PDB-8vzf: Crystal Structure of 2-Hydroxyacyl-CoA Lyase/Synthase ApbHACS fro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8vzf

タイトル

Crystal Structure of 2-Hydroxyacyl-CoA Lyase/Synthase ApbHACS from Alphaproteobacteria bacterium in the Complex with THDP, Coenzyme A, and ADP

要素

2-Hydroxyacyl-CoA Lyase/Synthase

キーワード

LYASE / 2-Hydroxyacyl-CoA Lyase/Synthase / acyloin condensation / oxalyl-CoA decarboxylase / SBC / eBERlight

機能・相同性

機能・相同性情報

oxalyl-CoA decarboxylase / oxalyl-CoA decarboxylase activity / fatty acid alpha-oxidation / thiamine pyrophosphate binding / nucleotide binding / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Alphaproteobacteria bacterium (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.36 Å

データ登録者

Gade, P. / Kim, Y. / Endres, M. / Lee, S. / Yoshikuni, Y. / Gonzalez, R. / Michalska, K. / Joachimiak, A.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Commun Chem / 年: 2024
タイトル: Revealing reaction intermediates in one-carbon elongation by thiamine diphosphate/CoA-dependent enzyme family.
著者: Kim, Y. / Lee, S.H. / Gade, P. / Nattermann, M. / Maltseva, N. / Endres, M. / Chen, J. / Wichmann, P. / Hu, Y. / Marchal, D.G. / Yoshikuni, Y. / Erb, T.J. / Gonzalez, R. / Michalska, K. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2024年2月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年10月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8vzf.cif.gz	1005.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8vzf.ent.gz	690.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8vzf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8vzf_validation.pdf.gz	3.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8vzf_full_validation.pdf.gz	3.2 MB	表示
XML形式データ	8vzf_validation.xml.gz	89.8 KB	表示
CIF形式データ	8vzf_validation.cif.gz	114.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vz/8vzf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vz/8vzf	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8vzaC 8vzbC 8vzcC 8vzdC 8vzeC 8vzhC 8vziC 8vzjC 8vzkC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (11) #213 - 2017年9月サーチュイン (Sirtuins) 類似性 (1) #153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (2) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 2-Hydroxyacyl-CoA Lyase/Synthase

B: 2-Hydroxyacyl-CoA Lyase/Synthase

C: 2-Hydroxyacyl-CoA Lyase/Synthase

D: 2-Hydroxyacyl-CoA Lyase/Synthase

ヘテロ分子

247 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.800, 178.131, 196.482
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	2-Hydroxyacyl-CoA Lyase/Synthase 分子量: 59788.035 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Alphaproteobacteria bacterium (バクテリア) 遺伝子: DCO82_10540 / プラスミド: v53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Gold / 参照: UniProt: A0A3C0TX30, oxalyl-CoA decarboxylase

-
非ポリマー , 9種, 363分子

#2: 化合物	ChemComp-FYN / S-{(9R,13S,15R)-17-[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINO-9H-PURIN-9-YL)-4-HYDROXY-3-(PHOSPHONOOXY)TETRAHYDROFURAN-2-YL]-9,13,15-TRIHYDROXY-10,10-DIMETHYL-13,15-DIOXIDO-4,8-DIOXO-12,14,16-TRIOXA-3,7-DIAZA-13,15-DIPHOSPHAHEPTADEC-1-YL} THIOFORMATE / ホルミルCoA 分子量: 795.544 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₃₆N₇O₁₇P₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-TPP / THIAMINE DIPHOSPHATE / チアミンピロりん酸分子量: 425.314 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₉N₄O₇P₂S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#7: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#8: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#9: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#10: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 336 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.07 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 20 % (w/v) PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.36→50 Å / Num. obs: 99068 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 5.8 % / B_iso Wilson estimate: 32.67 Å² / CC_1/2: 0.96 / R_merge(I) obs: 0.263 / R_pim(I) all: 0.111 / R_rim(I) all: 0.288 / Net I/σ(I): 6.21
反射シェル	解像度: 2.36→2.39 Å / 冗長度: 4.9 % / R_merge(I) obs: 1.126 / Mean I/σ(I) obs: 1.08 / Num. unique obs: 4335 / CC_1/2: 0.548 / R_pim(I) all: 0.518 / R_rim(I) all: 1.25 / % possible all: 85.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.36→47.35 Å / SU ML: 0.3345 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.8498
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2472	4893	4.95 %
R_work	0.2073	93957	-
obs	0.2093	98850	97.02 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.18 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.36→47.35 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16725	0	458	336	17519

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0031	17598
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6719	23949
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0449	2547
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0046	3167
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.8549	6507

