[日本語] English
万見
- PDB-4fwj: Native structure of LSD2/AOF1/KDM1b in spacegroup of I222 at 2.9A -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fwj
タイトルNative structure of LSD2/AOF1/KDM1b in spacegroup of I222 at 2.9A
要素Lysine-specific histone demethylase 1B
キーワードOXIDOREDUCTASE / lsd2 / fad / histone demethylase / C4H2C2 / CW / epigenetic
機能・相同性
機能・相同性情報


genomic imprinting / [histone H3]-N6,N6-dimethyl-L-lysine4 FAD-dependent demethylase / FAD-dependent H3K4me/H3K4me3 demethylase activity / histone demethylase activity / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / FAD binding / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / HDMs demethylate histones / nucleosome / UCH proteinases ...genomic imprinting / [histone H3]-N6,N6-dimethyl-L-lysine4 FAD-dependent demethylase / FAD-dependent H3K4me/H3K4me3 demethylase activity / histone demethylase activity / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / FAD binding / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / HDMs demethylate histones / nucleosome / UCH proteinases / histone binding / oxidoreductase activity / chromatin / DNA-templated transcription / nucleoplasm / zinc ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Zinc finger, CW-type / CW-type Zinc Finger / Zinc finger CW-type profile. / SWIRM domain / SWIRM domain / SWIRM domain profile. / : / Amine oxidase / Flavin containing amine oxidoreductase / Homeobox-like domain superfamily ...Zinc finger, CW-type / CW-type Zinc Finger / Zinc finger CW-type profile. / SWIRM domain / SWIRM domain / SWIRM domain profile. / : / Amine oxidase / Flavin containing amine oxidoreductase / Homeobox-like domain superfamily / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / : / PHOSPHATE ION / Lysine-specific histone demethylase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Zhang, Q. / Chen, Z.
引用ジャーナル: Cell Res. / 年: 2013
タイトル: Structure-function analysis reveals a novel mechanism for regulation of histone demethylase LSD2/AOF1/KDM1b
著者: Zhang, Q. / Qi, S. / Xu, M. / Yu, L. / Tao, Y. / Deng, Z. / Wu, W. / Li, J. / Chen, Z. / Wong, J.
履歴
登録2012年7月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月3日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Lysine-specific histone demethylase 1B
B: Lysine-specific histone demethylase 1B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)180,78012
ポリマ－178,6822
非ポリマー2,09810
水8,359464
1
A: Lysine-specific histone demethylase 1B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,3626
ポリマ－89,3411
非ポリマー1,0215
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Lysine-specific histone demethylase 1B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,4186
ポリマ－89,3411
非ポリマー1,0775
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3050 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area63380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)144.322, 170.933, 202.566
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Lysine-specific histone demethylase 1B / Flavin-containing amine oxidase domain-containing protein 1 / Lysine-specific histone demethylase 2


分子量: 89340.977 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 30-822 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LSD2 / プラスミド: pet-28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8NB78, 酸化還元酵素

-
非ポリマー , 5種, 474分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#4: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 464 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.82 %

-
データ収集

回折平均測定温度: 130 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BSRF / ビームライン: 1W2B
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. all: 55698 / Num. obs: 55566 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.113 / Rsym value: 0.093 / Net I/σ(I): 15.7
反射 シェル解像度: 2.9→2.95 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.443 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 2759 / Rsym value: 0.346 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHASES位相決定
REFMAC5.6.0116精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2HKO

