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万見
- PDB-9o62: 1C5H TCR bound to R-phycoerythrin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9o62
タイトル1C5H TCR bound to R-phycoerythrin
要素
  • (R-phycoerythrin class I ...) x 2
  • 1C5H TCR delta chain
  • TCR gamma chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / T-cell / gamma delta TCR / phycoerythrin / direct
機能・相同性
機能・相同性情報


phycobilisome / chloroplast thylakoid membrane / photosynthesis
類似検索 - 分子機能
Phycobilisome, alpha/beta subunit / Phycobilisome, alpha/beta subunit superfamily / Phycobilisome protein / Globin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PHYCOERYTHROBILIN / PHYCOUROBILIN / R-phycoerythrin class I beta subunit / R-phycoerythrin class I alpha subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Pyropia tenera (真核生物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.03 Å
データ登録者Rashleigh, L. / Venugopal, H. / Rossjohn, J. / Gully, B.S.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
Australian Research Council (ARC)DP230102073 オーストラリア
引用ジャーナル: Structure / 年: 2025
タイトル: Antibody-like recognition of a gamma delta T cell receptor toward a foreign antigen
著者: Rashleigh, L. / Venugopal, H. / Rice, M.T. / Gunasinghe, S.D. / Sok, C.L. / Gherardin, N.A. / Almeida, C.F. / Van Rhijn, I. / Moody, D.B. / Godfrey, D.I. / Rossjohn, J. / Gully, B.S.
履歴
登録2025年4月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年8月6日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: R-phycoerythrin class I alpha subunit
B: R-phycoerythrin class I beta subunit
C: R-phycoerythrin class I alpha subunit
D: R-phycoerythrin class I beta subunit
E: R-phycoerythrin class I alpha subunit
F: R-phycoerythrin class I beta subunit
G: R-phycoerythrin class I alpha subunit
H: R-phycoerythrin class I beta subunit
I: R-phycoerythrin class I alpha subunit
J: R-phycoerythrin class I beta subunit
K: R-phycoerythrin class I alpha subunit
L: R-phycoerythrin class I beta subunit
a: 1C5H TCR delta chain
b: TCR gamma chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)287,84344
ポリマ－270,17014
非ポリマー17,67330
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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R-phycoerythrin class I ... , 2種, 12分子 ACEGIKBDFHJL

#1: タンパク質
R-phycoerythrin class I alpha subunit


分子量: 17707.906 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyropia tenera (真核生物) / 参照: UniProt: A0A1C9C9A7
#2: タンパク質
R-phycoerythrin class I beta subunit


分子量: 18336.850 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyropia tenera (真核生物) / 参照: UniProt: A0A1C9C989

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タンパク質 , 2種, 2分子 ab

#3: タンパク質 1C5H TCR delta chain


分子量: 26886.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: タンパク質 TCR gamma chain


分子量: 27014.568 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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非ポリマー , 2種, 30分子

#5: 化合物...
ChemComp-PEB / PHYCOERYTHROBILIN


分子量: 588.694 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H40N4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物
ChemComp-PUB / PHYCOUROBILIN


分子量: 590.710 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H42N4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
11C5H TCR bound to R-phycoerythrinCOMPLEX#1-#40RECOMBINANT
2R-phycoerythrinCOMPLEX#1-#21NATURAL
31C5H TCRCOMPLEX#3-#41RECOMBINANT
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Homo sapiens (ヒト)9606
32Ceramium secundatum (真核生物)193556
43Homo sapiens (ヒト)9606
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Homo sapiens (ヒト)9606
32Homo sapiens (ヒト)9606
43Homo sapiens (ヒト)9606
緩衝液pH: 8.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 400 nm
撮影電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.21.1_5286: / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.03 Å / 解像度の算出法: OTHER / 粒子像の数: 45513 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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