PDB-3hpg: Visna virus integrase (residues 1-219) in complex with LEDGF IBD:...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3hpg

タイトル

Visna virus integrase (residues 1-219) in complex with LEDGF IBD: examples of open integrase dimer-dimer interfaces

要素

Integrase
PC4 and SFRS1-interacting protein

キーワード

TRANSFERASE / PROTEIN-PROTEIN COMPLEX / TETRAMER / DNA INTEGRATION / ENDONUCLEASE / MAGNESIUM / METAL-BINDING / MULTIFUNCTIONAL ENZYME / NUCLEASE / NUCLEOTIDYLTRANSFERASE / NUCLEUS / VIRAL NUCLEOPROTEIN / VIRION / ZINC / DNA-BINDING / HOST-VIRUS INTERACTION / TRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION REGULATION / ZINC BINDING / HHCC MOTIF / VIRAL PROTEIN / RECOMBINATION

機能・相同性

機能・相同性情報

dUTP diphosphatase / dUTP diphosphatase activity / nucleotide metabolic process / supercoiled DNA binding / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / ribonuclease H / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / 2-LTR circle formation / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes ...
類似検索 - 分子機能

Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Conserved domain common to transcription factors TFIIS, elongin A, CRSP70 / Lens epithelium-derived growth factor, integrase-binding domain / HIV integrase-binding domain superfamily / Lens epithelium-derived growth factor (LEDGF) / Transcription Elongation Factor S-II; Chain A / dUTPase-like / dUTPase / dUTPase, trimeric / dUTPase-like superfamily ...Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Conserved domain common to transcription factors TFIIS, elongin A, CRSP70 / Lens epithelium-derived growth factor, integrase-binding domain / HIV integrase-binding domain superfamily / Lens epithelium-derived growth factor (LEDGF) / Transcription Elongation Factor S-II; Chain A / dUTPase-like / dUTPase / dUTPase, trimeric / dUTPase-like superfamily / TFIIS/LEDGF domain superfamily / domain with conserved PWWP motif / PWWP domain / PWWP domain profile. / PWWP domain / gag protein p24 N-terminal domain / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / RNase H / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / RNase H type-1 domain profile. / Ribonuclease H domain / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Retrovirus capsid, C-terminal / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Arc Repressor Mutant, subunit A / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Maedi visna virus (ウイルス)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.28 Å

データ登録者

Hare, S. / Labeja, A. / Cherepanov, P.

引用

ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2009
タイトル: Structural basis for functional tetramerization of lentiviral integrase
著者: Hare, S. / Di Nunzio, F. / Labeja, A. / Wang, J. / Engelman, A. / Cherepanov, P.

履歴

登録	2009年6月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2009年7月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2025年5月28日	Group: Structure summary / カテゴリ: pdbx_entry_details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
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関連構造データ

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類似構造データ	3bgw-2 5mu1-d 3k6s-2 6f7s-d 2rkj-4 10019 6jwi-d 6d89-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目

#163 - 2013年7月
HIVカプシド (HIV Capsid)
類似性 (7)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (5)
#33 - 2002年9月
HIV逆転写酵素 (HIV Reverse Transcriptase)
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HIV-1タンパク質分解酵素 (HIV-1 Protease)
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核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex)
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DNAリガーゼ (DNA Ligase)
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#139 - 2011年7月
DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase)
類似性 (4)

登録構造単位

A: Integrase

B: Integrase

C: Integrase

D: Integrase

E: Integrase

F: Integrase

G: PC4 and SFRS1-interacting protein

H: PC4 and SFRS1-interacting protein

I: PC4 and SFRS1-interacting protein

J: PC4 and SFRS1-interacting protein

K: PC4 and SFRS1-interacting protein

L: PC4 and SFRS1-interacting protein

ヘテロ分子

217 kDa, 12 ポリマー
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1

A: Integrase

B: Integrase

E: Integrase

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ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
145 kDa, 8 ポリマー
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2

