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- PDB-3hpg: Visna virus integrase (residues 1-219) in complex with LEDGF IBD:... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3hpg | ||||||
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Title | Visna virus integrase (residues 1-219) in complex with LEDGF IBD: examples of open integrase dimer-dimer interfaces | ||||||
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![]() | TRANSFERASE / PROTEIN-PROTEIN COMPLEX / TETRAMER / DNA INTEGRATION / ENDONUCLEASE / MAGNESIUM / METAL-BINDING / MULTIFUNCTIONAL ENZYME / NUCLEASE / NUCLEOTIDYLTRANSFERASE / NUCLEUS / VIRAL NUCLEOPROTEIN / VIRION / ZINC / DNA-BINDING / HOST-VIRUS INTERACTION / TRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION REGULATION / ZINC BINDING / HHCC MOTIF / VIRAL PROTEIN / RECOMBINATION | ||||||
Function / homology | ![]() dUTP diphosphatase / dUTP diphosphatase activity / nucleotide metabolic process / supercoiled DNA binding / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / Hydrolases; Acting on peptide bonds (peptidases); Aspartic endopeptidases / ribonuclease H / 2-LTR circle formation / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes ...dUTP diphosphatase / dUTP diphosphatase activity / nucleotide metabolic process / supercoiled DNA binding / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / Hydrolases; Acting on peptide bonds (peptidases); Aspartic endopeptidases / ribonuclease H / 2-LTR circle formation / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / Vpr-mediated nuclear import of PICs / Integration of provirus / APOBEC3G mediated resistance to HIV-1 infection / mRNA 5'-splice site recognition / heterochromatin / nuclear periphery / exoribonuclease H / euchromatin / exoribonuclease H activity / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / RNA-directed DNA polymerase activity / viral capsid / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / Transferases; Transferring phosphorus-containing groups; Nucleotidyltransferases / response to heat / DNA-binding transcription factor binding / DNA recombination / response to oxidative stress / DNA-directed DNA polymerase / transcription coactivator activity / Hydrolases; Acting on ester bonds / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / chromatin remodeling / symbiont entry into host cell / chromatin binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / proteolysis / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hare, S. / Labeja, A. / Cherepanov, P. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structural basis for functional tetramerization of lentiviral integrase Authors: Hare, S. / Di Nunzio, F. / Labeja, A. / Wang, J. / Engelman, A. / Cherepanov, P. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 650 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 544.5 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 3hphC ![]() 1k6yS ![]() 2b4jS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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3 | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS ensembles :
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Components
#1: Protein | Mass: 25090.455 Da / Num. of mol.: 6 Fragment: N-terminal and catalytic core domains, UNP residues 823-1039 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Protein | Mass: 11075.970 Da / Num. of mol.: 6 / Fragment: integrase binding domain, UNP residues 347-435 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #3: Chemical | ChemComp-ZN / |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.61 Å3/Da / Density % sol: 52.92 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.6 Details: 25-30% Jeffamine M600, 100mM Bis-Tris propane-HCl, pH6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Apr 20, 2008 |
Radiation | Monochromator: Si 111 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9696 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.28→40 Å / Num. all: 34448 / Num. obs: 34296 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 65.905 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 |
Reflection shell | Resolution: 3.28→3.46 Å / Rmerge(I) obs: 0.665 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. measured obs: 19335 / Num. unique obs: 5069 / % possible all: 99.7 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 2B4J and 1K6Y Resolution: 3.28→38.672 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.82 / SU ML: 0.44 / σ(F): 1.99 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 58.567 Å2 / ksol: 0.32 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 223.84 Å2 / Biso mean: 97.809 Å2 / Biso min: 39.6 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.28→38.672 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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