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- EMDB-41765: Structure of human Wnt7a bound to WLS and RECK -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-41765
タイトルStructure of human Wnt7a bound to WLS and RECK
マップデータ
試料
  • 複合体: Wnt7a-WLS-RECK Complex
    • タンパク質・ペプチド: Protein Wnt-7a
    • タンパク質・ペプチド: Protein wntless homolog
    • タンパク質・ペプチド: Reversion-inducing cysteine-rich protein with Kazal motifs
  • リガンド: PALMITOLEIC ACID
  • リガンド: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate
キーワードSIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of establishment of blood-brain barrier / postsynapse assembly / : / positive regulation of excitatory synapse assembly / positive regulation of protein localization to presynapse / skeletal muscle satellite cell activation / Wnt protein secretion / asymmetric protein localization involved in cell fate determination / cerebellar granule cell differentiation / excitatory synapse assembly ...regulation of establishment of blood-brain barrier / postsynapse assembly / : / positive regulation of excitatory synapse assembly / positive regulation of protein localization to presynapse / skeletal muscle satellite cell activation / Wnt protein secretion / asymmetric protein localization involved in cell fate determination / cerebellar granule cell differentiation / excitatory synapse assembly / blood vessel maturation / regulation of axon diameter / positive regulation of Wnt protein secretion / lens fiber cell development / WNT ligand biogenesis and trafficking / oviduct development / synaptic vesicle recycling / central nervous system vasculogenesis / cell proliferation in forebrain / uterus morphogenesis / embryonic axis specification / metalloendopeptidase inhibitor activity / cementum mineralization / Post-translational modification: synthesis of GPI-anchored proteins / secondary palate development / somatic stem cell division / skeletal muscle satellite cell maintenance involved in skeletal muscle regeneration / sex differentiation / presynapse assembly / hindbrain development / positive regulation of epithelial cell proliferation involved in wound healing / Wnt-protein binding / stem cell development / regulation of extracellular matrix organization / establishment of blood-brain barrier / neurotransmitter secretion / dendritic spine morphogenesis / exocrine pancreas development / frizzled binding / dorsal/ventral pattern formation / embryonic forelimb morphogenesis / Class B/2 (Secretin family receptors) / Wnt signalosome / positive regulation of synapse assembly / embryonic hindlimb morphogenesis / regulation of postsynapse organization / regulation of canonical Wnt signaling pathway / sprouting angiogenesis / anterior/posterior axis specification / wound healing, spreading of epidermal cells / Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / endopeptidase inhibitor activity / cartilage condensation / embryonic digit morphogenesis / regulation of synaptic vesicle exocytosis / establishment of cell polarity / midbrain development / organelle membrane / positive regulation of protein metabolic process / mesoderm formation / somatic stem cell population maintenance / positive regulation of excitatory postsynaptic potential / regulation of presynapse assembly / positive regulation of Wnt signaling pathway / cell fate commitment / chondrocyte differentiation / regulation of angiogenesis / canonical Wnt signaling pathway / coreceptor activity / side of membrane / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / extracellular matrix organization / positive regulation of endothelial cell migration / embryo implantation / extracellular matrix / endomembrane system / axonogenesis / negative regulation of cell migration / cytokine activity / intracellular protein transport / positive regulation of JNK cascade / trans-Golgi network / serine-type endopeptidase inhibitor activity / Schaffer collateral - CA1 synapse / negative regulation of neurogenesis / Golgi lumen / Wnt signaling pathway / response to estrogen / neuron differentiation / endocytic vesicle membrane / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / response to estradiol / presynapse / early endosome membrane / cytoplasmic vesicle / angiogenesis / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / early endosome / receptor ligand activity / endoplasmic reticulum lumen
類似検索 - 分子機能
Reversion-inducing cysteine-rich protein with Kazal motifs / : / : / RECK-like, EGF-like 1 domain / Reversion-inducing cysteine-rich with Kazal motifs, N-terminal / Wnt-7 protein / Protein wntless / : / : / Wntless-like, transmembrane domain ...Reversion-inducing cysteine-rich protein with Kazal motifs / : / : / RECK-like, EGF-like 1 domain / Reversion-inducing cysteine-rich with Kazal motifs, N-terminal / Wnt-7 protein / Protein wntless / : / : / Wntless-like, transmembrane domain / Wntless, GOLD domain / Wnt protein, conserved site / Wnt-1 family signature. / Wnt / Wnt, C-terminal domain / wnt family / found in Wnt-1 / Kazal serine protease inhibitors family signature. / Kazal-type serine protease inhibitor domain / Kazal type serine protease inhibitors / Kazal domain superfamily / Kazal domain / Kazal domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein Wnt-7a / Reversion-inducing cysteine-rich protein with Kazal motifs / Protein wntless homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.23 Å
データ登録者Qi X / Hu Q / Li X
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM135343 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)HL160487 米国
Welch FoundationI-1957 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2023
タイトル: Molecular basis of Wnt biogenesis, secretion, and Wnt7-specific signaling.
著者: Xiaofeng Qi / Qinli Hu / Nadia Elghobashi-Meinhardt / Tao Long / Hongwen Chen / Xiaochun Li /
要旨: Wnt proteins are enzymatically lipidated by Porcupine (PORCN) in the ER and bind to Wntless (WLS) for intracellular transport and secretion. Mechanisms governing the transfer of these low-solubility ...Wnt proteins are enzymatically lipidated by Porcupine (PORCN) in the ER and bind to Wntless (WLS) for intracellular transport and secretion. Mechanisms governing the transfer of these low-solubility Wnts from the ER to the extracellular space remain unclear. Through structural and functional analyses of Wnt7a, a crucial Wnt involved in central nervous system angiogenesis and blood-brain barrier maintenance, we have elucidated the principles of Wnt biogenesis and Wnt7-specific signaling. The Wnt7a-WLS complex binds to calreticulin (CALR), revealing that CALR functions as a chaperone to facilitate Wnt transfer from PORCN to WLS during Wnt biogenesis. Our structures, functional analyses, and molecular dynamics simulations demonstrate that a phospholipid in the core of Wnt-bound WLS regulates the association and dissociation between Wnt and WLS, suggesting a lipid-mediated Wnt secretion mechanism. Finally, the structure of Wnt7a bound to RECK, a cell-surface Wnt7 co-receptor, reveals how RECK engages the N-terminal domain of Wnt7a to activate Wnt7-specific signaling.
履歴
登録2023年8月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年10月18日-
マップ公開2023年10月18日-
更新2025年5月21日-
現状2025年5月21日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_41765.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_41765.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 320 pix.
= 265.6 Å		0.83 Å/pix.
x 320 pix.
= 265.6 Å		0.83 Å/pix.
x 320 pix.
= 265.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.418
最小 - 最大-1.9154313 - 2.9754672
平均 (標準偏差)0.0020350334 (±0.057605032)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 265.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_41765_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_41765_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Wnt7a-WLS-RECK Complex

