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万見
- PDB-9qzc: Proximal A-C linker of Tetrahymena centriole, one repeating unit -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9qzc
タイトルProximal A-C linker of Tetrahymena centriole, one repeating unit
要素
  • (Unknown Protein ...) x 9
  • Centrosomal protein, putative
  • POC1 centriolar protein homolog
  • Rab-GAP TBC domain-containing protein
  • SWIM-type domain-containing protein
  • TBC1 domain family member 31
  • WD repeat WRAP73-like protein, putative
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / centriole / basal body / centrosome
機能・相同性
機能・相同性情報


MWP complex / cell projection organization / centrosome cycle / microtubule organizing center / cilium assembly / centriole / centriolar satellite / ciliary basal body / centrosome / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / : / Rab-GTPase-TBC domain / Rab-GTPase-TBC domain superfamily / Rab-GTPase-TBC domain / TBC/rab GAP domain profile. / : / WD domain, G-beta repeat / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site ...: / : / Rab-GTPase-TBC domain / Rab-GTPase-TBC domain superfamily / Rab-GTPase-TBC domain / TBC/rab GAP domain profile. / : / WD domain, G-beta repeat / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
SWIM-type domain-containing protein / WD repeat WRAP73-like protein, putative / POC1 centriolar protein homolog / TBC1 domain family member 31 / Rab-GAP TBC domain-containing protein / Centrosomal protein, putative
類似検索 - 構成要素
生物種Tetrahymena thermophila (真核生物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Cai, B. / Xu, J.W. / Luo, L. / Aarts, E. / Leitner, A. / Ishikawa, T. / Beltro, P. / Pilhofer, M. / Wieczorek, M.
資金援助 スイス, 3件
組織認可番号国
ETH ZurichETH-22 22-1 スイス
Swiss National Science Foundation320030-231677 スイス
Swiss National Science FoundationIZLIZ3 200294 スイス
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure and assembly of the A-C linker connecting microtubule triplets in centrioles
著者: Cai, B. / Xu, J. / Aarts, E. / Luo, L. / Leitner, A. / Ishikawa, T. / Beltro, P. / Pilhofer, M. / Wieczorek, M.
履歴
登録2025年4月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年9月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年9月17日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年9月17日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年9月17日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
i: WD repeat WRAP73-like protein, putative
q: Centrosomal protein, putative
y: Centrosomal protein, putative
7: Rab-GAP TBC domain-containing protein
AE: TBC1 domain family member 31
AM: POC1 centriolar protein homolog
AU: TBC1 domain family member 31
Ac: Unknown Protein Chain
As: Unknown Protein Chain
Az: SWIM-type domain-containing protein
A7: SWIM-type domain-containing protein
Bw: Unknown Protein Chain
B4: Unknown Protein Chain
CA: Unknown Protein Chain
CH: Unknown Protein Chain
CO: Unknown Protein Chain
CV: Unknown Protein Chain
Cc: Unknown Protein Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)757,56318
ポリマ－757,56318
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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タンパク質 , 6種, 9分子 iqy7AEAUAMAzA7

#1: タンパク質 WD repeat WRAP73-like protein, putative


分子量: 51977.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 参照: UniProt: I7MIG5
#2: タンパク質 Centrosomal protein, putative


分子量: 44594.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 参照: UniProt: Q24GZ2
#3: タンパク質 Rab-GAP TBC domain-containing protein


分子量: 110098.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 参照: UniProt: Q23K58
#4: タンパク質 TBC1 domain family member 31


分子量: 141643.859 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 参照: UniProt: Q23AD1
#5: タンパク質 POC1 centriolar protein homolog


分子量: 71408.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 参照: UniProt: Q229Z6
#8: タンパク質 SWIM-type domain-containing protein


分子量: 26274.373 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 参照: UniProt: I7LY02

-
Unknown Protein ... , 9種, 9分子 AcAsBwB4CACHCOCVCc

#6: タンパク質・ペプチド Unknown Protein Chain


分子量: 2741.370 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物)
#7: タンパク質 Unknown Protein Chain


分子量: 13039.064 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物)
#9: タンパク質 Unknown Protein Chain


分子量: 12868.854 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物)
#10: タンパク質 Unknown Protein Chain


分子量: 13975.214 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物)
#11: タンパク質 Unknown Protein Chain


分子量: 14230.525 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物)
#12: タンパク質 Unknown Protein Chain


分子量: 13719.902 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物)
#13: タンパク質 Unknown Protein Chain


分子量: 8954.028 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物)
#14: タンパク質 Unknown Protein Chain


分子量: 10826.337 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物)
#15: タンパク質 Unknown Protein Chain


分子量: 8698.714 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物)

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詳細

Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: proximal A-C linker of Tetrahymena thermophila basal body centriole
タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 35 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1RELION粒子像選択
13RELION３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 155485 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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