PDB-8vza: Crystal Structure of 2-Hydroxacyl-CoA Lyase/Synthase ApbHACS from...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8vza

タイトル

Crystal Structure of 2-Hydroxacyl-CoA Lyase/Synthase ApbHACS from Alphaproteobacteria bacterium in the Complex with THDP, L-Lactyl-CoA, and ADP

要素

2-Hydroxyacyl-CoA lyase/Synthase

キーワード

LYASE / 2-hydroxyacyl-CoA lyase/synthase / acyloin condensation / oxalyl-CoA decarboxylase / SBC / eBERlight

機能・相同性

機能・相同性情報

oxalyl-CoA decarboxylase / oxalyl-CoA decarboxylase activity / fatty acid alpha-oxidation / thiamine pyrophosphate binding / nucleotide binding / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Alphaproteobacteria bacterium (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Gade, P. / Kim, Y. / Endres, M. / Lee, S. / Yoshikuni, Y. / Gonzalez, R. / Michalska, K. / Joachimiak, A.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Commun Chem / 年: 2024
タイトル: Revealing reaction intermediates in one-carbon elongation by thiamine diphosphate/CoA-dependent enzyme family.
著者: Kim, Y. / Lee, S.H. / Gade, P. / Nattermann, M. / Maltseva, N. / Endres, M. / Chen, J. / Wichmann, P. / Hu, Y. / Marchal, D.G. / Yoshikuni, Y. / Erb, T.J. / Gonzalez, R. / Michalska, K. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2024年2月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年10月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8vza.cif.gz	1012.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8vza.ent.gz	692.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8vza.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8vza_validation.pdf.gz	3.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8vza_full_validation.pdf.gz	3.3 MB	表示
XML形式データ	8vza_validation.xml.gz	90.3 KB	表示
CIF形式データ	8vza_validation.cif.gz	121.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vz/8vza ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vz/8vza	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8vzbC 8vzcC 8vzdC 8vzeC 8vzfC 8vzhC 8vziC 8vzjC 8vzkC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (10) #213 - 2017年9月サーチュイン (Sirtuins) 類似性 (1) #153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 2-Hydroxyacyl-CoA lyase/Synthase

B: 2-Hydroxyacyl-CoA lyase/Synthase

C: 2-Hydroxyacyl-CoA lyase/Synthase

D: 2-Hydroxyacyl-CoA lyase/Synthase

ヘテロ分子

247 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.409, 102.679, 104.344
Angle α, β, γ (deg.)	114.100, 96.740, 105.230
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1
Space group name Hall	P1
Symmetry operation	#1: x,y,z

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	2-Hydroxyacyl-CoA lyase/Synthase 分子量: 59951.207 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Alphaproteobacteria bacterium (バクテリア) 遺伝子: DCO82_10540 / プラスミド: p53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Gold / 参照: UniProt: A0A3C0TX30, oxalyl-CoA decarboxylase

-
非ポリマー , 7種, 811分子

#2: 化合物	ChemComp-8FL / 2-[(2R)-3-[(4-azanyl-2-methyl-pyrimidin-5-yl)methyl]-4-methyl-2-oxidanyl-2H-1,3-thiazol-5-yl]ethyl phosphono hydrogen phosphate 分子量: 442.322 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₂₀N₄O₈P₂S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-UQ3 / S-{(3S,5R,9R)-1-[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-4-hydroxy-3-(phosphonooxy)oxolan-2-yl]-3,5,9-trihydroxy-8,8-dimethyl-3,5,10,14-tetraoxo-2,4,6-trioxa-11,15-diaza-3lambda~5~,5lambda~5~-diphosphaheptadecan-17-yl} (2R)-2-hydroxypropanethioate / Lactyl-CoA 分子量: 839.597 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₄₀N₇O₁₈P₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物	ChemComp-ACE / ACETYL GROUP / アセトアルデヒド分子量: 44.053 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₄O
#6: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 790 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
非ポリマーの詳細	The authors state that the 2-[(2R)-3-[(4-azanyl-2-methyl-pyrimidin-5-yl)methyl]-4-methyl-2-oxidanyl- ...The authors state that the 2-[(2R)-3-[(4-azanyl-2-methyl-pyrimidin-5-yl)methyl]-4-methyl-2-oxidanyl-2H-1,3-thiazol-5-yl]ethyl phosphono hydrogen phosphate ligand is in an intermediate or transition state.

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.43 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1 M TrisHCl pH 7.0, 20 % (w/v) PEG2000MME

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.05→50 Å / Num. obs: 144733 / % possible obs: 94.9 % / 冗長度: 3.5 % / B_iso Wilson estimate: 25.36 Å² / CC_1/2: 0.928 / R_merge(I) obs: 0.189 / R_pim(I) all: 0.116 / R_rim(I) all: 0.223 / Net I/σ(I): 7.92
反射シェル	解像度: 2.05→2.09 Å / 冗長度: 2.7 % / R_merge(I) obs: 0.671 / Mean I/σ(I) obs: 1.44 / Num. unique obs: 5583 / CC_1/2: 0.49 / R_pim(I) all: 0.471 / R_rim(I) all: 0.823 / % possible all: 73.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.05→49.52 Å / SU ML: 0.2797 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 25.1724
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2427	7055	4.88 %
R_work	0.2067	137397	-
obs	0.2085	144452	94.32 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.56 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.05→49.52 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16633	0	438	790	17861

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0036	17513
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7728	23845
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0465	2547
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0064	3159
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.802	6455

