PDB-9j25: Structural basis of the bifunctionality of M. salinexigens ZYF650...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9j25

タイトル

Structural basis of the bifunctionality of M. salinexigens ZYF650T glucosylglycerol phosphorylase in glucosylglycerol catabolism

要素

Sucrose phosphorylase

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / Glucosylglycerol / phosphorylase-GH13_18 / structure-double displacement mechanism

機能・相同性

機能・相同性情報

sucrose phosphorylase / sucrose phosphorylase activity / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Marinobacter salinexigens (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.74 Å

データ登録者

Lu, D. / Ma, H.L.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2025
タイトル: Structural basis of the bifunctionality of Marinobacter salinexigens ZYF650 glucosylglycerol phosphorylase in glucosylglycerol catabolism.
著者: Di Lu / Keke Zhang / Chen Cheng / Danni Wu / Lei Yin / Quan Luo / Meiyun Shi / Honglei Ma / Xuefeng Lu /

要旨: 2-O-α-Glucosylglycerol (GG) is a natural heteroside synthesized by many cyanobacteria and a few heterotrophic bacteria under salt stress conditions. Bacteria produce GG in response to stimuli and ...

履歴

登録	2024年8月6日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年9月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9j25.cif.gz	536.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9j25.ent.gz	447.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9j25.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9j25_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9j25_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	9j25_validation.xml.gz	55.8 KB	表示
CIF形式データ	9j25_validation.cif.gz	73 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j2/9j25 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j2/9j25	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	61086C 9j1uC 9j22C 9j24C 7xdqS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (3) #138 - 2011年6月グルカン分解酵素 (Glucansucrase) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Sucrose phosphorylase

B: Sucrose phosphorylase

C: Sucrose phosphorylase

ヘテロ分子

165 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Sucrose phosphorylase

B: Sucrose phosphorylase

C: Sucrose phosphorylase

ヘテロ分子

A: Sucrose phosphorylase

B: Sucrose phosphorylase

C: Sucrose phosphorylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
331 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	107.244, 176.117, 177.369
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-603- HOH
2	1	B-641- HOH

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質	Sucrose phosphorylase / Glucosylglycerol phosphorylase 分子量: 54903.852 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Marinobacter salinexigens (バクテリア) 遺伝子: gtfA, FWJ25_14990 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A5B0VBK8, sucrose phosphorylase

-
非ポリマー , 5種, 169分子

#2: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER 分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#3: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER 分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION 分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 162 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.62 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 1.8 M Ammonium sulfate, 0.1 M BIS-TRIS pH 6.5, 2% Polyethylene glycol monomethyl ether 550

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.987 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年12月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.74→50 Å / Num. obs: 44128 / % possible obs: 90.47 % / 冗長度: 12.3 % / R split: 0.055 / R_rim(I) all: 0.196 / Net I/σ(I): 8.4
反射シェル	解像度: 2.75→2.8 Å / Num. unique obs: 2165 / R_pim(I) all: 0.348

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.17.1_3660: ???)	精密化
HKL-3000	7.21	データ削減
HKL-3000	7.21	データスケーリング
PHASER	2.7.0	位相決定
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7XDQ

7xdq

解像度: 2.74→49.09 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.09 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2597	1911	4.78 %
R_work	0.2222	-	-
obs	0.224	40013	90.47 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.74→49.09 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10622	0	30	162	10814

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	10925
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.057	14845
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.197	1443
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.057	1612
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1923