全体名称: Wnt7a-WLS-RECK Complex
要素
  • 複合体: Wnt7a-WLS-RECK Complex
    • タンパク質・ペプチド: Protein Wnt-7a
    • タンパク質・ペプチド: Protein wntless homolog
    • タンパク質・ペプチド: Reversion-inducing cysteine-rich protein with Kazal motifs
  • リガンド: PALMITOLEIC ACID
  • リガンド: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate

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超分子 #1: Wnt7a-WLS-RECK Complex

超分子名称: Wnt7a-WLS-RECK Complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Protein Wnt-7a

分子名称: Protein Wnt-7a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 39.062977 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MNRKARRCLG HLFLSLGMVY LRIGGFSSVV ALGASIICNK IPGLAPRQRA ICQSRPDAII VIGEGSQMGL DECQFQFRNG RWNCSALGE RTVFGKELKV GSREAAFTYA IIAAGVAHAI TAACTQGNLS DCGCDKEKQG QYHRDEGWKW GGCSADIRYG I GFAKVFVD ...文字列:
MNRKARRCLG HLFLSLGMVY LRIGGFSSVV ALGASIICNK IPGLAPRQRA ICQSRPDAII VIGEGSQMGL DECQFQFRNG RWNCSALGE RTVFGKELKV GSREAAFTYA IIAAGVAHAI TAACTQGNLS DCGCDKEKQG QYHRDEGWKW GGCSADIRYG I GFAKVFVD AREIKQNART LMNLHNNEAG RKILEENMKL ECKCHGVSGS CTTKTCWTTL PQFRELGYVL KDKYNEAVHV EP VRASRNK RPTFLKIKKP LSYRKPMDTD LVYIEKSPNY CEEDPVTGSV GTQGRACNKT APQASGCDLM CCGRGYNTHQ YAR VWQCNC KFHWCCYVKC NTCSERTEMY TCK

UniProtKB: Protein Wnt-7a

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分子 #2: Protein wntless homolog