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.05-2.08	0.3265	155	0.2585	2960	X-RAY DIFFRACTION	61.25
2.08-2.1	0.3128	202	0.2579	3883	X-RAY DIFFRACTION	79.18
2.1-2.13	0.2909	243	0.2464	4460	X-RAY DIFFRACTION	92.82
2.13-2.15	0.304	232	0.2437	4567	X-RAY DIFFRACTION	93.77
2.15-2.18	0.3021	244	0.2474	4555	X-RAY DIFFRACTION	94.79
2.18-2.21	0.3157	233	0.2381	4612	X-RAY DIFFRACTION	95.02
2.21-2.24	0.291	259	0.2298	4672	X-RAY DIFFRACTION	95.45
2.24-2.28	0.2763	244	0.2344	4606	X-RAY DIFFRACTION	95.55
2.28-2.31	0.2722	224	0.2254	4679	X-RAY DIFFRACTION	95.82
2.31-2.35	0.2708	233	0.2214	4567	X-RAY DIFFRACTION	94.96
2.35-2.39	0.2593	238	0.2128	4676	X-RAY DIFFRACTION	94.72
2.39-2.43	0.2424	227	0.2081	4537	X-RAY DIFFRACTION	94.09
2.43-2.48	0.2727	243	0.2095	4610	X-RAY DIFFRACTION	94.2
2.48-2.53	0.2616	243	0.2029	4592	X-RAY DIFFRACTION	96.6
2.53-2.59	0.2754	222	0.2115	4783	X-RAY DIFFRACTION	96.86
2.59-2.65	0.2989	233	0.2124	4686	X-RAY DIFFRACTION	96.74
2.65-2.71	0.257	250	0.2026	4661	X-RAY DIFFRACTION	96.33
2.71-2.79	0.2448	188	0.2085	4743	X-RAY DIFFRACTION	96.59
2.79-2.87	0.254	238	0.2173	4693	X-RAY DIFFRACTION	96.42
2.87-2.96	0.2666	267	0.2222	4644	X-RAY DIFFRACTION	96.16
2.96-3.07	0.2921	255	0.2174	4649	X-RAY DIFFRACTION	95.78
3.07-3.19	0.2535	220	0.2125	4757	X-RAY DIFFRACTION	97.66
3.19-3.34	0.2497	244	0.2097	4737	X-RAY DIFFRACTION	97.61
3.34-3.51	0.2406	235	0.2084	4724	X-RAY DIFFRACTION	97.6
3.51-3.73	0.2282	227	0.19	4765	X-RAY DIFFRACTION	97.5
3.73-4.02	0.2008	246	0.1833	4676	X-RAY DIFFRACTION	96.19
4.02-4.42	0.1947	233	0.1768	4787	X-RAY DIFFRACTION	98.35
4.42-5.06	0.2029	274	0.1729	4716	X-RAY DIFFRACTION	97.88
5.06-6.38	0.1907	255	0.2023	4676	X-RAY DIFFRACTION	96.46
6.38-49.52	0.2108	248	0.2099	4724	X-RAY DIFFRACTION	97.26

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.715847140238	0.457524854215	0.18543367327	0.832368473913	0.142904233652	0.895898793388	0.0885270289966	-0.0421952292461	0.0713632389402	-0.0475371798608	-0.082170159607	0.072367525006	-0.0656712700678	-0.197754711413	-0.014293249374	0.138774869408	0.00626725019796	0.00186565023714	0.200163961131	-0.010633362938	0.142048645146	-14.6895456463	18.3429596938	-3.05673832808
2	1.85051570784	-0.76738269593	0.106022942707	2.13687636168	0.809623813168	3.62305269466	-0.114850536895	-0.149048690682	-0.111658339131	0.220544936348	0.0289326514072	0.235859944849	0.222433574911	-0.130075520804	0.064690816333	0.153567865077	0.00499457031794	0.0236127181109	0.157744580373	0.016665939203	0.156314888288	-12.9942063748	10.3134494446	4.71010902938
3	1.9813094149	0.906752198116	1.83962846279	0.750392454781	0.809793384872	1.91768283072	-0.00383373448751	-0.214748870101	0.204023243721	0.154323429309	-0.0980869005604	0.18211250679	0.0430477056728	-0.180242267413	0.089462348367	0.220432303015	0.0146190002586	0.0255576383548	0.187524091068	-0.0288853327262	0.196390843835	-1.30586965653	22.7147005076	19.8755766541
4	1.24213627095	-1.49368383779	-1.93958874015	2.59721442009	2.10983776137	8.43387013072	0.190486486737	0.139389816354	0.130134945585	-0.357357803871	-0.0656230631962	-0.0532874254125	-0.583021106043	-0.13171491198	-0.0875500252907	0.169580556767	-0.0274493659403	0.0137751515932	0.174094872447	0.0220052444404	0.216597672122	9.96921477762	35.8377209329	18.7343976215
5	0.496196626015	-0.195449369032	-0.807785681427	2.98770946329	0.377388602616	2.88903946478	-0.110702780405	-0.0585673016417	0.00247569865854	0.112036970437	0.107910127926	-0.0780568021787	0.0388408620791	0.10680024264	0.0121873615106	0.128669145288	-0.00553223016253	-0.0343069224103	0.227809788312	-0.0248403693206	0.128043437393	17.7916733814	23.174767404	16.9034131824
6	0.988800675886	0.455105715184	-0.373124119966	0.786149627624	-0.0873543157725	2.3267020202	0.111998348398	-0.199974232246	0.18494102392	0.0939189121223	-0.0796785888519	0.00770876087495	-0.322179123966	0.317273706919	-0.0415950656576	0.197716009617	-0.0144472336946	-0.00829181138782	0.158730913732	-0.0345676936253	0.164829275884	18.9699767801	37.2230590404	20.7986089083
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精密化 TLSグループ

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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