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万見
- SASDEL9: Escherichia coli aerobic fatty acid beta-oxidation trifunctional ... -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDEL9
試料Escherichia coli aerobic fatty acid beta-oxidation trifunctional enzyme complex
  • Fatty acid oxidation complex subunit alpha (protein), EcTFE-alpha, Escherichia coli (strain K12)
  • Fatty acid oxidation complex subunit alpha (protein), EcTFE-alpha, Escherichia coli (strain K12)
  • 3-ketoacyl-CoA thiolase FadA (beta subunit) (protein), EcTFE-beta, Escherichia coli (strain K12)
機能・相同性
機能・相同性情報


fatty acid beta-oxidation multienzyme complex / 3-hydroxybutyryl-CoA epimerase / 3-hydroxybutyryl-CoA epimerase activity / acetyl-CoA C-acyltransferase / acetyl-CoA C-acyltransferase activity / Delta3-Delta2-enoyl-CoA isomerase / delta(3)-delta(2)-enoyl-CoA isomerase activity / long-chain (3S)-3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase (NAD+) activity / 3-hydroxyacyl-CoA dehydratase activity / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase ...fatty acid beta-oxidation multienzyme complex / 3-hydroxybutyryl-CoA epimerase / 3-hydroxybutyryl-CoA epimerase activity / acetyl-CoA C-acyltransferase / acetyl-CoA C-acyltransferase activity / Delta3-Delta2-enoyl-CoA isomerase / delta(3)-delta(2)-enoyl-CoA isomerase activity / long-chain (3S)-3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase (NAD+) activity / 3-hydroxyacyl-CoA dehydratase activity / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase / phenylacetate catabolic process / enoyl-CoA hydratase / (3S)-3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase (NAD+) activity / fatty acid catabolic process / enoyl-CoA hydratase activity / fatty acid beta-oxidation / NAD+ binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Fatty oxidation complex, alpha subunit FadB / Acetyl-CoA C-acyltransferase FadA / : / : / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, conserved site / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase signature. / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, C-terminal / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, NAD binding / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, C-terminal domain / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, NAD binding domain ...Fatty oxidation complex, alpha subunit FadB / Acetyl-CoA C-acyltransferase FadA / : / : / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, conserved site / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase signature. / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, C-terminal / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, NAD binding / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, C-terminal domain / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, NAD binding domain / Thiolase, active site / Thiolases active site. / Thiolase, acyl-enzyme intermediate active site / Thiolases acyl-enzyme intermediate signature. / Thiolase, conserved site / Thiolases signature 2. / Thiolase, C-terminal / Thiolase, C-terminal domain / Thiolase, N-terminal / Thiolase, N-terminal domain / Thiolase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase, conserved site / Enoyl-CoA hydratase/isomerase signature. / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / 6-phosphogluconate dehydrogenase-like, C-terminal domain superfamily / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Thiolase-like / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
3-ketoacyl-CoA thiolase FadA / Fatty acid oxidation complex subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
引用ジャーナル: Biochem J / 年: 2019
タイトル: Complementary substrate specificity and distinct quaternary assembly of the aerobic and anaerobic β-oxidation trifunctional enzyme complexes.
著者: Shiv K Sah-Teli / Mikko J Hynönen / Werner Schmitz / James A Geraets / Jani Seitsonen / Jan Skov Pedersen / Sarah J Butcher / Rik K Wierenga / Rajaram Venkatesan /
要旨: The trifunctional enzyme (TFE) catalyzes the last three steps of the fatty acid β-oxidation cycle. Two TFEs are present in , EcTFE and anEcTFE. EcTFE is expressed only under aerobic conditions, ...The trifunctional enzyme (TFE) catalyzes the last three steps of the fatty acid β-oxidation cycle. Two TFEs are present in , EcTFE and anEcTFE. EcTFE is expressed only under aerobic conditions, whereas anEcTFE is expressed also under anaerobic conditions, with nitrate or fumarate as the ultimate electron acceptor. The anEcTFE subunits have higher sequence identity with the human mitochondrial TFE (HsTFE) than with the soluble EcTFE. Like HsTFE, here it is found that anEcTFE is a membrane-bound complex. Systematic enzyme kinetic studies show that anEcTFE has a preference for medium- and long-chain enoyl-CoAs, similar to HsTFE, whereas EcTFE prefers short chain enoyl-CoA substrates. The biophysical characterization of anEcTFE and EcTFE shows that EcTFE is heterotetrameric, whereas anEcTFE is purified as a complex of two heterotetrameric units, like HsTFE. The tetrameric assembly of anEcTFE resembles the HsTFE tetramer, although the arrangement of the two anEcTFE tetramers in the octamer is different from the HsTFE octamer. These studies demonstrate that EcTFE and anEcTFE have complementary substrate specificities, allowing for complete degradation of long-chain enoyl-CoAs under aerobic conditions. The new data agree with the notion that anEcTFE and HsTFE are evolutionary closely related, whereas EcTFE belongs to a separate subfamily.
登録者
  • shiv k. sah-teli (University of Oulu, Finland)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #2747
タイプ: dummy / ダミー原子の半径: 5.80 A / 対称性: p1 / カイ2乗値: 1.029 / P-value: 0.936796
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
モデル #2748
タイプ: atomic
コメント: subunits and complex were modeled using swissmodel and coot respectively using 1wdm.pdb as referenc
カイ2乗値: 1.357 / P-value: 0.000001
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

