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万見
- PDB-9mgb: scFv antibody CL33 bound to R-phycoerythrin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9mgb
タイトルscFv antibody CL33 bound to R-phycoerythrin
要素
  • CL33 scFv
  • R-phycoerythrin alpha chain
  • R-phycoerythrin beta chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Phycoerythrin / antibody / scFv / immunity
機能・相同性PHYCOERYTHROBILIN / PHYCOUROBILIN
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Neopyropia tenera (真核生物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Rashleigh, L. / Gully, B.S.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
Australian Research Council (ARC)DP230102073 オーストラリア
引用ジャーナル: Structure / 年: 2025
タイトル: Antibody-like recognition of a γδ T cell receptor toward a foreign antigen.
著者: Liam Rashleigh / Hariprasad Venugopal / Michael T Rice / Sachith D Gunasinghe / Chhon Ling Sok / Nicholas A Gherardin / Catarina F Almeida / Ildiko Van Rhijn / D Branch Moody / Dale I Godfrey ...著者: Liam Rashleigh / Hariprasad Venugopal / Michael T Rice / Sachith D Gunasinghe / Chhon Ling Sok / Nicholas A Gherardin / Catarina F Almeida / Ildiko Van Rhijn / D Branch Moody / Dale I Godfrey / Jamie Rossjohn / Benjamin S Gully /
要旨: The antigen recognition principles of B cells and αβ T cells have been well described compared to those of the γδ T cell. By way of their specificity conferring receptor (γδTCR), γδ T cells ...The antigen recognition principles of B cells and αβ T cells have been well described compared to those of the γδ T cell. By way of their specificity conferring receptor (γδTCR), γδ T cells can directly bind proteinaceous antigens. A known γδ T cell and B cell model antigen is phycoerythrin (PE), a light harvesting protein from rhodophytes and cyanobacteria. Here we probed human γδTCR reactivity to PE, in which a Vδ1Vγ5 TCR bound directly to induce proximal signaling and cellular activation. We determined the cryoelectron microscopy (cryo-EM) structure of the γδTCR-phycoerythrin immune complex. We then determined the cryo-EM structures of an antibody fragment and an αβTCR bound to PE. This revealed convergent use of apical aromatic residues to mediate contacts with a common PE epitope. Comparative analyses of the γδTCR revealed multiple antibody-like characteristics, including an enrichment of apical aromatic residues. Our findings reveal further distinct facets of antigen recognition by the γδTCR.
履歴
登録2024年12月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年8月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年8月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _em_admin.last_update
改定 1.22025年10月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: R-phycoerythrin alpha chain
B: R-phycoerythrin beta chain
C: R-phycoerythrin alpha chain
D: R-phycoerythrin beta chain
F: R-phycoerythrin alpha chain
G: R-phycoerythrin beta chain
I: R-phycoerythrin alpha chain
J: R-phycoerythrin beta chain
L: R-phycoerythrin alpha chain
M: R-phycoerythrin beta chain
O: R-phycoerythrin alpha chain
Q: R-phycoerythrin beta chain
a: CL33 scFv
c: CL33 scFv
e: CL33 scFv
g: CL33 scFv
i: CL33 scFv
k: CL33 scFv
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)399,96948
ポリマ－382,29618
非ポリマー17,67330
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
R-phycoerythrin alpha chain


分子量: 17707.906 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neopyropia tenera (真核生物)
#2: タンパク質
R-phycoerythrin beta chain


分子量: 18398.875 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neopyropia tenera (真核生物)
#3: 抗体
CL33 scFv


分子量: 27609.285 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: 化合物...
ChemComp-PEB / PHYCOERYTHROBILIN


分子量: 588.694 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H40N4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-PUB / PHYCOUROBILIN


分子量: 590.710 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H42N4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1R-phycoerythrin bound by CL33 scFvCOMPLEX#1-#30MULTIPLE SOURCES
2R-phycoerythrinCOMPLEX#1-#21NATURAL
3CL33 scFVCOMPLEX#31RECOMBINANT
分子量
IDEntity assembly-ID実験値
11NO
22
33
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
32Neopyropia tenera (真核生物)2785
43Mus musculus (ハツカネズミ)10090
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 8.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.21.1_5286: / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 274000 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00327384
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.53237240
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d7.945212
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0374062
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0034774

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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