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万見
- SASDBW4: Albumen gland precursor of ovorubin (lipoglycocarotenoprotein agP... -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDBW4
試料Albumen gland precursor of ovorubin (lipoglycocarotenoprotein agPcOvo: an oligomeric protein)
  • Perivitellin ovorubin-1 (protein), Ovo1, Pomacea canaliculata
  • Perivitellin ovorubin-2 (protein), Ovo2, Pomacea canaliculata
  • Perivitellin ovorubin-3 (protein), Ovo3, Pomacea canaliculata
機能・相同性Perivitellin ovorubin-2 / Perivitellin ovorubin-1 / Perivitellin ovorubin-3
機能・相同性情報
生物種Pomacea canaliculata (スクミリンゴガイ)
引用ジャーナル: Physiol Biochem Zool / 年: 2017
タイトル: Apple Snail Perivitellin Precursor Properties Help Explain Predators' Feeding Behavior.
著者: María Pilar Cadierno / Marcos Sebastián Dreon / Horacio Heras /
要旨: In contrast with vitellogenin maturation, it is unknown whether gastropod perivitellin precursors are subject to large structural changes. The gastropod reproductive tract includes an accessory ...In contrast with vitellogenin maturation, it is unknown whether gastropod perivitellin precursors are subject to large structural changes. The gastropod reproductive tract includes an accessory organ, the albumen gland (AG), that produces and secretes perivitelline fluid. In the apple snail Pomacea canaliculata, the large, reddish-pink AG provides eggs with perivitellins that are defensive against predators. Although the AG makes a considerable contribution to apple snail biomass, field observations indicate that it is rejected by avian and mammalian predators, although the underlying reason remains unknown. By analyzing the structure-function properties of P. canaliculata perivitellin precursors, we provide insight into perivitellin maturation and its relationship with apple snail predator feeding behavior. Structural analysis using small-angle X-ray scattering, absorption and fluorescence spectroscopy, circular dichroism, electrophoresis, chromatography, and partial proteolysis showed that the size, shape, and structure of perivitellin precursors resemble those of egg mature forms. Functional analysis indicates that the precursors of the defensive perivitellins ovorubin (PcOvo) and perivitellin-2 (PcPV2) are highly stable and antinutritive, withstanding proteinase digestion and displaying structural stability of their quaternary structure under a wide pH range (4.0-10.0). Furthermore, AG extracts limit a predator's ability to digest nutrients and are toxic to mice (median lethal concentration 96 h after administration: 5.9 mg/kg). Treated mice displayed neurologic signs similar to those produced by egg PcPV2. Results indicate that apple snails store active precursors of egg proteins inside the AG, providing evidence that gastropod perivitellin precursors do not experience the large structural processing of invertebrate vitellogenin maturation. These defensive proteins provide the apple snail AG with neurotoxic, antinutritive, and antidigestive activity, a likely explanation for the predators' feeding behavior.
登録者
  • Marcos Dreon

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #537
タイプ: dummy / ソフトウェア: (r3695) / ダミー原子の半径: 3.10 A / カイ2乗値: 2.692881 / P-value: 0.000024
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モデル #538
タイプ: dummy / ソフトウェア: (r3695) / ダミー原子の半径: 3.10 A / カイ2乗値: 2.640625 / P-value: 0.000024
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試料

