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- PDB-9gzk: Crystal structure of the L. monocytogenes RmlT in complex with 4-... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 9gzk | ||||||
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Title | Crystal structure of the L. monocytogenes RmlT in complex with 4-RboP-(CH2)6NH2 | ||||||
![]() | Glycosyltransferase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / Glycosyltransferase | ||||||
Function / homology | ![]() Transferases; Glycosyltransferases / glycosyltransferase activity / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Cereija, T.B. / Morais-Cabral, J.H. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Molecular properties of the RmlT wall teichoic acid rhamnosyltransferase that modulates virulence in Listeria monocytogenes. Authors: Monteiro, R. / Cereija, T.B. / Pombinho, R. / Voskuilen, T. / Codee, J.D.C. / Sousa, S. / Morais-Cabral, J.H. / Cabanes, D. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 1.7 MB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | Display | ![]() | |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 8bz4C ![]() 8bz5C ![]() 8bz6C ![]() 8bz7C ![]() 8bz8C ![]() 9gzjC C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 71637.930 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-A1IR6 / ( Mass: 973.631 Da / Num. of mol.: 8 / Source method: obtained synthetically / Formula: C26H59NO29P4 / Feature type: SUBJECT OF INVESTIGATION #3: Chemical | ChemComp-MG / #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | Has protein modification | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.62 Å3/Da / Density % sol: 53.13 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.1 M Bis-Tris propane pH 7.0 0.2 M K/Na tartrate tetrahydrate 17.5% (w/v) PEG 3,350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jul 10, 2024 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97926 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.52→49 Å / Num. obs: 147299 / % possible obs: 99.5 % / Redundancy: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 60.05 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rpim(I) all: 0.045 / Rrim(I) all: 0.084 / Rsym value: 0.071 / Net I/σ(I): 13.2 |
Reflection shell | Resolution: 2.52→2.56 Å / Rmerge(I) obs: 1.053 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 7280 / CC1/2: 0.516 / Rpim(I) all: 0.655 / Rrim(I) all: 1.242 / Rsym value: 1.053 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 77.33 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.52→42.89 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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