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- PDB-8tzp: Structure of human Wnt7a bound to WLS and RECK -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8tzp
タイトルStructure of human Wnt7a bound to WLS and RECK
要素
  • Protein Wnt-7a
  • Protein wntless homolog
  • Reversion-inducing cysteine-rich protein with Kazal motifs
キーワードSIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of establishment of blood-brain barrier / postsynapse assembly / : / positive regulation of excitatory synapse assembly / positive regulation of protein localization to presynapse / skeletal muscle satellite cell activation / Wnt protein secretion / asymmetric protein localization involved in cell fate determination / cerebellar granule cell differentiation / excitatory synapse assembly ...regulation of establishment of blood-brain barrier / postsynapse assembly / : / positive regulation of excitatory synapse assembly / positive regulation of protein localization to presynapse / skeletal muscle satellite cell activation / Wnt protein secretion / asymmetric protein localization involved in cell fate determination / cerebellar granule cell differentiation / excitatory synapse assembly / blood vessel maturation / regulation of axon diameter / positive regulation of Wnt protein secretion / lens fiber cell development / WNT ligand biogenesis and trafficking / oviduct development / synaptic vesicle recycling / central nervous system vasculogenesis / cell proliferation in forebrain / uterus morphogenesis / embryonic axis specification / metalloendopeptidase inhibitor activity / cementum mineralization / Post-translational modification: synthesis of GPI-anchored proteins / secondary palate development / somatic stem cell division / skeletal muscle satellite cell maintenance involved in skeletal muscle regeneration / sex differentiation / presynapse assembly / hindbrain development / positive regulation of epithelial cell proliferation involved in wound healing / Wnt-protein binding / stem cell development / negative regulation of extracellular matrix disassembly / regulation of extracellular matrix organization / establishment of blood-brain barrier / neurotransmitter secretion / dendritic spine morphogenesis / exocrine pancreas development / frizzled binding / dorsal/ventral pattern formation / embryonic forelimb morphogenesis / Class B/2 (Secretin family receptors) / Wnt signalosome / positive regulation of synapse assembly / embryonic hindlimb morphogenesis / regulation of postsynapse organization / regulation of canonical Wnt signaling pathway / anterior/posterior axis specification / sprouting angiogenesis / wound healing, spreading of epidermal cells / Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / endopeptidase inhibitor activity / cartilage condensation / embryonic digit morphogenesis / regulation of synaptic vesicle exocytosis / establishment of cell polarity / midbrain development / organelle membrane / positive regulation of protein metabolic process / mesoderm formation / somatic stem cell population maintenance / positive regulation of excitatory postsynaptic potential / regulation of presynapse assembly / positive regulation of Wnt signaling pathway / cell fate commitment / regulation of angiogenesis / chondrocyte differentiation / canonical Wnt signaling pathway / coreceptor activity / side of membrane / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / extracellular matrix organization / positive regulation of endothelial cell migration / embryo implantation / extracellular matrix / endomembrane system / axonogenesis / negative regulation of cell migration / cytokine activity / intracellular protein transport / positive regulation of JNK cascade / trans-Golgi network / serine-type endopeptidase inhibitor activity / Schaffer collateral - CA1 synapse / negative regulation of neurogenesis / Golgi lumen / Wnt signaling pathway / response to estrogen / neuron differentiation / endocytic vesicle membrane / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / response to estradiol / presynapse / early endosome membrane / cytoplasmic vesicle / angiogenesis / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / early endosome / receptor ligand activity
類似検索 - 分子機能
: / : / : / : / RECK-like, EGF-like 1 domain / RECK, fibronectin type I module / Reversion-inducing cysteine-rich protein with Kazal motifs / : / : / RECK-like, EGF-like 1 domain ...: / : / : / : / RECK-like, EGF-like 1 domain / RECK, fibronectin type I module / Reversion-inducing cysteine-rich protein with Kazal motifs / : / : / RECK-like, EGF-like 1 domain / Reversion-inducing cysteine-rich with Kazal motifs, N-terminal / RECK, frizzled-like domain / RECK-like, CC4 domain / Wnt-7 protein / Protein wntless / : / : / Wntless-like, transmembrane domain / Wntless, GOLD domain / Wnt protein, conserved site / Wnt-1 family signature. / Wnt / Wnt, C-terminal domain / wnt family / found in Wnt-1 / Kazal serine protease inhibitors family signature. / Kazal-type serine protease inhibitor domain / Kazal type serine protease inhibitors / Kazal domain superfamily / Kazal domain / Kazal domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
PALMITOLEIC ACID / Chem-POV / Protein Wnt-7a / Reversion-inducing cysteine-rich protein with Kazal motifs / Protein wntless homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.23 Å
データ登録者Qi, X. / Hu, Q. / Li, X.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM135343 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)HL160487 米国
Welch FoundationI-1957 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2023
タイトル: Molecular basis of Wnt biogenesis, secretion, and Wnt7-specific signaling.
著者: Xiaofeng Qi / Qinli Hu / Nadia Elghobashi-Meinhardt / Tao Long / Hongwen Chen / Xiaochun Li /
要旨: Wnt proteins are enzymatically lipidated by Porcupine (PORCN) in the ER and bind to Wntless (WLS) for intracellular transport and secretion. Mechanisms governing the transfer of these low-solubility ...Wnt proteins are enzymatically lipidated by Porcupine (PORCN) in the ER and bind to Wntless (WLS) for intracellular transport and secretion. Mechanisms governing the transfer of these low-solubility Wnts from the ER to the extracellular space remain unclear. Through structural and functional analyses of Wnt7a, a crucial Wnt involved in central nervous system angiogenesis and blood-brain barrier maintenance, we have elucidated the principles of Wnt biogenesis and Wnt7-specific signaling. The Wnt7a-WLS complex binds to calreticulin (CALR), revealing that CALR functions as a chaperone to facilitate Wnt transfer from PORCN to WLS during Wnt biogenesis. Our structures, functional analyses, and molecular dynamics simulations demonstrate that a phospholipid in the core of Wnt-bound WLS regulates the association and dissociation between Wnt and WLS, suggesting a lipid-mediated Wnt secretion mechanism. Finally, the structure of Wnt7a bound to RECK, a cell-surface Wnt7 co-receptor, reveals how RECK engages the N-terminal domain of Wnt7a to activate Wnt7-specific signaling.
履歴
登録2023年8月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年10月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年10月18日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02023年10月18日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.32025年5月21日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年5月21日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein Wnt-7a
B: Protein wntless homolog
C: Reversion-inducing cysteine-rich protein with Kazal motifs
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)208,9695
ポリマ－207,9543
非ポリマー1,0142
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 Protein Wnt-7a


分子量: 39062.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WNT7A / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O00755
#2: タンパク質 Protein wntless homolog


分子量: 62317.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WLS / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q5T9L3
#3: タンパク質 Reversion-inducing cysteine-rich protein with Kazal motifs


分子量: 106573.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RECK / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O95980
#4: 化合物 ChemComp-PAM / PALMITOLEIC ACID / パルミトレイン酸


分子量: 254.408 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H30O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-POV / (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate / POPC


分子量: 760.076 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H82NO8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Wnt7a-WLS-RECK Complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.23 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 87543 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0037104
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.5899595
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d6.868963
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0411031
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0061207

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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