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万見
- EMDB-54244: Cryo-tomogram of isolated oral apparatus from Tetrahymena cells -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-54244
タイトルCryo-tomogram of isolated oral apparatus from Tetrahymena cells
マップデータ
試料
  • 細胞器官・細胞要素: isolated oral apparatus from Tetrahymena thermophila
キーワードcentriole / basal body / centrosomes / STRUCTURAL PROTEIN
生物種Tetrahymena thermophila (真核生物)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Cai B / Xu J / Luo L / Aarts E / Leitner A / Ishikawa T / Beltro P / Pilhofer M / Wieczorek M
資金援助 スイス, 3件
OrganizationGrant number国
ETH ZurichETH-22 22-1 スイス
Swiss National Science Foundation320030-231677 スイス
Swiss National Science FoundationIZLIZ3 200294 スイス
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2025
タイトル: Structure and assembly of the A-C linker connecting microtubule triplets in centrioles.
著者: Bin Cai / Jingwei Xu / Erik H Collet / Ellen Aarts / Leo Luo / Alexander Leitner / Takashi Ishikawa / Pedro Beltrao / Chad G Pearson / Martin Pilhofer / Michal Wieczorek /
要旨: Centriole assembly involves the coordination of centriolar modules. One module is the A-C linker, an enigmatic protein assembly connecting the A-microtubule of one microtubule triplet to the C- ...Centriole assembly involves the coordination of centriolar modules. One module is the A-C linker, an enigmatic protein assembly connecting the A-microtubule of one microtubule triplet to the C-microtubule of the neighboring triplet. Here, we integrated biochemistry, multiscale cryo-electron microscopy, and AlphaFold modeling to investigate the architecture of the centriole. Using an improved centriole isolation method, we determined the structure of the A-C linker bound to microtubule triplets, which revealed how the A-C linker cross-links microtubules and integrates with the B-C junction. We found marked changes in the structure and composition of the A-C linker that correlate with the presence of other centriolar modules, including the pinhead, cartwheel, and inner scaffold. Our findings show that the A-C linker is a highly integrated component of the centriole whose polymorphism may orchestrate the assembly of spatially distinct centriolar modules, and provide a framework for dissecting the biology of centrioles.
履歴
登録2025年7月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年9月17日-
マップ公開2025年9月17日-
更新2025年11月5日-
現状2025年11月5日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_54244.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_54244.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 749.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED INTEGER (2 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
8.3 Å/pix.
x 600 pix.
= 4982.4 Å		8.3 Å/pix.
x 960 pix.
= 7971.84 Å		8.3 Å/pix.
x 682 pix.
= 5663.328 Å

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 8.304 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
最小 - 最大-104.0 - 103.0
平均 (標準偏差)0.8250332 (±4.5527015)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-139139-300
サイズ960682600
Spacing682960600
セルA: 5663.328 Å / B: 7971.84 Å / C: 4982.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : isolated oral apparatus from Tetrahymena thermophila

全体名称: isolated oral apparatus from Tetrahymena thermophila
要素
  • 細胞器官・細胞要素: isolated oral apparatus from Tetrahymena thermophila

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超分子 #1: isolated oral apparatus from Tetrahymena thermophila

超分子名称: isolated oral apparatus from Tetrahymena thermophila
タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE
切片作成その他: NO SECTIONING
位置合わせマーカーManufacturer: Cytodiagnostics / 直径: 10 nm

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOCONTINUUM (6k x 4k)
平均電子線量: 130.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成ソフトウェア - 名称: IMOD / 使用した粒子像数: 41
CTF補正タイプ: NONE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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