2hko


解像度: 2.9→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 22.144 / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3 / σ(I): 3 / ESU R: 0.911 / ESU R Free: 0.314 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22233 2818 5.1 %RANDOM
Rwork0.18628 ---
all0.18813 55698 --
obs0.18813 52723 99.58 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 45.586 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.7 Å20 Å20 Å2
2---2.96 Å20 Å2
3---3.67 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11480 0 118 464 12062
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0211907
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2811.96416189
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.04351491
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.80723.911496
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.748151881
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.8541558
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.21768
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0219048
LS精密化 シェル解像度: 2.899→2.974 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.397 203 -
Rwork0.303 3559 -
obs-2818 97.69 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.2790.5143-0.64462.89250.05852.0647-0.17980.21750.0559-0.0430.1802-0.6613-0.10060.4135-0.00040.0396-0.0456-0.05450.1495-0.04240.3236-11.115837.806734.0202
21.5794-0.818-0.50573.93261.23051.7985-0.10060.0784-0.07250.06480.1075-0.28430.04050.1402-0.00690.0314-0.0163-0.01920.0551-0.04050.1147-20.625131.203738.6926
39.65844.31511.66711.93725.216714.1031-0.02260.9869-0.5834-0.08310.4997-0.2326-0.28191.156-0.4771.1702-0.01110.6741.1578-0.192.562-13.358311.003837.0055
41.17571.2924-0.31464.4652-0.44010.1805-0.0163-0.0070.0238-0.02660.0863-0.18970.0617-0.0251-0.06990.05380.006-0.05720.0431-0.0190.0969-31.079318.976236.4394
53.34690.3482-1.4368.85184.75983.36360.0949-0.69070.98331.14420.4783-0.16960.5080.5537-0.57320.79170.1079-0.02120.8013-0.09560.5744-45.920723.798851.9956
60.90860.33970.03311.2426-0.34770.46630.0099-0.12450.05020.15240.02850.05030.02320.0392-0.03840.1246-0.0131-0.06250.05720.00190.0642-46.70840.257547.2476
72.4105-0.98150.21092.0990.30272.29860.00360.18940.0076-0.2747-0.0870.021-0.0628-0.02080.08350.1821-0.0294-0.03240.1539-0.03260.0202-48.5087-18.603218.5036
81.0382-0.4003-0.10791.6534-0.0391.0547-0.01790.020.09560.06240.06840.2251-0.0083-0.1088-0.05040.0639-0.0227-0.02530.04750.0190.081-57.98813.654339.2947
90.6932-0.69730.72111.3545-0.38012.2775-0.0239-0.1094-0.16770.03850.0822-0.0383-0.1399-0.1874-0.05830.1150.0083-0.03590.10840.02940.1468-46.6507-23.661840.283
101.01090.1915-0.05910.42590.05850.12640.04610.02090.0588-0.063-0.04050.22050.0259-0.0345-0.00560.12540.0064-0.05560.0924-0.01030.1296-54.5405-6.727338.446
111.1701-1.6906-1.48982.47222.25064.4620.0610.0161-0.0502-0.05170.1422-0.0241.18690.9392-0.20330.65610.2948-0.03031.0496-0.23870.5905-21.122422.1518-3.0067
121.92580.20680.64942.12721.44344.6986-0.20430.07180.0793-0.20390.2193-0.3844-0.25251.3-0.0150.1581-0.08690.06820.48230.01020.108-24.408936.89040.5542
1321.5031-0.9363-5.20570.09390.17691.30871.70882.22261.4868-0.0084-0.8861-0.1016-0.6662-0.2677-0.82271.6694-0.23750.00531.80650.30380.8065-34.06445.003-18.9263
141.2998-0.52611.1351.28691.58216.90430.0049-0.0380.00280.066-0.0192-0.11990.3440.35020.01430.1331-0.03650.06370.17610.00580.0779-33.102834.27075.9568
1512.99616.4678-19.81853.3217-9.97730.34961.85121.49420.14911.3697-0.8086-0.1671-4.3392-1.6801-1.04260.77410.48260.46083.6852-0.13552.4812-29.304754.463415.7116
161.4235-1.1252-0.72832.05991.45051.0397-0.03730.08180.0976-0.21630.0445-0.033-0.19160.0652-0.00720.1342-0.0471-0.06050.08860.0040.0434-42.832941.151615.4995
174.09535.45439.26797.312.399821.0653-0.2889-0.23650.3496-0.2943-0.52960.5034-0.4668-0.7950.81850.6308-0.01610.05860.9184-0.00060.6763-61.558539.56057.7603
181.38180.63260.35191.3670.3461.0217-0.0435-0.01440.2391-0.0676-0.08280.1969-0.0487-0.11220.12620.04630.0409-0.07370.0493-0.05360.154-61.205251.967538.0696
191.3473-0.4711.00842.96161.44593.554-0.2971-0.24580.6566-0.2125-0.09890.3014-0.2465-0.12940.3960.12090.0973-0.23990.0831-0.18530.5547-61.546172.111142.4462
201.30650.98970.78051.10470.14361.0342-0.0653-0.10210.3294-0.0531-0.03910.3363-0.0381-0.12340.10450.02990.0285-0.07940.059-0.06690.2521-65.555654.357437.3566
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A48 - 170
2X-RAY DIFFRACTION2A171 - 233
3X-RAY DIFFRACTION3A234 - 264
4X-RAY DIFFRACTION4A265 - 367
5X-RAY DIFFRACTION5A368 - 384
6X-RAY DIFFRACTION6A385 - 462
7X-RAY DIFFRACTION7A463 - 547
8X-RAY DIFFRACTION8A548 - 662
9X-RAY DIFFRACTION9A663 - 723
10X-RAY DIFFRACTION10A724 - 822
11X-RAY DIFFRACTION11B51 - 89
12X-RAY DIFFRACTION12B90 - 170
13X-RAY DIFFRACTION13B171 - 183
14X-RAY DIFFRACTION14B184 - 233
15X-RAY DIFFRACTION15B234 - 265
16X-RAY DIFFRACTION16B266 - 367
17X-RAY DIFFRACTION17B368 - 383
18X-RAY DIFFRACTION18B384 - 661
19X-RAY DIFFRACTION19B662 - 723
20X-RAY DIFFRACTION20B724 - 822

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る