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- PDB-8tzr: Structure of human Wnt3a bound to WLS and CALR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8tzr
タイトルStructure of human Wnt3a bound to WLS and CALR
要素
  • Calreticulin
  • Protein Wnt-3a
  • Protein wntless homolog
キーワードSIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Wnt signaling pathway involved in forebrain neuroblast division / positive regulation of dermatome development / calcium ion transmembrane transport via low voltage-gated calcium channel / positive regulation of collateral sprouting in absence of injury / positive regulation of mesodermal cell fate specification / paraxial mesodermal cell fate commitment / axis elongation involved in somitogenesis / cell proliferation in midbrain / spinal cord association neuron differentiation / Wnt protein secretion ...Wnt signaling pathway involved in forebrain neuroblast division / positive regulation of dermatome development / calcium ion transmembrane transport via low voltage-gated calcium channel / positive regulation of collateral sprouting in absence of injury / positive regulation of mesodermal cell fate specification / paraxial mesodermal cell fate commitment / axis elongation involved in somitogenesis / cell proliferation in midbrain / spinal cord association neuron differentiation / Wnt protein secretion / positive regulation of type B pancreatic cell proliferation / Formation of the posterior neural plate / Calnexin/calreticulin cycle / response to biphenyl / COP9 signalosome assembly / cytolytic granule / Wnt-Frizzled-LRP5/6 complex / positive regulation of Wnt protein secretion / Negative regulation of TCF-dependent signaling by WNT ligand antagonists / positive regulation of cell-cell adhesion mediated by cadherin / positive regulation of dendritic cell chemotaxis / WNT ligand biogenesis and trafficking / ATF6 (ATF6-alpha) activates chaperone genes / Signaling by RNF43 mutants / Assembly of Viral Components at the Budding Site / negative regulation of axon extension involved in axon guidance / synaptic vesicle recycling / cortical granule / negative regulation of trophoblast cell migration / cell proliferation in forebrain / positive regulation of cardiac muscle cell differentiation / nuclear receptor-mediated glucocorticoid signaling pathway / cellular response to electrical stimulus / complement component C1q complex binding / response to peptide / Specification of the neural plate border / regulation of meiotic nuclear division / negative regulation of retinoic acid receptor signaling pathway / cementum mineralization / sequestering of calcium ion / endoplasmic reticulum quality control compartment / secondary palate development / somatic stem cell division / protein folding in endoplasmic reticulum / cardiac muscle cell fate commitment / sarcoplasmic reticulum lumen / non-canonical Wnt signaling pathway / co-receptor binding / response to glycoside / presynapse assembly / hindbrain development / positive regulation of skeletal muscle tissue development / negative regulation of dopaminergic neuron differentiation / hormone binding / Wnt-protein binding / negative regulation of intracellular steroid hormone receptor signaling pathway / midbrain dopaminergic neuron differentiation / nuclear export signal receptor activity / dorsal/ventral neural tube patterning / regulation of postsynapse to nucleus signaling pathway / cardiac muscle cell differentiation / post-anal tail morphogenesis / mammary gland development / exocrine pancreas development / positive regulation of neural precursor cell proliferation / frizzled binding / myoblast differentiation / Class B/2 (Secretin family receptors) / positive regulation of hepatocyte proliferation / Disassembly of the destruction complex and recruitment of AXIN to the membrane / anterior/posterior axis specification / cortical actin cytoskeleton organization / Scavenging by Class A Receptors / inner ear morphogenesis / nuclear androgen receptor binding / Scavenging by Class F Receptors / cellular response to lithium ion / negative regulation of fat cell differentiation / regulation of synapse organization / midbrain development / Formation of paraxial mesoderm / organelle membrane / fat cell differentiation / heart looping / response to testosterone / skeletal muscle cell differentiation / hemopoiesis / B cell proliferation / mesoderm formation / molecular sequestering activity / positive regulation of receptor internalization / regulation of presynapse assembly / positive regulation of Wnt signaling pathway / cell fate commitment / negative regulation of neuron differentiation / protein localization to nucleus / canonical Wnt signaling pathway / smooth endoplasmic reticulum / positive regulation of phagocytosis / cellular response to retinoic acid
類似検索 - 分子機能