分子名称: Protein wntless homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 62.317973 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MAGAIIENMS TKKLCIVGGI LLVFQIIAFL VGGLIAPGPT TAVSYMSVKC VDARKNHHKT KWFVPWGPNH CDKIRDIEEA IPREIEAND IVFSVHIPLP HMEMSPWFQF MLFILQLDIA FKLNNQIREN AEVSMDVSLA YRDDAFAEWT EMAHERVPRK L KCTFTSPK ...文字列:
MAGAIIENMS TKKLCIVGGI LLVFQIIAFL VGGLIAPGPT TAVSYMSVKC VDARKNHHKT KWFVPWGPNH CDKIRDIEEA IPREIEAND IVFSVHIPLP HMEMSPWFQF MLFILQLDIA FKLNNQIREN AEVSMDVSLA YRDDAFAEWT EMAHERVPRK L KCTFTSPK TPEHEGRYYE CDVLPFMEIG SVAHKFYLLN IRLPVNEKKK INVGIGEIKD IRLVGIHQNG GFTKVWFAMK TF LTPSIFI IMVWYWRRIT MMSRPPVLLE KVIFALGISM TFINIPVEWF SIGFDWTWML LFGDIRQGIF YAMLLSFWII FCG EHMMDQ HERNHIAGYW KQVGPIAVGS FCLFIFDMCE RGVQLTNPFY SIWTTDIGTE LAMAFIIVAG ICLCLYFLFL CFMV FQVFR NISGKQSSLP AMSKVRRLHY EGLIFRFKFL MLITLACAAM TVIFFIVSQV TEGHWKWGGV TVQVNSAFFT GIYGM WNLY VFALMFLYAP SHKNYGEDQS NGDLGVHSGE ELQLTTTITH VDGPTEIYKL TRKEAQE

UniProtKB: Protein wntless homolog

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分子 #3: Reversion-inducing cysteine-rich protein with Kazal motifs

分子名称: Reversion-inducing cysteine-rich protein with Kazal motifs
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 106.573461 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MATVRASLRG ALLLLLAVAG VAEVAGGLAP GSAGALCCNH SKDNQMCRDV CEQIFSSKSE SRLKHLLQRA PDYCPETMVE IWNCMNSSL PGVFKKSDGW VGLGCCELAI ALECRQACKQ ASSKNDISKV CRKEYENALF SCISRNEMGS VCCSYAGHHT N CREYCQAI ...文字列:
MATVRASLRG ALLLLLAVAG VAEVAGGLAP GSAGALCCNH SKDNQMCRDV CEQIFSSKSE SRLKHLLQRA PDYCPETMVE IWNCMNSSL PGVFKKSDGW VGLGCCELAI ALECRQACKQ ASSKNDISKV CRKEYENALF SCISRNEMGS VCCSYAGHHT N CREYCQAI FRTDSSPGPS QIKAVENYCA SISPQLIHCV NNYTQSYPMR NPTDSLYCCD RAEDHACQNA CKRILMSKKT EM EIVDGLI EGCKTQPLPQ DPLWQCFLES SQSVHPGVTV HPPPSTGLDG AKLHCCSKAN TSTCRELCTK LYSMSWGNTQ SWQ EFDRFC EYNPVEVSML TCLADVREPC QLGCRNLTYC TNFNNRPTEL FRSCNAQSDQ GAMNDMKLWE KGSIKMPFIN IPVL DIKKC QPEMWKAIAC SLQIKPCHSK SRGSIICKSD CVEILKKCGD QNKFPEDHTA ESICELLSPT DDLKNCIPLD TYLRP STLG NIVEEVTHPC NPNPCPANEL CEVNRKGCPS GDPCLPYFCV QGCKLGEASD FIVRQGTLIQ VPSSAGEVGC YKICSC GQS GLLENCMEMH CIDLQKSCIV GGKRKSHGTS FSIDCNVCSC FAGNLVCSTR LCLSEHSSED DRRTFTGLPC NCADQFV PV CGQNGRTYPS ACIARCVGLQ DHQFEFGSCM SKDPCNPNPC QKNQRCIPKP QVCLTTFDKF GCSQYECVPR QLACDQVQ D PVCDTDHMEH NNLCTLYQRG KSLSYKGPCQ PFCRATEPVC GHNGETYSSV CAAYSDRVAV DYYGDCQAVG VLSEHSSVA ECASVKCPSL LAAGCKPIIP PGACCPLCAG MLRVLFDKEK LDTIAKVTNK KPITVLEILQ KIRMHVSVPQ CDVFGYFSIE SEIVILIIP VDHYPKALQI EACNKEAEKI ESLINSDSPT LASHVPLSAL IISQVQVSSS VPSAGVRARP SCHSLLLPLS L GLALHLLW TYN

UniProtKB: Reversion-inducing cysteine-rich protein with Kazal motifs

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分子 #4: PALMITOLEIC ACID

分子名称: PALMITOLEIC ACID / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: PAM
分子量理論値: 254.408 Da
Chemical component information

ChemComp-PAM:
PALMITOLEIC ACID / パルミトレイン酸

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分子 #5: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(tri...

分子名称: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate
タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: POV
分子量理論値: 760.076 Da
Chemical component information

ChemComp-POV:
(2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate / リン脂質*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.23 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 87543
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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