PDB-9mgb: scFv antibody CL33 bound to R-phycoerythrin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9mgb

タイトル

scFv antibody CL33 bound to R-phycoerythrin

要素

CL33 scFv
R-phycoerythrin alpha chain
R-phycoerythrin beta chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Phycoerythrin / antibody / scFv / immunity

機能・相同性

PHYCOERYTHROBILIN / PHYCOUROBILIN

機能・相同性情報

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

Neopyropia tenera (真核生物)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Rashleigh, L. / Gully, B.S.

資金援助

オーストラリア, 1件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2025
タイトル: Antibody-like recognition of a gamma delta T cell receptor toward a foreign antigen
著者: Rashleigh, L. / Venugopal, H. / Rice, M.T. / Gunasinghe, S.D. / Sok, C.L. / Gherardin, N.A. / Almeida, C.F. / Van Rhijn, I. / Moody, D.B. / Godfrey, D.I. / Rossjohn, J. / Gully, B.S.

履歴

登録	2024年12月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年8月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9mgb.cif.gz	639.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9mgb.ent.gz	538.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9mgb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9mgb_validation.pdf.gz	3.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9mgb_full_validation.pdf.gz	3.5 MB	表示
XML形式データ	9mgb_validation.xml.gz	117.4 KB	表示
CIF形式データ	9mgb_validation.cif.gz	163.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mg/9mgb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mg/9mgb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	48248MC 48332C 70139C 70155C 70156C 70157C 9mkoC 9o60C 9o61C 9o62C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: R-phycoerythrin alpha chain

B: R-phycoerythrin beta chain

C: R-phycoerythrin alpha chain

D: R-phycoerythrin beta chain

F: R-phycoerythrin alpha chain

G: R-phycoerythrin beta chain

I: R-phycoerythrin alpha chain

J: R-phycoerythrin beta chain

L: R-phycoerythrin alpha chain

M: R-phycoerythrin beta chain

O: R-phycoerythrin alpha chain

Q: R-phycoerythrin beta chain

a: CL33 scFv

c: CL33 scFv

e: CL33 scFv

g: CL33 scFv

i: CL33 scFv

k: CL33 scFv

ヘテロ分子

400 kDa, 18 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

#1: タンパク質	R-phycoerythrin alpha chain 分子量: 17707.906 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neopyropia tenera (真核生物)
#2: タンパク質	R-phycoerythrin beta chain 分子量: 18398.875 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neopyropia tenera (真核生物)
#3: 抗体	CL33 scFv 分子量: 27609.285 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: 化合物	... ChemComp-PEB / PHYCOERYTHROBILIN 分子量: 588.694 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₃H₄₀N₄O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-PUB / PHYCOUROBILIN 分子量: 590.710 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₃H₄₂N₄O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素

ID	名称	タイプ	Entity ID	Parent-ID	由来
1	R-phycoerythrin bound by CL33 scFv	COMPLEX	#1-#3	0	MULTIPLE SOURCES
2	R-phycoerythrin	COMPLEX	#1-#2	1	NATURAL
3	CL33 scFV	COMPLEX	#3	1	RECOMBINANT

分子量

ID	Entity assembly-ID	実験値
1	1	NO
2	2
3	3

由来(天然)

ID	Entity assembly-ID	生物種	Ncbi tax-ID
3	2	Neopyropia tenera (真核生物)	2785
4	3	Mus musculus (ハツカネズミ)	10090

由来(組換発現)

生物種:

Escherichia coli (大腸菌)

緩衝液

pH: 8.5

試料

包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES

急速凍結

凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影	電子線照射量: 50 e/Å² フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: 1.21.1_5286: / カテゴリ: モデル精密化

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

3次元再構成

解像度: 2.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 274000 / 対称性のタイプ: POINT

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.003	27384
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	0.532	37240
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	7.94	5212
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.037	4062
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.003	4774

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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