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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8tzs | ||||||||||||
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タイトル | Structure of human WLS | ||||||||||||
要素 | Protein wntless homolog | ||||||||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Wnt protein secretion / positive regulation of Wnt protein secretion / WNT ligand biogenesis and trafficking / cementum mineralization / hindbrain development / Wnt-protein binding / exocrine pancreas development / anterior/posterior axis specification / midbrain development / organelle membrane ...Wnt protein secretion / positive regulation of Wnt protein secretion / WNT ligand biogenesis and trafficking / cementum mineralization / hindbrain development / Wnt-protein binding / exocrine pancreas development / anterior/posterior axis specification / midbrain development / organelle membrane / mesoderm formation / positive regulation of Wnt signaling pathway / endomembrane system / intracellular protein transport / trans-Golgi network / Wnt signaling pathway / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / endocytic vesicle membrane / early endosome membrane / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / cytoplasmic vesicle / early endosome / Golgi membrane / endoplasmic reticulum membrane / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / extracellular exosome / identical protein binding / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.84 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Qi, X. / Hu, Q. / Li, X. | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2023 タイトル: Molecular basis of Wnt biogenesis, secretion, and Wnt7-specific signaling. 著者: Xiaofeng Qi / Qinli Hu / Nadia Elghobashi-Meinhardt / Tao Long / Hongwen Chen / Xiaochun Li / 要旨: Wnt proteins are enzymatically lipidated by Porcupine (PORCN) in the ER and bind to Wntless (WLS) for intracellular transport and secretion. Mechanisms governing the transfer of these low-solubility ...Wnt proteins are enzymatically lipidated by Porcupine (PORCN) in the ER and bind to Wntless (WLS) for intracellular transport and secretion. Mechanisms governing the transfer of these low-solubility Wnts from the ER to the extracellular space remain unclear. Through structural and functional analyses of Wnt7a, a crucial Wnt involved in central nervous system angiogenesis and blood-brain barrier maintenance, we have elucidated the principles of Wnt biogenesis and Wnt7-specific signaling. The Wnt7a-WLS complex binds to calreticulin (CALR), revealing that CALR functions as a chaperone to facilitate Wnt transfer from PORCN to WLS during Wnt biogenesis. Our structures, functional analyses, and molecular dynamics simulations demonstrate that a phospholipid in the core of Wnt-bound WLS regulates the association and dissociation between Wnt and WLS, suggesting a lipid-mediated Wnt secretion mechanism. Finally, the structure of Wnt7a bound to RECK, a cell-surface Wnt7 co-receptor, reveals how RECK engages the N-terminal domain of Wnt7a to activate Wnt7-specific signaling. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8tzs.cif.gz | 98.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8tzs.ent.gz | 73.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8tzs.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tz/8tzs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tz/8tzs | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 41768MC 8tzoC 8tzpC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 62317.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WLS / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q5T9L3 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: WLS / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1800 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
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3次元再構成 | 解像度: 3.84 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 304150 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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