Wnt-3 protein / Protein wntless / : / : / Wntless-like, transmembrane domain / Wntless, GOLD domain / Wnt protein, conserved site / Wnt-1 family signature. / Wnt / Wnt, C-terminal domain ...Wnt-3 protein / Protein wntless / : / : / Wntless-like, transmembrane domain / Wntless, GOLD domain / Wnt protein, conserved site / Wnt-1 family signature. / Wnt / Wnt, C-terminal domain / wnt family / found in Wnt-1 / Calreticulin / Calreticulin family repeated motif signature. / Calreticulin/calnexin / Calreticulin/calnexin, P domain superfamily / Calreticulin/calnexin, conserved site / Calreticulin family / Calreticulin family signature 1. / Calreticulin family signature 2. / Endoplasmic reticulum targeting sequence. / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PALMITOLEIC ACID / Chem-POV / Calreticulin / Protein Wnt-3a / Protein wntless homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Qi, X. / Hu, Q. / Li, X.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM135343 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)HL160487 米国
Welch FoundationI-1957 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2023
タイトル: Molecular basis of Wnt biogenesis, secretion, and Wnt7-specific signaling.
著者: Xiaofeng Qi / Qinli Hu / Nadia Elghobashi-Meinhardt / Tao Long / Hongwen Chen / Xiaochun Li /
要旨: Wnt proteins are enzymatically lipidated by Porcupine (PORCN) in the ER and bind to Wntless (WLS) for intracellular transport and secretion. Mechanisms governing the transfer of these low-solubility ...Wnt proteins are enzymatically lipidated by Porcupine (PORCN) in the ER and bind to Wntless (WLS) for intracellular transport and secretion. Mechanisms governing the transfer of these low-solubility Wnts from the ER to the extracellular space remain unclear. Through structural and functional analyses of Wnt7a, a crucial Wnt involved in central nervous system angiogenesis and blood-brain barrier maintenance, we have elucidated the principles of Wnt biogenesis and Wnt7-specific signaling. The Wnt7a-WLS complex binds to calreticulin (CALR), revealing that CALR functions as a chaperone to facilitate Wnt transfer from PORCN to WLS during Wnt biogenesis. Our structures, functional analyses, and molecular dynamics simulations demonstrate that a phospholipid in the core of Wnt-bound WLS regulates the association and dissociation between Wnt and WLS, suggesting a lipid-mediated Wnt secretion mechanism. Finally, the structure of Wnt7a bound to RECK, a cell-surface Wnt7 co-receptor, reveals how RECK engages the N-terminal domain of Wnt7a to activate Wnt7-specific signaling.
履歴
登録2023年8月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年10月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年10月18日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02023年10月18日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update
改定 1.32025年6月4日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年6月4日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein Wnt-3a
B: Protein wntless homolog
C: Calreticulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)152,1886
ポリマ－149,9383
非ポリマー2,2503
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 3種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Protein Wnt-3a


分子量: 39421.832 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WNT3A / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P56704
#2: タンパク質 Protein wntless homolog


分子量: 62317.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WLS / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q5T9L3
#3: タンパク質 Calreticulin


分子量: 48198.379 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P27797

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糖 , 1種, 1分子

#4: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D- ...alpha-D-glucopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1235.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpa1-3DManpa1-2DManpa1-2DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a2122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-4/a4-b1_b4-c1_c3-d1_d2-e1_e2-f1_f3-g1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Glcp]{}}}}}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 2種, 2分子

#5: 化合物 ChemComp-PAM / PALMITOLEIC ACID / パルミトレイン酸


分子量: 254.408 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H30O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-POV / (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate / POPC


分子量: 760.076 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H82NO8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Wnt3a-WLS-CALR Complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: MULTIPLE SOURCES
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 113802 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0059055
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.70812228
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d9.4531261
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0451302
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0051550

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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