C: Integrase

D: Integrase

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3

C: Integrase

D: Integrase

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A: Integrase

B: Integrase

G: PC4 and SFRS1-interacting protein

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単位格子

Length a, b, c (Å)	91.104, 148.904, 91.076
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 113.410, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	CHAIN A, 1-43	A	1 - 43
2	1	1	CHAIN B, 1-43	B	1 - 43
3	1	1	CHAIN C, 1-43	C	1 - 43
4	1	1	CHAIN D, 1-43	D	1 - 43
5	1	1	CHAIN E, 1-43	E	1 - 43
6	1	1	CHAIN F, 1-43	F	1 - 43
1	1	2	CHAIN A, 60-141, 155-189, 197-212	A	60 - 141
1	2	2	CHAIN A, 60-141, 155-189, 197-212	A	155 - 189
1	3	2	CHAIN A, 60-141, 155-189, 197-212	A	197 - 212
2	1	2	CHAIN B, 60-141, 155-189, 197-212	B	60 - 141
2	2	2	CHAIN B, 60-141, 155-189, 197-212	B	155 - 189
2	3	2	CHAIN B, 60-141, 155-189, 197-212	B	197 - 212
3	1	2	CHAIN C, 60-141, 155-189, 197-212	C	60 - 141
3	2	2	CHAIN C, 60-141, 155-189, 197-212	C	155 - 189
3	3	2	CHAIN C, 60-141, 155-189, 197-212	C	197 - 212
4	1	2	CHAIN D, 61-141, 155-189, 197-212	D	61 - 141
4	2	2	CHAIN D, 61-141, 155-189, 197-212	D	155 - 189
4	3	2	CHAIN D, 61-141, 155-189, 197-212	D	197 - 212
5	1	2	CHAIN E, 60-141, 155-189, 197-212	E	60 - 141
5	2	2	CHAIN E, 60-141, 155-189, 197-212	E	155 - 189
5	3	2	CHAIN E, 60-141, 155-189, 197-212	E	197 - 212
6	1	2	CHAIN F, 60-141, 155-189, 197-212	F	60 - 141
6	2	2	CHAIN F, 60-141, 155-189, 197-212	F	155 - 189
6	3	2	CHAIN F, 60-141, 155-189, 197-212	F	197 - 212
1	1	3	CHAIN G, 320-423	G	320 - 423
2	1	3	CHAIN H, 320-418	H	320 - 418
3	1	3	CHAIN I, 320-418	I	320 - 418
4	1	3	CHAIN J, 320-423	J	320 - 423
5	1	3	CHAIN K, 320-426	K	320 - 426
6	1	3	CHAIN L, 320-413	L	320 - 413

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: タンパク質	Integrase / IN 分子量: 25090.455 Da / 分子数: 6 断片: N-terminal and catalytic core domains, UNP residues 823-1039 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Maedi visna virus (ウイルス) / 株: KV1772 / 遺伝子: pol / プラスミド: pCDF-duet1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): PC2 / 参照: UniProt: P35956
#2: タンパク質	PC4 and SFRS1-interacting protein / Lens epithelium-derived growth factor / Transcriptional coactivator p75/p52 / Dense fine speckles ...Lens epithelium-derived growth factor / Transcriptional coactivator p75/p52 / Dense fine speckles 70 kDa protein / DFS 70 / CLL-associated antigen KW-7 分子量: 11075.970 Da / 分子数: 6 / 断片: integrase binding domain, UNP residues 347-435 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DFS70, LEDGF, PSIP1, PSIP2 / プラスミド: pES / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): PC2 / 参照: UniProt: O75475
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.92 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.6 詳細: 25-30% Jeffamine M600, 100mM Bis-Tris propane-HCl, pH6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9696 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月20日
放射	モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9696 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.28→40 Å / Num. all: 34448 / Num. obs: 34296 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 65.905 Å² / R_merge(I) obs: 0.11
反射シェル	解像度: 3.28→3.46 Å / R_merge(I) obs: 0.665 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. measured obs: 19335 / Num. unique obs: 5069 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		data processing
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
ADSC	Quantum	データ収集
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2B4J and 1K6Y

