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万見
- PDB-8vuy: Rat GluN1-2B with Fab 003-102 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8vuy
タイトルRat GluN1-2B with Fab 003-102
要素
  • 003-102 Heavy
  • 003-102 Light
  • Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1
  • Glutamate receptor ionotropic, NMDA 2B
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Channel / heterotetramer / receptor / antibody
機能・相同性
機能・相同性情報


neurotransmitter receptor activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / cellular response to curcumin / cellular response to corticosterone stimulus / cellular response to magnesium starvation / sensory organ development / regulation of protein kinase A signaling / pons maturation / positive regulation of Schwann cell migration / regulation of cell communication / sensitization ...neurotransmitter receptor activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / cellular response to curcumin / cellular response to corticosterone stimulus / cellular response to magnesium starvation / sensory organ development / regulation of protein kinase A signaling / pons maturation / positive regulation of Schwann cell migration / regulation of cell communication / sensitization / EPHB-mediated forward signaling / auditory behavior / Assembly and cell surface presentation of NMDA receptors / olfactory learning / conditioned taste aversion / response to hydrogen sulfide / dendritic branch / regulation of respiratory gaseous exchange / positive regulation of inhibitory postsynaptic potential / response to other organism / protein localization to postsynaptic membrane / apical dendrite / regulation of ARF protein signal transduction / fear response / response to methylmercury / response to glycine / propylene metabolic process / response to carbohydrate / interleukin-1 receptor binding / cellular response to dsRNA / negative regulation of dendritic spine maintenance / positive regulation of glutamate secretion / cellular response to lipid / voltage-gated monoatomic cation channel activity / response to growth hormone / Synaptic adhesion-like molecules / regulation of monoatomic cation transmembrane transport / NMDA glutamate receptor activity / RAF/MAP kinase cascade / response to manganese ion / transmitter-gated monoatomic ion channel activity / NMDA selective glutamate receptor complex / ligand-gated sodium channel activity / response to morphine / calcium ion transmembrane import into cytosol / glutamate binding / regulation of axonogenesis / neuromuscular process / protein heterotetramerization / male mating behavior / regulation of dendrite morphogenesis / regulation of synapse assembly / heterocyclic compound binding / glycine binding / positive regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / positive regulation of calcium ion transport into cytosol / parallel fiber to Purkinje cell synapse / receptor clustering / suckling behavior / response to amine / startle response / small molecule binding / social behavior / associative learning / behavioral response to pain / response to magnesium ion / monoatomic cation transmembrane transport / regulation of neuronal synaptic plasticity / regulation of MAPK cascade / monoatomic cation transport / cellular response to glycine / extracellularly glutamate-gated ion channel activity / : / positive regulation of excitatory postsynaptic potential / excitatory synapse / ligand-gated monoatomic ion channel activity / action potential / regulation of postsynaptic membrane potential / positive regulation of dendritic spine maintenance / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / long-term memory / cellular response to manganese ion / behavioral fear response / postsynaptic density, intracellular component / glutamate receptor binding / phosphatase binding / neuron development / multicellular organismal response to stress / synaptic cleft / prepulse inhibition / monoatomic cation channel activity / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain / response to electrical stimulus / response to mechanical stimulus / calcium ion homeostasis / glutamate-gated receptor activity / response to fungicide / D2 dopamine receptor binding / cell adhesion molecule binding / presynaptic active zone membrane
類似検索 - 分子機能
Glutamate [NMDA] receptor, epsilon subunit, C-terminal / N-methyl D-aspartate receptor 2B3 C-terminus / : / : / Ionotropic glutamate receptor, metazoa / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ionotropic glutamate receptor, L-glutamate and glycine-binding domain / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ligand-gated ion channel / : ...Glutamate [NMDA] receptor, epsilon subunit, C-terminal / N-methyl D-aspartate receptor 2B3 C-terminus / : / : / Ionotropic glutamate receptor, metazoa / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ionotropic glutamate receptor, L-glutamate and glycine-binding domain / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ligand-gated ion channel / : / Ionotropic glutamate receptor / Eukaryotic homologues of bacterial periplasmic substrate binding proteins. / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region / Periplasmic binding protein-like I
類似検索 - ドメイン・相同性
Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1 / Glutamate receptor ionotropic, NMDA 2B
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.81 Å
データ登録者Michalski, K. / Furukawa, H.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Mental Health (NIH/NIMH)NS11745, MH085926, F32MH121061, NS113632 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2024
タイトル: Structural and functional mechanisms of anti-NMDAR autoimmune encephalitis.
著者: Kevin Michalski / Taha Abdulla / Sam Kleeman / Lars Schmidl / Ricardo Gómez / Noriko Simorowski / Francesca Vallese / Harald Prüss / Manfred Heckmann / Christian Geis / Hiro Furukawa /
要旨: Autoantibodies against neuronal membrane proteins can manifest in autoimmune encephalitis, inducing seizures, cognitive dysfunction and psychosis. Anti-N-methyl-D-aspartate receptor (NMDAR) ...Autoantibodies against neuronal membrane proteins can manifest in autoimmune encephalitis, inducing seizures, cognitive dysfunction and psychosis. Anti-N-methyl-D-aspartate receptor (NMDAR) encephalitis is the most dominant autoimmune encephalitis; however, insights into how autoantibodies recognize and alter receptor functions remain limited. Here we determined structures of human and rat NMDARs bound to three distinct patient-derived antibodies using single-particle electron cryo-microscopy. These antibodies bind different regions within the amino-terminal domain of the GluN1 subunit. Through electrophysiology, we show that all three autoantibodies acutely and directly reduced NMDAR channel functions in primary neurons. Antibodies show different stoichiometry of binding and antibody-receptor complex formation, which in one antibody, 003-102, also results in reduced synaptic localization of NMDARs. These studies demonstrate mechanisms of diverse epitope recognition and direct channel regulation of anti-NMDAR autoantibodies underlying autoimmune encephalitis.
履歴
登録2024年1月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年9月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update
改定 1.22024年10月23日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update
改定 1.32024年12月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1
B: Glutamate receptor ionotropic, NMDA 2B
C: Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1
D: Glutamate receptor ionotropic, NMDA 2B
H: 003-102 Heavy
J: 003-102 Heavy
K: 003-102 Light
L: 003-102 Light


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)414,5478
ポリマ－414,5478
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1 / GluN1 / Glutamate [NMDA] receptor subunit zeta-1 / N-methyl-D-aspartate receptor subunit NR1 / NMD-R1


分子量: 91944.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Grin1, Nmdar1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P35439
#2: タンパク質 Glutamate receptor ionotropic, NMDA 2B / GluN2B / Glutamate [NMDA] receptor subunit epsilon-2 / N-methyl D-aspartate receptor subtype 2B / ...GluN2B / Glutamate [NMDA] receptor subunit epsilon-2 / N-methyl D-aspartate receptor subtype 2B / NMDAR2B / NR2B


分子量: 91269.125 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Grin2b
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q00960
#3: 抗体 003-102 Heavy


分子量: 12477.862 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 抗体 003-102 Light


分子量: 11582.475 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Rat GluN1-2B with Fab 003-102 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm
撮影電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: cryoSPARC / カテゴリ: ３次元再構成
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.81 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 516895 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00326212
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.59935804
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d3.8893819
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0434169
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0044607

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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