

3
精密化ステップサイクル: LAST
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数101677 124504 273 0 226454

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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