2b4j

1k6y

解像度: 3.28→38.672 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.82 / SU ML: 0.44 / σ(F): 1.99 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.253	1718	5.04 %	RANDOM
R_work	0.212	-	-	-
obs	0.214	34084	99.71 %	-
all	-	34183	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 58.567 Å² / k_sol: 0.32 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 223.84 Å² / B_iso mean: 97.809 Å² / B_iso min: 39.6 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-5.629 Å²	0 Å²	-7.863 Å²
2-	-	22.529 Å²	0 Å²
3-	-	-	-16.9 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.28→38.672 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12786	0	6	0	12792

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	13004
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.261	17556
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.084	2001
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2248
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.823	4803

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	319	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.048
1	2	B	319	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.048
1	3	C	319	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.05
1	4	D	319	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.052
1	5	E	319	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.044
1	6	F	313	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.043
2	1	A	1068	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.07
2	2	B	1068	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.07
2	3	C	1068	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.071
2	4	D	1056	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.062
2	5	E	1068	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.059
2	6	F	1068	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.066
3	1	G	547	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.043
3	2	H	547	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.043
3	3	I	540	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.038
3	4	J	604	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.039
3	5	K	515	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.039
3	6	L	500	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.041

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
3.28-3.376	0.359	146	0.316	2711	2857	100
3.376-3.485	0.291	134	0.282	2671	2805	100
3.485-3.61	0.305	130	0.243	2707	2837	100
3.61-3.754	0.307	134	0.238	2691	2825	100
3.754-3.925	0.269	144	0.218	2671	2815	100
3.925-4.132	0.23	142	0.195	2723	2865	100
4.132-4.39	0.226	144	0.19	2674	2818	100
4.39-4.729	0.238	152	0.169	2688	2840	100
4.729-5.203	0.192	147	0.176	2707	2854	100
5.203-5.954	0.264	130	0.205	2732	2862	100
5.954-7.493	0.252	149	0.219	2714	2863	100
7.493-38.675	0.216	166	0.186	2677	2843	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.7706	-0.5893	0.6013	1.8531	-0.6083	1.4191	0.0836	-0.4532	-0.247	-0.1737	-0.0271	0.0566	-0.0109	-0.0477	-0.088	0.5336	-0.0476	0.0188	0.5248	0.1109	0.4494	-3.4244	9.8241	32.7705
2	3.0939	-0.5233	-0.2959	0.9358	0.4257	1.5279	0.0299	-0.011	0.5756	-0.3389	-0.0632	-0.1927	0.03	-0.1544	0.0164	0.6727	0.051	0.0157	0.2863	-0.0862	0.6044	60.675	46.0964	22.6373
3	4.3365	0.4407	1.2892	1.2117	0.4752	1.3166	-0.0807	0.3874	-0.1148	-0.164	-0.1283	0.0971	-0.4752	0.0551	0.1879	0.6997	0.0176	0.0183	0.6442	-0.0895	0.4603	26.5421	14.4044	-4.2965
4	1.3996	2.7477	0.9703	0.9708	0.9527	0.0485	-0.369	0.2149	0.8214	-0.3721	0.0478	0.8485	-0.4015	-0.0265	0.4034	0.861	0.3361	-0.2179	1.2767	-0.297	1.029	1.353	23.2858	-6.4749
5	-1.0553	-0.0663	0.8128	3.0337	0.2674	-0.2071	0.0523	-0.3807	0.5395	-0.9199	-0.2609	-0.2065	0.5536	0.2456	0.1163	0.7177	0.0576	0.2733	0.4564	0.1712	0.793	-4.4351	40.5928	18.7116
6	-1.6773	0.505	-2.4158	-0.0777	0.2093	0.395	-0.0945	-0.1578	-0.6521	-0.2833	-0.2615	0.0807	0.1776	-0.8128	0.0043	0.6944	-0.031	-0.1986	1.1087	0.1443	1.0558	64.1911	5.4555	20.7684
7	-0.1487	-0.6406	-1.2624	-0.0585	-0.5808	1.125	-0.2729	0.1443	0.0424	0.0992	-0.1105	0.0291	-0.0121	0.358	0.3068	0.6684	-0.1399	-0.1125	0.772	-0.0456	0.8498	50.8729	14.7001	7.573
8	0.1762	-1.3311	0.6929	0.8151	-1.0966	0.9461	-0.5559	-1.1047	0.2997	0.2339	0.4867	0.1888	0.4035	-0.9711	-0.0568	0.6566	-0.1083	-0.0407	1.1881	-0.2605	1.0567	34.8802	38.7522	24.4858
9	-1.4983	-1.3668	0.7353	0.4751	-0.2777	0.5725	-0.1949	-0.3737	0.4851	-0.1009	-0.2291	-0.7799	-0.3089	0.5153	0.1727	0.6058	-0.1203	0.0627	0.9939	0.1228	1.015	22.0165	18.248	33.0562
10	0.8032	-0.8485	0.4287	1.5923	-0.4587	1.3862	-0.1713	0.5907	0.1899	0.2284	-0.046	-0.381	0.0706	-0.0342	0.3827	0.7791	-0.2284	0.0072	1.0649	0.1231	0.8387	19.3704	20.0823	59.9025
11	0.4096	-0.4162	-1.5475	1.134	0.2056	4.6489	-0.4342	0.6303	-0.7117	-0.026	-0.3512	0.0634	-0.116	-1.2106	0.7686	0.8518	-0.0616	-0.0386	1.0894	0.0053	1.3647	-28.6955	-16.4639	38.6613
12	-0.3216	-0.2795	0.2841	3.0475	1.5062	2.8109	-0.4339	-0.0519	-0.5702	-0.0464	0.3595	-0.0721	0.2555	1.0733	0.0655	0.8453	0.1476	0.1906	1.0103	0.1898	1.1973	88.6442	65.1805	9.7117
13	0.2939	-0.092	-0.1454	2.3259	-0.5392	0.945	-0.0523	0.1974	-0.4936	-0.0143	0.0378	1.0541	0.1914	-0.3948	0.0408	0.7998	-0.1856	0.0564	1.0928	-0.247	1.2422	32.2904	62.7673	40.2903
14	1.7667	-0.5701	-1.5549	0.5454	0.0752	2.6291	-0.0831	-1.0396	-0.3351	0.2236	0.331	-0.4011	0.1784	1.0425	-0.4178	0.8689	0.0092	-0.1359	1.2634	-0.2162	1.0378	52.9287	-10.3691	-2.5567
15	0.7757	0.5328	0.1197	2.178	1.2566	1.7412	-0.3409	0.3143	0.0247	-0.1681	0.1573	0.4415	-0.0859	0.9103	0.3281	1.001	-0.1318	-0.2331	1.2897	0.1839	0.9183	4.5631	17.4563	-32.2603