試料名称: Albumen gland precursor of ovorubin (lipoglycocarotenoprotein agPcOvo: an oligomeric protein)
試料濃度: 1.04-4.16 / Entity id: 343 / 344 / 345
バッファ名称: 20 mM Tris-HCl / 濃度: 20.00 mM / pH: 8.5
要素 #343名称: Ovo1 / タイプ: protein / 記述: Perivitellin ovorubin-1 / 分子量: 22.384 / 由来: Pomacea canaliculata / 参照: UniProt: J7I2T6
配列: MFVATSLLLA IATLVVRASP HNYLIMDIEP PKSVSERDIL NLLSPLQVKH SFRVTGSTRL LIVIRLDAQS YEKLDEITVP GKVEVIPAVN MADTMERCGV SWPRVELTDD NVTLFESEST LTDVTKEQLK AMLIGYGEHM SGLLQAHRFE YYQAAGATPH RHFVFVNSVP ...配列:
MFVATSLLLA IATLVVRASP HNYLIMDIEP PKSVSERDIL NLLSPLQVKH SFRVTGSTRL LIVIRLDAQS YEKLDEITVP GKVEVIPAVN MADTMERCGV SWPRVELTDD NVTLFESEST LTDVTKEQLK AMLIGYGEHM SGLLQAHRFE YYQAAGATPH RHFVFVNSVP DEIEVFGREG VDIWGGPGEF VVKPQYVTRI
要素 #344名称: Ovo2 / タイプ: protein / 記述: Perivitellin ovorubin-2 / 分子量: 23.801 / 由来: Pomacea canaliculata / 参照: UniProt: J7HZ90
配列: MAEHRIPVLL LLVVVAASSL AQQIPLQKHY IIYEVRNIEK TPEEVKEEMK DTDILYSFKA LGAPSYHIVV EVNPRNMRKL EEVELKGKIR MVPVVNMVDV AETLGVSWPR SGARLLDVNL TLIERTLNQE GLTSQESEAH LKGFMEELKD RLQQYNYQAF FTIGASPPKM ...配列:
MAEHRIPVLL LLVVVAASSL AQQIPLQKHY IIYEVRNIEK TPEEVKEEMK DTDILYSFKA LGAPSYHIVV EVNPRNMRKL EEVELKGKIR MVPVVNMVDV AETLGVSWPR SGARLLDVNL TLIERTLNQE GLTSQESEAH LKGFMEELKD RLQQYNYQAF FTIGASPPKM YIYINIPYEE VDKFACIGIN QFGGPAAVNT TVSFISSFPK
要素 #345名称: Ovo3 / タイプ: protein / 記述: Perivitellin ovorubin-3 / 分子量: 34.957 / 由来: Pomacea canaliculata / 参照: UniProt: J7I5Z5
配列: MYALAIALLA FSTFVSNAFA NKEYLLLDIR DATTSEIISA LRDVEIELKV KAKGIARHLI VVKQNDANLQ KLGEIDIPGR SCSTPVEDLD NLMEDIGISW PRNELTSVNV TLFERTLDLK DKTMEQFWSE AKAYGQLVKP VLSSFTYRAF KANGAYPPKV YFFVNLPREN ...配列:
MYALAIALLA FSTFVSNAFA NKEYLLLDIR DATTSEIISA LRDVEIELKV KAKGIARHLI VVKQNDANLQ KLGEIDIPGR SCSTPVEDLD NLMEDIGISW PRNELTSVNV TLFERTLDLK DKTMEQFWSE AKAYGQLVKP VLSSFTYRAF KANGAYPPKV YFFVNLPREN LNDASSKGID IFGGPGKART TVQYISVCVA VSHSTFSCRQ SVGDMKCMFQ QPPVPARSSG RPGRYDNQVR HGVRIAAPVM ENFPNYILLS KGTFPPKSRF RSNLWGLVNG SRRISRRGKP LLHNKHPNHY QMELKYTIAT H

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実験情報

ビーム設備名称: Brazilian Synchrotron Light Laboratory SAXS2 Beamline
地域: Campinas / 国: Brazil / 線源: X-ray synchrotron
検出器名称: MAR 165 CCD
スキャン
タイトル: Albumen gland precursor of ovorubin / 測定日: 2014年6月10日 / 保管温度: 25 °C / セル温度: 25 °C / 照射時間: 300 sec. / フレーム数: 5 / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.0846 2.0807
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 4.5a / ポイント数: 219 /
MinMax
Q0.1247 1.872
P(R) point6 224
R0 14.94
結果
カーブのタイプ: single_conc
コメント: agPcOvo is an oligomeric lipoglycocarotenoprotein isolated from the albumen gland of P. canaliculata that consists of different perivitellin ovorubin subunits (Ovo1-3) that form a ...コメント: agPcOvo is an oligomeric lipoglycocarotenoprotein isolated from the albumen gland of P. canaliculata that consists of different perivitellin ovorubin subunits (Ovo1-3) that form a complex with a molecular weight of 300 kDa.
実験値Porod
分子量300 kDa-
体積-526 nm3

P(R)GuinierP(R) errorGuinier error
前方散乱 I00.001091 0.0011 --
慣性半径, Rg 4.27 nm4.26 nm0.003 0.01

MinMax
D-14.94
Guinier point6 24

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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