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- SASDCQ7: Truncated monomeric Cytohesin-3 (Grp1; amino acids 63-399) E161A ... -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDCQ7
試料Truncated monomeric Cytohesin-3 (Grp1; amino acids 63-399) E161A Arf6 Q67L fusion protein
  • Grp1 63-399 E161A Arf6 Q67L fusion protein (protein), Mus musculus
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
引用ジャーナル: Structure / 年: 2018
タイトル: Structural Dynamics Control Allosteric Activation of Cytohesin Family Arf GTPase Exchange Factors.
著者: Andrew W Malaby / Sanchaita Das / Srinivas Chakravarthy / Thomas C Irving / Osman Bilsel / David G Lambright /
要旨: Membrane dynamic processes including vesicle biogenesis depend on Arf guanosine triphosphatase (GTPase) activation by guanine nucleotide exchange factors (GEFs) containing a catalytic Sec7 domain and ...Membrane dynamic processes including vesicle biogenesis depend on Arf guanosine triphosphatase (GTPase) activation by guanine nucleotide exchange factors (GEFs) containing a catalytic Sec7 domain and a membrane-targeting module such as a pleckstrin homology (PH) domain. The catalytic output of cytohesin family Arf GEFs is controlled by autoinhibitory interactions that impede accessibility of the exchange site in the Sec7 domain. These restraints can be relieved through activator Arf-GTP binding to an allosteric site comprising the PH domain and proximal autoinhibitory elements (Sec7-PH linker and C-terminal helix). Small-angle X-ray scattering and negative-stain electron microscopy were used to investigate the structural organization and conformational dynamics of cytohesin-3 (Grp1) in autoinhibited and active states. The results support a model in which hinge dynamics in the autoinhibited state expose the activator site for Arf-GTP binding, while subsequent C-terminal helix unlatching and repositioning unleash conformational entropy in the Sec7-PH linker to drive exposure of the exchange site.
登録者
  • David Lambright (UMASS Medical School)

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #1568
タイプ: mix / ソフトウェア: (CORAL05) / 対称性: P1
コメント: Sec7 domain derived from 2R09; MSE converted to MET; PH domain and Arf6 derived from 2KAX
カイ2乗値: 1.53 / P-value: 0.000460
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モデル #1569
タイプ: mix / ソフトウェア: (2.0) / 対称性: P1
コメント: Sec7 domain derived from 2R09; MSE converted to MET; PH domain and Arf6 derived from 2KAX
カイ2乗値: 1.671849 / P-value: 0.003900
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モデル #1570
タイプ: mix / ソフトウェア: (2.0) / 対称性: P1
コメント: Sec7 domain derived from 2R09; MSE converted to MET; PH domain and Arf6 derived from 2KAX
カイ2乗値: 1.671849 / P-value: 0.003900
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モデル #1571
タイプ: atomic / ソフトウェア: (MultiFoXS) / ダミー原子の半径: 1.90 A / 対称性: P1
コメント: Sec7 domain derived from 2R09; MSE converted to MET; PH domain and Arf6 derived from 2KAX
カイ2乗値: 1.6217358661 / P-value: 0.000465
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モデル #1572
タイプ: atomic / ソフトウェア: (MultiFoXS) / ダミー原子の半径: 1.90 A / 対称性: P1
コメント: Sec7 domain derived from 2R09; MSE converted to MET; PH domain and Arf6 derived from 2KAX
カイ2乗値: 1.6217358661 / P-value: 0.000465
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試料

試料名称: Truncated monomeric Cytohesin-3 (Grp1; amino acids 63-399) E161A Arf6 Q67L fusion protein
試料濃度: 2.3 mg/ml
バッファ名称: 20 mM Tris, 150 mM NaCl, 2 mM MgCl2, 0.1% 2-mercaptoethanol, 5% glycerol, 0.001 mM insitol 1,3,4,5-tetrakis phosphate
pH: 8
要素 #799タイプ: protein / 記述: Grp1 63-399 E161A Arf6 Q67L fusion protein / 分子量: 60.146 / 分子数: 1 / 由来: Mus musculus
配列: MGHHHHHHGS TTQRNAQIAM GRKKFNMDPK KGIQFLIEND LLQSSPEDVA QFLYKGEGLN KTVIGDYLGE RDDFNIKVLQ AFVELHEFAD LNLVQALRQF LWSFRLPGEA QKIDRMMEAF ASRYCLCNPG VFQSTDTCYV LSFAIIMLNT SLHNHNVRDK PTAERFITMN ...配列:
MGHHHHHHGS TTQRNAQIAM GRKKFNMDPK KGIQFLIEND LLQSSPEDVA QFLYKGEGLN KTVIGDYLGE RDDFNIKVLQ AFVELHEFAD LNLVQALRQF LWSFRLPGEA QKIDRMMEAF ASRYCLCNPG VFQSTDTCYV LSFAIIMLNT SLHNHNVRDK PTAERFITMN RGINEGGDLP EELLRNLYES IKNEPFKIPE DDGNDLTHTF FNPDREGWLL KLGGRVKTWK RRWFILTDNC LYYFEYTTDK EPRGIIPLEN LSIREVEDPR KPNCFELYNP SHKGQVIKAC KTEADGRVVE GNHVVYRISA PSPEEKEEWM KSIKASISRD PFYDMLATRK RRIANKKGKV LSKIFGNKEM RILMLGLDAA GKTTILYKLK LGQSVTTIPT VGFNVETVTY KNVKFNVWDV GGLDKIRPLW RHYYTGTQGL IFVVDCADRD RIDEARQELH RIINDREMRD AIILIFANKQ DLPDAMKPHE IQEKLGLTRI RDRNWYVQPS CATSGDGLYE GLTWLTSNYN

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実験情報

ビーム設備名称: Advanced Photon Source (APS) BioCAT 18ID / 地域: Argonne, IL / 国: USA / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.10332 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 2.5 mm
検出器名称: MAR 165 CCD
スキャン
タイトル: Truncated monomeric Cytohesin-3 (Grp1; amino acids 63-399) E161A Arf6 Q67L fusion protein
測定日: 2013年11月15日 / セル温度: 20 °C / 照射時間: 1 sec. / フレーム数: 1 / 単位: 1/A /
MinMax
Q0.0069 0.3162
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 76 /
MinMax
Q0.00688375 0.316224
P(R) point1 76
R0 116
結果
カーブのタイプ: other /
実験値Porod
分子量57.5 kDa57.5 kDa
体積-86.2 nm3

P(R)P(R) errorGuinierGuinier error
前方散乱 I01.01 0.001 1.01 0.0008
慣性半径, Rg 3.13 nm0.007 3.14 nm0.01

MinMaxError
D-11.6 0.1
Guinier point1 31 -

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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