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A, 50-212, chain B 50-212	A	50 - 212
2	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A, 50-212, chain B 50-212	B	50 - 212
3	X-RAY DIFFRACTION	2	chain C, 50-212, chain D 50-212	C	50 - 212
4	X-RAY DIFFRACTION	2	chain C, 50-212, chain D 50-212	D	50 - 212
5	X-RAY DIFFRACTION	3	chain E, 50-212, chain F 50-212	E	50 - 212
6	X-RAY DIFFRACTION	3	chain E, 50-212, chain F 50-212	F	50 - 212
7	X-RAY DIFFRACTION	4	chain A, 4-49	A	4 - 49
8	X-RAY DIFFRACTION	5	chain B, 4-49	B	4 - 49
9	X-RAY DIFFRACTION	6	chain C, 4-49	C	4 - 49
10	X-RAY DIFFRACTION	7	chain D, 2-49	D	2 - 49
11	X-RAY DIFFRACTION	8	chain E, 2-49	E	2 - 49
12	X-RAY DIFFRACTION	9	chain F, 2-49	F	2 - 49
13	X-RAY DIFFRACTION	10	chain G, 348-423	G	348 - 423
14	X-RAY DIFFRACTION	11	chain H, 347-418	H	347 - 418
15	X-RAY DIFFRACTION	12	chain I, 348-418	I	348 - 418
16	X-RAY DIFFRACTION	13	chain J, 347-423	J	347 - 423
17	X-RAY DIFFRACTION	14	chain K, 347-426	K	347 - 426
18	X-RAY DIFFRACTION	15	chain L, 348-413	L	348 - 413

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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