EMDB-54239: Cryo sub-tomogram average of A-C linker from isolated Tetrahymena...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-54239

タイトル

Cryo sub-tomogram average of A-C linker from isolated Tetrahymena centrioles (Class01)

マップデータ

試料

複合体: isolated centrioles from Tetrahymena thermophile

キーワード

centriole / basal body / centrosome / STRUCTURAL PROTEIN

生物種

Tetrahymena thermophila (真核生物)

手法

サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.3 Å

データ登録者

Cai B / Xu JW / Luo L / Aarts E / Leitner A / Ishikawa T / Beltro P / Pilhofer M / Wieczorek M

資金援助

スイス, 3件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure and assembly of the A-C linker connecting microtubule triplets in centrioles
著者: Cai B / Xu JW / Luo L / Aarts E / Leitner A / Ishikawa T / Beltro P / Pilhofer M / Wieczorek M

履歴

登録	2025年7月2日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2025年9月17日	-
マップ公開	2025年9月17日	-
更新	2025年9月17日	-
現状	2025年9月17日	処理サイト: PDBe / 状態: 公開

添付画像	emd_54239.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_54239.map.gz	2.3 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-54239-v30.xml emd-54239.xml	14.3 KB 14.3 KB	表示表示	EMDBヘッダ
画像	emd_54239.png	72.5 KB
マスクデータ	emd_54239_msk_1.map	15.6 MB		マスクマップ
Filedesc metadata	emd-54239.cif.gz	4.1 KB
その他	emd_54239_half_map_1.map.gz emd_54239_half_map_2.map.gz	12 MB 12 MB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-54239 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-54239	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_54239_validation.pdf.gz	1 MB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_54239_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	emd_54239_validation.xml.gz	9.5 KB	表示
CIF形式データ	emd_54239_validation.cif.gz	11.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-54239 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-54239	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	53467C 53471C 53975C 53977C 53978C 53979C 53980C 53981C 53982C 53983C 53984C 53985C 53986C 53987C 54008C 54049C 54240C 54241C 54242C 54243C 54244C 9qzcC 9qzfC C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_54239.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	2.68 Å/pix. x 160 pix. = 428.48 Å	2.68 Å/pix. x 160 pix. = 428.48 Å	2.68 Å/pix. x 160 pix. = 428.48 Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 2.678 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 0.25
最小 - 最大	-0.81843156 - 2.0105333
平均 (標準偏差)	0.013984178 (±0.09324045)

対称性

空間群: 1

詳細

-
マスク #1

ファイル

emd_54239_msk_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイル

emd_54239_half_map_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイル

emd_54239_half_map_2.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
全体 : isolated centrioles from Tetrahymena thermophile

全体	名称: isolated centrioles from Tetrahymena thermophile
要素	複合体: isolated centrioles from Tetrahymena thermophile

-
超分子 #1: isolated centrioles from Tetrahymena thermophile

超分子	名称: isolated centrioles from Tetrahymena thermophile / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)	生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物)

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	サブトモグラム平均法
試料の集合状態	filament

-
試料調製

緩衝液	pH: 7
凍結	凍結剤: ETHANE-PROPANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	TFS KRIOS
撮影	フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOCONTINUUM (6k x 4k) 平均電子線量: 3.17 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 3.0 µm
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

最終再構成	想定した対称性 - 点群: C₁ (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア: (名称: M, RELION) / 使用したサブトモグラム数: 4656
抽出	トモグラム数: 175 / 使用した粒子像数: 42510 / ソフトウェア - 名称: Warp
CTF補正	タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
最終角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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