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.36-2.38	0.3692	136	0.3322	2653	X-RAY DIFFRACTION	82.83
2.38-2.41	0.3512	134	0.3073	2782	X-RAY DIFFRACTION	86.12
2.41-2.44	0.3309	156	0.2939	2777	X-RAY DIFFRACTION	88.96
2.44-2.47	0.3374	164	0.2907	2882	X-RAY DIFFRACTION	90.52
2.47-2.51	0.331	153	0.2885	2950	X-RAY DIFFRACTION	92.43
2.51-2.54	0.3165	172	0.2712	3025	X-RAY DIFFRACTION	95.23
2.54-2.58	0.326	161	0.2787	3107	X-RAY DIFFRACTION	97.12
2.58-2.61	0.3355	175	0.2871	3103	X-RAY DIFFRACTION	98.17
2.61-2.66	0.3535	165	0.2715	3196	X-RAY DIFFRACTION	99.5
2.66-2.7	0.2958	173	0.2686	3189	X-RAY DIFFRACTION	99.7
2.7-2.75	0.3172	141	0.2656	3165	X-RAY DIFFRACTION	99.1
2.75-2.8	0.2939	163	0.2649	3182	X-RAY DIFFRACTION	98.5
2.8-2.85	0.2951	185	0.2472	3160	X-RAY DIFFRACTION	99.91
2.85-2.91	0.2819	159	0.2544	3219	X-RAY DIFFRACTION	99.59
2.91-2.97	0.2911	159	0.2405	3186	X-RAY DIFFRACTION	99.88
2.97-3.04	0.2806	176	0.2454	3202	X-RAY DIFFRACTION	99.79
3.04-3.12	0.2833	174	0.2444	3182	X-RAY DIFFRACTION	99.67
3.12-3.2	0.2807	181	0.244	3181	X-RAY DIFFRACTION	99.59
3.2-3.29	0.2889	165	0.23	3211	X-RAY DIFFRACTION	99.53
3.29-3.4	0.2674	159	0.2167	3163	X-RAY DIFFRACTION	98.72
3.4-3.52	0.2387	166	0.2042	3223	X-RAY DIFFRACTION	99.09
3.52-3.66	0.2555	171	0.1925	3228	X-RAY DIFFRACTION	99.47
3.66-3.83	0.2411	147	0.1808	3221	X-RAY DIFFRACTION	99.47
3.83-4.03	0.2278	167	0.1683	3201	X-RAY DIFFRACTION	99.2
4.03-4.28	0.2054	194	0.1597	3217	X-RAY DIFFRACTION	99.16
4.28-4.61	0.1777	157	0.1466	3195	X-RAY DIFFRACTION	97.9
4.61-5.08	0.1828	166	0.1441	3251	X-RAY DIFFRACTION	99.1
5.08-5.81	0.1897	144	0.1655	3293	X-RAY DIFFRACTION	98.54
5.81-7.32	0.1908	152	0.166	3256	X-RAY DIFFRACTION	97.62
7.32-47.35	0.1515	178	0.1494	3357	X-RAY DIFFRACTION	95.98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.637036943666	0.0561450438704	0.365555675759	0.426986229465	-0.608933135951	0.886337124774	0.0605332444128	0.169249468657	0.00537422455212	-0.0470118936105	-0.0447462856816	-0.00399163069553	0.0263722931995	0.148942200764	-0.0118269979073	0.280352726381	0.0227745630343	0.00676262095477	0.438384928297	-0.0289327951636	0.214783398129	-11.4978991547	14.1886442094	-20.1431735488
2	0.82099218068	-0.303080165668	0.578453633301	0.514293272034	-0.317311592003	0.827904132714	-0.0995521867665	0.213799350014	0.0816224330674	0.0395599898008	0.0182696056865	-0.0460758350579	-0.00309461870206	0.288482011351	0.0769574473345	0.408874080438	-0.0218799767362	0.0137011369487	0.513507066301	0.0208183129845	0.216935786895	-25.1639542917	21.1675636983	-41.3898270853
3	2.45438755849	-0.524339988067	0.937095136756	2.64771641658	0.362295455178	0.476785978893	-0.131095623941	-0.0532316295542	0.239985921737	-0.108181340157	0.152448958485	-0.110071958836	-0.0114346243435	0.239014244496	-0.0464946293862	0.380221800881	-0.00503447930744	-0.00216111287847	0.388040843847	0.0250553477246	0.247080850046	-36.1714523836	34.283598183	-39.8857136077
4	0.531390958729	0.0181916657636	0.111507217351	0.835317124979	-0.202279231159	1.41738554041	0.0817814890859	-0.0032654760599	0.0249490884746	0.0229121262962	-0.0720673074391	0.159959233347	0.124079016202	-0.231421899778	0.0221135835447	0.287667096499	-0.0236761416384	0.00587730597505	0.416963051397	-0.00785427039858	0.195869774549	-43.5389088321	21.41283731	-37.8679770918
5	0.768229184502	-0.011774844947	-0.00349459172082	0.579322972911	0.183313917	0.103889331514	-0.0209320165892	0.117044760839	0.136761216341	-0.061513983019	-0.0720352162844	-0.00457103654422	-0.181605609442	0.204501859966	0.0999838359514	0.320172750735	0.0176042763131	-0.0116936250813	0.378515726265	-0.00483777115555	0.212182228234	-38.1890060414	35.2769265376	-27.6087655947
6	1.72735464045	0.938065242673	-0.266044067986	3.32390678456	-0.921946332947	0.232070701355	0.13116648463	-0.0911425661394	0.239984966827	0.31458104084	0.0498449745188	0.365775879538	-0.241807439029	-0.375553095269	-0.182975790648	0.382447361701	-0.0149562222992	0.0367414548341	0.436721585071	-0.0314648794058	0.211170335649	-33.9528906781	29.2969344977	-5.78158102061
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

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新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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