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- PDB-2rkj: Cocrystal structure of a tyrosyl-tRNA synthetase splicing factor ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2rkj
タイトルCocrystal structure of a tyrosyl-tRNA synthetase splicing factor with a group I intron RNA
要素
  • RNA (238-MER)
  • RNA (5'-R(P*GP*CP*UP*U)-3')
  • Tyrosyl-tRNA synthetase
キーワードLigase/RNA / RNA-protein complex / group I intron splicing factor / Aminoacyl-tRNA synthetase / ATP-binding / Ligase / Mitochondrion / mRNA processing / Nucleotide-binding / Protein biosynthesis / Transit peptide / Ligase-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA aminoacylation / tyrosyl-tRNA aminoacylation / tyrosine-tRNA ligase / tyrosine-tRNA ligase activity / Group I intron splicing / RNA folding / positive regulation of RNA splicing / mRNA processing / mitochondrial matrix / mitochondrion ...tRNA aminoacylation / tyrosyl-tRNA aminoacylation / tyrosine-tRNA ligase / tyrosine-tRNA ligase activity / Group I intron splicing / RNA folding / positive regulation of RNA splicing / mRNA processing / mitochondrial matrix / mitochondrion / RNA binding / ATP binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Tyrosyl-tRNA synthetase, C-terminal / Tyrosyl-tRNA synthetase C-terminal domain / Tyrosine-tRNA ligase, bacterial-type / Tyrosine-tRNA ligase / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ic / tRNA synthetases class I (W and Y) / Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, conserved site / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-I signature. / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / RNA-binding S4 domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / Tyrosine--tRNA ligase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus phage Twort (ファージ)
Neurospora crassa (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.5 Å
データ登録者Paukstelis, P.J. / Chen, J.-H. / Chase, E. / Lambowitz, A.M. / Golden, B.L.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2008
タイトル: Structure of a tyrosyl-tRNA synthetase splicing factor bound to a group I intron RNA.
著者: Paukstelis, P.J. / Chen, J.H. / Chase, E. / Lambowitz, A.M. / Golden, B.L.
履歴
登録2007年10月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年1月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: RNA (238-MER)
D: RNA (5'-R(P*GP*CP*UP*U)-3')
G: RNA (238-MER)
H: RNA (5'-R(P*GP*CP*UP*U)-3')
K: RNA (238-MER)
L: RNA (5'-R(P*GP*CP*UP*U)-3')
O: RNA (238-MER)
P: RNA (5'-R(P*GP*CP*UP*U)-3')
A: Tyrosyl-tRNA synthetase
B: Tyrosyl-tRNA synthetase
E: Tyrosyl-tRNA synthetase
F: Tyrosyl-tRNA synthetase
I: Tyrosyl-tRNA synthetase
J: Tyrosyl-tRNA synthetase
M: Tyrosyl-tRNA synthetase
N: Tyrosyl-tRNA synthetase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)682,20516
ポリマ－682,20516
非ポリマー00
水00
1
C: RNA (238-MER)
D: RNA (5'-R(P*GP*CP*UP*U)-3')
A: Tyrosyl-tRNA synthetase
B: Tyrosyl-tRNA synthetase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)170,5514
ポリマ－170,5514
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6730 Å2
手法PISA
2
G: RNA (238-MER)
H: RNA (5'-R(P*GP*CP*UP*U)-3')
E: Tyrosyl-tRNA synthetase
F: Tyrosyl-tRNA synthetase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)170,5514
ポリマ－170,5514
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6760 Å2
手法PISA
3
K: RNA (238-MER)
L: RNA (5'-R(P*GP*CP*UP*U)-3')
I: Tyrosyl-tRNA synthetase
J: Tyrosyl-tRNA synthetase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)170,5514
ポリマ－170,5514
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6740 Å2
手法PISA
4
O: RNA (238-MER)
P: RNA (5'-R(P*GP*CP*UP*U)-3')
M: Tyrosyl-tRNA synthetase
N: Tyrosyl-tRNA synthetase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)170,5514
ポリマ－170,5514
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)231.063, 123.525, 235.231
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.260, 90.000
Int Tables number3
Space group name H-MP121

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要素

#1: RNA鎖
RNA (238-MER)


分子量: 79489.297 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus phage Twort (ファージ)
属: SPO1-like viruses / 遺伝子: orf142-I2 / 属 (発現宿主): SPO1-like viruses / 発現宿主: Staphylococcus phage Twort (ファージ)
#2: RNA鎖
RNA (5'-R(P*GP*CP*UP*U)-3')


分子量: 1217.762 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質
Tyrosyl-tRNA synthetase / Tyrosine-tRNA ligase / TyrRS


分子量: 44922.129 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Neurospora crassa (菌類) / 遺伝子: cyt-18 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P12063, tyrosine-tRNA ligase

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 75 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M cacodylate, 1.8 M ammonium sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1cacodylate11
2ammonium sulfate11
3cacodylate12
4ammonium sulfate12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月7日
放射モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.5→50 Å / Num. all: 79214 / Num. obs: 66194 / % possible obs: 82.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.094 / Χ2: 1.389 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 4.5→4.66 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.394 / Mean I/σ(I) obs: 1.86 / Num. unique all: 3375 / Χ2: 1.037 / % possible all: 42.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
CNS1.2精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
HKL-2000データ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 1Y42, 1Y0Q

1y42

1y0q


解像度: 4.5→47.88 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 7898242.5 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.249 3330 5 %RANDOM
Rwork0.235 ---
all-79214 --
obs-66048 83.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 202.284 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 211.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.54 Å20 Å2-0.31 Å2
2--12.64 Å20 Å2
3----5.1 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.71 Å0.66 Å
Luzzati d res low-50 Å
Luzzati sigma a0.71 Å0.65 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.5→47.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数23616 20720 0 0 44336
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d19.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.35
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.921.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.632
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.181.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it1.972
LS精密化 シェル解像度: 4.5→4.78 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.369 327 5 %
Rwork0.355 6167 -
all-6494 -
obs--49.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3dna-rna.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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