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.74-2.81	0.3152	78	0.2589	1620	X-RAY DIFFRACTION	54
2.81-2.89	0.3418	113	0.273	1951	X-RAY DIFFRACTION	66
2.89-2.97	0.3422	129	0.2717	2312	X-RAY DIFFRACTION	78
2.97-3.07	0.2931	105	0.2775	2595	X-RAY DIFFRACTION	87
3.07-3.18	0.3372	163	0.2739	2793	X-RAY DIFFRACTION	95
3.18-3.31	0.3258	138	0.261	2969	X-RAY DIFFRACTION	99
3.31-3.46	0.2903	130	0.2548	3003	X-RAY DIFFRACTION	99
3.46-3.64	0.2845	137	0.2679	2899	X-RAY DIFFRACTION	97
3.64-3.87	0.3745	124	0.3112	2904	X-RAY DIFFRACTION	96
3.87-4.17	0.2582	184	0.2295	2864	X-RAY DIFFRACTION	96
4.17-4.59	0.1958	166	0.1614	2981	X-RAY DIFFRACTION	100
4.59-5.25	0.205	154	0.1578	3033	X-RAY DIFFRACTION	100
5.25-6.61	0.2328	158	0.1815	3057	X-RAY DIFFRACTION	100
6.61-49.09	0.1854	132	0.1791	3121	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0726	0.1369	0.0313	0.3081	0.2635	1.4288	-0.0602	-0.2151	0.0958	0.0681	-0.0621	0.0781	-0.3953	-0.3054	0.0597	0.3961	0.1199	-0.0484	0.2525	-0.0236	0.3202	-9.0716	-2.1645	-22.006
2	1.8043	-0.3639	0.2935	1.8936	0.5227	2.469	-0.143	-0.1264	-0.0579	0.0713	0.1006	0.0941	-0.0885	0.1416	0.0575	0.3372	-0.031	-0.0433	0.2023	0.0142	0.3181	15.6945	-7.2129	-29.0638
3	1.2236	0.5738	-0.5651	1.2548	-0.6247	1.6914	0.1914	-0.1082	0.2442	0.1311	-0.1759	-0.2202	0.1632	0.6906	0.0644	0.2534	0.2176	-0.0733	0.6864	-0.0565	0.4314	38.8445	-49.8963	-20.3418
4	0.8551	0.1026	0.0456	1.2018	-0.2223	0.7853	0.0351	-0.0252	0.2553	0.1453	-0.1838	-0.1998	-0.0917	0.664	0.0878	0.1892	0.085	-0.0589	0.7524	-0.0165	0.3855	39.5185	-35.2257	-34.7743
5	0.9994	0.354	0.1718	1.2783	-1.1536	1.3392	0.2745	-0.2512	0.296	0.121	-0.2456	0.1719	-0.3956	-0.0176	-0.0552	0.383	0.0692	0.0016	0.4611	-0.0612	0.395	16.987	-47.8811	-35.0893
6	1.1641	0.1965	0.636	1.3322	-0.3098	0.4781	0.3866	0.1541	-0.1608	-0.1116	-0.1429	0.0581	0.7971	0.1853	0.0143	0.6118	0.1841	-0.1016	0.3066	-0.0027	0.2845	22.3432	-64.3243	-29.607
7	1.2618	-0.7531	0.5848	0.9517	0.1542	2.7407	0.1187	-0.0834	-0.0511	0.7862	-0.2121	0.0693	0.773	-0.1454	-0.1408	0.7508	-0.2546	-0.0427	0.5527	-0.0261	0.31	-26.2651	-51.0895	-6.0762
8	0.6976	-0.407	0.9254	4.0064	-1.1618	1.3603	-0.0179	-0.2539	-0.0123	1.0777	-0.0233	-1.1854	0.6872	-0.0311	0.024	0.8568	-0.0953	-0.166	0.454	0.0614	0.5817	-18.7455	-59.8553	-8.1036
9	0.617	0.0546	-0.1719	1.1142	-0.224	0.569	0.0829	-0.1107	-0.1943	0.2715	-0.1015	0.0463	0.7089	-0.2042	-0.0373	0.7639	-0.3519	-0.1165	0.3519	0.0837	0.3202	-15.0669	-64.4651	-23.6336
10	2.7437	1.8426	-1.6846	3.6505	-1.3814	1.2579	-0.2135	-0.4282	-0.0081	-0.0878	-0.2834	-0.3972	0.3638	0.3845	-0.186	0.3529	-0.1034	-0.0367	0.3926	-0.0748	0.4013	-14.9707	-43.8281	-29.2674
11	0.5538	0.0626	-0.1459	2.675	0.2115	1.9948	0.0725	-0.0274	0.132	0.4051	0.0651	0.0363	-0.0032	-0.5836	-0.0625	0.2646	-0.0825	0.0277	0.4354	-0.0155	0.285	-29.0516	-36.127	-18.0291

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 276 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 277 through 480 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 1 through 66 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 67 through 264 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 265 through 348 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 349 through 480 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 1 through 30 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 31 through 65 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 66 through 276 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 277 through 311 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 312 through 480 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

-
非ポリマー , 5種, 169分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

-非ポリマー , 5種, 169分子

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

-
非ポリマー , 5種, 169分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)