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試料

試料名称: Escherichia coli aerobic fatty acid beta-oxidation trifunctional enzyme complex
試料濃度: 6.2 mg/ml / Entity id: 1432 / 1433 / 1434
バッファ名称: 20 mM 4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acid (HEPES), 120 mM KCl, 2.5 mM DTT
pH: 7.2
要素 #1432名称: EcTFE-alpha / タイプ: protein / 記述: Fatty acid oxidation complex subunit alpha / 分子量: 81.206 / 分子数: 1 / 由来: Escherichia coli (strain K12) / 参照: UniProt: P21177
配列: MGSSHHHHHH SQDPMLYKGD TLYLDWLEDG IAELVFDAPG SVNKLDTATV ASLGEAIGVL EQQSDLKGLL LRSNKAAFIV GADITEFLSL FLVPEEQLSQ WLHFANSVFN RLEDLPVPTI AAVNGYALGG GCECVLATDY RLATPDLRIG LPETKLGIMP GFGGSVRMPR ...配列:
MGSSHHHHHH SQDPMLYKGD TLYLDWLEDG IAELVFDAPG SVNKLDTATV ASLGEAIGVL EQQSDLKGLL LRSNKAAFIV GADITEFLSL FLVPEEQLSQ WLHFANSVFN RLEDLPVPTI AAVNGYALGG GCECVLATDY RLATPDLRIG LPETKLGIMP GFGGSVRMPR MLGADSALEI IAAGKDVGAD QALKIGLVDG VVKAEKLVEG AKAVLRQAIN GDLDWKAKRQ PKLEPLKLSK IEATMSFTIA KGMVAQTAGK HYPAPITAVK TIEAAARFGR EEALNLENKS FVPLAHTNEA RALVGIFLND QYVKGKAKKL TKDVETPKQA AVLGAGIMGG GIAYQSAWKG VPVVMKDIND KSLTLGMTEA AKLLNKQLER GKIDGLKLAG VISTIHPTLD YAGFDRVDIV VEAVVENPKV KKAVLAETEQ KVRQDTVLAS NTSTIPISEL ANALERPENF CGMHFFNPVH RMPLVEIIRG EKSSDETIAK VVAWASKMGK TPIVVNDCPG FFVNRVLFPY FAGFSQLLRD GADFRKIDKV MEKQFGWPMG PAYLLDVVGI DTAHHAQAVM AAGFPQRMQK DYRDAIDALF DANRFGQKNG LGFWRYKEDS KGKPKKEEDA AVEDLLAEVS QPKRDFSEEE IIARMMIPMV NEVVRCLEEG IIATPAEADM ALVYGLGFPP FHGGAFRWLD TLGSAKYLDM AQQYQHLGPL YEVPEGLRNK ARHNEPYYPP VEPARPVGDL KTA
要素 #1433名称: EcTFE-alpha / タイプ: protein / 記述: Fatty acid oxidation complex subunit alpha / 分子量: 81.206 / 分子数: 1 / 由来: Escherichia coli (strain K12) / 参照: UniProt: P21177
配列: MGSSHHHHHH SQDPMLYKGD TLYLDWLEDG IAELVFDAPG SVNKLDTATV ASLGEAIGVL EQQSDLKGLL LRSNKAAFIV GADITEFLSL FLVPEEQLSQ WLHFANSVFN RLEDLPVPTI AAVNGYALGG GCECVLATDY RLATPDLRIG LPETKLGIMP GFGGSVRMPR ...配列:
MGSSHHHHHH SQDPMLYKGD TLYLDWLEDG IAELVFDAPG SVNKLDTATV ASLGEAIGVL EQQSDLKGLL LRSNKAAFIV GADITEFLSL FLVPEEQLSQ WLHFANSVFN RLEDLPVPTI AAVNGYALGG GCECVLATDY RLATPDLRIG LPETKLGIMP GFGGSVRMPR MLGADSALEI IAAGKDVGAD QALKIGLVDG VVKAEKLVEG AKAVLRQAIN GDLDWKAKRQ PKLEPLKLSK IEATMSFTIA KGMVAQTAGK HYPAPITAVK TIEAAARFGR EEALNLENKS FVPLAHTNEA RALVGIFLND QYVKGKAKKL TKDVETPKQA AVLGAGIMGG GIAYQSAWKG VPVVMKDIND KSLTLGMTEA AKLLNKQLER GKIDGLKLAG VISTIHPTLD YAGFDRVDIV VEAVVENPKV KKAVLAETEQ KVRQDTVLAS NTSTIPISEL ANALERPENF CGMHFFNPVH RMPLVEIIRG EKSSDETIAK VVAWASKMGK TPIVVNDCPG FFVNRVLFPY FAGFSQLLRD GADFRKIDKV MEKQFGWPMG PAYLLDVVGI DTAHHAQAVM AAGFPQRMQK DYRDAIDALF DANRFGQKNG LGFWRYKEDS KGKPKKEEDA AVEDLLAEVS QPKRDFSEEE IIARMMIPMV NEVVRCLEEG IIATPAEADM ALVYGLGFPP FHGGAFRWLD TLGSAKYLDM AQQYQHLGPL YEVPEGLRNK ARHNEPYYPP VEPARPVGDL KTA
要素 #1434名称: EcTFE-beta / タイプ: protein / 記述: 3-ketoacyl-CoA thiolase FadA (beta subunit) / 分子量: 40.876 / 分子数: 2 / 由来: Escherichia coli (strain K12) / 参照: UniProt: P21151
配列: MEQVVIVDAI RTPMGRSKGG AFRNVRAEDL SAHLMRSLLA RNPALEAAAL DDIYWGCVQQ TLEQGFNIAR NAALLAEVPH SVPAVTVNRL CGSSMQALHD AARMIMTGDA QACLVGGVEH MGHVPMSHGV DFHPGLSRNV AKAAGMMGLT AEMLARMHGI SREMQDAFAA ...配列:
MEQVVIVDAI RTPMGRSKGG AFRNVRAEDL SAHLMRSLLA RNPALEAAAL DDIYWGCVQQ TLEQGFNIAR NAALLAEVPH SVPAVTVNRL CGSSMQALHD AARMIMTGDA QACLVGGVEH MGHVPMSHGV DFHPGLSRNV AKAAGMMGLT AEMLARMHGI SREMQDAFAA RSHARAWAAT QSAAFKNEII PTGGHDADGV LKQFNYDEVI RPETTVEALA TLRPAFDPVN GMVTAGTSSA LSDGAAAMLV MSESRAHELG LKPRARVRSM AVVGCDPSIM GYGPVPASKL ALKKAGLSAS DIGVFEMNEA FAAQILPCIK DLGLIEQIDE KINLNGGAIA LGHPLGCSGA RISTTLLNLM ERKDVQFGLA TMCIGLGQGI ATVFERV

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実験情報

ビーム設備名称: Diamond Light Source B21 / 地域: Didcot / 国: UK / 形状: 1 x 5 mm / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.1 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 4.014 mm
検出器名称: Pilatus 2M
スキャン
タイトル: Escherichia coli aerobic fatty acid beta-oxidation trifunctional enzyme complex
測定日: 2017年5月30日 / 保管温度: 4 °C / セル温度: 20 °C / 照射時間: 3 sec. / フレーム数: 540 / 単位: 1/A /
MinMax
Q0.0167 0.1913
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 692 /
MinMax
Q0.0166657 0.173243
P(R) point1 692
R0 160.3
結果
カーブのタイプ: sec /
実験値Porod
分子量233 kDa253 kDa
体積-406 nm3

P(R)GuinierGuinier error
前方散乱 I00.06542 0.06559 0.0005
慣性半径, Rg 4.59 nm4.612 nm0.04

MinMax
D-16.04
Guinier point1 51

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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