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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2xyz | ||||||
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タイトル | De Novo model of Bacteriophage P22 virion coat protein | ||||||
要素 | COAT PROTEIN | ||||||
キーワード | VIRUS / MATURATION / DSDNA VIRUS | ||||||
機能・相同性 | Major capsid protein Gp5 / P22 coat protein - gene protein 5 / viral procapsid / viral procapsid maturation / T=7 icosahedral viral capsid / viral capsid / identical protein binding / Major capsid protein / Major capsid protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | ENTEROBACTERIA PHAGE P22 (ファージ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4 Å | ||||||
Model type details | CA ATOMS ONLY, CHAIN A, B, C, D, E, F, G | ||||||
データ登録者 | Chen, D.-H. / Baker, M.L. / Hryc, C.F. / DiMaio, F. / Jakana, J. / Wu, W. / Dougherty, M. / Haase-Pettingell, C. / Schmid, M.F. / Jiang, W. ...Chen, D.-H. / Baker, M.L. / Hryc, C.F. / DiMaio, F. / Jakana, J. / Wu, W. / Dougherty, M. / Haase-Pettingell, C. / Schmid, M.F. / Jiang, W. / Baker, D. / King, J.A. / Chiu, W. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2011 タイトル: Structural basis for scaffolding-mediated assembly and maturation of a dsDNA virus. 著者: Dong-Hua Chen / Matthew L Baker / Corey F Hryc / Frank DiMaio / Joanita Jakana / Weimin Wu / Matthew Dougherty / Cameron Haase-Pettingell / Michael F Schmid / Wen Jiang / David Baker / ...著者: Dong-Hua Chen / Matthew L Baker / Corey F Hryc / Frank DiMaio / Joanita Jakana / Weimin Wu / Matthew Dougherty / Cameron Haase-Pettingell / Michael F Schmid / Wen Jiang / David Baker / Jonathan A King / Wah Chiu / 要旨: Formation of many dsDNA viruses begins with the assembly of a procapsid, containing scaffolding proteins and a multisubunit portal but lacking DNA, which matures into an infectious virion. This ...Formation of many dsDNA viruses begins with the assembly of a procapsid, containing scaffolding proteins and a multisubunit portal but lacking DNA, which matures into an infectious virion. This process, conserved among dsDNA viruses such as herpes viruses and bacteriophages, is key to forming infectious virions. Bacteriophage P22 has served as a model system for this study in the past several decades. However, how capsid assembly is initiated, where and how scaffolding proteins bind to coat proteins in the procapsid, and the conformational changes upon capsid maturation still remain elusive. Here, we report Cα backbone models for the P22 procapsid and infectious virion derived from electron cryomicroscopy density maps determined at 3.8- and 4.0-Å resolution, respectively, and the first procapsid structure at subnanometer resolution without imposing symmetry. The procapsid structures show the scaffolding protein interacting electrostatically with the N terminus (N arm) of the coat protein through its C-terminal helix-loop-helix motif, as well as unexpected interactions between 10 scaffolding proteins and the 12-fold portal located at a unique vertex. These suggest a critical role for the scaffolding proteins both in initiating the capsid assembly at the portal vertex and propagating its growth on a T = 7 icosahedral lattice. Comparison of the procapsid and the virion backbone models reveals coordinated and complex conformational changes. These structural observations allow us to propose a more detailed molecular mechanism for the scaffolding-mediated capsid assembly initiation including portal incorporation, release of scaffolding proteins upon DNA packaging, and maturation into infectious virions. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2xyz.cif.gz | 91.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2xyz.ent.gz | 58.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2xyz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2xyz_validation.pdf.gz | 852.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2xyz_full_validation.pdf.gz | 851.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2xyz_validation.xml.gz | 41.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2xyz_validation.cif.gz | 61.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xy/2xyz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xy/2xyz | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 60
2 |
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3 |
| x 5
4 |
| x 6
5 |
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対称性 | 点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称)) |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 46795.613 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ENTEROBACTERIA PHAGE P22 (ファージ) / 参照: UniProt: A8CGC7, UniProt: P26747*PLUS |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: BACTERIOPHAGE P22 VIRION / タイプ: VIRUS / 詳細: BAD MICROGRAPHS WERE EXCLUDED VISUALLY |
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緩衝液 | 名称: 50 MM TRIS PH 7.6, 25 MM NACL / pH: 7.6 / 詳細: 50 MM TRIS PH 7.6, 25 MM NACL |
試料 | 濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | 詳細: HOLEY CARBON |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK I / 凍結剤: ETHANE 詳細: VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, HUMIDITY- 95, TEMPERATURE- 4.2, INSTRUMENT- VITROBOT, METHOD- BLOT FOR 2 SECONDS BEFORE PLUNGING, |
-電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: JEOL KYOTO-3000SFF / 日付: 2005年12月6日 |
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電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 60000 X / 倍率(補正後): 60000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2300 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 300 nm / Cs: 1.6 mm |
試料ホルダ | 温度: 4.2 K |
撮影 | 電子線照射量: 36 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM |
画像スキャン | デジタル画像の数: 1262 |
-解析
EMソフトウェア | 名称: EMAN / カテゴリ: 3次元再構成 | ||||||||||||
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CTF補正 | 詳細: EACH PARTICLE | ||||||||||||
対称性 | 点対称性: I (正20面体型対称) | ||||||||||||
3次元再構成 | 手法: FOURIER METHODS / 解像度: 4 Å / 粒子像の数: 18300 / ピクセルサイズ(公称値): 1.06 Å / ピクセルサイズ(実測値): 1.06 Å 詳細: MAKE3D IN EMAN. C-TERMINAL 5 RESIDUES WERE NOT MODELE MODELED SUBMISSION BASED ON EXPERIMENTAL DATA FROM EMDB EMD-1826. 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: OTHER / 空間: REAL / Target criteria: FSC / 詳細: REFINEMENT PROTOCOL--EM | ||||||||||||
精密化 | 最高解像度: 4 Å | ||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 4 Å
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